Neofusicoccum parvum nouvel agent de chancre sur Sequoiadendron giganteum à Genève. Martine Hänzi, Romain Chablais & François Lefort Groupe Plantes et pathogènes, Institut Terre Nature et Environnement, hepia, HES-SO//Genève 150 route de Presinge, 1254 Jussy, Suisse. E-mail: francois.lefort@hesge.ch Le séquoia géant Sequoiadendron giganteum, originaire des versants ouest de la Sierra Nevada en Californie a beaucoup été planté comme arbre d’ornement en raison de de sa majestuosité et de sa résistance au feu, aux insectes et aux maladies fongiques ou bactérienne. Depuis plusieurs décennies, on observe d’importants dépérissements, d’abord hors de son aire de répartition naturelle, puis également sur son site originel. Phomopsis juniperivora a été le premier agent pathogène identifié, avant de laisser la place à Botryosphaeria dothidea, champignon peu sélectif, retrouvé sur une centaine d’espèces de végétaux et communément reconnu comme agent du chancre sur séquoia géant. A Genève, comme précédemment en Grèce et en Serbie, une espèce proche, Botryosphaeria parva, généralement nommée par son téléomorphe Neofusicoccum parvum a été retrouvé lors d’une analyse génétique de champignons incriminés dans un cas de séquoia géant dépérissant, et non pas Botryosphaeria dothidea. Pour en savoir plus sur la présence de ce champignon sur le canton de Genève, des prélèvements ont été faits sur des arbres présentant les symptômes de la maladie, situés en divers sites du canton. Résultats des identifications Tableau 1. Résumé des espèces de Botryosphaeriaceae isolées sur Sequoiadendron giganteum à Genève. *Sordaria sp. n’appartient pas à la famille des Botryosphaeriaceae, mais a un aspect similaire en culture. Neofusicoccum parvum a été isolé sur les 6 sites étudiés et sur 8 des 10 séquoias testés présentant les symptômes de dépérissement, alors que Botryosphaeria dothidea a été retrouvé que sur 2 arbres et en association avec N. parvum pour l’un d’eux (Tableau 1). Méthode de prélèvement Des rameaux situés à proximité de chancre (Fig. 1) ont été prélevés sur dix séquoias géants situés sur six sites distincts du canton de Genève (dans 2 cas, un fragment d’écorce ou de stroma ont été récoltés) : Cimetière des Rois à Plainpalais (2 arbres) Parc Barton (2 arbres) Cfpne Lullier (3 arbres) Parc de l’Ancienne Mairie à Chêne-Bourg (1 arbre) Boulevard des Promenades à Carouge (1 arbre) Parc des Bastions (1 arbre). Tests de pathogénicité (Protocole de Koch) Pour confirmer que Neofusicoccum parvum est bien l’agent responsable des symptômes observés sur les séquoias géants, de jeune arbres sains ont été inoculé avec une des souches isolées, à la fois sur le tronc et sur une branche latérale, d’autres arbres ont servi de témoin. En moins de 2 semaines, les rameaux inoculés ont commencé à sécher, alors que sur les troncs, les symptômes ont étés visibles plus tardivement (Fig. 3). Les témoins, inoculés uniquement avec un bloc d’agar stérile, n’ont pas présenté de signe de dépérissement. A B C D Figure 1. Les rameaux de préférence encore verts ont étés prélevés à proximité de chancre sur les branches. Mise en culture et identification génétique Figure 3. Protocole de Koch : A et B: Rameaux 20 jours après inoculation. A: Témoin. B: Arbre inoculé avec N. parvum. C et D : Troncs 4 mois après inoculation. C: Témoin avec bourrelet cicatriciel bien en place. D: Arbre inoculé avec N. parvum montrant une nette déplétion et une nécrose de l’écorce. (Flèche : point d’inoculation) Après une rapide désinfection de surface, les rameaux ont été coupés en tronçons de 2-3 cm, déposés sur une gélose PGA (Potato Glucose Agar) et incubés à température ambiante à l’obscurité. Les colonies caractéristiques des Botryosphaeriaceae (Fig. 2) ont ensuite été isolées en culture pure pour identification génétique. Conclusion Neofusicoccum parvum (Téléomorphe Botryosphaeria parva) est bien l’espèce responsable du chancre de l’écorce du Sequoiadendron giganteum la plus répandue à Genève. Deux hypothèses se présentent à nous : - Soit Neofusicoccum parvum a toujours été responsable des symptômes observés sur les séquoias géants et a longtemps été confondu avec Botryosphaeria dothidea dont il est morphologiquement proche. - Soit c’est un nouvel agent pathogène pour séquoia géant dont une souche, plus aggressive et plus adaptée aux nouvelles conditions climatiques aurait supplanté l’autre espèce. A B C Figure 2. Cultures caractéristiques des Botryosphaeriaceae . A: Botryosphaeria parva (Neofusicoccum parvum), B: Botryosphaeria dothidea, C: Botryosphaeria stevensii (Diplodia mutila) L’ADN a été extrait et une partie a été amplifiée à l’aide de l’amorce ITS 4/5. Après séquençage des produits d’amplification, les séquences obtenues ont été comparées à celles de la banque de données NCBI (National Center for Biotechnology Information). JOURNEES D'AUTOMNE SGP / SSP 2017 Diagnostique en phytiatrie: clé du succès en protection des plantes? 8-9 septembre 2017, hepia, Genève