Évaluations génomiques fiables d’une race et d’un pays à l’autre Sander de Roos CRV, Pays-Bas

Valeurs d’élevage estimées génomiques (VÉEG) fiables Nous voulons tous des VÉEG plus fiables Sélection plus précise Usage des jeunes taureaux avec confiance (VÉEG) fiables ~ N * h2 N = taille du cheptel de référence h2 = héritabilité des phénotypes Daetwyler et al. 2008 Goddard 2009

Goddard et Hayes 2009 Exactitude des VÉEG – bêtes non phénotypées Nombre d’individus dans la population de référence Goddard et Hayes 2009

Des VÉEG fiables Échanges internationaux un plus grand cheptel N mais une moins grande h2 (rG < 1) P. ex. EuroGenomics (N = 4 000  N = 16 000) profondeur du pis : + 15 % en fiabilité cellules somatiques : + 11 % fertilité : + 7 % rendement en protéines : + 6 % Lund et al. 2011

Que pouvons-nous faire d’autre? Vaches Autres races Objectif = définir les possibilités et les défis

Pourquoi utiliser des vaches? Pour accroître la population de référence (réf.) 100 000 vaches de réf.  24 000 taureaux de réf. (h2 = 0,2) Un nombre illimité Petites races De nouveaux pays ou environnements (G x E) De nouveaux caractères génétiques Sélection des femelles

Les coûts Coût du génotypage : 40 euros (€) 100 000 vaches x 40 € (BovineLD) = 4 000 000 € Valeur commerciale pour le producteur : 10-30 € Choisir les meilleurs veaux femelles Bœuf / conventionnel / sexé / récolte d’embryons Meilleur rendement du capital investi (RCI) quand l’intensité de la sélection est grande De Roos 2011 Pryce et Hayes 2012 Dassonneville 2012

Biais VÉEG = VÉE conventionnelle + info génomique Stratégies biais dû à un traitement préférentiel biais dû au génotypage sélectif Stratégies ajuster phénotypes des vaches (Wiggans et al. 2011; 2012) omettre phénotypes des vaches n’employer que des troupeaux complets

Troupeaux de référence du CRV Troupeaux avec d’excellents résultats production de lait, conformation, fertilité… santé de la pince, composition du lait (soins de santé) Génotypage de toutes les femelles Le producteur paie 15 € par veau, 0 € par vache Aujourd’hui : 20 troupeaux, 4 000 femelles Objectif : 600 troupeaux, 120 000 femelles

Pourquoi utiliser d’autres races? Prédire les VÉEG des races métissées (croisées) Les métis affichent davantage de variation génétique p. ex. production des Holstein + fertilité des Jersey Utiliser sujets métissés dans le cheptel de réf. Utiliser race A pour améliorer VÉEG de la race B Exploiter les mutations causales (les SNP en sont très proches)

Les animaux métissés Les métis portent de grands segments de chromosomes hérités d’ancêtres pur sang Les SNP retracent cet héritage au fil des générations F0 F1 F2

Les animaux métissés Les métis portent de grands segments de chromosomes hérités d’ancêtres pur sang Les SNP retracent cet héritage au fil des générations Les phénotypes des sujets métissés sont utiles Pour estimer l’effet des segments de chromosomes ancestraux Les VÉEG des métis La somme des effets des segments de chromosomes ancestraux

Utiliser la race A pour prédire la race B Les QTL doivent exister dans les deux races Il faut toute la séquence du génome, ou les BovineHD (777 k), afin que la phase des SNP-QTL persiste Les QTL individuels ont un très petit effet Il faut un cheptel de réf. extrêmement grand et un modèle bayésien pour distinguer les QTL du « bruit de fond » Peut-être détecter des QTL de taille moyenne

Exemples Les Holstein et Jersey de Nouvelle-Zélande Harris et al. 2011 Des VÉEG précis pour les sujets métissés Les races rouges nordiques Brøndum et al. 2011 Hausse de 7 % de la fiabilité multirace versus race unique Les Holstein et Jersey australiennes Erbe et al. 2012 Hausse de 4 % de la fiabilité chez les Jersey en intégrant des taureaux de réf. Holstein Hausse de 0 % de fiabilité chez les Holstein en intégrant des taureaux de réf. Jersey

Calculs Supposons 160 000 bovins de réf., 777 000 SNP 8 x plus d’animaux, 15 x plus de SNP = 120 x plus 3 années de calculs Considérons aussi l’imputation des FD vers HD Considérons aussi toute la séquence du génome

Conclusions Vaches : intéressantes pour agrandir la population de réf. Plus grande fiabilité, de nouveaux caractères, de nouvelles races, de nouveaux pays Coût encore trop élevé pour l’adoption à grande échelle Nous devons nous occuper des biais potentiels Population de référence multirace Simple dans les populations métissées De nombreux animaux X SNP denses avec un modèle bayésien Tout un défi sur le plan des calculs