Yoann Beausse Journée Bioinformatique des Génopoles Développement d’outils informatiques d’analyse structurale de familles protéiques

IBCP, Lyon Equipe ProDom IGBMC, Strasbourg EBI, Hinxton Gilbert DELEAGE Christophe GEOURJON IBCP, Lyon Daniel Kahn Emmanuel Courcelle Sébastien Carrère Yoann Beausse Equipe ProDom Olivier POCH Julie THOMPSON IGBMC, Strasbourg Rolf APWEILER EBI, Hinxton Soutiens Financiers Programme Bioinformatique Inter Organismes Génopole EU FP4 et FP5

La base de données ProDom www.toulouse.inra.fr/prodom.html ProDom : base de familles de domaines protéiques Génération automatique de la base à partir des banques de données SwissProt et TrEMBL Initiation de la construction par des domaines expertisés Extraction de chaque domaine par recherche de similitudes et regroupement en familles des domaines Mise à disposition via un serveur web graphique

Plan Utilisation des structures 3D pour le choix des domaines expertisés Intégration d’outils de visualisation des domaines Couplage de l’analyse en domaines avec la modélisation 3D Serveur pour la génomique structurale : ProDom-SG

SCOP : Structural Classification of Proteins Utilisation des structures 3D pour le choix des domaines expertisés 1940 familles - Identité Séquence > 30% - Structure/Fonction identique Structure (Fonction?)similaires Structure 2ndaire: Topologie et arrangement Structure 2ndaire (all a, all b, ) SCOP 1.61 44327 domaines <=> 17406 entrées PDB 1100 superfamilles 701 repliements 7 classes SCOP : Structural Classification of Proteins

SCOP : Structural Classification of Proteins Utilisation des structures 3D pour le choix des domaines expertisés 1940 familles - Identité Séquence > 30% - Structure/Fonction identique Structure (Fonction?)similaires Structure 2ndaire: Topologie et arrangement Structure 2ndaire (all a, all b, ) SCOP 1.61 44327 domaines <=> 17406 entrées PDB 1100 superfamilles 701 repliements 7 classes SCOP : Structural Classification of Proteins 1155 familles SCOP 1.61 ProDom 2003.1 Filtres : - < 500 résidus - familles non uniques - homogénéité de longueur - homogénéité de séquence

Plan Utilisation des structures 3D pour le choix des domaines expertisés Intégration d’outils de visualisation des domaines Couplage de l’analyse en domaines avec la modélisation 3D Serveur pour la génomique structurale : ProDom-SG

Intégration d’outils de visualisation des domaines

Intégration d’outils de visualisation des domaines

Intégration d’outils de visualisation des domaines Rasmol/RasWin

Intégration d’outils de visualisation des domaines Chime VRML

Intégration d’outils de visualisation des domaines PNG / PS

Intégration d’outils de visualisation des domaines PNG / PS

Plan Utilisation des structures 3D pour le choix des domaines expertisés Intégration d’outils de visualisation des domaines Couplage de l’analyse en domaines avec la modélisation 3D Serveur pour la génomique structurale : ProDom-SG

Couplage de l’analyse en domaines avec la modélisation 3D

Modélisation par Swiss-Model Modélisation par Geno3D Couplage de l’analyse en domaines avec la modélisation 3D Modélisation par Swiss-Model Modélisation par Geno3D Génopole Lyon

Modélisation par Swiss-Model Modélisation par Geno3D Couplage de l’analyse en domaines avec la modélisation 3D Modélisation par Swiss-Model Modélisation par Geno3D Génopole Lyon

Modélisation par Swiss-Model Modélisation par Geno3D Couplage de l’analyse en domaines avec la modélisation 3D Modélisation par Swiss-Model Modélisation par Geno3D Génopole Lyon

Plan Utilisation des structures 3D pour le choix des domaines expertisés Intégration d’outils de visualisation des domaines Couplage de l’analyse en domaines avec la modélisation 3D Serveur pour la génomique structurale : ProDom-SG

Serveur pour la génomique structurale : ProDom-SG Objectif : Proposer les meilleures protéines candidates pour une détermination de structure - Protéines mono-domaine - Aucune information structurale

Sélection de protéines mono-domaine Serveur pour la génomique structurale : ProDom-SG Sélection de protéines mono-domaine Sélection des familles ProDom sur la qualité des alignements multiples - Utilisation de la fonction objective norMD Prise en compte des relations d’homologie entre ces familles Identification des familles possédant des structures 3D connues Rechercher les protéines mono-domaines dans les familles n’ayant pas de lien avec la PDB Génopole de Strasbourg

Serveur pour la génomique structurale : ProDom-SG Critères de sélection Filtres Espèces Recherche des familles ProDom sans liens PDB Affichage des protéines mono-domaine filtres Mots clés Affinage Suggestion de protéines pour une détermination structurale

44327 domaines <=> 17406 entrées PDB Conclusion Chime VRML Intégration d’outils de visualisation Couplage analyse en domaine / modélisation 3D 1940 familles 44327 domaines <=> 17406 entrées PDB 1100 superfamilles 701 repliements 7 classes SCOP pour domaines expertisés ProDom-SG : serveur pour la génomique structurale