Projet ANRS 12134 et dynamique de la résistance aux ARV :

Problématique Les échecs thérapeutiques liés à la résistance aux ARV La circulation et transmission des souches résistantes Phénomène alarmant dans certains pays du nord Prévalences > 10% (Lapadula, 2008, Vercauteren et al., 2008 en Belgique). Pays du sud à faible revenus, prévalences variables selon les régions : 2,3% en zone rural au Burkina Faso (Tebit et coll., 2006) vs 8% dans les grandes villes (Vergne et coll., 2006) Plus de 10% au Nigéria (Ojesina et coll., 2006)

Problématique Au Sénégal ARV introduits en 1998, gratuits en fin 2003 Chez patients sous HAART Survenue de mutations de résistance comparable à celle des pays du nord ANRS : 12% dans ANRS 1215/1290 (Laurent et coll., 2005) Pas de données dans ISAARV Peu de données sur la circulation de souches résistantes dans la population Résultats de l’observatoire des résistances (ANRS 1257 en 2003-2005)

Objectifs Documenter la circulation de souches résistantes (présence de mutations de résistance) Patients sénégalais VIH positif, non traités, immunocompétents Étudier le polymorphisme au niveau de la protéase et de la transcriptase inverse

Méthodologie Echantillonnage 2003-2005 : Projet ANRS 1257 56 patients VIH-1 recrutés au CTA de Fann (Dakar) Critères d’inclusion Naïfs de tout traitement ARV LT CD4/mm3, supérieur ou égal à 350

Méthodologie Echantillonnage 2007-2008 : Projet ANRS 12134 48 patients VIH-1 ont été recrutés au CTA et à Roi Baudouin (Dakar) Critères d’inclusion Sujets naïfs de tout traitement ARV Jeune > 25 ans et/ou LT CD4/mm3 > = 500 cell/mm3 Délai de recrutement long (8 mois) car faible prévalence du VIH

Méthodologie A partir du plasma 2003- 2005 : technique IRD RT-PCR et amplification par RT PCR nichée d’un fragment de 1850 pb couvrant la totalité de la protéase et les 440 premiers AA de la RT 2007-2008 : technique ANRS RT-PCR séparée des 2 fragments de protéase et les 320 AA de la TI

Méthodologie Analyse des séquences avec algorithmes de résistance HIV Stanford DB (v4.1.7) ANRS V2006.7 Les majeures et les mutations mineures associées à une résistance aux ARV ont été recherchées

Méthodologie Identification des sous-types/CRF Analyse phylogénétique alignement Clustal X avec des sous-types et recombinants de VIH Analyse phylogénétique méthode du neighbour-joining. Recherche de recombinants si fragments > 1000 pb analyses de similarité et de bootscan sur Simplot

Caractéristiques globales 2007-2008 Date de la première séropositivité (n=46) 3 avant 2003 10 entre 2003 à 2005 33 après 2006

Caractéristiques globales 2003-2005 2007-2008 Caractéristiques Nombre Sexe Femmes 45 (80,3%) Hommes 11 (19,6%) Age médian (n=49) 35 ans (20-53) Médiane LTCD4 (Cellules/mm3) 519 (350-814) Caractéristiques Nombre Sexe Femmes 42 (87,5%) Hommes 6 (12,5%) Age médian 30,5 ans (20-59) Médiane LTCD4 (Cellules/mm3) 639,5 (214-1673) Médiane charge virale (n=43) 4,1log copies/ml (2,1-5,6)

Caractéristiques globales 2007-2008 Centre de recrutement 2007-2008 Nombre de patients % CTA du CHNU de Fann 25 52,1% CRCF Fann 14 29,2% Hopital Roi Baudouin de Guédiawaye 09 18,7% TOTAL 48 100%

Caractéristiques globales 2003-2005 2007-2008 Intervalle du taux de CD4 Nombre % 350<CD4 < 500 23 41 500 < CD4 < 750 31 55,4 CD4 > 750 2 3,6 TOTAL 56 100% Intervalle du taux de CD4 Nombre % CD4 < 500 5 11,1 500 < CD4 < 750 24 53,3 CD4 > 750 16 35,6 TOTAL 45 100

Caractéristiques globales 2007-2008 Charge virale plasmatique Fréquence pourcentage CV < 5000 12 27,9% Log 3,7 < CV < 4 log 8 18,6% CV > 4 log 23 53,5% TOTAL 43 100%

Analyse phylogénétique 2003-2005 Prédominance CRF02_AG n=39 (69%) Présence de nombreux variants : A (n=1), A3 (n=1), B (n=3), C (n=2), D’ (n=1) CRF06 (n=2) Recombinants uniques n= 6 CFR02/A3 (n=4), F/U (n=1), G/U/G (n=1)

2003-2005 CRF02 G CRF06 A2 CRF01 A3 A DD’ B F1/F2 K L H C CRF13 CRF11 CPZ_GAB 94 100 68 90 80 75 74 82 99 98 92 89 86 79 1 65 88 84 85 59 38 40 95 0.02 CRF02 G CRF06 A3 DD’ B F1/F2 C A2 CRF01 A K L H CRF13 CRF11 J 2003-2005

Analyse phylogénétique 2007-2008 Recombinants Prédominance CRF02_AG n=25 (53%) Présence de nombreux variants : A3 (n=1), B (n=1), DD’ (n=2), C (n=6 soit 12,5%) CRF11 (n=2) Recombinants uniques CFR02/X (n=10 soit 21%), U/CRF37 (n=1) SOUS-TYPES N  % CRF02_AG 25  53 U/CRF02 4 8 CRF09/CRF02 3 6,3  CRF02/A3 1 2,1 CRF36/CRF02 2 4,2  U/CRF37  2,1 CRF11 4,2 TOTAL 38 80

2007-2008 Gène RT Gène Protéase J CPZ.GA.88.GAB1 76 69 79 97 60 47 92 96 100 80 94 91 71 95 77 84 78 66 7 1 83 98 0.02 CRF02_AG CRF36_cpx G CRF06_cpx CRF37_cpx A3 CRF01_AE A1 F D B K CRF09_cpx H J CRF11_cpx CRF13_cpx C 2007-2008 79 63 75 78 68 90 92 87 72 69 89 85 93 94 82 0.02 CRF02_AG CRF37_cpx F1 CRF36_cpx CR06_cpx CRF09_cpx CRF01_AE A3 K D B F2 C H CRF11_cpx J CPZ G A1 Gène RT Gène Protéase

Résistance aux ARV Mutations Classe ARV Nombre de souches ANRS v2006.7 2003-2005 Mutations Classe ARV Nombre de souches ANRS v2006.7 HIV db (v4.2.6) K283KN INNTI 1 (CRF02) -  DLV, NVP = I EFV Nombre de souches Mutations PROT ANRS (v2006.7) HIV db (4.2.6 Déc 2006) 1 K20I, I62V, G73S  SQV/RTV = I S 2 L10V, I15V, K20I/R

Résistance aux ARV 2007-2008 Mutations de Résistance Gène RT Class ARV   N Algorithmes d’interprétation HIVDB ANRS REGA T215ST INTI 1 I (D4T, AZT) I (D4T, ZDV) S G190E INNTI R (EFV, NVP) I (DLV, ETR) R (DLV, EFV, NVP) K103EK I (DLV, NVP)

Discussion ARV réduit morbidité and mortalité des PvVIH mais développement de résistance  problème réel Fréquence de résistance aux Nucs : 3TC et/ou aux Non Nucs +++  Transmission de virus résistants Similarité résultats Mutations Majeures : Toni al 2007 (Abidjan Cote d’Ivoire) Derache et al 2007 (Bamako Mali) Ndembi et al 2007 (Yaoundé) Discordance entre algorithmes

Conclusion Circulation faible de virus résistants Augmentation de leur fréquence Discordances entre algorithmes pour les non B Nécessité de surveiller la circulation de virus résistants  Stratégies de 1ère ligne

Equipes participantes Sénégal Hôpital le Dantec Toure-Kane Coumba, Diop Ndiaye Halimatou,,,, Mboup Souleymane Hôpital Fann Ngom Gueye Ndeye,,,,,,,,, Sow Papa Salif Dieng Alé Baba, Diouf Assane ,,,,,,,,,Cilote Vanina France Laboratoire Retrovirus, UMR 145 Ayouba o Etard Jean François, Butel Christelle Peeters Martine ,,,,,,Delaporte Eric Groupe ANRS 12134 (Sénégal et France)