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Plateforme Biopuces de la Génopole Toulouse Midi-Pyrénées Structure de service et de développement INSA - 135, Avenue de Rangueil – 31077 Toulouse

http://biopuce.insa-toulouse.fr PLAN Site web: http://biopuce.insa -toulouse.fr Missions de la plateforme Les acteurs du service L’équipement disponible Bilan depuis 2000 Projet: démarche Procédure expérimentale Développements Nouvelles acquisitions Achats futurs Contact

Plateforme Biopuces Développement Service Créée 01/09/99, opérationnelle 2000 PLAN 2 missions Site web: http://biopuce.insa -toulouse.fr Missions de la plateforme Les acteurs du service L’équipement disponible Bilan depuis 2000 Projet: démarche Procédure expérimentale Développements Nouvelles acquisitions Achats futurs Contact Développement Service Puces à Protéines et à sucres Biomathématique Chimie de greffage Nanobiotechnologie Expertises et conseils Production Analyses En procédure de démarche qualité Iso9001vs2000 (pour accreditation Juillet 2008)

Les acteurs du service PLAN Pr. Jean Marie François, Directeur Site web: http://biopuce.insa -toulouse.fr Missions de la plateforme Les acteurs du service L’équipement disponible Bilan depuis 2000 Projet: démarche Procédure expérimentale Développements Nouvelles acquisitions Achats futurs Contact Véronique le Berre, CR1-CNRS: responsable technique Lidwine Trouilh, IE, CDI-SAIC, service Biopuces Dr. Serguei Sokol, IR-INRA; Biostat/Biomath Delphine Labourdette, I.E.; CDI-SAIC; oligos design,Adm System, Analyse d’images Céline Declercq, IE, CDI SAIC Webmaster, communication, suivi Qualité-traçabilité.

Equipements disponibles PLAN supports Site web: http://biopuce.insa -toulouse.fr Missions de la plateforme Les acteurs du service L’équipement disponible Bilan depuis 2000 Projet: démarche Procédure expérimentale Développements Nouvelles acquisitions Achats futurs Contact Quantifier les acides nucléiques Fluoroskan - Agilent 2100 Bioanalyzer pour le Control/Qualité RNA - Nanodrop pour le contrôle des marquages des cDNA ou cRNA spotters: ChipWriter Pro/Biorad Qarray mini / Genetix Hybridization: Discovery/Ventana, agilent, cassettes Telechem Scanners :Axon GenePix 4000A et 4000B, Innocan 700, Phosphoimager Commercial Software : XDotsReader Cose, GenePix Pro Axon, Mapix, ImageMasterArray Amersham Bioinformatic software : Bioplot in house, Bioclust in house, GeneSpring, SiliconGenetics

Bilan - depuis 2000 PLAN Site web: http://biopuce.insa -toulouse.fr Missions de la plateforme Les acteurs du service L’équipement disponible Bilan depuis 2000 Projet: démarche Procédure expérimentale Développements Nouvelles acquisitions Achats futurs Contact

Projets: démarche et suivi des expériences PLAN Fiche Recueil Besoin Client Demande du client Site web: http://biopuce.insa -toulouse.fr Missions de la plateforme Les acteurs du service L’équipement disponible Bilan depuis 2000 Projet: démarche Procédure expérimentale Développements Nouvelles acquisitions Achats futurs Contact Expertise – Plan expérimental et cahier des charges Devis Fiche Projet Réponse du client Fiche ‘Projet’ signée avec Laboratoire Public et privé Contrat laboratoire Privé (Juriste Saic) Processus Réalisation selon le cahier des charges Facturation Rapport (données d’expression brutes)

Procédure expérimentale et contrôle qualité Spotting Dépôt avec le spotteur Q-array mini/Genetix ou microarrays prêtes pour l’utilisation . Fournis par le client Contrôle ARN Bioanalyzer/Agilent (microfluidic Lab-on-a-Chip technologie) 28S/18S ratio >1.7 Marquage Les ARN sont reverse transcrits avec le kit pronto/promega direct labelling kit et marqués en cy3 et cy5 ou autre technique appropriée au type de lame. Vérification de l’incorporation des dye avec le Nanodrop Etapes réalisées par la plateforme Hybridation machine automatique Discovery/Ventana ou four agilent ou encore hybridation manuelle en chambre corning Scan Scan: Scanner Gene Pix 4000A or 4000B – Innoscan 700. Génèrent des fichiers .tif Image analysis Gene Pix Pro 6.01 - Mapix - Feature extraction Analyse statistique: logiciel Bioplot – Bioclust ou autre Biologistes InterprétationsBiologiques

Genopole Toulouse Midi-pyrénées Plateforme Biopuces Genopole Toulouse Midi-pyrénées du Génome à la Fonction Laboratoire de Chimie de Coordination (LCC-CNRS) Development de la chimie de surface Support au choix Dendrislide Développement bioinformatique Bioplot, Bioclust, Base de données Développement d'un robot spotteur Développement Biosenseurs (LAAS-CNRS) Laboratoire d'Analyses et d'Architecture des Sytèmes (LAAS-CNRS)

Nouvelles acquisitions Agilent Chambre d’hybridation PLAN four Site web: http://biopuce.insa -toulouse.fr Missions de la plateforme Les acteurs du service L’équipement disponible Bilan depuis 2000 Projet: démarche Procédure expérimentale Développements Nouvelles acquisitions Achats futurs Contact Feature extraction Lame Agilent Gaskets slide (joints) Innoscan 700 3m Innoscan 900 1m

Expression Variability Acquisitions Futures Affymetrix PLAN DNA RNA Site web: http://biopuce.insa -toulouse.fr Missions de la plateforme Les acteurs du service L’équipement disponible Bilan depuis 2000 Projet: démarche Procédure expérimentale Développements Nouvelles acquisitions Achats futurs Contact 1.28cm Expression Variability 1.28cm Sequence Variability Combimatrix: Puces dédiées Synthétiseur Jusqu’à 50 mers (idéal 35 mers) Chambre d’hybridation Formats disponibles: 4x2K (4 arrays, 2240 probes/arrays) 12K 1 array, 12000 probes 90K 1 array, 90000 probes Lecteur Détection électrochimique

celine.declercq@ insa-toulouse.fr Contact PLAN Site web: http://biopuce.insa -toulouse.fr Missions de la plateforme Les acteurs du service L’équipement disponible Bilan depuis 2000 Projet: démarche Procédure expérimentale Développements Nouvelles acquisitions Achats futurs Contact Infos sur le site: http://biopuce.insa-toulouse.fr Contact: Celine Declercq: celine.declercq@ insa-toulouse.fr tel 05 61 55 96 87