La recherche d’amorces pour la PCR Christian.Fondrat@univ-paris5.fr
Des programmes d’aide
Principe
Épingle à cheveux (hairpin) Définir le nombre maximum d'appariements consécutifs toléré dans l'épingle. les oligos susceptibles de former une épingle à cheveux dont le nombre de bases consécutives appariées est supérieur à la valeur choisie seront éliminés
Recherche d’hairpin Si la valeur maximale est fixée à 3, l'oligo n°2 sera rejeté (1,3,4,5 retenus). Si elle est fixée à 2, les oligos n°2 et n°3 seront rejetés (1,4,5 retenus). Si elle est fixée à 1, les oligos n°2, 3 et 4 seront rejetés ( l,5 retenus).
Premiers résultats
Appariement entre 2 oligos Définir le nombre maximal autorisé de bases appariées consécutives dans le dimère susceptible de se former entre deux oligos. Tous les couples dont le dimère à un nombre de bases appariées supérieur à une valeur choisie sont rejetés.
Appariement entre 2 oligos Si la valeur choisie est de 4, le couple n°3 sera éliminé (1,2,4,5 retenus). Si la valeur choisie est de 3, le couple n°3 sera éliminé (1,2,4,5 retenus). Si la valeur choisie est de 2, les couples n°3, 4, 5 seront éliminés (1,2 sont retenus).
Que faire si j’ai trop d’oligos ? diminuer la marge de recherche des oligos b) diminuer l'intervalle de recherche du pourcentage G+C de quelques unités c) augmenter la taille des oligos de une à deux bases d) diminuer de une unité la valeur des appariements consécutifs autorises dans l'épingle à cheveux
Que faire si je n’ai pas d’oligos a) augmenter la marge de recherche des oligos. b) augmenter l'intervalle de recherche du % G+C autorisé (une à deux unités peuvent être suffisantes) c) diminuer la taille des oligos de une à deux bases d) augmenter de une unité la valeur des appariements consécutifs autorisée dans l'épingle à cheveux.
programme : recherche 2 oligos
programme : recherche 1 oligo
Table d’orientation
Température Tmpcr = 81.5 + 16.6 * log[Na+] + 0.41(GC) La température de fusion du produit PCR (Tmpcr) est calculée suivant la relation suivante applicable à des molécules de plus 50 nucléotides [5] Tmpcr = 81.5 + 16.6 * log[Na+] + 0.41(GC) où [Na +] désigne la concentration en sels et GC le pourcentage G+C