La Cytogénétique de l’autre côté de la méditerranée ATC/ACLF LYON 2014 La Cytogénétique de l’autre côté de la méditerranée Expérience du Département de Génétique Médicale de l’INH (1992-2014) Présenté par : A. NATIQ

Fondé en 1932 DGM en 1991

Département de Génétique Médicale Institut National d’Hygiène Professeur Abdelaziz SEFIANI Responsable qualité Secrétariat Génétique Clinique Laboratoire Formation et Recherche Conseil génétique Dysmorphologie Oncogénétique Anténatale Postnatale Cytogénétique Moléculaire Caryotype constitutionnel Caryotype hématologique Cytogénétique Constitutionnelle Génétique Moléculaire Diagnostic moléculaire Epidémiologie moléculaire Projets de recherche Bases de données Enseignement Stages Coopérations

Techniques de cytogénétique maitrisées Caryotype standard et en haute résolution Techniques de marquage : Bandes C, NORS… RHG GTG

Bilan cytogénétique constitutionnelle 8234 caryotypes réalisés

Bilan : 1992-2010

27%

Bilan 2010-2014 2662 caryotypes réalisés > 30%

Indications de caryotypes bien posés Augmentation du taux de détection des aberrations chromosomiques de 31% VS 27% Indications de caryotypes bien posés Mise en place de la FISH

HISTOIRE DE LA FISH AU DGM (1) Technique à la provençale 1ère FISH réalisée au DGM en 2002 Appareil à PCR = Hybrite Tampon de dénaturation et hybridation maison Photomicroscope , film couleur Ektachrome 400 ASA Recherche de la del 22q11???

HISTOIRE DE LA FISH AU DGM (2) 2007 : acquisition d’un Cytovision avec un module FISH d’acquisition et d’analyse d’image 2010 : technique de routine

Bilan 2010-2014 194 FISH réalisées

La pêche est bonne !!!

Pour quelles indications? A- FISH en Diagnostic Constitutionnel Post-natal Pour quelles indications? Rechercher un syndrome microdélétionnel connu après orientation clinique Caractériser une anomalie chromosomique dépistée sur le caryotype: définir le nombre de chromosomes impliqués dans un réarrangement préciser l’origine d’un marqueur chromosomique surnuméraire Rechercher une mosaïque syndrome de Turner Trisomie 21

Syndromes MICRODELETIONELS williams beuren Syndrome (del 7q11.23) 26 Diagnostic positif / 28 suspicions (90%) 46,XY.ish del(7)(q11.23q11.23)(ELN-)

Syndromes MICRODELETIONELS Syndrome del 22q11.2 7 cas diagnostiqués /25 suspicions 46,XY.del(22)(q11.2q11.2)(TUPLE1-)

Microdeletion Syndromes Prader Willi Syndrome ( Paternal del 15q11-q13) 4 cas diagnostiqués / 10 suspicions 46,XX.ish del(15)(q11.2q11.2)(SNRPN-)

46,XX.ish del(15)(q11.2q11.2)(UBE3A-) Syndromes MICRODELETIONELS Angelman syndrome (Maternal del15q11-q13) 1 cas diagnostiqué / 5 suspicions Microdeletion = 70% 46,XX.ish del(15)(q11.2q11.2)(UBE3A-)

Depuis janvier 2014 mise en place de la Methyl PCR pour le diagnostic du syndrome de PW et AS.

Syndromes MICRODELETIONELS Miller Dieker Syndrome (17p13.3) 46,XY.ish del 17p13.3 17p13.3 17qter

Identification de l’origine d’un marqueur surnuméraire SMC (1) CEP (D15Z1) D15S10/PML 47,XY,+mar.ish idic(15)(D15Z1 ++, D15S10 ++, PML-) de novo

Identification de l’origine d’un marqueur surnuméraire SMC (2) Crises tonico-cloniques, Déficience intellectuelle Retard de langage, Ataxie, rires immotivés. 47,XX,+mar Syndrome d’Angelman par UPD + SMC 15

Identification de l’origine d’un marqueur surnumeraire SMC (3) Identification d’un SMC der 22 (trisomie partielle du chromosome 22 ) Tuple 1 22q13 Locus BCR 47,XY,+mar.ish der (22) (TUPLE 1+, BCR-)

Syndrome de l’Homme 46,XX SRY+ CEP X SRY 46,XX,Xp22.3(SRY+)

Caractérisation d’une translocation équilibrée t(5;8)pat Translocation t(5;8) équilibrée & réciproque WCP 5 Sonde périmée en 2002 Que dit l’accréditation ??

Caractérisation par FISH d’une délétion terminale 10q chez une patiente avec retard de développement Age : 3 ans retard psychomoteur Dysmorphie faciale: hypertélorisme, épicanthus, strabisme convergent gauche, philtrum long .

46,XX,del(10)(q25q26)?

Tel 10q Tel 10p 46,XX,del10q26.ish(10qterx1)

Pour quelles indications? Recherche de la trisomie 21 sur amniocytes B- FISH en diagnostic prénatal Pour quelles indications? Recherche de la trisomie 21 sur amniocytes Age maternel Signes d’appel échographiques, biochimiques ou génétiques cohorte de 34 femmes enceintes

Résultats rapides: en 24 heures. amniocytes avec deux spots rouges du chromosome 21 Rassurer 29 couples Résultats rapides: en 24 heures.

Détecter 4 cas de trisomie 21 Cas N° 1: Cas N° 27: Age: 42 ans Age: 34 Clarté nucale: 5,5 mm Clarté nucale: non faite Risque estimé par triple test: 1/10 Risque estimé par triple test: 1/200 Cas N° 13: cas N° 31: Age: 38 ans Age: 41 Mère d’enfant trisomique 21 Clarté nucale: 7,2 mm t(14;21)mat ( risque de 1/5) amniocytes avec trois spots rouges spécifiques du chromosome 21

Pour quelles indications ? C- CYTOGENETIQUE HEMATO-ONCOLOGIQUE Recherche du gène de fusion bcr/abl: Index mitotique: très faible Qualité des métaphases: médiocre suivi de la Maladie Résiduelle (bcr/abl): évaluation du traitement Recherche de chimérisme dans les allogreffes Pour quelles indications ?

Bilan en Oncohématologie 34 FISH réalisées 24 FISH pour contrôle : évaluation du traitement 9 FISH pour Diagnostic: recherche de gène de fusion bcr/abl 1 FISH pour recherche de chimérisme (allogreffe) nuc ish(BCRx2)(ABLx2)[100] nuc ish(BCRx2)(ABLx2)(ABL1conBCRx1)[100] nuc ish(BCRx3)(ABLx3)(ABL1conBCRx2)[100]

Recherche de chimérisme - Allogreffe de la moelle osseuse - Sonde CEPX/CEPY 1% de noyaux XY 99% de noyaux XX nuc ish(DXZ1,DYZ3)[2]//(DXZ1X2)[198]

Reste t-il encore des cellules à hybrider?? Cellule buccale Noyau interphasique chromosomes Amniocyte D16 spermatozoides Blastes blastocystes blastomères

Non disponibilité d’une banque de sondes Limites

Thomas LIEHR Ph.D

Précision de l’origine d’un marqueur chromosomique Identification d’un marqueur chromosomique der 22 WCP 21 LSI 21 46,XX,22ph++mat

Chromosome analysis on blood cell suspension (slides) sent in April 2012. Indication : Further clarification of a karyotype 46,XX,der(22) Molecular-cytogenetic report: 46,XX,22ph++ mat

Précision de l’origine d’un marqueur chromosomique Fille de 10 ans, retard mental modéré, retard de langage , pas de dysmorphie faciale. caryotype: 47,XX,+mar[12]/46,XX[10]

WAGR SYNDROME ????

Délétion interstitielle 20p Age : 6ans Non consanguin Souffrance néonatale Retard des acquisitions psychomotrices Fente palatine Légère dysmorphie faciale 46,XY,del(20)(p12p12) Délétion 20(p11p12) ??

Fruits de collaboration

22 ans de liens très forts avec l’ATC ! 1992-2014

MERCI