Génomes microbiens entièrement séquencés
1995: Haemophilus influenzae, 1.8 Mb, protéines (TIGR) 1995: Mycoplasma genitalium, 0.6 Mb, 470 protéines (TIGR) 1996: Methanococcus jannaschii, 1.7 Mb, protéines (TIGR) 1997: Escherichia coli, 4.6 Mb, protéines (Blattner) 1997: Bacillus subtilis, 4.2 Mb, protéines, Consortium Europe-Japon: Danchin (I. Pasteur) + 20 labo Octobre 2001: 50 bactéries + 11 archebactéries > 100 projets Prévision: un génome par semaine Génomes microbiens (procaryotes)
gib.genes.nig.ac.jp
Wit.integratedgenomics.com/GOLD
genolist.pasteur.fr
Taille : 0.58 Mb (Mycoplasma genitalium) 6.7 Mb (Rhizobium meliloti) bientôt 8 Mb (chromosome linéaire de Streptomyces coelicolor) Le chromosome des bactéries est généralement formé d’un double brin d’ADN circulaire superenroulé. Cependant… chromosome linéaire (Borrelia burgdorferi,...) chromosomes mutiples (Vibrio cholerae, Deinococcus radiodurans,…) Souvent, éléments extra-chromosomiques (plasmides) En moyenne, la taille d’un gène codant pour une protéine est de 1 Kb (protéine ~300 aa) Génomes microbiens - quelques faits
Génomes microbiens entièrement séquencés Avec la séquence...
[G] : Genbank format
[F] : FASTA format
[T] : TaxTable
[P] : Prot Table
[C] : COG Table
[D] : 3D neighbours
[L] : BLAST
[S] : CDD search