Outils de visualisation 3D de molécules. Utilisation pédagogique en L1. Olivier ROY.

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Documents sur ClaroTICE - Solides cristallinsSolides cristallins - OrbitalesOrbitales

ou Jmol Jmol est un outil de visualisation 3D de molécules (molécules organiques, cristaux, biomolécules) gratuit, open source. JmolApplet est une applet pour navigateur web qui peut être intégrée dans des pages web. L'application Jmol est une application Java indépendante qui fonctionne sur le bureau. JmolViewer est un kit de développement qui peut être intégré dans d'autres applications Java.

Animation du cyclohexane: Exemple d’utilisation: Biomolécules:

- Pages HTML comportant des commandes javascript jmol.js: Fichier de données des molécules: CIF/mmCIF - standard de l'Union Internationale de Cristallographie CML - Chemical Markup Language GAMESS - Gordon Research Group, Iowa State University Gaussian 94/98/03 - Gaussian, Inc. Ghemical HIN - HyperChem from Hypercube, Inc. Jaguar - Schrodinger, LLC MOL/SDF - MDL Information Systems, Inc. MOPAC 93/97/ Schrodinger, LLC PDB - Protein Data Bank Q-Chem - Q-Chem, Inc. SHELX Spartan - Wavefunction, Inc. NWChem XYZ

Fichier.pdb REMARK 4 hali COMPLIES WITH FORMAT V. 2.0 CRYST P 1 SCALE SCALE SCALE HETATM 1 CL1 UNK CL1- HETATM 15 NA1 UNK NA1+ HETATM 2 CL1 UNK CL1- HETATM 16 NA1 UNK NA1+ HETATM 3 CL1 UNK CL1- HETATM 17 NA1 UNK NA1+ HETATM 4 CL1 UNK CL1- HETATM 18 NA1 UNK NA1+ HETATM 5 CL1 UNK CL1- HETATM 19 NA1 UNK NA1+ HETATM 20 NA1 UNK NA1+ HETATM 6 CL1 UNK CL1- HETATM 7 CL1 UNK CL1- HETATM 21 NA1 UNK NA1+ HETATM 8 CL1 UNK CL1- HETATM 22 NA1 UNK NA1+ HETATM 9 CL1 UNK CL1- HETATM 23 NA1 UNK NA1+ HETATM 10 CL1 UNK CL1- HETATM 11 CL1 UNK CL1- HETATM 24 NA1 UNK NA1+ HETATM 25 NA1 UNK NA1+ HETATM 12 CL1 UNK CL1- HETATM 25 NA1 UNK NA1+ HETATM 13 CL1 UNK CL1- HETATM 27 NA1 UNK NA1+ HETATM 14 CL1 UNK CL1- HETATM 28 NA1 UNK NA1+ TER 29 UNK 0 END

Apport pédagogique: - Meilleure visualisation des molécules: - couleur - rotation - taille modèle-réelle - Utilisateur guidé - Libre manipulation, interactivité - Ludique  Meilleure compréhension de la théorie

Points négatifs - 3 enseignants sur 8 utilisent les documents directement en cours. - Sur 16 enseignants participants de l’équipe pédagogique 1 sur 2 n’a pas consulté ClaroTICE - Les groupes d’étudiants des enseignants non utilisateurs sont moins sensibilisés. - Peu de questions sur le Forum. Points positifs - Bon retour vis-à-vis des étudiants. - Plusieurs visites. - Demandes de mise à disposition d’autres documents.