Centre hospitalier du Pays d ’Aix DIAGNOSTIC DES INFECTIONS UROGENITALES le point de vue du bactériologiste La maîtrise de la résistance bactérienne aux antibiotiques est une priorité de santé publique qui nécessite des actions concertées, tant en médecine de ville que dans les établissements de santé. Tout établissement de santé doit mettre en œuvre une politique active de lutte contre les bactéries multirésistantes aux antibiotiques (BMR). Application et le strict respect, pour tout patient, des précautions d'hygiène "standard" lors de soins potentiellement contaminants. Mesures d'isolement complémentaires, adaptées aux modes de transmission du germe en cause, lorsqu'une BMR est suspectée ou identifiée chez un patient. Importance de la signalisation des patients porteurs de BMR et de la transmission de l'information aux services ou établissements qui reçoivent ces patients lors d'un transfert et d'une réhospitalisation. Sensibilisation de l'ensemble des professionnels, des patients et de leur famille et coordination des acteurs de soins pour une meilleure prise en charge des patients porteurs. Evaluation de l'efficacité des stratégies adoptées indispensable. Il appartient CLIN d'adapter la stratégie de maîtrise aux spécificités de leur établissement : type d'activités, situation épidémiologique, ressources disponibles. (aide auprès des C-CLIN qui animent des réseaux de surveillance et élaborent des recommandations pratiques). 2005 Dr O. BELLON Centre hospitalier du Pays d ’Aix

Stratégie Quand prélever ? comment prélever ? comment analyser ? que faire du résultat ?

prélèvements de sécrétions et exsudats génitaux ou anogénitaux Contexte pour la détection de certains microorganismes responsables d’infections diverses. Les infections virales, en particulier herpétiques, et à papillomavirus présentent une grande importance

Chez la femme Ces microorganismes sont responsables de cervicite, de vulvovaginite, d’uréthrite, d’anite, d’ulcères anogénitaux, d’infections des glandes de Bartholin ou, en fin de grossesse, du portage d’une bactérie potentiellement pathogène pour la mère et/ou l’enfantavant ou au moment de l’accouchement, en particulier le streptocoque du groupe B entre la 34e et la 38esemaine d’aménorrhée.

Chez l’homme Ces microorganismes sont responsables d’uréthrite, d’épididymite, de prostatite, d’anite, ou d’ulcères anogénitaux.

Dans les deux sexes exploration Certaines de ces infections d’une hypofertilité ou d’une arthrite. Certaines de ces infections sont sexuellement transmissibles nécessitent l’examen du ou des partenaires sexuels.  

  objectifs Identifier les germes pathogènes parmi les commensaux de la flore génitale normale Prévenir, chez la femme enceinte, les infections maternofoetales Diagnostiquer les infections du tractus génital et les vaginoses développées à partir de la flore commensale ; Diagnostiquer les infections sexuellement transmises (IST) Participer à la prévention des IST avec l’examen du ou des partenaires et la déclaration de ces maladies ; Apporter une aide au traitement antibiotique ; Assurer le suivi du traitement et le contrôle de la guérison.

conditionnent la pertinence des résultats bactériologiques.   Prélèvements conditionnent la pertinence des résultats bactériologiques. qualité des prélèvements, effectués autant que possible au laboratoire, renseignements cliniques Par exemple, l’aspect et l’odeur de la leucorrhée sont évocateurs d’une vaginose ou d’une candidose. recueillir un maximum de sérosité et de cellules. Chez la femme, éviter les contaminations de l’échantillon par les germes du bas appareil. Les sites anatomiques susceptibles de contenir des bactéries plus fragiles (gonocoques, Chlamydia) doivent être prélevés, à l’aide d’écouvillons à extrémité en dacron ou en alginate placés dans un milieu de transport.

Prélèvements dans les deux sexes En présence d’une uréthrite Pour la recherche de gonocoque, prélever le pus uréthral à l’écouvillon en dacron ou en alginate et le placer dans un milieu de transport de type Stuart. Pour la recherche de C. trachomatis, utiliser un écouvillon ayant une extrémité plastique sous forme d’ogive rainurée ou une brosse stérile (chez la femme) ou un écouvillon en dacron ou en alginate monté sur tige plastique (chez l’homme et la femme). Si le laboratoire utilise des techniques d’amplification génique in vitro pour la détection de C. trachomatis, la recherche de ces bactéries peut aussi s’effectuer sur le premier jet d’urines (10 premiers ml) obtenues sans toilette de désinfection préalable.

ulcération anogénitale Pour la recherche de syphilis chancre induré, indolore avec adénopathie satellite, les sérosités du fond de l’ulcère seront éliminées avec un tampon imbibé d’eau physiologique stérile. De la sérosité sera recueillie par grattage léger au niveau de la base ou des bords de l’ulcère avec un vaccinostyle, une anse, une curette ou un écouvillon en prenant soin de ne pas faire saigner. Cette sérosité sera immédiatement déchargée dans une petite goutte d’eau physiologique placée sur une lame de verre et recouverte d’une lamelle pour examen microscopique extemporané. Sérologie +++++ Pour la recherche d’une maladie de Ducrey ulcération purulente, à bords décollés, douloureuse avec une adénopathie inguinale douloureuse, isolée dans la moitié des cas écouvillonnage base ou les bords de la lésion. La lésion aura été préparée comme pour la recherche d’une syphilis. Pour ces deux types d’infections, des biopsies ou des ponctions du bubon satellite pourront être réalisées

 divers En présence de pustules La meilleure technique de prélèvement est le recueil du contenu à la seringue ou à l’écouvillon. En présence d’un granulome inguinal Pour la recherche d’une donovanose, un grattage des tissus situés sous la couche épithéliale sera réalisé et placé sur une lame de verre pour coloration.

Prélèvements du tractus génital chez la femme (enceinte ou non) Chez la femme, les prélèvements génitaux se font sous spéculum avec un éclairage adapté. Recherche de cervicite due à une IST recherche de gonocoque, recherche de C. trachomatis, La recherche de gonocoque et de C. trachomatis doit être systématique en cas de cervicite en raison du portage asymptomatique de cette bactérie chez la femme jeune. La présence de ces bactéries peut même n’occasionner aucune cervicite.

Prélèvements du tractus génital chez la femme (enceinte ou non) Chez la femme, les prélèvements génitaux se font sous spéculum avec un éclairage adapté. En présence d’une leucorrhée ou d’une vulvovaginite On procède à un écouvillonnage (extrémité en coton ou en dacron) des sécrétions des parois de la moitié inférieure du vagin jusqu’au vestibule et la vulve. En présence d’une bartholinite L’aspiration à la seringue du canal ou le prélèvement à l’écouvillon sont recommandés. En présence d’une endométrite Réaliser un prélèvement d’endocol (domaine du spécialiste) Éventuellement réaliser une aspiration transcervicale par cathéter (domaine du spécialiste). En cas de port d’un stérilet éaliser l’examen bactériologique sur ce matériel (retiré sans toucher les parois du vagin) ou sur l’éventuel pus.

Prélèvements particuliers chez la femme enceinte Streptococcus agalactiae est recherché au niveau du tiers vaginal inférieur lors de la dernière consultation avant la date prévue pour l'accouchement (34-35e semaine). Sa présence permet de mettre en place une antibiothérapie préventive au moment de l’accouchement. En cas d’antécédents d’accouchement prématuré Effectuer un frottis vaginal à l’écouvillon de coton en début de grossesse pour la recherche systématique d’une vaginose. Suspicion d’infection chorioamniotique ascendante L'infection chorioamniotique ascendante commence par une colonisation de l'endocol.

Prélèvements génitaux masculins En cas d’épididymite Procéder à un écouvillonnage uréthral, à un prélèvement de sperme, ou au recueil du premier jet urinaire. En cas de prostatite Comme pour une suspicion d’épididymite, procéder à un écouvillonnage uréthral, à un prélèvement de sperme, ou au recueil du premier jet urinaire. En outre, recueillir les sécrétions prostatiques après un éventuel massage prostatique et/ou le premier jet urinaire. En cas d’orchite Le meilleur matériel est le prélèvement d’abcès à la seringue (par le chirurgien). On peut également mettre en évidence l’agent responsable dans le sperme. Dans tous les cas, les prélèvements doivent permettre l’examen direct et l’ensemencement.

 La coelioscopie technique chirurgicale à visée diagnostique qui permet une exploration détaillée des organes du pelvis péritoine, cul-de-sac de Douglas, côlon, appendice, cæcum, vessie et des organes de la partie haute de l’appareil génital féminin : utérus, trompes, ovaires. Lors de cet examen visuel, des prélèvements biopsiques, des brossages ou des aspirations par ponction sont réalisés à des fins cytopathologiques et microbiologiques. prélèvements péritonéaux seront associés systématiquement à des prélèvements effectués soigneusement au niveau de l’endocol, de l’urèthre, de l’endomètre (biopsie, dispositif intra-utérin) et de l’anus ainsi qu’à une sérologie de Chlamydia trachomatis.    

Le sperme sécrétion stérile à l’état normal. La recherche d’une bactérie, d’un champignon ou d’un virus permet le diagnostic étiologique d’une infection haute de la sphère génitale masculine. Le sperme peut être contaminé par les germes pathogènes ou commensaux de l’urèthre distal. Les infections génitales hautes se développent à partir d’une infection génitale basse (uréthrite, sonde à demeure). Elles sont exceptionnellement d’origine hématogène ou lymphatique. L’étude du sperme est indiquée dans toutes les infections génitales hautes. Elle complète les examens cytobactériologiques des urines, des sécrétions prostatiques des prélèvements uréthraux (en particulier dans les uréthrites chroniques).

Transport des prélèvements ils doivent être transportés Rapidement dans des milieux de transport appropriés indispensable pour la recherche de gonocoque, de Chlamydia trachomatis, de mycoplasmes.

Examen bactériologique renseignements cliniques et épidémiologiques, description de la localisation des lésions et de leur aspect Cette orientation se traduit par le choix des techniques diagnostiques mises en oeuvre: examen cytobactériologique, culture en conditions particulières, techniques de biologie moléculaire examen sérologique. Les recherches de Chlamydia et de Mycoplasma peuvent s’effectuer sur les urines du 1er jet, sur le sperme et sur tous les échantillons obtenus par écouvillonnage des muqueuses.

Vaginites, uréthrites et cervicites L’examen microscopique à l’état frais, permet d’observer la présencede Trichomonas vaginalis ou de Candida albicans , « clue-cells) est spécifique des vaginoses. La coloration de Gram permet le diagnostic de candidose à C. albicans et surtout d’étudier la flore bactérienne vaginale et son équilibre.   •  Vaginites C. albicans,T. vaginalis. Il est important de savoir que C. albicans peut exister chez des femmes totalement asymptomatiques. Vaginoses présence de sécrétions homogènes dites « grisâtres », odeur d’amines de poisson renforcée par la potasse (test à la potasse), pH > 4,5, présence de « clue-cells »

Culture Culture dépendante de la qualité du prélèvement La culture est impossible pour T. pallidum, très difficile pour H. ducreyi (milieux riches sélectifs) et C. granulomatis.   Sur prescription explicite, d’autres cultures sont mises en oeuvre : Milieux pour mycobactéries pour la recherche de tuberculose de l’endomètre ou de l’épididyme. antibiogramme

Interprétation des résultats des cultures L’interprétation dépend de la nature des bactéries isolées et du contexte clinique. En particulier, dans les uréthrites, cervicites et vaginites, les espèces bactériennes saprophytes ne seront considérées comme potentiellement pathogènes que si elles sont présentes en quantité importante et en flore unique, notamment en l’absence de lactobacilles dans le cas des vaginites. D’autres bacilles à Gram négatif (Pseudomonas spp.) peuvent exceptionnellement être isolés chez des patientes colonisées notamment à partir de produits de toilette contaminés.

    Conclusion En dehors des cas où la bactériologie met en évidence un agent pathogène spécifique en culture pure, l’interprétation des examens des prélèvements génitaux est toujours difficile, en particulier chez la femme, du fait de l’abondance et de la variété de la flore bactérienne du bas appareil génital.

L’infection du tractus urinaire (ITU) est une des infections les plus fréquentes Cela explique que l’examen cytobactériologique des urines (ECBU) soit une des analyses microbiologiques les plus demandées. Son apparente simplicité d’exécution ne doit pas faire oublier qu’il convient de respecter en toute circonstance une méthodologie rigoureuse.

l’ECBU Savoir réaliser l'ECBU dans ses différentes étapes ; Etre capable d'interpréter les résultats de l'ECBU en toute circonstance. Connaître les différentes circonstances anatomocliniques influant sur la conduite méthodologique. Certaines circonstances influent sur le recueil et/ou les instructions techniques et/ou l'interprétation des résultats microbiologiques. Patient sondé à demeure ; • Nourrisson ; Urétérostomie ; Immunodéprimé ; Recherche de mycobactéries ; .    

Nourrisson Chez le petit enfant, on doit utiliser un collecteur stérile spécifique. Ce dispositif à usage unique adapté à l'anatomie se pose après désinfection soigneuse du périnée et ne peut être laissé en place plus de 20 à30 minutes. Passé ce délai, si l'enfant n'a pas uriné, le dispositif est éliminé et remplacé par un collecteurneuf. Dès la miction terminée, le collecteur est ôté et les urines sont transvasées soigneusement dans un flacon stérile puis acheminées rapidement vers le laboratoire.

Urétérostomie (sans sonde) Après nettoyage soigneux de la stomie, on met en place un collecteur stérile et l'on procède comme pour le nourrisson.

Recherche de mycobactéries Cet examen de seconde intention exécuté sur prescription spécifique ultérieure au vu des premiers résultats de la recherche de bactéries banales, doit être effectuée sur la totalité de la première miction du matin, trois jours de suite Après restriction hydrique.

Recueil des urines chez le patient incontinent Le recueil d’urines par sondage urinaire à l’aide d’une sonde de petit calibre n’est acceptable que chez la femme si le recueil des urines lors de la miction st impossible. Même chez la femme incontinente, e cathétérisme n’est pas indispensable et un prélèvement après toilette génitale soigneuse peut etre considéré comme acceptable. Chez l’homme, afin d’éviter les prostatites, on préférera e recueil par collecteur pénien propre, voire par cathétérisme sus-pubien en cas de rétention d’urine.

Circonstances particulière Urines du premier jet (après éventuel massage prostatique) Ce mode de prélèvement est intéressant en cas de uspicion d'infection uréthrale ou prostatique. Il eut être aussi utilisé pour la recherche de mycoplasmes u de Chlamydia trachomatis par diagnostic énotypique.   .

Examen cytobactériologique Examen cytologique Aspect quantitatif on dénombre les différents éléments figurés contenus dans un volume donné de l'urine à étudier. Leur nombre est rapporté au millilitre. Aspect qualitatif En cas d'infection urinaire, le processus inflammatoire e traduit par la présence de : ≥ 104 leucocytes / ml, parfois en amas ; ≥ 104 hématies / ml, témoins de microhémorragies; cellules du revêtement urothélial.

criblage rapide par bandelettes "au lit du malade ». une valeur prédictive négative de 95% chez le patient non sondé. Cette méthode de dépistage n’est pas utilisable chez es patients sondés du fait de la présence habituelle utilisable chez les patients avec une vessie neurologique ui présentent une leucocyturie chronique.

Mise en culture Dénombrement des microorganismes L'évaluation quantitative de la bactériurie peut s'opérer par dilution des urines ou par technique de l'anse calibrée ou par méthode de la lame immergée. Après 24 h d’incubation, voire 48 h si nécessaire,  Identification et antibiogramme

Interprétation renseignements concernant la clinique, prélèvement et le transport Bactériurie - < 103 CFU / ml : absence d'infection ; - > 105 CFU / ml : infection probable ; - Entre 103 et 105 CFU/ml : zone d'incertitude En théorie, l’interprétation s’effectue en prenant en compte la combinaison des quatre paramètres : Bactériurie quantitative, leucocyturie quantitative, Symptômes urinaires et pathogénicité reconnue de la souche isolée.

Quand prélever Sonde urinaire ne pas prélever la sonde prélever les urines CORRECTEMENT prélèvement le plus fréquent banalisé souvent mal fait

Quand prélever Sonde urinaire colonisation rapide variable avec la matériau latex silicone contamination rétrograde pose après la pose système non clos, sans valve anti-retour

Bonnes pratiques de prélèvement Urine jamais dans le sac collecteur ne pas rompre le système clos ponction au niveau de la sonde site de prélèvement ponction de la sonde désinfection du point de prélèvement +++ recueillir l ’urine au changement de sonde +++ ponction sus-pubienne problème des sondes d ’urétérostomies

Bonnes pratiques de prélèvement Urine apport rapide dans le laboratoire multiplication +++ à température ambiante X 10 en 1H X 100 en 2H ……….. À 37°C conserver à 4°C mais problème du pyocyanique noter tous les éléments nécessaires au biologiste +++++ CBU sur sonde : cotation différente

Analyses au laboratoire Urines : numération des cellules leucocytes hématies cristaux cylindres culture avec numération (compte de KASS lame immergée 10 microlitres ou 1 microlitre germes banaux

Interprétations :urines Classiquement en fonction : nombre de leucocytes numération des germes < 1000/ mL > 100 000/ mL nombre d ’espèces isolées mono, bi, tri ou plus clinique

Interprétations :urines Nombre de leucocytes non utilisable en cas de sonde : leucocyturie réactionnelle Nombre de bactéries et d ’espèces <10 000 : pas d ’infection >100 000 et un seul type : INFECTION avec ou sans signes cliniques >100 000 et plus d ’un type : INFECTION avec signes cliniques pas d ’infection sans signes cliniques

Interprétations :urines Signes cliniques symptomatologie urinaire patente dysurie pollakiurie pesanteur vésicale hématurie macroscopique évocatrice incontinence douleur lombaire hyperthermie

Interprétations :urines Signes cliniques symptomatologie trompeuse protéinurie personne âgée nourrisson diabétique cas des CBU systématiques femme enceinte bilan pré-opératoire contrôle post-thérapeutique

Interprétations :urines Cas particuliers pyélostomies, urétérostomies <100 UFC/mL : pas d ’infection >100 UFC/mL plus de deux types de germes : pas d ’infection >100 UFC/mL un ou deux types : INFECTION ponction sus-pubienne >10 UFC/mL une ou deux espèces : INFECTION plus de deux germes : pas d ’infection

Interprétations :urines ATTENTION +++++ numérations valables uniquement si : conditions de prélèvement aseptiques ++++ transport rapide au laboratoire ensemencement rapide au niveau du laboratoire notion de sondage explicitement donnée au laboratoire

Conclusions Ne prélever que si c ’ est nécessaire respecter les conditions de prélèvement et de transport analyser et interpréter en fonction de la clinique étudier à mauvais escient peut entraîner des erreurs de diagnostic un traitement antibiotique non nécessaire peut être dangereux pour le patient et/ou l ’environnement (population)