Étude de la corrélation entre la densité de marquage des cibles et la puissance du scanner lors d’une expérience de puce à ADN Axel POULET Nicolas PARISOT Ronan PEYROUTOU Sébastien MALICORNE IUT de Clermont-Ferrand Département Génie Biologique – Aurillac 2ème Année option BioInformatique

Les Puces à ADN 1987 Apparition du concept Quelques Rappels… Les Puces à ADN 1987 Apparition du concept 1993 Fabrication de la 1ère biopuce Sondes (oligonucléotides) fixées sur un support solide Hybridation des cibles (ADNc) sur ces sondes IUT Génie Biologique

Les Puces à ADN Quelques Rappels… IUT Génie Biologique (Source personnelle)

Le Scanner Couplé à un photomultiplicateur (PMT) : Quelques Rappels… Le Scanner Couplé à un photomultiplicateur (PMT) : l’amplification des électrons obtenir une meilleure résolution Réglage du gain du PMT difficile IUT Génie Biologique

Quelques Rappels… Les Fluorochromes Deux propriétés capables de diminuer la précision des résultats : Photobleaching (blanchiment) Quenching Fluorescent (extinction) : IUT Génie Biologique Effet de quenching (MicroArray Handbook)

Problématique Problématique SCAN EN COURS GAIN IUT Génie Biologique

Problématique Problématique Existe-t-il un lien entre la densité de marquage des séquences cibles et le gain du PMT ? IUT Génie Biologique

Données Numérisation des biopuces Matériels et Méthodes Données Numérisation des biopuces Identification des spots grâce à GenePix Récupération des séquences sur la base de données du NCBI Fichier des séquences révélées à des gains forts Fichier des séquences révélées à des gains faibles IUT Génie Biologique

Prétraitement des séquences Matériels et Méthodes Prétraitement des séquences Exclusion de la queue polyadénylée Association des numéros d’accession avec les séquences correspondantes Regroupement des séquences en fonction de leur taille Subdivision de chaque séquence en 10 sous séquences de même taille IUT Génie Biologique

Premières approches Calcul de la densité de marquage Matériels et Méthodes Premières approches Calcul de la densité de marquage Profil de cette densité Composition IUT Génie Biologique

Matériels et Méthodes Calcul de composition IUT Génie Biologique

Résultats Résultats Résultats obtenus pour le GC% IUT Génie Biologique

Significativité Hypothèse Test de Student Résultats Significativité Hypothèse Il y a une différence significative entre les moyennes de ces séquences Test de Student IUT Génie Biologique

Significativité Résultats Hypothèse Rejetée Hypothèse Validée IUT Génie Biologique Résultats du test de Student

Discussion Discussion Corrélation entre la composition de la séquence et le gain du PMT Séquences révélées aux gains forts riches en Guanine et Cytosine Établir un modèle prédictif afin de limiter la dégradation des fluorochromes IUT Génie Biologique

Conclusion Limites du modèle Nombre maximal de sondes ? Types de biopuces ? Organismes ? IUT Génie Biologique