Université d’Ottawa - Bio Biostatistiques appliquées © Antoine Morin et Scott Findlay :56 1 BIO 4518 Biostatistiques appliquées Antoine Morin Vanier x4549

Université d’Ottawa - Bio Biostatistiques appliquées © Antoine Morin et Scott Findlay :56 2 Qui suis-je? Écologiste des eaux courantes B.Sc. (1981) et M.Sc. (1983) U. de Montréal. Écologie des ruisseaux Ph.D. (1987) McGill. Écologie des mouches noires Post doc (1988) Cornell University Université d’Ottawa (1989-présent) Recherches sur structure et fonctionnement des écosystèmes d’eaux courantes

Université d’Ottawa - Bio Biostatistiques appliquées © Antoine Morin et Scott Findlay :56 3 Qu’attendez-vous de ce cours?

Université d’Ottawa - Bio Biostatistiques appliquées © Antoine Morin et Scott Findlay :56 4 Les raisons de votre présence (mes prédictions sur ce que vous attendez du cours) Vous êtes intéressés par le raisonnement statistique (oui, vraiment!) Vous voulez apprendre à utiliser correctement les statistiques pour planifier vos expériences et en analyser les résultats Vous voulez développer votre capacité à évaluer d’une manière critique des arguments scientifiques.

Université d’Ottawa - Bio Biostatistiques appliquées © Antoine Morin et Scott Findlay :56 5 À propos de moi Un écologiste, pas un statisticien L’emphase sera donc mise sur les connaissances pratiques et sur l’application des statistiques plutôt que sur les théorèmes et les preuves.

Université d’Ottawa - Bio Biostatistiques appliquées © Antoine Morin et Scott Findlay :56 6 Ce que j’attend de vous Assister aux cours Assister aux sessions de laboratoire Feedback sur ce que vous aimez ou détestez et comment améliorer le cours

Université d’Ottawa - Bio Biostatistiques appliquées © Antoine Morin et Scott Findlay :56 7 Objectifs Comprendre les principes fondamentaux de l’inférence statistique Comprendre le principe général des tests statistiques les plus courants Connaître les conditions d’application des principaux tests et les conséquences de violation de ces conditions Apprendre à effectuer et interpréter les tests les plus courants avec S-PLUS

Université d’Ottawa - Bio Biostatistiques appliquées © Antoine Morin et Scott Findlay :56 8 Évaluation 50% Devoirs 50% Projet d’analyse de données Les devoirs peuvent se faire en équipe (max:3).

Université d’Ottawa - Bio Biostatistiques appliquées © Antoine Morin et Scott Findlay :56 9 Documents Morin, A Introduction aux biostatistiques appliquées. Université d’Ottawa, Ottawa. $20 à MRN0027 Sokal, R.L. & F.J. Rohlf Biometry (3rd edition), W.H. Freman & Co., New York, ou Zar, J.H Biostatistical Analysis (4th edition), Prentice-Hall, Upper Saddle River, New Jersey. (environ $100) S-PLUS (gratuit, ou presque pour vous)

Université d’Ottawa - Bio Biostatistiques appliquées © Antoine Morin et Scott Findlay :56 10 Préparation au cours Lire les notes de cours avant d’arriver en classe ou au laboratoire et préparer vos questions pour le cours Poser des questions! Il n ’y a pas de question stupide, seulement des profs qui expliquent mal (ou qui parfois manquent de patience;-) Pour les labos, relisez la section pertinente des notes de cours.

Université d’Ottawa - Bio Biostatistiques appliquées © Antoine Morin et Scott Findlay :56 11 Site web simulium.bio.uottawa.ca/bio4518 Documents: notes de cours, labos, corrigés Copies des présentations en classe (ppt et Acrobat) Anciens devoirs et examens avec solution et barème de correction Corrections, annonces, messages (Quoi de neuf?)

Université d’Ottawa - Bio Biostatistiques appliquées © Antoine Morin et Scott Findlay :56 12 Laboratoires CBE202 Un thème pour chaque scéance de labo mais vous travaillez à VOTRE rythme Lisez les notes et le protocole AVANT le labo….

Université d’Ottawa - Bio Biostatistiques appliquées © Antoine Morin et Scott Findlay :56 13 Quelques points de vue sur les statistiques “Si des statistiques sont nécessaires pour interpréter une expérience, ce n’est pas une bonne expérience.” Ernest Rutherford “Il existe trois types de mensonges: les mensonges, les vrais mensonges et les statistiques!” Benjamin D’Israeli

Université d’Ottawa - Bio Biostatistiques appliquées © Antoine Morin et Scott Findlay :56 14 Quelques points de vue sur les statistiques “Appeler un statisticien après que l’expérience soit terminée c’est comme lui demander de faire une autopsie; il pourra seulement déterminer la cause de l’échec de l’expérience.” Sir Ronald Fisher “Le but des modèles n’est pas de représenter les données mais de préciser les questions.” Samuel Karlin

Université d’Ottawa - Bio Biostatistiques appliquées © Antoine Morin et Scott Findlay :56 15 Ce que les statistiques peuvent et ne peuvent faire Peuvent Fournir des critères objectifs pour tester des hypothèses. Aider à optimiser les efforts Aider à la l’évaluation critique des arguments Ne peuven t pas dire la vérité compenser pour une mauvaise planification indiquer l’importance biologique: la signification statistique ne veut pas dire la signification biologique et vice versa!

Université d’Ottawa - Bio Biostatistiques appliquées © Antoine Morin et Scott Findlay :56 16 Les quatre « Ages » du biostatisticien AgeCaractéristiquesCommentaire PierreTotale ignoranceL’ignorance n’est pas une vertu! BronzeDésinvolture. Compréhension superficielle. Statistiques considérées comme un (petit) mal nécessaire en science (Voir Rutherford, Ernest) ArgentFamiliarité modérée couplée à un désir ardent de le démontrer Soucis excessif des détails statistiques: la paille dans l’œil empêche de voir la poutre se dirigeant vers vous. OrSait déterminer quand les considérations statistiques sont (ou ne sont pas) importantes. Reconnaît les limites (personnelles et des statistiques) Ce vers quoi vous pouvez (devez) aspirer.

Université d’Ottawa - Bio Biostatistiques appliquées © Antoine Morin et Scott Findlay :56 17 Évaluation de vos connaissances acquises Définir: –Intervalle de confiance –P –Seuil de décision –puissance

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