Phylogénie et distances génétique
Historique Ernst HÆCKEL en 1866 formation des espèces animales et végétales au cours du temps
Domaine de la biologie évolutive la recherche des relations de parenté entre taxons Classiquement représentées par un arbre de classification
Arbre phylogénétique Figure en deux dimensions constituée de: racine branches nœuds: internes terminaux
Taxon décrit par une combinaison d’états de caractères permettant de le caractériser Un attribut observable sur tout ou partie des taxons étudiés hypothèse qu’il est le résultat d’une ascendance commune. Morphologique, biochimique ou moléculaire
Méthodes de reconstruction phylogénétique Méthode de maximum de vraisemblance (probabiliste) Méthode de parcimonie ou la cladistique Méthode de distances ou la phénétique
Méthode de parcimonie Cladogrammes Un caractère en état ancestral ou dérivé Partage de caractères dérivés Retient le ou les arbres qui présentent la longueur minimale.
Méthode de distances Phénogrammes Calcul d’une distance évolutive entre chaque paire de taxons MATRICE Deux méthodes de reconstruction: UPGMA Neighbor joining
Application aux populations d’une même espèce Afin de synthétiser l’information qui renseigne sur la proximité ou l’éloignement des populations A partir des fréquences alléliques pour un ensemble de marqueurs
Distances Génétiques Quantifie le degré de divergence génétique entre unités taxonomiques (populations, espèces, ...) prises deux à deux Nulle pour deux populations ayant des fréquences alléliques rigoureusement identiques au niveau de tous les loci observés
Maximale pour deux populations qui n’ont aucun allèle en commun Différents indices de distance développés sur la base de différents modèles d'évolution moléculaire et/ou de différenciation entre unités taxonomiques Exemples: Nei 1972 : Calcule les distances génétiques entre populations. Sans correction de biais Nei 1978: Calcule D en introduisant une correction pour le biais d'échantillonnage d'individus
Évaluation de la validité d’un arbre Procédure du Bootstrap Réechantillonage Répété de 100 à 1000 fois Un arbre consensus à partir de tous les sous-arbres