Eduardo E. DAVILA S. Ingénieur en développement de logiciels de recherche en imagerie médicale et biologique. Laboratoire : CREATIS-LRMN Ville : Lyon France 28 Janvier 2009

http://creatis.insa-lyon.fr Eduardo E. Davila S. 1/21 http://creatis.insa-lyon.fr Eduardo E. Davila S. davila@creatis.insa-lyon.fr http://imagine.uniandes.edu.co Marcela Hernandez H. marc-her@uniandes.edu.co CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S.

CREATIS–LRMN Centre de recherche en imagerie médicale 180 personnes 2/21 CREATIS–LRMN Centre de recherche en imagerie médicale 180 personnes Clinique sans s Acquisition d’images Traitement d’images Interprétation clinique CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S.

CREATIS–LRMN Missions de l’Equipe Informatique 3/21 CREATIS–LRMN Missions de l’Equipe Informatique Définition d’un cadre commun de développement logiciel en adéquation avec les besoins : prototypage, démonstration, évaluation, usage clinique Aide aux développements logiciels Support et formation aux outils de développement Simplification de la gestion de logiciels: Pérennisation Mutualisation Factorisation Je ne mettrai pas à nouveau cette slide CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S.

CREATIS-LRMN Acquisition d’images Traitement d’images 4/21 CREATIS-LRMN 8 équipes de recherche 180 personnes Acquisition d’images Imagerie Ultrasonore Imagerie et Méthodologie Exploratoires en RMN Imagerie RMN et Optique Imagerie Spectroscopique en RMN Traitement d’images Imagerie Dynamique Imagerie Volumique Interprétation clinique Imagerie Morphologique et Fonctionnelle (Ischémie Myocardique, Lumière et Paroi Vasculaire , Ischémie Cérébrale, Réponse Pulmonaire à l’Agression) Microarchitecture et Tissus Osseux CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S.

Savoir faire Librairies de développement 5/21 Savoir faire Librairies de développement Librairie IDO~1992 : Collection de fonctions de traitement DaVaW~2001 : Collection de widgets sophistiqués BBTK ~2006 Applications de traitement d’images CreaTools Python ~2003 (DaVaW) Maracas ~2004 CreaTools suite ~2008 (BBTK) +gros CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S.

Maracas MAgnetic Resonance Angiography Computer Assisted 6/21 Maracas MAgnetic Resonance Angiography Computer Assisted analysiS http://www.creatis.insa-lyon.fr/maracas/ C++, gdcm, Vtk, Itk, wxWidgets, OSGI, CMake, CVS, Doxygen, windows, linux Logiciel d’aide à l’analyse d’images médicales 3D Logiciel interactif 3D pour la visualisation, l’analyse et la quantification de sténoses vasculaires IHM conviviale et utilisable par des médecins Manipulation et traitement d’images 3D Visualisation de scènes 3D complexes multi objets CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S.

BBTK Black Box Tool Kit Environnement simple et flexible pour le 7/21 BBTK Black Box Tool Kit http://www.creatis.insa-lyon.fr/creatools/ C++, Vtk, Itk, wxWidgets, OSGI, XML, HTML, Latex, CMake, CVS, Doxygen, windows, linux Environnement simple et flexible pour le design/prototypage de nouvelles chaînes de traitements d’images et de maillages Capitalisation, pérennisation et auto-documentation d’algorithmes Prototypage rapide : description de workflows par langage de script Mécanisme de plug-in Images multi-modalités et multi-dimensionnelles Composants d’interface graphique et widgets évolués Workflow avec un s CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S.

CREATIS–LRMN Centre de recherche en imagerie médicale 180 personnes 8/21 CREATIS–LRMN Centre de recherche en imagerie médicale 180 personnes Clinique sans s Acquisition d’images Traitement d’images Interprétation clinique CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S.

Chaîne de traitement vs besoin de développement logiciel 9/21 Chaîne de traitement vs besoin de développement logiciel Développement d’applications Dev. logiciel Chaîne de traitement Acquisition d’images Traitement d’images Interprétation clinique CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S.

Chaîne de traitement vs besoin de développement logiciel 10/21 Chaîne de traitement vs besoin de développement logiciel Pérennisation Mutualisation Factorisation Efficacité de développement Dev. logiciel Chaîne de traitement BBTK Acquisition d’images Traitement d’images Interprétation clinique Développement d’applications Développement de librairies CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S.

Ex. Maracas - Creatools Python 11/21 Problématique // Application with Ex. script définition Module A Module B Module C Box A Box B Box C Ex. Maracas - Creatools Python BBTK Avant Aujourd'hui Problèmes: - Connexion entre les modules difficile - Maîtrise de l’informatique nécessaire Avantages: Capitalisation du travail du laboratoire Génération des interfaces rapide & simple Documentation automatique CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S.

CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S. 12/21 CREA BBTK CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S.

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CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S. 12/21 BBTK vtk itk wx bbvtk bbitk CREA bbwx bbwxvtk bbvtkitk boost SQLite gdcm vtk wx bbcreaImageIO bbcreaMaracasVisu CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S.

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Bbs: box, appli, examples Data bbNewPackage box1 Box2 Box3 12/21 BBTK vtk itk wx bbvtk bbitk CREA bbwx bbwxvtk bbvtkitk boost personalLIB Bbs: box, appli, examples Data bbNewPackage box1 Box2 Box3 EXE CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S.

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CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S. 12/21 BBTK vtk itk wx bbvtk bbitk CREA bbwx bbwxvtk bbvtkitk boost 1. New Project 2. New Package newProject -doc -appli (endUser) -libsrc -bbNewPackage -bbs -data -src -box1 -box2 CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S.

CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S. 12/21 BBTK vtk itk wx bbvtk bbitk CREA bbwx bbwxvtk bbvtkitk boost 1. New Project 2. New Package newProject -doc -appli (endUser) -libsrc -bbNewPackage -bbs -data -src -box1 -box2 3. New Box CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S.

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CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S. 12/21 -newProjectBIN -sln/Makefile -debug/release -doc -appli -src -bbNewPackage -box1 -box2 -newProject -doc -appli -src -bbNewPackage -box1 -box2 lib.dll bblib appli.exe Code source Project to be compiled CMake Compiler visual C++ / gcc CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S.

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L’ECAM pour la visualisation en stéréo 12/21 Collaboration avec L’ECAM pour la visualisation en stéréo CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S.

13/21 Images img 2.3.A : Modèle 3D d’une hanche pathologique. Le modèle a été repris pour un logiciel de CAO afin de produire une prothèse adaptée img 2.4.A : Segmentation d’une dissection aortique img2.6.C : Bifurcation de canaux de corail img 2.7.A : Image d’un cheveu acquise avec un scanner de haute résolution Img 2.3.A img 2.6.C img 2.4.A img 2.7.A CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S.

CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S. 14/21 img 2.3.A : Modèle 3D d’une hanche pathologique. Le modèle a été repris pour un logiciel de CAO afin de produire une prothèse adaptée CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S.

img2.6.C : Bifurcation de canaux de corail 15/21 img2.6.C : Bifurcation de canaux de corail CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S.

img 2.4.A : Segmentation d’une dissection aortique 16/21 img 2.4.A : Segmentation d’une dissection aortique CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S.

CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S. 17/21 img 2.7.A : Image d’un cheveu acquise avec un scanner de haute résolution CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S.

18/21 Maracas IRM Quantification CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S.

CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S. 19/21 CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S.

20/21 BBTK CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S.

21/21 Merci pour votre attention … CREATIS-LRMN Eduardo E. Davila S.