Natures Sciences Sociétés 17, 412-416 (2009) 1999-2010 La cytométrie en flux au LEMAR État des lieux et prospectives "La collecte des données et l’expérimentation ne peuvent se faire que si les recherches s’inscrivent dans le long terme avec du personnel qualifié". “Comme les 3 autres outils de l’INEE (écotrons, observatoires, base de donnée), les plateformes d’analyse sont au coeur d’une dynamique de recherche pluridisciplinaire et partenariale. «Compte rendu du Colloque de prospective de l’Institut Écologie et Environnement du CNRS » (Rennes, 12-13 mai 2009) Natures Sciences Sociétés 17, 412-416 (2009)

Rappel : principe de base de la cytométrie en flux

Un matériel adapté Budget d’achat : ~160 000 € Deux cytomètres en flux Laser 488nm, capteurs FSC, SSC, fluo jaune/vert, orange, rouge. Passeur microplaque … Facscalibur Becton-Dickinson (1999) Budget d’achat : ~160 000 € Guava EasyCyte plus (2007)

Acteur important de la diffusion scientifique du LEMAR + de 80 publications de rang A depuis 2000 Plus du 1/3 des publications du LEMAR en 2008

+ de 100 personnes formées depuis 2000, dont 40 doctorants Formation + de 100 personnes formées depuis 2000, dont 40 doctorants

Un réseau interne, local, national, international Laboratoires brestois : - Laboratoire de Toxicologie Alimentaire (UBO) - Optimisation des Régulations Physiologiques, ORPHY (UBO) - Centre de Documentation, de Recherche et d'Expérimentations sur les pollutions accidentelles des eaux (Cedre) - Agence Française de Sécurité Sanitaire des Aliments, Plouzané (Afssa) UMR1067 Nutrition, Aquaculture et Génomique (Ifremer) Laboratoire de Physiologie des Invertébrés Marins (Ifremer) 5 structures IUEM : LEMAR LM2E LEBHAM Domaines Océaniques Observatoire (Somlit) 6 laboratoires brestois ~20 laboratoires nationaux ~20 laboratoires internationaux

Un positionnement original LEMAR/ IUEM : cellules d’invertébrés marins, physiologie du phytoplancton, bactéries marines, virus. Station biologique Roscoff : biodiversité phytoplanctonique marine (Daniel Vaulot, Dominique Marie) Laboratoire Arago (Banyuls /s mer): structure complexe des peuplements phytoplanctoniques Laboratoire génétique et pathologie, Ifremer La Tremblade : interaction pathogènes / espèces aquacoles exploitées (Tristan Renault) plateforme régionale de cytométrie en flux (PRECYM) centre d’océanologie de Marseille : microbiologie, marine ou non, bactériologie. (Gérald Gregori)

Un acteur majeur de l’approche intégrative : du gène à l’écosystème La cytométrie en flux : Un outil au cœur des problématiques du laboratoire Biologie Biogéochimie des Océans Changement global Étude du "biome" littoral Couplage Écosystème Population Cytométrie en flux Individu Cellule Molécule - gène Microscopie confocale Biologie moléculaire Un acteur majeur de l’approche intégrative : du gène à l’écosystème

Quelques exemples de paramètres Activité oxydative intracellulaire Dénombrement de particules virales Expérience de grazing (Oxyrrhis / Dunaliella) Comptage de cocolithophoridés

Activité oxydative intracellulaire (AOI) granulocytes hyalinocytes agranulocytes Fluorochrome = DCFH-DA (fluorescence verte -FL1) increasing AOI Projet OXYGENE : Analyses transcriptionnelle et fonctionnelle de l’impact de la reproduction sur les équilibres énergétique et oxydatif de l’huître creuse Crassostrea gigas. Axe 1, Gis EUROPÔLE MER, GÉNOMIQUE ET CHIMIE BLEUE EXPLORATION ET VALORISATION DES GÉNOMES MARINS

Virus Mpv Projet d’Anne Claire-Baudoux : Implication des virus dans la biogéochimie des océans Virus Mpv virus (en rouge) Bactéries infecte une microalgue eukaryote Micromonas pusilla. (Anne-Claire Baudoux) 12/11/2009 Marquage Sybr Bruit de fond

Grazing: Oxyrrhis / Dunaliella Post doc: Sabine Schultes Oxyrrhis sp. Dunaliella salina Schultes et al. (2010). Recycling and feedback in Si(OH)4 dynamics when protozoan grazers feed on diatoms. Protist 161, 288-303.

Coccolithophoridés Gephyrocapsa oceanica

Conclusion : la cytométrie en flux au LEMAR Pérenniser l’acquis Faire évoluer l’outil Développer de nouvelles approches Une "plateforme" déjà fonctionnelle Matériel adapté diffusion scientifique, formation des étudiants Un réseau local, national, international Un positionnement original – expertise reconnue Un outil au cœur de la problématique du laboratoire et au -delà Reconnaissance : cytométrie en flux outils commun Attribuer un personnel dédié (IR) Acquis Objectifs Moyens

Pour plus d’informations Télécharger le document http://pageperso.univ-brest.fr/~clambert/ Image, Aurélie Lelong, Lemar 2009