a b a a b a a b a P1 V1 _a _b2 5 ; 1 4 ; 6 3 aa ba P2 ab 5 2 V2 Q2 aa k= aaabbaab ba Look at +k Put position in set stack k=2 2k-length stacks k-length stacks
A) La quantification des similarités des paires de structures (comparaison «~tout contre tout~») donne la position d'une structure dans un espace abstrait de hautes dimensions. La hauteur des pics reflète la densité de population de repliements, les axes horizontaux sont les axes des deux premiers vecteurs propres (i.e. associés aux deux plus grandes valeurs propres), l'axe vertical donne le nombre de repliements. La distribution des architectures est donnée par la projection sur le plan (la proximité sur ce plan donne une indication sur la similarité structurale entre 2 protéines) B) 40% de tous les domaines connus sont couverts par 16 classes de repliements. Ces 16 repliements sont montrés ici sous forme de diagrammes topologiques de structures secondaires dans la classe de leur attracteur (le numéro d'attracteur est le même que dans la figure A). Figures tirées de Holm et Sander (1996) "Mapping the protein universe"
Threading: fonction d’évaluation
Méthode d’alignement séquence/structure
Méthode d’alignement séquence/structure (2)
Normalisation des scores