Gérer sa bibliographie avec EndNote (versions 7 à X) INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007 Programme Généralités sur les logiciels de gestion de références bibliographiques Principes et fonctions Les principaux logiciels Gérer sa bibliographie avec EndNote Caractéristiques de EndNote Créer et gérer une base EndNote par import automatique et/ou saisie manuelle Insérer des références bibliographiques dans un document et éditer des listes Quelques fonctions « avancées » : Modifier ou créer des styles et des filtres Gérer une liste de périodiques, Créer des bibliographies thématiques INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Généralités sur les logiciels de gestion de références bibliographiques

Les logiciels de gestion de références Pour quoi faire ? (1) Créer autant de bases bibliographiques que nécessaire Par import de références (fonction la plus utilisée) Connexion directe : en interrogeant directement des bases de données bibliographiques sur Internet via EndNote à l’aide de filtres de connexion : plus pratique et plus rapide que la consultation classique de chaque base, mais moins performant en matière de recherche Import direct : directement au cas par cas à partir de la consultation d’articles sur des périodiques électroniques Import indirect (transfert de fichiers) : Via des fichiers sauvegardés à partir de bases de données bibliographiques en ligne à l’aide de filtres d’import Par saisie manuelle des références bénéficier d’aide à la saisie (listes de termes contrôlés) INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Les logiciels de gestion de références Pour quoi faire ? (2) Gérer sa propre documentation plus largement gérer des documents associés aux références (et les exploiter éventuellement en rédaction de documents) Fichiers images (figures, graphiques) Fichiers Word ou Excel … Liens vers des pages web, Texte intégral (fichiers pdf) Interroger sa (ses) base(s) de données bénéficier d’aide à la saisie (listes de termes contrôlés) Editer des listes de références (bibliographie) « à la carte » selon différents styles (ou formats) Styles de revues prédéfinis et fournis avec le logiciel Styles créés par l’utilisateur INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Les logiciels de gestion de références Pour quoi faire ? (3) Lors de l’écriture d’une publication : utiliser les modèles Word (Templates) préenregistrés pour l’écriture des articles, créer aisément et selon les instructions aux auteurs, les citations dans le texte et la liste bibliographique, insérer des graphiques et/ou tableaux, puis en générer la liste. Exporter ses données sous d’autres formats INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Gestion bibliographique Plateformes éditoriales Autres ressources / web Archives ouvertes … Bases de données Portail Bases de données hors portail Périodiques électroniques Sources de références Alertes email – Fichier sauvegardé Enregistrement& gestion de références Filtres d’import Texte intégral, images, autres objets … Fichier personnel Gestion de documents en texte intégral Stockage Fichiers .pdf Liens URL Liaison avec traitement de texte Styles Aide à la publication Edition de bibliographies selon les formats des journaux

Principaux logiciels existants Voir : Les outils de gestion des références bibliographiques F. Cohen-Adad - Rencontres FORMIST Juin 2006 http://formist.enssib.fr/documents/index.php?nkv=aWRfZ2VuZXJhbD02NDIz Les logiciels personnels de gestion documentaire J.P. Lardy - URFIST Lyon (mise à jour décembre 2006) http://urfist.univ-lyon1.fr/logiciels_gestion_doc.html Site REPERE : Les logiciels de gestion des références bibliographiques S. Royer-Devaux http://repere.enssib.fr/frontOffice/afficheArticle.asp?idTheme=15 INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007 Quelques logiciels Logiciels clients gratuits Logiciels clients payants • BiblioExpress • Biblioscape 5 • Biblio-PC 10 • EndNote • Papyrus 7 • Reference Manager ou Procite Logiciels open source Logiciels en ligne • Wikindx • RefWorks • Refbase • HotReference (gratuit) • JabRef • WriteNote • Bibus • BibliOpera D’après : Les outils de gestion des références bibliographiques F. Cohen-Adad - Rencontres FORMIST Juin 2006 INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Gérer sa bibliographie avec

Gérer sa bibliographie avec EndNote (1) Introduction : Caractéristiques de EndNote Infos / versions Caractéristiques techniques Menus et barres d’outils =(en annexe) Notions de base – Prise en main de EndNote Base (=Library), Les références bibliographiques Manipuler les références (tri, modifications …) Liens référence – fichiers externes INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Gérer sa bibliographie avec EndNote (3) Interroger une base EndNote L’interface de recherche Importer des références À partir de fichiers structurés À partir d’autres bases EndNote À partir de sources biblios externes (périodiques électroniques, bases de données) : par téléchargement direct ou indirect Saisir des références manuellement Recommandations d’écriture Aides à la saisie INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Gérer sa bibliographie avec EndNote (4) Créer des documents avec EndNote et un traitement de texte Ecrire une publication Templates Module CWYW Créer une bibliographie Fonctions avancées Styles et filtres Listes de termes Bibliographie thématique EndNote Web INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Introduction Infos / versions Caractéristiques techniques Définitions de base Vocabulaire et formats Menus et barres d’outils (en annexe)

Introduction Infos / Versions version X (2006) Gestion et stockage des fichiers pdf, affichage des références, affichage des champs saisis, sauvegarde compressée des bibliothèques. version 9 (2005) gestion du format unicode, taille des bases illimitée, nouveaux types de documents, nouveaux champs, gestion des préférences mais attention !!! restriction de compatibilité (OS et traitement de texte) pas de compatibilité « descendante » / versions antérieures de EN versions réseau disponibles versions Mac et PC (compatibles) INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Introduction Caractéristiques techniques Version 7 Version 8/9 Version X OS requis Windows (3.1, 95, 98, NT, XP) et Mac (0S 7.0 et >) Windows 2000 ou XP et Mac OS X Traitement de texte Word 97, 2000, XP, 2003 Word 2000, XP (2002), 2003 Nombre de bases illimité Nombre de références par base 32700 pas de limite Nombre de Reference Types 25 (+2) = 27 TD 34 (+3) = 37 TD 39 (+3) = 42 TD Nombre de champs / référence 34 prédéfinis + 6 champs customs 44 prédéfinis + 7 champs customs Nombre de caractères par champ Jusqu’à 32 Kb soit environ 8 p. de texte. jusqu’à 64 Kb soit environ 16 p. de texte. INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Introduction Répertoire EndNote EN-v9 & 10 Connections DB support Examples Filters Palm Plugins Product Support Spell Styles Templates Term Lists XML support EN-v7 Connections Examples Filters Palm Spell Styles Templates Term Lists Connections : fichiers de connexion vers des bases externes : .enz Filters : filtres d’importation : .enf Styles : styles pour l’édition des références: .ens Templates : modèles MS Word selon des normes de revues : .dot

Introduction Définitions de base (1) Base de données : « Library » Unité de base de la base de données : « Reference » Chaque référence est associée à un identifiant unique : Record Number Chaque « reference » ou enregistrement est un ensemble unique d’informations spécifiques à un type de document (article de périodique, ouvrage, chapitre d’ouvrage, thèse, brevet, communication à un congrès …) Des formats d’enregistrement correspondent à chaque type de document : les « reference type ». Exemples : Journal Article, Book, Book Section, Poster, Thesis, Patent, etc… INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Introduction Définitions de base (2) Chaque enregistrement est constitué de « champs » ou « fields » Un « champ » est une portion d’enregistrement qui contient des informations du même type : nom des auteurs, titre de l’article, nom du journal, etc … La liste des champs diffère avec le type de document, certains champs étant nécessaires à certains types de documents et pas à d’autres INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Introduction Définitions de base (3) La saisie des informations dans des champs séparés, permet ensuite de les éditer à la carte, dans un ordre et une mise en forme déterminés (par le style bibliographique) dans le but de créer des bibliographies respectant les normes bibliographiques des différents périodiques (consignes aux auteurs). Exemples : Author. (Year) Title. Journal Volume, Pages. ou Author. Title. Journal Volume, Pages (Year). ou Author, Journal Volume, Pages (Year). INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007 Avoir en tête … En saisie manuelle, il est indispensable d’identifier précisément chaque type de document avant de l’enregistrer dans la base pour choisir le bon « format d’enregistrement » et entrer les différents éléments de la référence dans le bon « champ », Certaines règles de saisie sont à respecter à l’intérieur des «champs» (champ « auteur » par exemple) si on veut pouvoir ressortir les informations « à la carte », En import automatique à partir de bases de données bibliographiques externes, des vérifications sont souvent à faire pour être sûr que les informations ont été injectées dans le bon champ. INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Introduction : Vocabulaire et formats Base EndNote Library Copie compressée .enl .enlx (vX) Enregistrement libre Notice bibliographique Reference ou Record #identifiant  Record Number Associée à type de document  Reference Type Champ bibliographique Field au max : 40 champs/réf pour la version 7, 51 champs/réf pour la version 9, 52 champs/réf pour la version X Filtre d’import Import Filter (480 / v9, 579 / vX) .enf Filters Format de style Output Style (>1100 / v7, 1383 / v9 2035 / vX)) .ens Styles Format d’export .txt, .rtf, .html Fichier de connexion Connexion Files .enz Connections Liste de termes contrôlés Term List .txt Term Lists Modèles MS Word Templates .dot Dictionnaires de contrôle de notices .clw, .tlx Spell

Prise en main La bibliothèque ou base EndNote Les références bibliographiques Manipuler les références (tri, modifications …) Liens référence – fichiers externes

La bibliothèque EndNote Création A l’ouverture de EndNote : via le menu : File > New (Reference Library) Puis : Nom d’une base : xxx.enl Enregistrement dans le répertoire de son choix INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

La bibliothèque EndNote Ouverture & Fermeture A l’ouverture de EndNote : ou Via le menu : File > Open (+ bouton parcourir) Fermer une base : File > Close Library (ou Ctrle + W ou Ctrle + F4) INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

La bibliothèque EndNote Suppression – Réparation - Sauvegarde Supprimer une base : utiliser le gestionnaire de fichiers hors EN. Réparer une base : Tools > Recover Library. Il y a création d’une copie de la base suffixée en .saved (les Term Lists doivent être reconstruites) Sauvegarder une bibliothèque : enregistrement automatique des changements apportés, à la fermeture. INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

La bibliothèque EndNote Fenêtre principale (1) Entêtes cliquables (tri alpha) & paramétrables / 5 colonnes max (version X : 8 colonnes) Style actif Déplacement: ascenseur ou flèches Sélection de références Double clic = édition / référence Show Preview / Hide Preview Visualisation de référence selon le style actif Compteur INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

La bibliothèque EndNote Fenêtre principale (2) Déplacement « à travers » les références : de référence en référence : clic souris ou flèches  et  touches Home ou Page précédente (première référence / liste), et Fin ou Page suivante (dernière référence / liste) déplacement colonne « Auteurs » : en saisissant la première lettre du nom recherché tri possible par simple clic sur les en-têtes de colonnes Edition d’une référence : double clic Version X : bouton « Show/Hide empty Fields » Sélection de références : touches Shift et Ctrl + clic souris toutes les références : Edit > Select All (Unselect All) si des références sont sélectionnées : References > Show selected ou Hide selected, puis Show All INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007 Les références bibliographiques Création, Déplacement, Fermeture, Copie References > New (ou Ctrle+N) sélectionner le Reference Type : type de document à décrire renseigner les champs de la notice en respectant les règles de syntaxe Déplacement dans les réfs : touches Tab et Shift Tab en édition, commande Go to pour rechercher une chaîne de caractères Fermeture d’une référence : cliquer sur X ou Ctrle + W (Shift + Ctrle +W pour plusieurs réfs) ou File > Close Reference. La(les) référence(s) est(sont) automatiquement sauvegardée(s). Duplication d’une référence menu Edit : Copy puis Paste INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Les références bibliographiques Visualisation, édition « Double-clic » sur la référence Le type de référence Les différents « champs » de la référence INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Les références bibliographiques Reference Types Version 7 - Generic - Journal Article - Book - Book Section - Manuscript - Edited Book - Magazine Article - Newspaper Article - Conference Proceedings - Thesis - Report - Personal Communication - Computer program - Electronic Source - Audiovisual Material - Film or Broadcast - Artwork - Map - Patent - Hearing - Bill - Statute - Case - Figure - Chart or Table - Equation - Unused - Unused2 INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Les références bibliographiques Reference Types (2) Nouveaux types / Version 9 - Electronic Book - Conference Paper - Electronic Article - Online Database - Government Report / Document - Legal Rule / Regulation - Unpublished work - Classical works - Online multimedia Nouveaux types / Version X - Ancient Text - Dictionary - Encyclopedia - Grant Modification - Electronic Source  Web Page INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

La bibliothèque EndNote Personnalisation (1) Configurer/Personnaliser EndNote Edit > Preferences Options paramétrables par l’utilisateur (détails en annexe) INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

La bibliothèque EndNote Personnalisation (2) Libraries : pour désigner une base à ouvrir par défaut au lancement d’EndNote Display Fonts : paramétrage police et taille des caractères à l’écran Display Fields : paramétrage fenêtre principale : champs affichés 5 colonnes disponibles en v.7 8 colonnes disponibles (v.10) INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Les références bibliographiques Personnalisation Types et champs (1) Edit >Preferences> Reference Types > Modify References Type Pour masquer un TD/grille : saisir un point devant son nom Possibilité de modifier les libellés des champs, la grille TD/Champs Attention : Ne pas modifier les champs susceptibles de sortir en édition de référence … Ce paramétrage s’applique à toutes les bases !!! INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Préférences / Base et Références Répertoire .DATA Version 7 Enregistrement des préférences sous windows application à toutes les bases créées / poste, transfert difficile vers un autre ordinateur Versions 8/9/X Enregistrement des préférences dans un fichier (RefTypeTable.xml) stocké dans le répertoire de l’utilisateur, ce qui permet : à plusieurs personnes de travailler sur le même poste avec des personnalisations différentes, à un même utilisateur, de travailler dans la même configuration sur des postes différents, en recopiant ce fichier sur ces postes. Peut servir de « gabarit » pour des utilisateurs désireux de travailler avec des bases compatibles. INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007 Les références bibliographiques Liens référence / fichiers externes (1) Les liens peuvent être : saisis manuellement, ou intégrés automatiquement lors des opérations d’import Cibles du lien : Une adresse de site web : http://www.cnrs.fr Un article en texte intégral : http://www.sciencedirect.com/… Notion de DOI Une adresse de messagerie : mailto:smith@erl.univ.purdue.edu Des chemins de fichiers enregistrés sur le DD ou le réseau Formats .pdf, .doc, .gif, .ppt etc … INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007 Les références bibliographiques Liens référence / fichiers externes (2) Version 7 Insertion d’un lien dans une référence : Saisie ou copier-coller dans le champ URL Reference > Link to Activation du lien : Reference > Open Link (ou Ctrl-G) ou double-clic s’il s’agit d’un url. Versions 8 et supérieures Nouveau champ « Link to PDF » Insertion d’un lien dans une référence : Reference > Link to PDF Activation du lien : Reference > Open PDF Utiliser plutôt le champ URL pour les adresses internet, et le champ « Link to PDF » vers des fichiers enregistrés sur un disque local ou de réseau (.pdf, mais aussi .doc ou autre format …), mais les deux champs se comportent de la même manière. INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007 Les références bibliographiques Liens référence / fichiers externes (3) Nouveauté EN.X Version 10 : Gestion et stockage des pdf améliorés Liaison EN / pdf par simple « glisser/déposer » du fichier pdf vers la référence (en édition ou non) Pour supprimer le fichier lié : clic droit / souris ou Edit + Clear INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007 Les références bibliographiques Liens référence / fichiers externes (4) Icône Open Link disponible 1 clic = ouverture du document enregistré dans le champ URL Icône Open PDF disponible 1 clic = ouverture du document enregistré dans le champ Link to PDF Notion de DOI INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007 Les références bibliographiques Liens référence / fichiers externes (5) Affichage possible dès l’écran principal INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

La bibliothèque EndNote Le répertoire .DATA Le répertoire NomBaseEN.DATA Créé automatiquement dès la création de la base pour enregistrer les images et les autres fichiers reliés. À partir des versions 8/9 : il contient aussi les Term Lists version X : peut aussi contenir des fichiers pdf stockés Supprimer manuellement le .DATA en cas de suppression d’une bibliothèque (mais attention : perte des Term Lists) Si transfert ou partage d’une bibliothèque, recopier le .DATA : Sous windows, copier la base et le .DATA ou utiliser la commande File > Save a Copy (copie simultanée base+.DATA) Si suppression d’une base par erreur : re-génération possible à partir du .DATA. (v.9) INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

La bibliothèque EndNote Compressed Library Nouveauté EN.X Menu File > Send to > Compressed Library Permet d’enregistrer une bibliothèque complète (fichier .enl et dossier .DATA contenant les documents pdf, les images associés…) dans un seul fichier compressé (extension .enlx). Le fichier obtenu peut être envoyé à un collègue (utilisateur Mac ou PC), ou servir de copie de sauvegarde. Pour le réutiliser : il suffit de l’ouvrir avec EndNote. La bibliothèque et le répertoire .DATA sont recréés automatiquement. INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007 Les références bibliographiques Liens référence / fichiers externes (6) Si l’option « Copy this file to the default PDF folder and create a relative link » est activée (Edit >Preferences) : les pdf liés à la bibliothèque sont copiés, renommés et placés dans un répertoire PDF du répertoire .DATA Lors de la commande Open PDF, les fichiers sont ouverts à partir de ce répertoire Avantage : possibilité de déplacer la bibliothèque + fichiers associés simultanément (copie ou Travel Library). Attention : Des libellés très longs pour les fichiers pdf peuvent perturber cette commande. INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Les références bibliographiques Edition selon des styles (1) EN fournit un grand nombre de styles (1100 v.7, 1200 v.9, 2035 v.X ) qui contrôlent le format des références lors des commandes suivantes: Format bibliography : citations / texte + liste biblio (module CWYW) File, Print : pour imprimer des références Export : pour exporter des références Show Preview et Copy Formatted : pour visualiser et exporter éventuellement dans un traitement de texte. Les styles sont suffixés en .ens et enregistrés dans le répertoire EndNote>Styles. INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Les références bibliographiques Edition selon des styles (2) Style actif :  Accès au gestionnaire de styles Liste des styles favoris Sous Edit > Output Style : Style marqué = style actif Liste des styles « favoris » Accès au gestionnaire de styles : Open Style Manager. Accès par nom et par catégorie thématique. INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Le gestionnaire de Styles Passage en édition du style sélectionné - Style info ou - Style preview : affichage du « rendu » du style Bouton Find : accès aux styles classés par rubriques thématiques INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Les références bibliographiques Edition selon des styles (4) Visualisation du « rendu » d’un style En affichage de référence : Show Preview Dans le gestionnaire de style : Style Preview Application d’un style Sélection d’un style Sélection de références puis Edit > Copy Formatted (ou Ctrle +K), Résultats via : Print ou : Export ou : Copie vers traitement de texte INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Savoir gérer sa base Manipuler les références - Corrections Edit > Change Text Permet de remplacer une chaîne de caractères par une autre dans l’ensemble des références affichées vX : possibilité de rechercher/remplacer un RC, bouton « Insert Special » (insertion RC ou Tab) References > Change and Move Field Change Field : permet de changer le contenu d’un champ en insérant une chaîne de caractères avant, après, à la place du contenu ancien, ou de le supprimer. Move Field : permet de déplacer le contenu d’un champ dans un autre champ de la même référence. vX : bouton « Insert Special » (insertion RC ou Tab) Suppression de références : Sélection des références à éliminer Edit > Clear ou References > Delete ou touche Supr INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Savoir gérer sa base Manipuler les références - Tri Tri : par défaut : ordre alphabétique d’auteur changer en cliquant sur l’intitulé du champ à trier sur la fenêtre principale ou icône barre d’outils ou Menu References > Sort References INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Savoir gérer sa base Créer une liste bibliographique simple (1) Plusieurs méthodes : Transfert de références vers un ttx Cliquer/Glisser Copier/Coller Sélectionner un style : Edit > Output Style Sélectionner les références (souris + Shift/Ctrle) Maintenir la touche Ctrle enfoncée Faire glisser le lot de références avec la souris Edit > Copy Formatted (copie dans le presse papier) Copie dans Word par Ctrle+V ou Edit > Copy INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Savoir gérer sa base Créer une liste bibliographique simple (2) Export de références Affichage des références à exporter : Toute la base : References > Show All Un sous-ensemble : References > Search Quelques références : touches Ctrle ou Shift + clic, puis References > Show Selected Tri éventuel : References > Sort references Export : File > Export 4 formats au choix : .txt, .rtf, .html, .xml INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Savoir gérer sa base Imprimer des références Sélectionner les références Sélectionner un style Éventuellement : References > Sort References, pour effectuer un tri, Edit > Preferences > Display Fonts pour modifier la nature et la taille de la police File > Page Setup pour paramétrer l’impression File > Print, pour lancer l’impression. ou Edit > Copy Formatted, dans Word « Coller » les références copiées, puis impression INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Prise en main de EndNote Travaux pratiques (1) Prise en main de EndNote INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Interroger une base EndNote L’écran de recherche Variations selon les versions

Interroger sa base Généralités Interrogation d’une base EndNote ou d’une base distante (norme Z39.50 – cf. Fonctions avancées) Possibilité de limiter la recherche à une partie de la base Choix des champs à interroger Stratégie de recherche élaborée (opérateurs booléens (and / or / not) et opérateurs de comparaison), enregistrable et réexécutable (Par défaut, les recherches sont sauvegardées dans le répertoire "Searches" de EndNote et les fichiers de sauvegarde suffixés en .enq.) Par défaut : recherche sur chaîne de caractères, et troncature implicite Pour mémoire : possibilité d’utiliser des index – v7 (fonction abandonnée à partir de la v9) Accès : Menu References > Search References INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Interroger sa base Ecran de recherche – version 7 Champs interrogeables Opérateurs booléens Zone de recherche : 2 par défaut Pour sauvegarder une équation de recherche : Save Search Pour la recharger Load Search Ajouter, insérer, effacer des étapes de recherche Lancement de la recherche INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Interroger sa base Ecran de recherche – version 9 Accès : References > Search (ou Ctrl-F) Version 9 Troncatures droite et gauche implicites si l’option « Use Full Text Index » désactivée, Troncature à droite si « Use Full Text Index » activée Aucune troncature si « Match Words » activée N.B. Copié sur le site : http://www.bibl.ulaval.ca/mieux/utiliser/endnote/pid/1860 INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Interroger sa base Ecran de recherche – version X Nouveaux opérateurs: Field begin with Field ends with World begins with Nouveau bouton « Insert special » pour rechercher des caractères de tabulations et des retour-chariot l’option « Use Full Text Index » a disparu INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Interroger une base EndNote Travaux pratiques (2) Interroger une base EndNote INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Importer des références (=Alimenter sa base de façon automatique) A partir de quelles sources ? Par quelles méthodes Connexion directe sur bases distantes Import automatique Import par transfert de fichiers

Importer des références A partir de quelles sources ? Fichiers textes structurés Autres bases EndNote Sources externes périodiques électroniques, bases de données Par téléchargement direct de références lors de l’interrogation de bases distantes (ex. Pubmed) sélection du filtre & transfert automatiques Après ouverture automatique de EndNote lors de l’interrogation de certaines bases : Science Direct, bases du WoK sélection du filtre & transfert automatiques Par création d’un fichier « export » issu de l’interrogation de la source Sélection du filtre par l’utilisateur & transfert par étapes Pages web INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Importer des références à partir de fichiers tabulés EndNote peut recevoir des fichiers texte. Il suffit d’indiquer : le type bibliographique précédé d'un astérisque, les différents champs devant être remplis, séparés par une tabulation Si le type bibliographique est toujours le même, il est possible de faire un modèle spécifique.    *Generic Author<Tab>Year<Tab>Title<Tab>SecondaryTitle<Tab>Volume<Tab>Number<Tab>Pages<Tab> Baker, V. 1978 Geomorphology J. of Geol. 12 5 14-28 Belknap, D.1988 Sea level-changes Geo. Res Ltrs 77 8 76-75 Lors de l'import dans EndNote, choisir dans la boîte de dialogue Import : Tab Delimited dans la fenêtre Import Option .   INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Importer des références à partir d’autres bases EndNote Transfert de références ou Fusion de bibliothèques Commande File > Import, et utiliser le filtre d’import : EndNote Library ou Méthode Copier/Coller ou Cliquer+Glisser Base cible Base source INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Importer des références à partir de périodiques électroniques (1) En général, l’export se fait de façon quasi automatique à partir des sites des éditeurs ou des plateformes éditoriales (comme Science Direct par exemple). Exemple 1 : plateforme Blackwell Synergy Option « Download to citation manager » INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Importer des références à partir de périodiques électroniques (2) Exemple 2 : American Chemical Society Option de déchargement puis choix EndNote INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Importer des références à partir de périodiques électroniques (3) Science Direct - 1 - - 2 - Choix du format (avec ou sans résumé) puis Export A partir d’une liste de références, cliquer sur Export Citation INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Connexion directe sur bases distantes

Importer des références Bases de données – par connexion directe (1) Consultation via l’interface de recherche de EndNote de bases consultables : soit en accès libre (ex. Pubmed, Library of Congress), soit pour lesquelles l’utilisateur dispose de droits d’accès … EN utilise pour la connexion des fichiers : les « Connection Files » (répertoire Connections, .enz) Avantages : évite à l’utilisateur l’apprentissage de différents systèmes d’interrogation, facilite le déchargement de références, qui est direct Inconvénients : limite la recherche aux seules fonctionnalités de l’interface EndNote. Ne permet pas d’utiliser les outils disponibles dans la base source (ex: thésaurus MESH / Pubmed) INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Importer des références Bases de données – par connexion directe (2) Démarche Consulter la liste des bases potentiellement accessibles Edit > Connection Files > Open Connection Manager Les bases sont classées par ordre alphabétique et par producteur Marquage possible des ses bases favorites Se connecter : Tools > Connect, choix de la base dans le gestionnaire de fichiers de connexion ou dans la liste des favoris A l’issue d’une requête : les résultats s’affichent dans une fenêtre indépendante. « Copy all references to » permet leur transfert dans une nouvelle bibliothèque, une bibliothèque existante ou la bibliothèque active. INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Importer des références Bases de données – par connexion directe (3) Attention Avec version 7 Connexion possible sur : Pubmed, Web of Science Avec les versions supérieures Connexion possible seulement sur Pubmed INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Exemple Connexion directe sur PubMed (1) 1ère connexion : Tools > Connect Accès au gestionnaire de fichiers de connexion Choix de la base à laquelle on va se connecter à distance INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Exemple Connexion directe sur PubMed (2) Connexions suivantes : Tools > Connect > PubMed Liste des favoris INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Exemple Connexion directe sur PubMed (3) Ecran de recherche : différentes étapes de recherche On est dans PubMed Liste des champs interrogeables spécifique de la base Attention ! Le « parenthésage » dans les recherches est réalisé dans l’ordre de saisie INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Exemple Connexion directe sur PubMed (4) Les références trouvées apparaissent : on peut alors les copier dans le fichier approprié. (toutes ou celles sélectionnées mises en surbrillance) INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Import indirect par transfert de fichiers

Importer des références Bases de données - Import indirect (1) Démarche Faire la recherche dans la base Sauvegarder les références dans un format lisible par EndNote : format .txt Importer les références dans la base EndNote avec un filtre d’import : il permet de placer les différentes informations contenues dans les références de départ dans les champs appropriés de la base EndNote. INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Importer des références Bases de données - Import indirect (2) Ouvrir la base d’accueil des références File > Import 1- Sélection du fichier à importer 3- Paramétrer le traitement des doublons : import dans la base active, élimination, import dans une base spécifique : File-Dupl.enl 2- Sélection du filtre adéquat dans la liste déroulante ou via le gestionnaire de filtres : Other filters … 4- Cliquer sur Import INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Importer des références Bases de données - Import indirect (3) Attention !!! Suite à un import, EndNote n’affiche que les dernières références importées. Utiliser la commande References > Show All References Toutes les références de la base sont de nouveau affichées. Afficher uniquement les références importées permet de les vérifier une à une et éventuellement de les corriger avant leur intégration dans la base de données EndNote INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Exemple : import à partir de Pubmed (1) Faire la recherche dans PubMed Visualiser les références sélectionnées au format MEDLINE : Display : MEDLINE, puis Send to File (pubmed-result .txt) Format MEDLINE : nom de champ - contenu INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Exemple : import à partir de Pubmed (2) Dans Endnote : File > Import Choisir le fichier à importer (= fichier enregistré) Import Option : choisir le filtre d’import PubMed (NLM) Duplicates : pour éliminer éventuellement les doublons INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Attention : Import de PubMed Attention : en 2004 modification de la structure de la base Medline via PubMed : import à l’aide du filtre d’import pré-enregistré dans EndNote 7 perturbé Il faut aller chercher le nouveau filtre d’import directement sur le site de EndNote : http://www.endnote.com/ Le filtre est à enregistrer dans le répertoire /Filters INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Exemple de référence importée de PubMed Keywords de PubMed Lien direct vers le résumé dans PubMed ou mettre le lien sur l’article directement INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Importer des références Filtres d’import De nombreux filtres sont fournis avec EndNote Le filtre d’import à utiliser dépend à la fois de la base d’origine et du serveur de la base d’origine : Medline via PubMed, via d’autres interfaces (ex : SilverPlatter) Web of Sciences via Interface de l’ISI , etc .. Si le filtre n’existe pas, on peut le créer … Other filters … Accès au gestionnaire de filtres Liste des Filtres « favoris » INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Import direct « automatique »

Importer des références Bases de données - Import direct Comme les sites de périodiques, de nombreuses bases de données proposent l’export quasi automatique des références vers EndNote (et/ou d’autre logiciels de gestion) Exemple : les bases du Web of Knowledge disponibles via le portail national (Web of Science, CAB, FSTA, CCC, ISI Proceedings …) INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Import à partir des principales sources disponibles à l’INRA

Importer des références Principales sources INRA – WoK (1) Bases du Web of Knowledge http://www.inra.fr/internet/Projets/ist/plateformes/BDD/listeBDD.htm Export direct de références vers EndNote marquer les références (via la Marked List ou non), paramétrer le format (sélection des champs à exporter) cliquer sur Export to Reference Software Enregistrement des références dans un fichier et import dans EndNote avec un filtre. Enregistrer les références : Save to File, et format = Field Tagged Importer ce fichier dans EndNote avec le filtre ISI-CE INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Importer des références Principales sources INRA - WoK (2) Connexion directe via l’interface de recherche de EndNote (pour le WoS et la version 7 de EN seulement) Dans EndNote, Menu Tools > Connect Choisir la base : WoS–SCI , WoS-SSCI, WoS complète Import de résultats d’alertes (reçus par messagerie électronique) Sauvegarder le message reçu contenant les références : Menu File > Enregistrer Sous > Fichier.txt (format texte) Dans EndNote : importer avec un filtre spécifique à demander au service Documentation. Import de résultats d’alertes (reçus par Fils RSS) Cf. Fiche technique ERIST Nantes http://www.nantes.inra.fr/content/download/2885/38748/file/Utiliser+les+flux+RSS.pdf INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007 Import de références dans EndNote Résultats d’alertes via la messagerie (Bases du WoK) INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Exemple : réception du sommaire de Biomacromolecules via un fil RSS (Firefox – extension Sage)

Importer des références Principales sources INRA - Pubmed http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?DB=pubmed Medline via Pubmed Import par transfert de fichier ou Connexion directe via l’interface de recherche de Endnote Suivre les procédures d’import : Site BU Médecine de Paris Sud http://www.u-psud.fr/scd/KB/Biblikb.nsf/formations.htm!OpenPage Connexion au site de Pubmed Décharger le fichier (format Medline – format Texte) Utiliser le filtre Pubmed (NLM) Attention : décharger le filtre à partir du site officiel de EndNote ou corriger le filtre fourni : option Record Layout, activer « Smart » Menu Tools > Connect > Pubmed Insertion directe des références dans EndNote (mais interface de recherche moins performant) INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Importer des références Principales sources INRA – CAB (WoK) Import automatique Import par transfert de fichier Pour Endnote 8 et au-delà, à partir de l'ensemble des notices marquées (Marked List), sélectionner les zones d'informations utiles et cliquer sur Export to Reference Software jusqu'à EndNote 7, perte des informations de Pagination. Dans la base de données, cliquer sur Save to File avec le choix Tagged Field pour sauvegarder le fichier sur le disque dur. Dans EndNote, utiliser la commande Import avec le filtre CAB_ISI_MHC2006.enf (créé par l'Erist INRA Angers, à demander par mail lhostis@nantes.inra.f) INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Importer des références Principales sources – Biomed Central http://www.biomedcentral.com/ Sélectionner les références puis Send to : « EndNote with abstracts ». Export automatique INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Importer des références Principales sources – Agricola http://agricola.nal.usda.gov/cgi-bin/Pwebrecon.cgi http://agricola.nal.usda.gov/help/AGRICOLAWebVoyage2006.enf INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Importer des références Principales sources – Google Scholar http://scholar.google.com/ INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Savoir gérer sa base Rechercher et éliminer les doublons Menu References : Show all : sélection de toute la base Find Duplicates : par défaut, détecte les références présentant en commun les contenus des champs : Author, Year, Title et Reference Type. (Modification des critères de détection : Edit > Preferences > Duplicates) Affichage des doublons par paire : une réf. active, une réf. inactive. Elimination manuelle (ou Show selected + Delete : attention !!) INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Importer des références à partir de pages web Une extension du navigateur Firefox permet d’exporter des métadonnées et/ou le contenu d’une page vers un fichier EndNote (ou un logiciel gérant le format RIS) L’URL, le hostname, le titre de la page sont exportés… installation et fonctionnement (cf. Fiche technique - ERIST Nantes) http://www.nantes.inra.fr/content/download/3268/44948/file/Extension+Firefox+Add.pdf) INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Importer des références à partir de sources externes Travaux pratiques (3) Importer des références à partir de sources externes INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Saisir manuellement des références Structure et personnalisation des références Recommandation et règles d’écriture Aides à la saisie (Term Lists) Document annexe Rappel sur les références bibliographiques

Saisie manuelle Structure des références Types de documents / Champs bibliographiques / Libellés EndNote Documents formant une entité à part entière.(Ouvrage, Thèse, Brevet, Rapport, Poster) Dans ce cas : Niveau 1 Author = auteur primaire Title = titre primaire Documents faisant partie d'un ensemble plus large et non publié séparément. Toujours accompagné d'un niveau monographique ou série   (Article de périodique, Chapitre d'ouvrage, Chapitre d'ouvrage en série, Ouvrage en série …) Niveau 1 Author = auteur primaire Title = titre primaire Niveau 2 Secondary Author Secondary Title Niveau 3 Tertiary Author Tertiary Title INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Saisie manuelle Personnalisation Types & Champs Possibilité de modifier la grille par défaut (avec précautions !!!) de masquer les types de documents non utilisés pour alléger les écrans de saisie (en plaçant un point devant les entêtes) Menu Edit > Preferences >Reference Types >Modify Reference Types INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Saisie manuelle Recommandations de saisie Remarques Les données bibliographiques sont entrées dans des champs séparés qui correspondent chacun à un type d'information. La saisie de ponctuation n'est pas nécessaire, sauf si elle est indispensable à la compréhension du texte contenu dans chaque champ. Selon le style choisi, quand on génère une bibliographie, EndNote met en forme les références en introduisant les caractères de ponctuation nécessaires. Tous les champs bibliographiques ne sont pas forcément utilisés : en saisie manuelle, n’enregistrer que les champs nécessaires à l’édition ou à la gestion des documents. On peut utiliser les « listes » de termes pré-enregistrés (champs Auteur, Journal, Mots-clés) pour une saisie plus rapide et plus homogène. INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Saisie manuelle Règles d’écriture / Champs biblio. (1) Auteurs (Authors, Editor names) Entrer un auteur par ligne. Pour saisir plusieurs auteurs : utiliser la touche Entrée (ne pas ajouter de ponctuation entre les auteurs) Saisir le nom de l'auteur puis le prénom séparé par une virgule et un espace. Saisir le prénom entier, ou les initiales séparées par un point ou un espace (Fisher, J O ou Fisher, J.O.). Saisir les noms composés sous la forme : De Gaulle, Charles Pour les noms de collectivités, placer une virgule après le nom, et s'assurer qu'il n'y en a pas d'autre dans l'intitulé du nom. Si l’auteur est inconnu, laisser le champ vide. Utiliser la "list terms / auteurs" pour récupérer le libellé exact sans le resaisir. INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Saisie manuelle Règles d’écriture / Champs biblio. (2) Titre (Title, Secondary Title, Tertiary Title) Saisir le titre original. Insérer les majuscules appropriées Ne pas saisir de retour-chariot, ni de point final. Année de publication (Year) Entrer la date de publication sur 4 chiffres. Il est possible de saisir un texte, par exemple "à paraître". Il doit toujours suivre la date. Titres de périodiques – forme développée (Journal) Saisir le titre du périodique sous sa forme complète, sans l'abréger. Utiliser la "list terms" des périodiques pour récupérer l'intitulé exact d'un périodique. INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Saisie manuelle Règles d’écriture / Champs biblio. (3) Pages (Pages) On peut saisir le nombre de pages sous la forme : 520-523 Date (Date - ne pas confondre avec Year) à priori à utiliser seulement pour le type de document "Conference proceedings" Saisir la date du congrès sous la forme : AAAA/MM/JJ, pour faciliter les tris éventuels sur ce champ. Mots-clés (Keywords) Saisir un mot-clé par ligne, sans virgule entre les mots-clés. Edition (Edition) Saisir l’information telle qu’elle devra apparaître dans la bibliographie. (ex: 2e) INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Saisie manuelle Règles d’écriture / Champs biblio. (4) Images, graphiques, tableaux (Image, Caption) Fichier image / lié à une référence References > Insert Picture, puis sélectionner le fichier image (formats possibles : Bmp, Gif, Jpeg, Png et Tiff) Saisir la légende dans le champ Caption Autre type de fichier / lié à une référence References > Insert Object : graphique Excel, un document Word, un fichier Power Point ... Trois nouveaux types de document ont été ajoutés à EndNote depuis la version 6 : Figure, Chart et Equation. Ils permettent de gérer, indépendamment d'une notice bibliographique, une image, un graphique par exemple. INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Saisie manuelle Aide la saisie : Listes de termes En saisie, par défaut, dès la frappe de quelques caractères dans les champs : Auteur, Mots-clés et Journal : proposition à l’utilisateur de la valeur la plus proche détectée dans les 3 Term Lists associées à ces 3 champs. (Appel manuel de la liste : Ctrle - 1) Désactivation possible de cette fonction : Edit > Preferences > Term Lists Possibilité de créer d’autres listes sur d ’autres champs bibliographiques (« référentiels » personnalisés ... / cf. Fonctions avancées). INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Saisie manuelle Saisir une référence d’article Reference Type = Journal Article Champs à remplir obligatoirement : Author Year Title Journal Volume Pages Eventuellement : Issue Facultatifs : Issue Keywords Abstract Notes URL Author Address etc… INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Saisie manuelle Saisir une référence d’ouvrage Reference Type = Book : pour un ouvrage dans son ensemble Ou Edited Book pour un ouvrage coordonné Champs obligatoires : Author Year Title Publisher (Editeur commercial) City (Ville ou Pays d’édition) Number of Pages Eventuellement : Series Editor et Series Title, Volume, Edition INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Saisie manuelle Saisir une référence de chapitre d’ouvrage Reference Type = Book section : chapitre d’ouvrage Champs obligatoires : Author (Auteurs du chapitre) Year Title Editor (Editeurs scientifiques de l’ouvrage) Book title City Publisher (Editeur commercial) Pages Eventuellement : Volume, Series Editor, Edition INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Saisie manuelle Saisir une référence de communication Format Conference Proceedings ou Conference Paper (v.X) Champs obligatoires : Author Year of Conference (date de publication du Proceeding) Title Conference Name Conference Location Date (date exacte du congrès) Pages Selon les cas : Editor, Publisher, si publication dans un ouvrage Series Title, Volume, si publication dans un périodique INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Saisie manuelle Saisir une référence de thèse Reference type = Thesis Champs obligatoires : Author Year Title City (Ville de soutenance) University (Nom de l’université) Thesis Type (type de thèse) INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Saisie manuelle Enregistrer une référence (Fin) Pour valider une saisie, fermer la fenêtre : sauvegarde automatique Edition d’une référence (pour la vérifier ou la corriger) : Double-clic sur la référence Déplacer le curseur pour corriger la référence INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007 Récapitulatif Mode d’alimentation Avantages Inconvénients Saisie manuelle Permet : de créer des réfs très détaillées selon les besoins de l’utilisateur Permet d’ajouter des réfs sans connaître la bdd source L’information est enregistrée dans le « bon » champ Opération laborieuse, Nécessite de connaître et respecter les règles d’écriture des champs. Import direct Ex : SD, WoS, FSTA Opération la plus simple et la plus rapide Peu de manipulation informatique Possibilité d’ajout d’une grande quantité de réfs. Permet d’effectuer la recherche à partir de l’interface de la bdd. Il arrive que l’information ne se retrouve pas dans le champ approprié, Import indirect (utilisation d’un filtre) Ex : Pubmed Permet d’ajouter une grande quantité de réfs Permet d’effectuer la recherche à partir de l’interface de la base interrogée. Il faut utiliser un filtre d’import EN, donc connaître la bdd source Il n’existe pas de filtre pour toutes les bdds Connexion directe Ex : Pubmed Opération rapide et facile L’interface de recherche de EndNote est plus limité que celle des bdds Il n’existe pas de fichiers de connexion pour toutes les bdds INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007 Travaux pratiques (4) Saisir des références INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Créer des documents avec EndNote et Word Ecrire une publication avec Word et EndNote Les Templates = Modèles Le Module « CWYW »

Ecrire une publication 1- Utiliser un template (1) Utiliser un modèle éditorial (= Template) : aide à la structuration de l’article, prédéfinition des marges, interlignes, pagination … selon les règles éditoriales des revues et/ou éditeurs Menu : Tools > Manuscript Templates, puis choix du modèle, puis sélectionner « Activer les macros », puis suivre le « EN Manuscript Wizard » Actuellement, 177 modèles disponibles (suffixés en .dot et enregistrés sous EndNote>Templates). On peut parfois en récupérer d’autres sur les sites des revues et les enregistrer dans ce répertoire. INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007 Sous EndNote : Tools > Manuscript Templates Exemple de template : ACS INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Ecrire une publication 2- Module «Cite While You Write» (1) Dans Word Si EndNote est bien installé Dans EndNote INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Ecrire une publication 2- Module «Cite While You Write» (2) Insertion des citations dans le texte et création de la liste bibliographique en accord avec les instructions aux auteurs (voir manuel EN7 : p. 14-20) 1ère étape : vérifier/sélectionner le style actif dans EndNote 2ème étape : Positionner le curseur dans le texte (ou à l’intérieur d’une note de bas de page, ou une note de fin) et insérer les citations : dans Word : Outils > EndNote > Find Citations : sélection de la (des) référence(s) à insérer via la recherche d’un identifiant, puis Insert ou dans EndNote : sélection d’une ou plusieurs références puis Tools > Cite While You Write > Insert Selected Citation INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007 Recherche par un identifiant Dans la liste des résultats, sélectionner la(les) référence(s) à insérer dans Word Insertion de la référence choisie INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Ecrire une publication 2- Module «Cite While You Write» (3) Résultat dans Word : Insertion / citation dans le texte Début de la liste bibliographique à la fin du document Le style pilote la mise en forme des citations dans le texte, la structure, la mise en forme et l’ordre des références dans la liste bibliographique. Mise à jour automatique (‘Instant formatting’) - activée : chaque référence insérée est immédiatement formatée - désactivée : les références insérées restent sous la forme de citation temporaire {Auteur, Année #Record Number} le formatage est réalisé à la fin de la rédaction (plus rapide) INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Ecrire une publication 2- Module «Cite While You Write» (4) Résultat dans Word Références insérées « non formatées » Le formatage peut être automatique selon options choisies INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Ecrire une publication 2- Module «Cite While You Write» (5) Style PNAS : citation par numéros INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Ecrire une publication 2- Module «Cite While You Write» (6) Style « auteur-date » INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Ecrire une publication 2- Module «Cite While You Write» (7) Format Bibliography : permet de vérifier le formatage obtenu, de changer éventuellement de style, d’activer ou désactiver l’option « Instant formatting » (=mise à jour automatique) Edit citations : permet d’éditer les citations dans le texte (ajout possible de préfixes ou suffixes), de retirer ou ajouter une nouvelle citation. Insert Notes : insertion de notes dans la liste bibliographique (uniquement avec une liste numérotée. Les notes seront numérotées comme les réfs). Edit Library Reference : après sélection d ’une citation, affichage de la référence EN correspondante Unformat citations : retour à l ’étape « citation temporaire » avant reformatage éventuel. Remove Fields Codes : retrait des codes CWYW associés à l’article (avant envoi à un tiers, à l’éditeur …) Export Traveling Library (Word) et Import Traveling Library (EndNote) INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Ecrire une publication 2- Module «Cite While You Write» (8) On peut associer une « Traveling library » à un texte Word quand : on travaille à plusieurs sur un même texte avec des bases de données différentes on travaille avec plusieurs bases de données en même temps dans des répertoires différents La « traveling Library » permet de garder en correspondance le texte Word et les références citées (notion de « chemin ») Dans les outils EndNote de Word : Option « Export Traveling Library » INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Ecrire une publication 2- Module «Cite While You Write» (9) Sous EndNote Il est possible d’introduire dans les références : des fichiers images (commande References > Insert Picture) et leurs légendes (champ Caption), des fichiers word, excel, powerpoint (Insert Object) … et de les exploiter ensuite avec Word. INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Ecrire une publication 2- Module «Cite While You Write» (10) L’insertion d’images dans Word se fait par : Outils > Find Figure : la recherche se fait sur le titre ou les mots de la légende dans Caption Résultat de l’insertion : la légende de la figure est le contenu du champ Caption Création de la liste des figures : dans Word : Outils > EndNote7 > Generate Figure List INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Rédiger un document avec EndNote & Word Travaux pratiques (5) Rédiger un document avec EndNote & Word INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Styles Filtres Listes de termes Bibliographies thématiques Fonctions avancées Styles Filtres Listes de termes Bibliographies thématiques

La notion de « style » bibliographique Document annexe Rappel sur les citations dans les textes scientifiques INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Qu’est-ce-qu’un style ? Exemples Journal of Applied Polymer 1. Amani, N. G.; Buléon, A.; Kamenan, A.; Colonna, P., J. Sci. Food Agric. 84, 2085 2004. Journal of Food Science Amani NG, Buléon A, Kamenan A & Colonna P. 2004. Variability in starch physicochemical and functional properties of yam (Dioscorea sp) cultivated in Ivory Coast. J. Sci. Food Agric. 84(15):2085-2096. PNAS 1. Amani, N. G., Buléon, A., Kamenan, A., & Colonna, P. (2004) J. Sci. Food Agric. 84, 2085-2096. INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007 Les styles EndNote (1) Un style contient un ensemble d’instructions permettant de formater « à la carte » des références bibliographiques, en affichage (Show Preview, Format Bibliography, Copy Formatted), lors d’impression (Print), d’enregistrement dans un fichier (Save), lors d’opérations d ’export (Export) et lors de l’écriture d’un document : les citations dans le texte (à des références, des figures, des tableaux), les listes correspondantes : bibliographique, des figures, des tableaux ... Plus de 2000 styles sont fournis par EndNote (v.X), enregistrés dans le répertoire Styles de EN, et accessibles via le gestionnaire de styles. INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007 Les styles EndNote (2) Un style ne formate que ce qui a été saisi Si un champ est vide, il n’apparaîtra pas dans la bibliographie S’il est mal saisi ou à mauvais escient (selon le type de document), des anomalies surviendront Si un style existe déjà, il est prudent de vérifier s’il est correct avec le Style Manager Examiner systématiquement toutes les options proposées On peut modifier les styles prédéfinis et/ou en créer de nouveaux. INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Le gestionnaire de Styles Passage en édition du style sélectionné - Style info ou - Style preview : affichage du « rendu » du style Bouton Find : accès aux styles classés par rubriques thématiques INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Edition d’un style  Structure Infos générales 4 options communes Options spécifiques / citations Options spécifiques / Bibliographie Options spécifiques / Notes de bas de page Options spécifiques / Figures et Tableaux Dans chaque sous-grille : une option Templates. Elle permet de définir les champs et la ponctuation à inclure dans le formatage. INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Style EndNote 1- Formatage des citations Templates : « forme » de la citation dans le texte : (Bibliography Number) ou (Author, Year), Si (Author, Year) : formatage de la liste des « auteurs » : Quel séparateur entre 2 auteurs (& ou and) ? Que veut-on voir afficher si plus de 3 auteurs ? (et al.) Formatage des noms des auteurs : uniquement le nom (pas les initiales de prénom) INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Style EndNote 2- Formatage de la bibliographie (1) Chaque type de document ayant ses caractéristiques, il faut créer un style pour tous les types de références existants dans la base de données : Journal Article, Book, Book section, etc … Insérer les champs devant s’afficher (Insert field) et insérer la ponctuation Paramétrer la sortie des noms des auteurs, des éditeurs pour les ouvrages, etc … ainsi que : Séparateurs entre les auteurs : , ou ; Abréviation éventuelle de la liste des auteurs avec et al. si plus de x auteurs Ordre des noms, initiales de prénom, etc… INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Style EndNote 2- Formatage de la bibliographie (2) Option Templates Définition pour chaque type et pour le type « Generic » : - des intitulés de champs dont les contenus apparaîtront dans la bibliographie - de la ponctuation associée à ces contenus de champs - de signes conventionnels propres à EndNote et destinés à optimiser le formatage. 4 règles de base et des caractères spéciaux pour travailler les templates Exemple : Journal Article Author. Year. « Title. » Journal Volume|:Pages|. INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Style EndNote 2- Formatage de la bibliographie (3) Style Generic Il permet de formater n’importe quel type de référence qui n’aurait pas été spécifiquement défini dans le style, Chaque style doit contenir un style « Generic » : il sera utilisé par défaut chaque fois qu’un type de référence n’aura pas de style défini INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Style EndNote 2- Formatage de la bibliographie (4) 4 règles de base / Templates Dépendance : tout texte ou ponctuation qui n’est pas séparé du nom d’un champ par un espace est dépendant de ce champ : il en fait partie Le texte ou la ponctuation adjacent à un champ apparaît donc dans la bibliographie seulement si le champ adjacent contient une donnée Exemple : Volume (Issue) Les parenthèses autour du champ Issue font partie de ce champ et n’apparaissent que s’il y a effectivement une donnée dans le champ Issue INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Style EndNote 2- Formatage de la bibliographie (5) 4 règles de base / Templates Prépondérance du champ précédent : lorsqu’un signe de ponctuation est situé entre 2 noms de champs sans espace, la ponctuation dépend du champ précédent : le second champ est lié au premier : si le premier champ est vide, le deuxième n’apparaîtra pas. Exemple : Volume:Issue Pages Si les 2 champs sont présents, on aura à l’édition : 69:02 258-269 Si le champ Issue est absent : 69: 258-269 Si le champ Volume est absent, mais qu’il y a un champ Issue, il n’apparaît pas : 258-269 INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Style EndNote 2- Formatage de la bibliographie (6) 4 règles de base / Templates Espace et champ : le 1er espace après un champ dépend toujours de ce champ : les autres espaces sont ensuite indépendants Texte indépendant : tout texte ou toute ponctuation non lié à un champ apparaît toujours dans la bibliographie Exemple : Year Publisher Publ. Si le champ Publisher est présent : 2004 Masson Publ. Si le champ Publisher est absent : 2004 Publ. INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Style EndNote 2- Formatage de la bibliographie (7) Pour pallier aux problèmes liés aux règles précédentes, on utilise des caractères spéciaux Link Adjacent Text : espace insécable représenté par un petit losange :  le texte ou la ponctuation sont liés au champ qui le suit ou qui le précède Ex : Editioned. : ed. est lié à la présence du champ Edition Séparation forcée : barre verticale | : si on souhaite que le texte ou la ponctuation ne dépende pas du champ précédant ou suivant Ex : Volume|.Issue| (Year) donnera : 5 (2004) si l’Issue est absente INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Style EndNote 2- Formatage de la bibliographie (8) Versions Singulier/Pluriel : ^ Permet d’utiliser les versions singulier ou pluriel Exemples : Editor  (ed)^(eds) pour avoir ed si un seul nom d’éditeur, eds si plusieurs Champ pages: p.^pp Exemple d’un style de chapitre d’ouvrage : Author. Title|.In:Editor(ed)^(eds)|,Book Title|,Edition `edition`|.City|:Publisher| , Year|; Pages|. INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Style EndNote 2- Formatage de la bibliographie (9) Paramétrage de la liste des auteurs Ecran identique à celui du paramétrage pour les citations Paramétrage du séparateur entre les auteurs Paramétrage de la liste des auteurs INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Style EndNote 2- Formatage de la bibliographie (10) Paramétrage des noms d’auteurs Ecran identique à celui du paramétrage pour les citations Paramétrage des Nom Prénom pour le 1er auteur et pour les suivants Mise en majuscules ou pas Paramétrage des initiales de prénoms avec ponctuation ou non INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Style EndNote 2- Formatage de la bibliographie (11) Paramétrages divers Bibliography > Editor Lists et Editor Names Pour les références des chapitres d’ouvrages … : Mêmes paramétrages que pour les noms d’auteurs Bibliography > Layout : paramétrage spécifique pour chaque paragraphe « référence » : avec éventuellement un numéro précédant la référence, après chaque référence (espace entre les paragraphes, etc …), retraits divers Bibliography > Sort Order : tri de la liste Bibliography > Title capitalization : titres en lettres majuscules ou non INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Style EndNote Paramétrage des titres de périodiques Dans le style, le choix de l’option « Journal Names » détermine la « colonne » et donc la forme du titre utilisé dans la bibliographie. INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Style EndNote Opérations sur les styles (1) Sélection d’un style : Edit > Output Styles 1er marquage  liste de favoris 2nd marquage  style actif Copie et enregistrement d’un style dans le gestionnaire de fichiers dans EndNote : sélectionner le style à dupliquer, l’éditer (Edit), puis Save as en le renommant Modification de style (plus simple qu’en créer !!) changement de police, taille de caractères : sélection d ’un terme, commandes Font, Size, Style (menu Edit ou bouton droit / souris) Ajout d’un champ dans un template : bouton Insert Field Ajout d’un nouveau Template : liste déroulante via le bouton « Reference Types » INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Style EndNote Opérations sur les styles (2) Création d’un style Menu Edit, puis Output Styles Créer les templates pour les citations et la bibliographie paramétrer les différentes options Tester le style pour différents types de doucments Suppression d’un style Menu Edit: Output Styles, Open Style Manager Sélectionner le style Bouton droit de la souris et Delete INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007 Filtres d’import INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Filtres d’import Introduction (1) Les filtres d ’import établissent une correspondance entre l’information source (fichier déchargé) et les champs de EndNote Accès au gestionnaire de filtres : Edit > Import Filters > Open Filter Manager 579 filtres sont fournis avec EndNote X (386 – v7), suffixés en .enf, et enregistrés dans le répertoire Filters. On peut modifier les filtres prédéfinis, et/ou en créer autant que nécessaire. INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Filtres d’import Introduction (2) Pour réaliser correctement un import, 2 choses à connaître : Format de sauvegarde du fichier dans la base d’origine : à choisir avec les noms des champs et de préférence un format .txt Filtre à utiliser dans EndNote qui dépend à la fois de la base d’origine et du serveur de la base d’origine : Medline via PubMed Medline via Bibliosciences (SilverPlatter) Medline via Ovid etc … INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Paramètres à connaître pour réaliser un filtre d’import Pour importer des données de bases externes, 2 choses à connaître impérativement : Structure de la base de départ : champs disponibles, noms des champs, … Structure de la base EndNote d’arrivée : nom des champs, entrée des données dans ces champs pour respecter les contraintes d’EndNote La réalisation de filtres d’Import nécessite un travail minutieux d’analyse afin de mettre en correspondance l’ensemble des données INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Réalisation d’un filtre d’import (1) Création de toutes pièces : Edit >Import filter > New Filter ou à partir d’un filtre existant Open Filter Manager et Edit Chaque option doit être analysée et paramétrée INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Réalisation d’un filtre d’import (2) Mise en relation des noms de champs de la base de départ et de la base d’arrivée INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Réalisation d’un filtre d’import (3) Mise en relation des noms de champs de la base de départ et de la base d’arrivée 1 template <---> 1 type de document 2 colonnes Tag = libellés des champs des références sources Fields : noms de champs EndNote, caractères de ponctuation, du texte, des espaces. INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Réalisation d’un filtre d’import (4) Paramétrage de l’entrée du champ Auteurs INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007 Styles et filtres Pour en savoir plus : « Manipuler des filtres et des styles » support complet (ppt) déchargeable à partir de la page http://www.nantes.inra.fr/content/download/2168/28223/file/EN7Partie2-Dec2003.pdf Manuel complet v7 : Styles, filtres, listes de périodiques http://www.nantes.inra.fr/content/download/2169/28226/file/GuideEN7.pdf Styles : de nombreux styles sont mis à disposition sur internet (sites de revues, de bibliothèques, d’utilisateurs EndNote) http://www.nantes.inra.fr/information_scientifique_et_technique/ressources_documentaires/gerer_sa_bibliographie_avec_endnote/styles Filtres : pour les principales ressources INRA, des filtres existent, prédéfinis ou créés par le service Documentation. INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007 Liste de termes INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Fonctions avancées Listes de termes (1) 3 listes prédéfinies : Auteurs, Journaux et Mots-Clés. Par défaut : Aide à la saisie et à l’interrogation actives et mise à jour automatique après saisie ou import de références (désactivation possible). Au max : 31 listes spécifiques par base un champ est lié à une seule liste. une liste peut être liée à un ou plusieurs champs. Ajout possible de termes dans une liste sans modifier le contenu des références. Import et export de listes possibles (.txt) INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007 Fonctions avancées Listes de termes (2) Ouvrir une liste : Tools > Open Term Lists Mettre à jour une liste : Terms > Update List Pourquoi ? pour créer une liste à partir du contenu d’un champ existant Homogénéiser une liste hétérogène (problème des séparateurs – à l’issue d’un import) Comment ? Show All ou sélection de références Tools > Define Term Lists : sélection de la liste puis : Update List INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Fonctions avancées Listes de termes (3) Créer une nouvelle liste : Tools > Define Term Lists puis Create List attribution d’un nom liaison liste / 1 ou plusieurs champs : Link Term Lists sélection des séparateurs constitution de la liste à partir des références : Update List cas particulier : Liste « Journaux » Importer des listes (fichiers au format .txt) : Terms > Import List Exporter une liste : Terms > Export List INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Fonctions avancées Listes de termes (4) Editer/Ajouter/Retirer des termes dans une liste sélectionner la liste, puis cliquer sur Terms, Edit Term : édition / modification Delete Term : suppression New term : saisie d ’un nouveau terme (puis Save Term) Supprimer tous les termes existants dans une liste Tools > Open Term Lists > NomListe Cliquer dans la fenêtre Ctrl+A pour sélectionner tous les termes Puis Delete Term pour effacer tous les termes Fermer la boîte de dialogue Copie de termes entre listes : par simple Copier/coller INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007 Fonctions avancées - Listes de termes  Gérer / exploiter la liste « Journals » (1) La gestion correcte des formes développées ou abrégées des titres de périodiques dans les bibliographies, pilotée par les styles repose sur cette Liste. Par défaut, sa structure est la suivante : Colonne 1 : Titre développé Colonne 2 : Titre abrégé avec points Colonne 3 : Titre abrégé sans points Colonne 4 : autre abréviation INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007 Fonctions avancées - Listes de termes  Gérer / exploiter la liste « Journals » (2) Pour pouvoir éditer au choix les deux formes des titres (développée et abrégée), il est indispensable que dans le champ Journal, le titre soit toujours enregistré de la même façon. Par défaut, cette liste est mise à jour lors de la saisie manuelle ou l‘import de références. Si le nom du journal ne figure pas déjà dans la liste, EndNote l'insère dans la première colonne de la Term List. Si les références importées contiennent des formes abrégées, des dysfonctionnements apparaitront si des abréviations se retrouvent mélangées à des formes développées. Pour éviter ce problème : on peut désactiver l'option de mise à jour automatique (Edit>Preferences>Term Lists), mais attention : la désactivation portera aussi sur les autres listes !!! Toujours vérifier la liste après un import et corriger éventuellement la liste. INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007 Fonctions avancées - Listes de termes  Gérer / exploiter la liste « Journals » (3) Pour enrichir la liste de journaux, il est possible d'utiliser des listes externes (en format texte) incluant déjà les formes développées et abrégées des titres. Plusieurs sont fournies avec le logiciel (Chemical.txt, Medical.txt, Bioscience.txt – version X) mais on peut aussi en créer soi-même ou encore en récupérer sur Internet. (voir : Pour importer de tels fichiers dans EndNote : - Menu Tools, et Define Term Lists - Sélectionner la liste Journals - Cliquer sur Import List - Sélectionner le fichier déchargé (en format texte) et cliquer sur Open INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Import d’une liste externe Exemple (1) Télécharger la « Medical journals term list » sur le site de l’University of Queensland Library Sauvegarder la liste : Save As en fichier texte (*.txt). INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Import d’une liste externe Exemple (2) Importer la liste : Tools > Define Term Lists > Journals > Import List Sélectionner le fichier texte et Ouvrir INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Lien style et liste « journals » Dans le style, le choix de l’option « Journal Names » détermine la « colonne » et donc la forme du titre utilisé dans la bibliographie. INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Travaux pratiques (6 et 7) Styles, listes de termes, Templates INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Bibliographies thématiques INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Fonctions avancées Bibliographies thématiques (1) Le regroupement des références permet de créer une bibliographie thématique à l’intérieur de laquelle les références sont classées selon un champ particulier. Toutes les références qui possèdent le même terme dans un champ seront regroupées ensemble dans la bibliographie. Le regroupement des références peut être défini selon n'importe quel champ de EndNote. INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Exemple de bibliographie thématique Copié sur le site : http://www.bibl.ulaval.ca/mieux/utiliser/endnote/pid/1859 INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Fonctions avancées Bibliographies thématiques (2) Sélectionner les références à inclure dans la liste (Show All ou Search) Tools > Subject Bibliography : sélectionner le(les) champs dont les contenus seront les en-têtes des listes, sélectionner les valeurs à utiliser comme en-têtes Paramétrage de la bibliographie thématique : En-têtes et page : Layout et 4 sous-menus : References, Terms, Page Layout, Bibliography Layout. Références : formatées d’après le style actif. Impression : Print Preview, Print ou Save INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Fonctions avancées Bibliographies thématiques (3) Un exemple d’application : Editer une liste bibliographique dans le cadre de l’évaluation individuelle ou collective INRA (CSS) Cf - Fiche technique déchargeable / Pages web ERIST http://www.nantes.inra.fr/information_scientifique_et_technique/ressources_documentaires/gerer_sa_bibliographie_avec_endnote/manuels_fiches_techniques_supports INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007 EndNote Web Les abonnés au Web of Knowledge peuvent utiliser gratuitement une version web de EndNote. Complètement intégrée à la plateforme, elle permet aux utilisateurs : d'accéder, après enregistrement ("signed in" dans le WoK) à un espace "My EndNote Web" et à sa (ses) base(s) EndNote web (EndNote Web Library) de sauvegarder (très facilement, à partir des bases du WoK) jusqu'à 10000 références dans ces bases, accessibles à partir de n'importe quelle connexion, d'organiser ses références en "dossiers thématiques" accessibles et partageables avec d'autres utilisateurs, de formater les références avec les styles disponibles, d'importer des références à partir de différentes sources, d'activer la fonctionnalité "Cite-While-You-Write" qui facilite, lors de la rédaction d'un document (avec Word ou un autre traitement de texte), l'insertion des citations dans le texte et la création de la liste bibliographique. Cette fonction nécessite, sauf pour la version X, l'installation d'un plugin complémentaire. Pour en savoir plus : Mémento EndNote Web – ERIST Nantes – décembre 2006 http://www.nantes.inra.fr/content/download/4048/56410/file/manuel-endnoteweb.pdf INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Adresses utiles et guides Le site de EndNote : http://www.endnote.com/ Site Université de Queensland (Australie) http://www.library.uq.edu.au/endnote/ Guides, manuels et tutorials : Pages web - Documentation INRA Nantes : http://www.nantes.inra.fr/information_scientifique_et_technique/ressources_documentaires/gerer_sa_bibliographie_avec_endnote manuel complet v7 : Styles, filtres, listes de périodiques http://www.nantes.inra.fr/content/download/2169/28226/file/GuideEN7.pdf Fiche technique déchargeable : « Editer une liste bibliographique dans le cadre de l’évaluation individuelle ou collective INRA (CSS) » Fiche sur l’extension Firefox EndNote http://www4.bibl.ulaval.ca/EndNote/Endnote_tutoriel.pdf http://www.hsl.unc.edu/Services/Tutorials/ENDNOTE/Contents.htm Liste de discussion : http://www.endnote.com/support/en-interest.asp INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Annexes Différents menus de commandes de EndNote Options de personnalisation (Menu Edit > Preferences)

INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007 Menu File Créer, Ouvrir, Fermer une base de données Fonctions de sauvegardes : Save a Copy : copie d’une base de données Exporter une base EndNote Importer des données dans une base EndNote Imprimer des références sélectionnées avec un style bibliographique défini INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007 Menu Edit (1) Fonctions Couper / Copier / Coller Select All : pour sélectionner toutes les références (se transforme ensuite en Unselect All) Copy Formatted : copier des lots de références dans le presse-papier pour les coller dans un traitement de texte Change Text : changer du texte à l’intérieur d’un lot de références INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007 Menus : Edit (2) Output Styles : éditer les styles existants, les modifier, créer des nouveaux styles pour l’impression des références Import Filters : créer ou éditer et modifier des filtres d’importation pour les bases de données externes (PubMed, etc…) Connection Files : créer ou éditer et modifier des fichiers de connections à des bases distantes INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Menus Edit (3) (Preferences) Paramétrages divers des bases de données, des références, des options de tri, des champs à l’affichage, etc … INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007 Menu : References Gestion des références : Saisir, modifier effacer des références Rechercher des références Se déplacer dans la base de données Visualiser les références Trier les références Modifier des champs dans les références Trouver les doublons Créer, ouvrir un lien vers un fichier, une page Web, etc… INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007 Menu Tools (1) « CWYW » : insérer des références dans un texte Word et générer la liste bibliographique Connect : se connecter à une base distante Subject bibliography : créer des listes de références « thématiques » RTF Document Scan : mettre en forme des fichiers au format RTF pour créer des bibliographies avec n’importe quel traitement de texte Manuscript Templates : utiliser des « modèles » Word selon les consignes des revues INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007 Menu Tools (2) Term Lists : gestion de listes de termes : auteurs, mots-clés, journaux Show Toolbar : visualisation de barres d’outils Show Preview/Hide Preview : visualiser à l’écran les références sélectionnées selon le style prédéfini Recover Library : réparer une base endommagée QuickFind Index : index pour rendre les recherches plus rapides INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007 Barre d’outils Menu : Tools > Show Toolbar puis cocher les barres à afficher : Main et Text Style Style pour impression des références Trier les références Saisir une nouvelle référence Ouvrir un lien Import Choix du style : menu déroulant Créer Ouvrir une base Imprimer Rechercher dans la base Search References Export de références Se connecter à une base distante INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007 Personnalisation du poste de travail Gestion des préférences (1) Via le Menu Edit > Preferences, il est possible de personnaliser EndNote grâce à différentes options. Libraries : ouverture systématique d’une bibliothèque Display fonts : paramétrage des polices d’affichage Reference Types : paramétrage des types de documents et champs bibliographiques (s’applique à toutes les bases créées) Change Case indique à EN une liste de mots pour lesquels la casse restera inchangée, quel que soit le style utilisé (sigles, abréviations, noms latins…) INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Personnalisation du poste de travail Gestion des préférences (2) Temporary citations : par défaut, syntaxe = {Smith, 1999 #24}, mais paramétrage différent possible. Sorting : liste de mots ignorés lors des tris (sur les champs Authors et Titles) Formatting Options concernant le formatage de références en liaison avec Word. Display Fields Paramétrage de l’affichage des références / écran principal (5 champs max) INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Personnalisation du poste de travail Gestion des préférences (3) Duplicates Paramétrage possible du filtre de détection des doublons et traitement des doublons dans les bibliographies Online Paramétrage du navigateur associé à EndNote Folder locations Paramétrage des répertoires d’enregistrement des styles, filtres et fichiers de connexion (choix en cas d’utilisation de la version réseau EN7) Term Lists Paramétrage de la mise à jour des Term Lists, et comportement d’aide en saisie et recherche. INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Personnalisation du poste de travail Gestion des préférences (4) Spell Check : paramétrage du correcteur orthographique (choix du dictionnaire de référence …) OpenURL : laisser les parapètres par défaut (ne fonctionne pas avec EN7, fonctionne bien avec EN9) INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007

Personnalisation du poste de travail Gestion des préférences (5) Enregistrement / transfert des préférences Dans EndNote 7 : pas de possibilité simple de transfert des préférences d’un poste à un autre (ou d’un utilisateur à un autre) Dans EndNote 8/9/10 : les préférences pour les options : Change Case, Reference Types, mots ignorés / fonction Sort, la liste des styles, filtres et fichiers de connexion favoris sont sauvegardés dans le répertoire de l’utilisateur. Chemin « type » : c:\Documents and Settings\nomutilisateur.dom\Application Data\EndNote INRA Nantes – ERIST – Dominique L’Hostis / Mars 2007