TD-2 régulation de l’expression génique Articles à la base du TD: - Para et al, 2014, PNAS, 111, 10371-376 - Varala et al, 2015, Bioessays, 37, 851-856 Caroline Hartmann & Sophie Filleur
Question 1: - Quels sont les outils moléculaires que vous connaissez qui permettent de rechercher les gènes cibles d’un facteur de transcription ? C. Hartmann & S. Filleur
Question 1: - Quels sont les outils moléculaires que vous connaissez qui permettent de rechercher les gènes cibles d’un facteur de transcription (TF) ? - In silico C. Hartmann & S. Filleur
Question 1: - Quels sont les outils moléculaires que vous connaissez qui permettent de rechercher les gènes cibles d’un facteur de transcription (TF) ? - In silico - in vitro C. Hartmann & S. Filleur
Question 1: - Quels sont les outils moléculaires que vous connaissez qui permettent de rechercher les gènes cibles d’un facteur de transcription (TF) ? - In silico - in vitro - In vivo C. Hartmann & S. Filleur
Question 1: - Quels sont les outils moléculaires que vous connaissez qui permettent de rechercher les gènes cibles d’un facteur de transcription (TF) ? - In silico - in vitro - In vivo - Par interactions moléculaires C. Hartmann & S. Filleur
Question 1: - Quels sont les outils moléculaires que vous connaissez qui permettent de rechercher les gènes cibles d’un facteur de transcription (TF) ? Charoensawan, Martinho & Wigge, 2015 C. Hartmann & S. Filleur
ChIP-chip C. Hartmann & S. Filleur Wikipedia
ChIP-seq chromatine C. Hartmann & S. Filleur Bioinfo-fr.net
DNAse-seq chromatine Chromatine C. Hartmann & S. Filleur Bioinfo-fr.net
Simple hybride de levure (Y1H) C. Hartmann & S. Filleur http://www.hybrigenics-services.com
L’outil « TARGET » Question 2: - Concevez un protocole permettant d’étudier le rôle d’un facteur de transcription « pionnier » impliqué dans la réponse à l’azote (NH4NO3 ou KNO3). C. Hartmann & S. Filleur
L’outil « TARGET » GR:récepteur aux glucocorticoïdes C. Hartmann & S. Filleur GR:récepteur aux glucocorticoïdes
L’outil « TARGET » bZIP1=basic leucine Zipper 1/ intégrateur de la réponse à l’azote et des sucres C. Hartmann & S. Filleur
Résultats de l’analyse « transcriptome » C. Hartmann & S. Filleur
Résultats de l’analyse « transcriptome » Question 3: - Comment essayeriez vous d’évaluer la véracité des résultats obtenus ? C. Hartmann & S. Filleur
Résultats de l’analyse ChIP-seq Question 3: - Comment essayeriez vous d’évaluer la véracité des résultats obtenus ? En comparant les résultats aux données de la littérature C. Hartmann & S. Filleur
Résultats de l’analyse ChIP-seq Dans ce cas seulement 850 régions promotrices ont été identifiées Question 4: - Comment essayeriez vous d’évaluer la véracité des résultats obtenus ? C. Hartmann & S. Filleur
Résultats de l’analyse ChIP-seq Dans ce cas seulement 850 régions promotrices ont été identifiées Question 4: - Comment essayeriez vous d’évaluer la véracité des résultats obtenus ? En recherchant des motifs de fixation des facteurs de transcription (bioinformatique) C. Hartmann & S. Filleur
Résultats de l’analyse ChIP-seq Dans ce cas seulement 850 régions promotrices ont été identifiées - Il y a 187 gènes, dont le promoteur a été identifié par ChIP-seq, qui ne sont pas sur la puce utilisée - 136 gènes identifiés ne passent pas des cribles stringents Finalement 527 gènes sont retenus pour la suite C. Hartmann & S. Filleur
Intégration des résultats des deux approches Question 5: - Comment interprétez vous ces résultats ? C. Hartmann & S. Filleur
Intégration des résultats des deux approches Question 5: - Comment interprétez vous ces résultats ? Certains gènes dont l’expression est modulée par le signal azote ne présentent pas de fixation du facteur de transcription bZIP1 sur leur promoteur. C. Hartmann & S. Filleur
Intégration des résultats des deux approches Question 6: - Comment trieriez-vous ces résultats pour les analyser plus en détail ? C. Hartmann & S. Filleur
Intégration des résultats des deux approches Question 6: - Comment trieriez-vous ces résultats pour les analyser plus en détail ? On peut subdiviser les résultats en trois catégories C. Hartmann & S. Filleur
Intégration des résultats des deux approches Question 6: - Comment trieriez-vous ces résultats pour les analyser plus en détail ? On peut subdiviser les résultats en trois catégories : - Classe I, le FT est fixé sans régulation d’expression - Classe II , le FT est fixé avec régulation d’expression - Classe III, régulation d’expression sans fixation de TF C. Hartmann & S. Filleur
Intégration des résultats des deux approches Question 6: - Comment trieriez-vous ces résultats pour les analyser plus en détail ? On peut subdiviser les résultats en trois catégories : - Classe I, le FT est fixé sans régulation d’expression (poised targets) - Classe II , le FT est fixé avec régulation d’expression (stable targets) - Classe III, régulation d’expression sans fixation de TF (transient targets) C. Hartmann & S. Filleur
Intégration des résultats des deux approches Question 7: - Quelles sous catégories pouvez-vous encore faire ? C. Hartmann & S. Filleur
Intégration des résultats des deux approches Question 7: - Quelles sous catégories pouvez-vous encore faire ? A = gènes à la transcription activée B= gènes à la transcription réprimée Nous avons donc 5 catégories C. Hartmann & S. Filleur
Intégration des résultats des deux approches Question 8: - Comment aller plus loin dans l’analyse ? C. Hartmann & S. Filleur
Intégration des résultats des deux approches Question 8: - Comment aller plus loin dans l’analyse ? En recherchant des motifs spécifiques dans les promoteurs des gènes de chaque catégorie C. Hartmann & S. Filleur
Intégration des résultats des deux approches Pas de régulation Up Down Up Down C. Hartmann & S. Filleur
Intégration des résultats des deux approches Expression nécessite un 2ème TF rien Up Down Up Down C. Hartmann & S. Filleur
Intégration des résultats des deux approches Question 9: - Comment aller plus loin dans l’analyse ? C. Hartmann & S. Filleur
Le mécanisme « Hit-and-run » C. Hartmann & S. Filleur