Que faire de tous ces virus respiratoires? Manuel Schibler Laboratoire de virologie

Virus: des particules variées et variables ARN ADN Rhinovirus/Enterovirus Bocavirus

Virus respiratoires Virus Genome Diversity Rhinovirus Enterovirus Influenza Resp. syncytial Parainfluenza Metapneumovirus Coronavirus Adenovirus Bocavirus RNA + RNA - DNA A, B, C, >160 types A, B, C, D, >100 types A, B, C / H3N2, H1N1pdm A and B 1, 2, 3 and 4 A1, A2, B1, B2 OC43, E229, HKU1, NL63 7 species, > 50 serotypes 4 species Lorsqu’on parle de virus respiratoire on considère en fait un ensemble de virus listés ici qui ont pour point commun d’infecter le tractus respiratoire en particulier supérieur site de l’infection primaire de tous ces agents. Au delà de ce point commun ces virus se différencient par leur structure, leur matériel génétique, je souhaite surtout ici souligner la conséquence principale de cette diversité qui est illustrée sur cette dernière colonne. Au fil du temps et de leur évolution ces virus on su générer un nombre extrêmement important d’espèces, types, géno ou sérotypes quelques soit la dénomination taxonomique; le point principal ici est que cette diversité est l’explication principale pour laquelle chacun de nous va subir au cours de sa vie de multiples infections et ré-infection par le même agent viral.

Virus respiratoires Première cause d’infections chez l’humain Première cause de maladies respiratoires Première cause d’utilisation inappropriée d’AB Site commun de réplication Syndromes cliniques similaires Tous peuvent causer: IVRS isolée Infection des voies respiratoires inférieures Caractère saisonnier ou non (RV, PIV, RSV, Flu, CoV, EV) (ADV)

Transmission Manuporté  auto-inoculation Goutelettes

Manifestations cliniques conjonctivite Rhinite/rhinosinusite Otite moyenne aiguë (enfants) Pharyngite Toux Exacerbation asthme & BPCO Pneumonie chez les immunosupprimés et chez les personnes âgées

Respiratoires & autres Virus Pathologie typique Rhinovirus Enterovirus Influenza Virus resp. syncytial Parainfluenza Metapneumovirus Coronavirus Adenovirus Bocavirus Rhino-pharyngite Pleurodynie & autres Grippe Bronchiolite Croup & autres Respiratoire & autres Respiratoires & autres Sur le plan clinique ces agents on la particularité d’engendrer bien souvent des syndromes indiscernables l’un de l’autre mais ils ont aussi leur particularités et spécificités cliniques que nous allons pas détailler; juste 3 exemples, le virus influenza est la cause de la grippe typique et le VRS celle de la bronchiolite caractéristique du jeune bébé infecté le parainfluenza la cause du faux croup

Traitements spécifiques Influenza: Oseltamivir, zanamivir Favipiravir ADV: cidofovir (Tx moëlle et poumons) RSV: ribavirine Ig Palivizumab controversés

Comment les tester? Culture: obsolète Tests rapides basés sur la détection d’antigène: Peu sensibles Peu spécifiques Limités Test de choix: (RT-)PCR en temps réel

(RT-)PCR en temps réel Un test très sensible très spécifique … et très coûteux!

Aux HUG: Panel commercial 20 virus et 1 bactérie en 5 tubes multiplex Influenza A Influenza B Influenza A H1N1 Rhinovirus Coronavirus NL63 Coronavirus 229E Coronavirus OC43 Coronavirus HKU1 Mycoplasma pneumoniae Parainfluenza 1 Parainfluenza 2 Parainfluenza 3 Parainfluenza 4 Human metapneumovirus A/B Bocavirus Respiratory Syncytial viruses A/B Adenovirus Enterovirus Parechovirus 540.-

Stratégie diagnostique aux HUG? Pas de restriction hors saison de grippe… Introduction du mini-panel RSV/Flu A et B avec l’augmentation du nb de prélèvements au début de la saison de grippe; panel complet réservé aux cas particuliers

Utilité du diagnostic? Diminution de l’utilisation inappropriée d’antibiotiques? Amélioration des mesures d’isolement? Diminution des investigations? Diminution de la durée d’hospitalisation? Chez le patient immunosupprimé (transplanté médullaire, pulmonaire): Bilan pré-greffe Infections chroniques Options thérapeutiques: diminution immunosuppression Traitements antiviraux

Conclusions Nombreux virus différents à l’origine d’un syndrome clinique commun La plupart sont des virus ARN avec taux de mutation élevé (variabilité)  virus émergents: SARS-CoV, MERS-CoV, variants influenza (H5N1, H1N1 2009, H7N9) La plupart des cas bénins; CAVE immunosuppression Pas de traitement spécifique bien défini hormis pour la grippe (et encore…) Diagnostic possible mais cher, et d’utilité pas encore très claire

Merci pour votre attention!