Roger Boll, avril 2006 Equipe de Biologie des Populations en Interaction Institut National de la Recherche Agronomique UMR 1112 : Réponses des Organismes.

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1 Roger Boll, avril 2006 Equipe de Biologie des Populations en Interaction Institut National de la Recherche Agronomique UMR 1112 : Réponses des Organismes aux Stress Environnementaux Gestion de données expérimentales de terrain Séminaire d’animation du réseau PIC, Paris, 11 avril 2006 Base de données BPI

2 Oracle 1992 Informatique de Centre 1996 Outils «libres» 2000 Web opérationnel 1998 Accès dynamique aux données 2005 Réorganisation des tables 2002 Migration Oracle -> MySql 2004 Insert données DDP sur pêcher,céréales, légumes Insert données DDP réseau clémentiniers Réorganisation de la base Insert données génotypes pucerons Insert données PIC rosier Interface Access 1993 Insert données Metcalfa Générateur d’interfaces de saisie 2006 L’historique BPI Web -BPI 2003 Base de données BPI : l’historique Roger Boll, avril 2006 Séminaire d’animation du réseau PIC, Paris, 11 avril 2006

3 Une base de données Les observations ou mesures Céréales Vergers Légumes Plantes ornementales Identification des données Projet de recherche Sites d’expérimentation et/ou collecte Expérimentation Méthodes d’observation Abréviations, mots clefs Les données référentes Catalogue(s) de génotypes Données de réf pour modèles dbt. Suivi des élevages Thématiques scientifiques Détail des données Protocoles DDP et Bio. Mol. Interfaces avec SGBD Un site internet Base de données BPI : l’existant Roger Boll, avril 2006 Séminaire d’animation du réseau PIC, Paris, 11 avril 2006

4 En dynamique des populations, quel que soit le domaine agronomique étudié ou les espèces on retrouve toujours les mêmes notions : La situation géographique La culture expérimentale L’échantillonnage spatio-temporel Les variables Les mesures Base de données BPI : la stratégie Les échelles imbriquées Choix d’un schéma logique évolutif qui va : Roger Boll, avril 2006 Séminaire d’animation du réseau PIC, Paris, 11 avril 2006 de l’échelle paysage  l’échantillon de la population  l’individu

5 TEMPORAL EXPERIMENTS CEREALS ORCHARDS VEGETABLES ORNAMENT IDENTIFICATION MEASURES SPATIAL MICRO SPATIAL ADMIN. DATA PROJECTS SITES CULTIVAR COLLECTS METHODS SHORTCUTS TAXONOMY BIOLOGY GENETIC PATTERNS POPULATION INDIVIDUAL REFERENCE DATA GENETIC CATALOGS COUNTING MODELS REARING MONITORING Le schéma logique (très) simplifié Base de données BPI : le schéma logique Roger Boll, avril 2006 Séminaire d’animation du réseau PIC, Paris, 11 avril 2006

6 BPI Serveur Centre … SGBD … Serveur Web … Applications BPI Web_bpi … EIC Admin. Données BPI Admin. Web BPI Extérieur Le support physique Base de données BPI : le support physique Roger Boll, avril 2006 Séminaire d’animation du réseau PIC, Paris, 11 avril 2006

7 Le matériel Navigateur (Mozilla ) Langage de programmation (Php) Base de données (MySql) Bibliothèque Graphique (JPGraph) Logiciel statistique (R) Editeur Html (Crimson) Tableur (Open Office) Navigateur Messagerie Tableur La plupart de ces outils peuvent être téléchargés gratuitement En l’absence d’interface spécifique, le tableur est un moyen d’échange de données Côté utilisateur Côté développement Base de données BPI : le matériel Roger Boll, avril 2006 Séminaire d’animation du réseau PIC, Paris, 11 avril 2006

8 Sorties Les flux d’informations Entrées Base de données BPI : les flux d’informations statistics : N of observed shoots : 90 N of infested shoots : 12 % of infested shoots : 13.3 Roger Boll, avril 2006 Séminaire d’animation du réseau PIC, Paris, 11 avril 2006

9 Nombre de tables BPI + BPI_Web: 43 Espace occupé par les tables : 77.5 Mo Nombre d’enregistrements : 948 536 Les statistiques Base de données BPI : les statistiques Roger Boll, avril 2006 Séminaire d’animation du réseau PIC, Paris, 11 avril 2006

10 Les perspectives Application Réseau expérimentation Prévision de risques PBI / Monitoring SGBD Autonomie de gestion des projets Développement interfaces génériques Assurance qualité Fiches protocoles de gestion Politique de stockage du patrimoine Conseil matériel Formation Langage SQL et aux outils Web Conception de schémas relationnels Recherche M odélisation dénombrement Modélisation systèmes culturaux Interactions biotiques/abiotiques Projets structurants Regroupement / échanges Partage du savoir-faire Base de données BPI : les perspectives Roger Boll, avril 2006 Séminaire d’animation du réseau PIC, Paris, 11 avril 2006