11° réunion du réseau AChroPuce / DESC

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1 11° réunion du réseau AChroPuce / DESC
Paris, le 14 juin 2017

2 2) EEQ et Accréditation Programme Delphine Fauvert

3 Martine Doco Damien Sanlaville
3) EEQ ACPA 2017 Programme Martine Doco Damien Sanlaville

4 Objectifs de l’EEQ Voir si les laboratoires / biologistes
Trouvent le ou les CNVs importants en cliniques Savent interpréter médicalement ces CNVs Suivent les recommandations

5 Deux EEQ ACPA prénatal sur données brutes : pas de parties techniques
ACPA post natal

6 ACPA prénatal Une première réussie non sans difficulté
Production des données Agilent Illumina Exception : Affymetrix : un seul labo : envoi de l’ADN Données Agilent réalisées sur une puce 60k custom (PréCytoNEM)

7 Difficultés Envoi des données : gros fichiers. Fichier ftp HCL mais données disponibles seulement 10 jours. Nécessité d’envoyer les données à 3 reprises Demande des CNVs du sujet de référence. Technique sans « témoin ». Puce designée pour avoir le minimum de CNV polymorphe. Fréquent de ne pas avoir de CNV. Pour Agilent : Nécessité du fichier design (xml) Difficulté pour installer le fichier (clavier US)

8 Démarche de Certification
Signé par tous les experts

9 Démarche de Certification
Remplis par deux laboratoires : fiche de synthèse

10 Textes de référence

11 Textes de référence

12 Compte rendu HAS / ABM

13 Textes de référence

14 Introduction EEQ ouvert à tous en 2017
Conservation du même mode de fonctionnement Laboratoires publics / privés, ACLF et non ACLF Tous les documents sur le forum : moins de problèmes pratiques

15 Organisation Trouver deux patients
Post natal : essai sur un autre tissu que les lymphocytes : cas de foetopath (Patient Dr Jaillard, CHU de Rennes). Extraction sur tissu (assez d’ADN 130 microgrammes) Pré natal : Cas du CHU de Lyon Nécessité d’une pré inscription (L. Caine) Préparation quantité suffisante d’ADN Envoie des ADN Notice explicative et lettre « clinique » Gestion des laboratoires non ACLF OK Pas de test sur plateforme SNP Test par 2 laboratoires Bon déroulement Merci aux experts pour la rapidité

16 EEQ 2017 Phase de pré inscription
Post natal : 40 laboratoires Pré natal : 36 laboratoires Envoi de 40 ADN Phase inscription / soumission / expertise : mêmes dates

17 EEQ 2017 Post natal Prénatal 40 laboratoires ont souhaité participer
40 laboratoires ont soumis (1 dossier exclu : compte rendu non chargé) Prénatal 36 laboratoires ont souhaité participer 36 laboratoires ont soumis (1 dossier avec problème)

18 Prospectif sur données fournies
EEQ ACPA DPN 2017 Prospectif sur données fournies

19

20 Expertise par 2 groupes d’experts (2 x 2) 2 Superviseurs
36 dossiers à expertiser 35 dossiers notés (1 problème technique) Résultats Expertise par 2 groupes d’experts (2 x 2) 2 Superviseurs

21 Pré analytique / qualité
Tous les laboratoires ont pu réaliser l’EEQ 2016 (32) 2017 (35) 32 oui, 0 Non 35 oui, 0 Non Indication : 2016 : 27 Oui / 5 Non; 2017 : 35 Oui / 0 Non Il faut noter l’indication : Arrêté du 27 mai 2013 paru le 7 juin 2013 2016 (32) 2017 (35) 32 oui, 0 Non 35 oui, 0 Non Au moins 1 paramètre qualité cité mais pas toujours les « normales »

22 Renseignements Version du génome 35 / 35 OK
2016 (32) 2017 (35) 30 oui, 2 Non 33 oui, 2 Non 2016 (32) 2017 (35) 32 oui, 0 Non 35 oui, 0 Non Version du génome 35 / 35 OK Mentionner la résolution théorique / pratique. Pas toujours clair

23 Partie résultat

24 Exemple de profil sur une puce 8x60 PréCytoNEM Délétion en 17q12 de 1,3 Mb allant de 34,817,422 bp à 36,168,104 bp (hg19) Courbe rouge : Patient en Cy5 – Témoin 1 en Cy3 Courbe verte : Témoin 2 en Cy5 – Patient en Cy3 Tolérance +/-400 kb

25 Contenu en gènes Délétion en 17q12 de 1,3 Mb allant de 34,817,422 bp à 36,168,104 bp (hg19)
Gène HNF1B

26 EEQ ACPA prénatal Formule ISCN 2013 et 2016 accepté
Ne pas sanctionner si l’hétérozygotie a été notée, mais aussi ne pas sanctionner si il n’a pas été noté : A discuter Tolérance +/- 400 kb Si CNV en 17q interprété en CNV bénin : 0 Respect du guide des bonnes pratiques

27 Formules acceptées Pour les bornes, cela dépend de la puce et si les personnes ont décrites la perte avec la taille max ou taille min. ISCN 2013 et 2016 accepté arr[hg19] 17q12(34,815,551-36,244,358)x1 ou arr[GRCh37] 17q12( _ )x1

28 6 / 35 ont mentionné l’hétérozygotie = 17 %
2° CNV Délétion hétérozygote incluant le gène ACACA responsable d’un déficit en Acetyl-CoA carboxylase (maladies métaboliques de transmission autosomique récessive ). Si non noté : non sanctionné Si noté : non sanctionné Identification d’un statut d’hétérozygote A indiquer ? 6 / 35 ont mentionné l’hétérozygotie = 17 %

29 Formule correcte : 29 / erreur mineure : 6
Partie résultat 2016 (32) 2017 (35) 27 oui, 2 +/- 35 oui, 0 non Erreur mineure : espace, virgule Erreur majeure : plus d’une erreur 1 faute de transcription probable Formule correcte : 29 / erreur mineure : 6 2016 : Formule correcte : 26 / erreur mineure : 10 2016 (32) 2017 (35) 31/32 35/35

30 Commentaire sur le résultat
Citer au moins un gène Interpréter : en relation ou non avec le phénotype Caractère pathogène ou non Conseil génétique Vérification FISH à privilégier Proposition DPN ?

31 Proposition de commentaire
L’étude en ACPA sur l’ADN extrait des amniocytes non cultivés a permis de mettre en évidence une délétion en 17q12 d’environ 1,3 Mb allant de la position génomique 34,817,422 bp à 36,168,104 bp (hg19). Cette délétion comprend le gène HNF1B dont l’haplo insuffisance a été rapportée chez des patients avec des kystes rénaux et un diabète de type MODY 5. Ce CNV peut expliquer le phénotype mis en évidence chez le foetus. Il est donc pathogène. Ce CNV est à vérifier en FISH. Un conseil génétique et une étude des parents sont nécessaires.

32 Vérifications, interprétation
2016 (32) 2017 (35) 32 oui, 0 Non 30 oui, 5 Non 32 oui, 0 Non 35 oui, 0 Non 26 oui, 6 Non 35 oui, 0 Non 22 oui, 10 Non 33 oui, 2 Non 1 Oui, 31 Non 3 Oui, 32 Non 32 Oui, 0 Non 35 Oui, 0 Non

33 Gestion de l’EEQ 1° EEQ DPN sur données
Plusieurs problèmes d’organisation à régler Possibilité de proposer l’EEQ à plus de laboratoires (pas de quantité d’ADN limitant)

34 Conclusions Anomalies trouvées Guide bonnes pratiques bien suivi
Bonnes performances des laboratoires Très bon résultat (moyenne labo à 17,81)

35 40 laboratoires ont soumis 1 dossier exclu (pas de CR)
EEQ ACPA post natal 2017 40 laboratoires ont soumis 1 dossier exclu (pas de CR)

36

37 Pas le prénom du fœtus Pas de DDN foetus

38 Pré analytique / qualité
Tous les laboratoires ont pu analyser les données d’ACPA 2016 (36) 2017 (39) 2014 (33) 2015 (33) 36 oui, 0 Non 39 oui, 0 Non 33 oui, 0 Non 33 oui, 0 Non Souvent, il est écrit ADN et non réellement le tissu Indication : 16 Oui / 11 Non en : 38 Oui et 1 Non Il faut noter l’indication : Arrêté du 27 mai 2013 paru le 7 juin 2013 2016 (36) 2017 (39) 2014 (33) 2015 (33) 35 oui, 1 Non 36 oui, 3 Non 32 oui, 1 Non 33 oui, 0 Non Au moins 1 paramètre qualité cité mais pas toujours les « normales » La version du génome est toujours indiquée

39 Mention du Fabricant : 39/39 Précision du format de puce : 39/39
2016 (36) 2017 (39) 2014 (33) 2015 (33) 35 oui, 1 Non 37 oui, 2 Non 32 oui, 1 Non 32 oui, 1 Non Mention du Fabricant : 39/39 Précision du format de puce : 39/39 2012 : 18 Agilent / 29 = 62 % 2013 : 23 Agilent / 30 = 76 % 2014 : 25 Agilent / 33 = 76 % - 81 % 2015 : 25 Agilent / 33 dont 5 ? (76-90 %) 2016 : 27 Agilent / 36 (75 %) 2017 : 33 Agilent / 39 (84 %) (5 Illumina, 1 Affymétrix)

40 Renseignements 2016 (36) 2017 (39) 2014 (33) 2015 (33) 36 oui, 0 Non 39 oui, 0 Non 33 oui, 0 Non 33 oui, 0 Non 2016 (36) 2017 (39) 2014 (33) 2015 (33) 35 oui, 1 Non 39 oui, 0 Non 31 oui, 2 Non 32 oui, 1 Non Mentionner la résolution théorique / pratique. Pas toujours clair

41 Partie résultat

42 Anomalie du patient EEQ
Duplication d’environ 5,6 Mb en 8q12.1q12.3 associée à une Délétion en 15q11.2 d’environ 414 kb et Délétion en 16p13.2 d’environ 80 kb Pas de sanction si absence des CNvs en 15q et 16p

43 Anomalies Duplication en 8q12.1-q12.3 de 5,6 Mb allant de 59,011,668 bp à 64,635,848 bp (hg19) : Obligatoire sinon 0 Délétion en 15q11.2 de 414 kb allant de 22,765,628 bp à 23,179,948 bp (hg19) : Facultatif mais si non noté mettre une remarque Délétion en 16p13.2 de 80 kb allant de 8,878,007 bp à 8,958,942 bp (hg19) : non obligatoire, diagnostic hétérozygotie

44 EEQ postnatal 2017 (foetopath) Duplication en 8q12. 1-q12
EEQ postnatal 2017 (foetopath) Duplication en 8q12.1-q12.3 de 5,6 Mb allant de 59,011,668 bp à 64,635,848 bp (hg19) Courbe rouge : Patient en Cy5 – Témoin 1 en Cy3 Courbe verte : Témoin 2 en Cy5 – Patient en Cy3

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46 EEQ postnatal 2017 (foetopath) Délétion en 15q11
EEQ postnatal 2017 (foetopath) Délétion en 15q11.2 de 414 kb allant de 22,765,628 bp à 23,179,948 bp (hg19) Courbe rouge : Patient en Cy5 – Témoin 1 en Cy3 Courbe verte : Témoin 2 en Cy5 – Patient en Cy3

47 EEQ postnatal 2017 (foetopath) Délétion en 16p13
EEQ postnatal 2017 (foetopath) Délétion en 16p13.2 de 80 kb allant de 8,878,007 bp à 8,958,942 bp (hg19) Courbe rouge : Patient en Cy5 – Témoin 1 en Cy3 Courbe verte : Témoin 2 en Cy5 – Patient en Cy3

48 EEQ ACPA postnat Prénom de la mère accepté
Si pas de notion de fœtus dans le commentaire ou une lettre d’accompagnement : sanctionner Seul le CNV gain en 8q apporte 2 points. Si non mentionné 0 point. Pas de pénalité si les autres CNVs ne sont pas mentionnées Formules ISCN 2013 et 2016 acceptées Tolérance +/- 400 kb Si CNV en 8q interpréter en CNV bénin : 0 Respect du guide des bonnes pratiques

49 Formule arr[hg19] 8q12.1q12.3 (59,011,668-64,635,848)x3,15q11.2(22,765,628-23,179,948)x1,16p13.2(8,878,007-8,958,842)x1 arr[GRCh37] 8q12.1q12.3( _ )x3,15q11.2( _ )x1,16p13.2( _ )x1

50 CNVs

51 Formule correcte : 29 / erreur mineure : 6 / majeure 2
Partie résultat 2016 (36) 2017 (39) 2014 (30) 2015 (33) 35 oui, 1 non 39 oui, 0 non 30 oui, 3 non 32 oui, 1 non Erreur mineure : espace, virgule Erreur majeure : plus d’une erreur 1 faute de transcription probable Formule correcte : 29 / erreur mineure : 6 / majeure 2 2016 : Formule correcte : 26 / erreur mineure : 10 36/39 complète, 3/39 incomplète

52 Commentaire sur le résultat
Citer au moins un gène Interpréter : en relation ou non avec le phénotype Caractère pathogène ou non Conseil génétique Vérification FISH à privilégier Proposition DPN ?

53 Proposition de commentaire
L’étude en ACPA sur l’ADN extrait du muscle a permis d’identifier 2(3 ?) CNV : - Une duplication d’environ 5,6 Mb en 8q12.1q12.3 comprenant plusieurs gènes OMIM dont le gène CHD7. Ces gènes sont connus pour être pathogène en haploinsuffisance. Néanmoins cette duplication participe probablement au phénotype. - Une délétion d’environ 414 kb en 15q11.2 entre BP1 et BP2. Ces délétions ont été rapporté comme facteurs de susceptibilité dans les troubles du neuro-développement. - Une délétion d’environ 84kb en 16p13.2 incluant PMM2 et ABAT. Le fœtus est donc hétérozygote pour le CDG1a. Il est nécessaire de vérifier ce(s) CNVs,d’étudier les parents et faire un conseil génétique.

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56 Vérifications, interprétation
2016 (36) 2017 (359 2014 (33) 2015 (33) 34 oui, 2 Non 35 oui, 4 Non 32 oui, 1 Non 32 oui, 1 Non 36 oui, 0 Non 35 oui, 0 Non 32 oui, 1 Non 33 oui, 0 Non 26 oui, 10 Non 39 oui, 0 Non 32 oui, 1 Non 32 oui, 1 Non 35 oui, 1 Non 35 oui, 4 Non 30 oui, 3 Non 31 oui, 2 Non 4 Oui, 32 Non 1 Oui, 38 Non 3 Oui, 30 Non 2 ?, Non 36 Oui, 0 Non 39 Oui, 0 Non 30 Oui, 3 Non 30 Oui, 3 Non

57 Conclusions Anomalies trouvées Guide bonnes pratiques bien suivi
Bonnes performances des laboratoires : Très bon résultat (moyenne labo à 18,05) Stabilisation des performances des laboratoires

58 Remarques des experts sur les EEQ

59 Remarques des experts Il est nécessaire de faire apparaître clairement dans le CR que le CNV est pathogène (ou probablement pathogène accepté aussi). Ceci afin de respecter le guide des bonnes pratiques concernant la classification des CNV. L'interprétation médicale du CNV qui doit apparaître clairement sur le CR et pas uniquement sur la lettre d'accompagnement.

60 Remarques des experts Remarque (sans pénaliser) sur la nécessité de faire apparaître que la délétion est hétérozygote et intercalaire. Peut-être faudrait-il le mentionner sur le GBP ACPA. Il serait bien que l'âge gestationnel apparaisse sur le CR du DPN : à discuter lors de la journée du réseau.

61 Remarques des experts Clarifier la notion de résolution: en effet il nous semble important de différencier le degré de résolution moyen (fournisseur) du seuil de détection ou des paramètres d'analyse (nombre d'oligos consécutifs). A discuter lors de la journée du réseau. La recherche d'une contamination maternelle n'est pas toujours mentionnée : à discuter lors de la journée du réseau. Rappeler que le signataire doit apparaître sur le CR

62 Remerciements Martine Doco, Jean Michel Dupont… : Certification
ACLF, Médifirst, Cyril Sarraustre de Menthiere Experts : Sophie Brisset, Lucie Tosca, Aurélie Coussement, Claire Beneteau Chantal Missirian, Véronique Satre, Boris Keren, (Sandra Chantot), Cédric Le Caignec Equipe ACPA Lyon Audrey Labalme, Eudeline Alix, Laurence Caine