Nutrients & Contaminants Break-Out session

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1 Nutrients & Contaminants Break-Out session
TG-DATA 7 June 2017 Facilitator : Gilbert Maudire (Ifremer, France) Rapporteur : Jorgen Jensen (ICES) Ce modèle peut être utilisé comme fichier de démarrage pour présenter des supports de formation à un groupe. Sections Cliquez avec le bouton droit sur une diapositive pour ajouter des sections. Les sections permettent d’organiser les diapositives et facilitent la collaboration entre plusieurs auteurs. Notes Utilisez la section Notes pour les notes de présentation ou pour fournir des informations supplémentaires à l’audience. Affichez ces notes en mode Présentation pendant votre présentation. N’oubliez pas de tenir compte de la taille de la police (critère important pour l’accessibilité, la visibilité, l’enregistrement vidéo et la production en ligne) Couleurs coordonnées Faites tout particulièrement attention aux diagrammes, graphiques et zones de texte. Tenez compte du fait que les participants imprimeront la présentation en noir et blanc ou nuances de gris. Effectuez un test d’impression pour vérifier que vos couleurs s’impriment correctement en noir et blanc intégral et nuances de gris. Graphiques, tableaux et diagrammes Faites en sorte que votre présentation soit simple : utilisez des styles et des couleurs identiques qui ne soient pas gênants. Ajoutez une étiquette à tous les graphiques et tableaux.

2 Break-out sessions Objectives of the Break-Out sessions
What are the pertinent existing standards and initiatives? Which are the commonalities and the differences? Are missing elements which may be relevant for MFSD? How to make them more interoperable? Quelles compétences l’audience pourra-t-elle maîtriser au terme de cette formation ? Décrivez brièvement les avantages dont l’audience pourra bénéficier suite à cette présentation.

3 Existing initiatives for Nutrients & Contaminants
Existing initiatives to be considered Inspire (MFSD must be compliant with) ICES DOME WISE SoE EMODNET Chemistry Copernicus MedPol Others ? Quelles compétences l’audience pourra-t-elle maîtriser au terme de cette formation ? Décrivez brièvement les avantages dont l’audience pourra bénéficier suite à cette présentation.

4 Inspire Environmental Monitoring Facilities
Inspire - Data Specification on Environmental Monitoring Facilities (Technical Guidelines) Describes Environmental Monitoring Facilities, Networks and Programmes Imposes general rules for interoperability : mainly Metadata, Viewing services (spatial geometry), Download (GML, WFS, WCS) Inspire Marine Pilot Quelles compétences l’audience pourra-t-elle maîtriser au terme de cette formation ? Décrivez brièvement les avantages dont l’audience pourra bénéficier suite à cette présentation.

5 Inspire Reference data model for Marine observations

6 ICES - DOME Three data models (Single Table)
- Contaminants & Effects in Biota Contaminants & Effects in Sediment Contaminants & Effects in Water Template provided (speadsheet) Make use of ICES Vocab (some of them are shared or linked with SeaDataNet/EMODNET) Quelles compétences l’audience pourra-t-elle maîtriser au terme de cette formation ? Décrivez brièvement les avantages dont l’audience pourra bénéficier suite à cette présentation.

7 EEA - WISE SoE (EIONET-WATER) Water quality in transitional, coastal and marine waters
Guidelines (since 2017) The time series reported under the water, sediment and biota table must be linked to a monitoring site, using a unique identifier. The location, identification and characteristics of the monitoring sites must be provided via the WISE Spatial data flow (WISE-5). Use 1 to 3 decimal places in reporting nutrients (usually in milligrams per litre), Use 3 to 4 decimals places in reporting hazardous substances (usually in micrograms per litre) Available reporting templates (MS Excel, XML schemas or MS Access) that can be downloaded from the data dictionary. Quelles compétences l’audience pourra-t-elle maîtriser au terme de cette formation ? Décrivez brièvement les avantages dont l’audience pourra bénéficier suite à cette présentation.

8 EEA - WISE SoE - Data Model
Element name Datatype Element type * Monitoring site identifier (monitoringSiteIdentifier) C  (PK) string Quantitative * Monitoring site identifier scheme (monitoringSiteIdentifierScheme) C  (PK) Fixed values * Water body category code (parameterWaterBodyCategory) C  (PK) Vocabulary * Sampling time (date) (phenomenonTimeSamplingDate) C  (PK) date * Determinand code (observedPropertyDeterminandCode) C  (PK) * Observed value (resultObservedValue) C decimal * Unit of measure (resultUom) C reference * Analysed matrix (procedureAnalysedMatrix) C  (PK) * Observed value below LOQ (resultQualityObservedValueBelowLOQ) C boolean Limit of quantification (procedureLOQValue) C float Observation status flag (resultObservationStatus) C Sample depth (parameterSampleDepth) C Species (parameterSpecies) C  (PK) Percent Moisture (parameterMoisture) Fat content of the analysed tissue (parameterFat) Extractable Lipid Percent (parameterExtractableLipid) Lipid Weight Percent (parameterLipid) Sample identifier (sampleIdentifier) C  (PK) Remarks (Remarks) C Quelles compétences l’audience pourra-t-elle maîtriser au terme de cette formation ? Décrivez brièvement les avantages dont l’audience pourra bénéficier suite à cette présentation.

9 EEA - WISE SoE – Observed Property
Quelles compétences l’audience pourra-t-elle maîtriser au terme de cette formation ? Décrivez brièvement les avantages dont l’audience pourra bénéficier suite à cette présentation.

10 EMODNET Chemistry Data format : Ocean Data View spreadsheet ASCII, Columns + links to vocabs SeaDataNet vocabularies (maintained by BODC ) Quelles compétences l’audience pourra-t-elle maîtriser au terme de cette formation ? Décrivez brièvement les avantages dont l’audience pourra bénéficier suite à cette présentation.

11 SeaDataNet Vocabs SeaDataNet Vocabs cover a broad spectrum of disciplines of relevance to the oceanographic and wider community Content governance is very important and is done by a combined SeaDataNet and MarineXML Vocabulary Content Governance Group (SeaVoX)

12 SeaDataNet Vocabs for data
P08 - Disciplines Metadata file/discovery P03 - Parameter Groups P02 -Parameter Discovery Vocabulary Data file P01 - Parameter Usage Vocabulary P01 semantic model: as P01 terms are complex, the exposure of their elements will make it easier to handle and to map the new/missing entries

13 P01 semantic model The vocab (P01) builder and vocab (P01) search tools you can create new terms and search in P01 with their semantic elements Property is [Concentration] Chemical substance is [phosphate {PO4}] Matrix is [water body dissolved plus reactive particulate]

14 SeaDataNet vocabs for products
P35 - EMODnet chemistry aggregated parameter names to aggregate datasets from multiple sources with the use of ODV software …

15 EMODnet Chemistry - ODV software
Link to CDI webpage P08 (discipline) P03 (Param group) P02 (discovery param) P35 (aggregated) P01

16 Copernicus Marine Environmental Monitoring Services
In-Situ Observations (Bio-Chemistry) - NetCDF Format - “Extented” CF convention … using SeaDataNet Vocabs Satellite Observation (e.g. Ocean Color) NetCDF Format CF Convention Quelles compétences l’audience pourra-t-elle maîtriser au terme de cette formation ? Décrivez brièvement les avantages dont l’audience pourra bénéficier suite à cette présentation.

17 Station description (ICES, BODC)
Quelles compétences l’audience pourra-t-elle maîtriser au terme de cette formation ? Décrivez brièvement les avantages dont l’audience pourra bénéficier suite à cette présentation.

18 Conclusions? Ce modèle peut être utilisé comme fichier de démarrage pour présenter des supports de formation à un groupe. Sections Cliquez avec le bouton droit sur une diapositive pour ajouter des sections. Les sections permettent d’organiser les diapositives et facilitent la collaboration entre plusieurs auteurs. Notes Utilisez la section Notes pour les notes de présentation ou pour fournir des informations supplémentaires à l’audience. Affichez ces notes en mode Présentation pendant votre présentation. N’oubliez pas de tenir compte de la taille de la police (critère important pour l’accessibilité, la visibilité, l’enregistrement vidéo et la production en ligne) Couleurs coordonnées Faites tout particulièrement attention aux diagrammes, graphiques et zones de texte. Tenez compte du fait que les participants imprimeront la présentation en noir et blanc ou nuances de gris. Effectuez un test d’impression pour vérifier que vos couleurs s’impriment correctement en noir et blanc intégral et nuances de gris. Graphiques, tableaux et diagrammes Faites en sorte que votre présentation soit simple : utilisez des styles et des couleurs identiques qui ne soient pas gênants. Ajoutez une étiquette à tous les graphiques et tableaux.