Travail de Hygiène - Génétique - Biostatistique

Présentation au sujet: "Travail de Hygiène - Génétique - Biostatistique"— Transcription de la présentation:

1 Travail de Hygiène - Génétique - Biostatistique
2e DMV - Groupe 33 Leyder Olivier Limbourg Olivier Lissoir Emilie

2 La race bovine laitière la plus répandue à travers le monde est la race Holstein, race laitière hyper spécialisée. Les caractères zootechniques les plus utilisés dans les schémas de sélection sont la production et la conformation (morphologie) des animaux. La qualité et la quantité des données sont deux facteurs particulièrement important pour assurer la réussite de l'évaluation génétique.

3 1) Quelles sont les informations disponibles pour réaliser les évaluations génétiques de production (quantité et qualité) en race Holstein ? 2) Quel est le modèle utilisé en Wallonie? 3) Quels sont ses avantages par rapport au modèle précédent? 4) Comment utilise-t-on les résultats de ces évaluations?

4 Les éleveurs disposent maintenant d'un nouveau système de classification des reproducteurs laitiers.

5 Les données de production laitière sont celles qui ont été enregistrées en premier, la production étant le facteur le plus important de la rentabilité de la spéculation. Il s’agissait au départ de mesurer la quantité de lait produite par chaque animal. Par la suite, on s’est intéressé aux taux de matière grasse et de protéine comme indicateurs de la qualité du lait. Deux critères complémentaires sont également mesurés : le taux cellulaire comme indicateur de la santé du pis et le taux d’urée comme indicateur du métabolisme de l’animal. Ces deux derniers critères relevant plus de la fonctionnalité de l’animal.

6 Les informations disponibles sont donc:
Quantité de lait produite par animal; Matière grasse; Protéine; Taux cellulaire.

7 Jusqu’au début de l’année 2003, l’index économique utilisé en Belgique était l’INET.
Ce dernier était uniquement basé sur les valeurs d’élevage de production. Depuis 2003, l’INET a été remplacé par la Valeur Economique Lait (V€L) et, sont venus s’ajouter trois autres index économiques pour les critères morphologiques (Pis, Membres, Corps). L’ensemble étant pondéré pour donner la Valeur Economique Globale (V€G).

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9 1) Quelles sont les informations disponibles pour réaliser les évaluations génétiques de production (quantité et qualité) en race Holstein ? 2) Quel est le modèle utilisé en Wallonie? 3) Quels sont ses avantages par rapport au modèle précédent? 4) Comment utilise-t-on les résultats de ces évaluations?

10 Actuellement, on utilise le modèle jour du test (« test-day model »).
L’idée de base est très simple : utiliser directement les résultats élémentaires à chaque contrôle (test) afin de mieux décrire la production au cours de la lactation.

11 Il existe différents types de modèles jour du test :
Modèles « simplifiés » ou à deux étapes qui se résument à une estimation améliorée des productions cumulées sur 305 jours. Ces approches définissent des courbes de références qui sont utilisées pour améliorer l’estimation des productions sur 305 jours. Par la suite, ces estimations sont traitées dans des évaluations génétiques « classiques ». Modèles en une étape qui modélisent courbes de référence et valeurs d’élevage en même temps. Il en existe deux types: a) Modèles sans courbe de lactation individuelle par vache ou modèle « incomplet », appelés ainsi parce qu’ils ne modélisent pas les courbes de lactation individuelles génétique et non génétique pour chaque vache. Le modèle allemand Holstein est un exemple. b) Modèles avec courbes de lactation individuelles par vache ou modèle « complet ». Le modèle canadien en est un exemple.

12 Tout comme les anciens modèles d’évaluation génétique basés sur des lactations, un modèle jour du test est une approche BLUP, donc une comparaison équitable d’animaux similaires qui se trouvent dans le même environnement au même moment. Cette comparaison corrige pour d’éventuelles différences génétiques entre individus à comparer. Dans un modèle jour du test, une vache est comparée aux autres animaux de lactation égale, traits au même moment (contrôle) dans un même troupeau. D’autres différences comme le stade de lactation, l’âge, la gestation en cours sont également prises en compte par le modèle.

13 Plusieurs pays utilisent déjà l’approche par jour du test
Plusieurs pays utilisent déjà l’approche par jour du test. La méthode utilisée en Wallonie a certaines particularités par rapport à celles des autres population, ceci afin de coller au mieux à la situation des élevages wallons : • Modélisation multi-race, ce qui correspond le mieux à la structure de nos troupeaux; • Modélisation multi-lactation (première à troisième) et multi-caractère (lait, matière grasse, protéine) : grâce à ceci, le modèle s’adapte bien à des lactations et/ou caractères manquants, ce qui le rend compatible avec d’éventuels systèmes de contrôle différenciés; • Modélisation des courbes de lactation intra-troupeau et année de vêlage avec régression du résultat vers la courbe de lactation de la population, ce qui est une approche optimale pour tenir compte des différences entre troupeaux par exemple dues à des systèmes d’alimentation différentiels (DAC, TMR); • Modélisation et pré-correction pour des différences dans les courbes de lactation et l’évolution intra-lactation due à l’âge et à la race, ceci pondéré d’après la composition raciale.

14 1) Quelles sont les informations disponibles pour réaliser les évaluations génétiques de production (quantité et qualité) en race Holstein ? 2) Quel est le modèle utilisé en Wallonie? 3) Quels sont ses avantages par rapport au modèle précédent? 4) Comment utilise-t-on les résultats de ces évaluations?

15 Ancien modèle : modèle lactation
Pour évaluer les vaches laitières, on se basait sur leurs productions cumulées sur une période standard de 305 jours calculées à partir des productions journalières. Ces lactations sont ensuite intégrées dans un calcul qui estime une valeur d’élevage globale sur toute la lactation. Des lactations successives sont considérées comme des répétitions. Généralement on considère les 3 (p. ex. Belgique) ou 5 (p. ex USA) premières lactations.

16 Cette approche pose un certain nombre de problèmes :
- l’estimation des productions cumulées qui apporte des erreurs ; les distances entre contrôles qui sont variables (p. ex. A4, A6, pause du juillet) ; les contrôles qui sont manquants pour différentes raisons (p. ex. suite à la fièvre aphteuse) ; l’existence d’une plus grande diversité de types de contrôles (A, B, AT, AB,…) qui doit pouvoir être prise en compte ; la présence de lactations incomplètes qui nécessitent des extrapolations ; la définition des groupes de contemporaines de vêlage qui nécessite souvent de couvrir de longues périodes. (Ce dernier point est important car l’influence directe du jour du test ou contrôle n’est pas considérée.)

17 (en anglais « test-day model »)
Face à ces problèmes et grâce aux progrès de la technologie et de la science on a pu développer une nouvelle approche de calcul appelé modèle du jour du test (en anglais « test-day model  »)

18 Nouveau modèle : modèle jour du test (test day model)
Les évaluations génétiques wallonnes pour les caractères de production (quantité de lait, matière grasse et protéine) sont basées sur un modèle jour du test (« test-day model »). La grande caractéristique de cette approche est qu’elle permet d’utiliser tous les résultats individuels ou élémentaires obtenus lors des contrôles laitiers. Les résultats (« valeur d’élevage ») qui proviennent directement de ce calcul sont exprimés en équivalent 305 jours de lactation et comme moyenne des trois premières lactations et seront désignés ultérieurement par « D » (pour domestique). Les résultats domestiques des taureaux qui disposent de suffisamment de filles en Wallonie sont envoyés à INTERBULL. En retour, INTERBULL renvoie des valeurs d’élevage internationales pour ces taureaux et de nombreux autres, exprimées en base wallonne.

19 Différentes conséquences découlent de chaque type de modèle.
En particulier du point de vue génétique le type modèle « complet » décrit plus que la production moyenne ou totale sur 305 jours, il donne en outre des valeurs d’élevage pour la persistance d écrivant l’équilibre pendant une lactation. En plus, si on considère chaque lactation comme un caractère distinct, tous les modèles donnent des valeurs d’élevage pour chaque lactation. On peut ainsi calculer des taux de maturité qui indiquent l’équilibre entre lactations.

20 Un modèle jour du test peut ainsi répondre aux problèmes précédemment :
L’estimation des productions cumulées n’est plus nécessaire. La variabilité des distances entre contrôles et contrôles manquants ne pose plus problèmes. Les différents types de contrôles (A, B, AT, BT, …) peuvent être inclus. L’extrapolation des lactations incomplètes ne doit plus être effectuée. La définition des groupes de contemporaines est plus naturelle et la description de l’environnement plus fiable, en particulier à chaque jour de contrôle. On sait à ce moment modéliser des effets de l’environnement qui changent d’un contrôle à l’autre tel que : âge, saison, gestation, etc…

21 Le modèle jour du test est manifestement une opportunité pour la Wallonie de donner à ses éleveurs un outil performant de gestion et de sélection. Il présente un grand nombre d’avantages : 1°) le modèle jour du test permet une meilleure utilisation des données existantes et des améliorations et modifications dans l’avenir : * différents types de contrôle :  réduction des coûts du contrôle laitier ; * moins de contrôles pour la même précision ; *plus grande précision avec les mêmes contrôles ;  meilleure appréciation du potentiel génétique des animaux ;  plus grande contribution propre des vaches, donc meilleure concordance entre les différences de production observées et les estimations des valeurs génétiques.

22 Le modèle jour du test permet de disposer de nouvelles informations
Le modèle jour du test permet de disposer de nouvelles informations génétiques ; * valeurs d’élevage pour la persistance des lactations ; * valeurs d’élevage pour le taux de maturité; Le modèle jour du test est un formidable outil de gestion, car il permet de disposer d’un certain nombre d’informations. Il s’agit essentiellement de : * * l’estimation précoce des productions de lactation totales ; * * la comparaison des vaches au cours de leurs lactations (vache standard) ; * * la détection des contrôles anormaux.

23 1) Quelles sont les informations disponibles pour réaliser les évaluations génétiques de production (quantité et qualité) en race Holstein ? 2) Quel est le modèle utilisé en Wallonie? 3) Quels sont ses avantages par rapport au modèle précédent? 4) Comment utilise-t-on les résultats de ces évaluations?

24  meilleure appréciation du potentiel génétique des animaux ;
Les évaluations génétiques sont donc présentées sous forme de tableau. En intégrant des caractéristiques non laitières, le choix de taureaux reproducteurs devient plus aisée. En effet, dans les exploitations moyennes, les éleveurs recherchent des vaches hautes productrices mais également, des animaux ayant une bonne conformation et qui vieillissent bien. De plus le système permet de disposer d’un certain nombre d’informations: l’estimation précoce des productions de lactation totales ; la comparaison des vaches au cours de leurs lactations (vache standard) ; la détection des contrôles anormaux.  meilleure appréciation du potentiel génétique des animaux ;  plus grande contribution propre des vaches, donc meilleure concordance entre les différences de production observées et les estimations des valeurs génétiques. L’informatisation des données permet de réaliser des recherches rapides quant au choix de ces reproducteurs et de les comparer entre eux.

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26 Conclusion: Le modèle jour du test est une fabuleuse occasion pour faire évoluer les systèmes d’évaluation génétique laitiers utilisés en Wallonie. En particulier une telle approche permet de supprimer le cloisonnement actuel entre gestion et traitement de données d’élevage (pedigree, performances), évaluation génétique et gestion des troupeaux. Or justement la régionalisation de l’agriculture donne aux éleveurs wallons, à l’Association Wallone de l’Elevage et aux scientifiques, la chance de travailler d’une façon moderne intégrant ces trois domaines et ceci dans un contexte international.

27 Références: « Les élevages belges, n°1, janvier 2002 »