Génétique Animale Vision et attentes vis-à-vis de Bios4Biol.

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1 Génétique Animale Vision et attentes vis-à-vis de Bios4Biol

2 La révolution des technologies de Séquençage La génomique révolutionne la manière de faire de la biologie 2000 100 2009 1 million 2010 1 milliard 1990 10 Nb séquences en parallèle

3 La bioinfo : Une priorité pour GA Priorité N°2 du Schéma stratégique du Département GA : « Etudier la plasticité de la structure du génome nécessitant l’acquisition massive de données, la recherche en bioinformatique, l’ingénierie. » Priorité N°3 du Schéma stratégique du Département GA : « Etudier et gérer la composante génétique de la robustesse des animaux : Des caractères aux gènes (l’identification des leviers) »

4 Les éléments du puzzle Mise en place de SIGENAE Mise en place de plateforme de production de données : GeT PlaGe Partenariat avec la Plateforme Bioinformatique de Genotoul Montage de France Génomique Un CATI commun : Bios4Biol

5 Une nécessaire complémentarité entre recherche et ingénierie Ingénierie Génomique (plateformes) Ingénierie Génomique (plateformes) Recherche Génomique Recherche Génomique Ingénierie Bioinformatique (plateformes) Ingénierie Bioinformatique (plateformes) Recherche Bioinformatique Recherche Bioinformatique Bios4Biol

6 Une nécessaire complémentarité entre recherche et ingénierie Ingénierie Génomique (plateformes) Ingénierie Génomique (plateformes) Recherche Génomique Recherche Génomique Ingénierie Bioinformatique (plateformes) Ingénierie Bioinformatique (plateformes) Recherche Bioinformatique Recherche Bioinformatique Bios4Biol

7 Un nécessaire dialogue entre Biologistes et Bioinformaticiens Biologistes Bioinformaticiens

8 Suite à ce que j’ai entendu ce matin Statut des données : Données à usage générique : séquence de référence d’un organisme Données à usage spécifique : séquences d’individus de référence (publics ou non) Données à usage unique : clonage positionnel d’un gène d’intérêt. Les choix peuvent être différents. Choix stratégiques : Ce que l’on fait nous (et que l’on se donne les moyens de maintenir) L’adossement à une solution soutenue par d’autres (Ensembl) L’utilisation de solutions toutes faites (cloud commercial)

9 Une nécessaire complémentarité entre recherche et ingénierie La culture de la qualité : La satisfaction de l’utilisateur La satisfaction de l’ingénieur : Etre utile (répondre au mieux à un besoin) Rester au top dans son domaine (gérer la tension entre production et développements). Aider la recherche en bioinformatique à identifier les goulets d’étranglements nécessitant des développements nouveaux en recherche Recherche Génomique Recherche Génomique Ingénierie Bioinformatique (plateformes) Ingénierie Bioinformatique (plateformes) Recherche Bioinformatique Recherche Bioinformatique

10 Points d’attention C’est un gros CATI : Risque de fonctionnement à plusieurs cercles, Moins évident coté animation & gouvernance, mais potentiellement plus riche Gouvernance : Mise en commun de forces de départements partageant des mêmes objectifs Auberge espagnole CATI versus PEPI Nécessaire Structuration & Pyramidage

11 Points d’attention CATI Plateforme(s)  CATI ≈ Plateforme CATI ≈ Objet big data génomique pluri Dpts, mais pas CATI unique sur cet objet Gros CATI mais non autosuffisant : nécessaires interactions avec d’autres CATI, d’autres EPST (France Génomique, IFB, Metabohub …). Big Data : Génomique/Bioinfo & Phénotypage & Biostatistiques