Profil génétique du bacille de la tuberculose en Tunisie:

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1 Profil génétique du bacille de la tuberculose en Tunisie:
Émergence et prédominance d’un complexe clonal propre à la population Tunisienne Par Helmi Mardassi Laboratoire des Mycobactéries Institut Pasteur de Tunis

2 Le génotypage peut s’appliquer à tous les niveaux
Entre individus A l’échelle d’un pays A l’échelle globale

3 Les applications du génotypage sont multiples
-Épidémies (MDR) -Infections nosocomiales -Contamination de laboratoire -Nouvelle infection/Réactivation -Source d’une chaîne de transmission -Infection simple ou multiple Marqueurs rapides IS6110 RFLP MIRUS -Situation globale (Nationale/régionale) -Etude évolutive -Évaluation des programmes nationaux de tuberculose Marqueurs lents Spoligotypage Cartographie des délétions

4 La génomique et la post-génomique comparative ont grandement contribué à la compréhension des processus évolutifs des souches du complexe tuberculosis Cole et al., 1998 Fleishman et al., 2002 Garnier et al., 1998

5 Schéma évolutif des bacilles du complexe tuberculosis
Selon Brosch et al., 2002

6 La distribution géographique du bacille tuberculeux n’est pas aléatoire évoquant un processus adaptatif Gagneux et al., 2006

7 Comment évolue le bacille de la tuberculose en Tunisie?
Evaluation de la diversité génétique

8 L’étude a porté sur des isolats de 2001 à 2005

9 Nature des résistances aux antituberculeux majeurs

10 Spacer oligotyping « spoligotyping »

11 Préparation de la membrane du spoligotypage

12 Les autres marqueurs According to Barnes & Cave, 2003
IS6110 genotyping MIRU-VNTR genotyping According to Barnes & Cave, 2003

13 T1 Haarlem 3 Divers TDSP Divers Haarlem 1 Divers 42 67 49 14 30 11 36
24 T1 57 76 62 66 31 20 69 71 41 16 04 40 23 Haarlem 3 07 63 53 78 27 60 25 56 Divers 73 06 28 55 17 50 35 22 59 34 70 37 33 21 61 39 TDSP 65 74 77 68 13 43 72 64 05 32 58 02 18 15 09 Divers 10 44 01 12 51 29 54 26 Haarlem 1 52 75 47 45 46 38 08 Divers 03 19 48

14 Distribution à l’échelle mondiale des génotypes dominants en Tunisie
Haarlem 3 T1 Haarlem 1 TDSP

15 Tunisian Dominant Spoligotype Profiles (33%)
 19, 22-24

16 Haarlem 3 Spoligotype Profiles

17 T1 Spoligotype Profiles

18 Haarlem 1 Spoligotype Profiles

19 Typical vs variants

20 Genotypes vs regions Grand Tunis Menzel Bourguiba Zaghouan Haarlem 3
TDSP TDSP T1 T1 Haarlem 3 Haarlem 1 TDSP Haarlem 1 Unknown Haarlem 3 LAM9 S LAM9 T1 Unknown Haarlem 1 M. bovis Family 33 EAI S Family 33 Family 36 Unknown Grand Tunis Menzel Bourguiba Zaghouan

21 Genotypes vs Age <= 30 31 - 40 41 - 55 > 55 Haarlem 3 TDSP
LAM9 S Unknown Family 33 M. bovis EAI <= 30 > 55

22 Genotypes vs MDR 0.025% MDR

23 Haarlem 3 est responsable d’une épidémie MDR très sévère
2 13 5 4

24 1gggggg1gg11gggggg1gg11111gggggg1111ggggggg
1ggggggggggggggggg1gg111gggggggg1111ggg1ggg 1ggggggggggggggggg1gg111gggggggg1111ggggggg g1gggggggggggggggg1gg111gggggggg1111ggggggg gg1ggggggggggggggg1gg111gggggggg1111ggggggg gggg1ggggggggggggg1gg111gggggggg1111ggg1ggg gggg1ggggggggggggg1gg111gggggggg1111ggggggg gggggg11gggggggggg1gg111gggggggg1111ggggggg gggggggg111g11gggg1gg111gggggggg1111ggggggg gggggggg11gggggggg1gg111gggggggg1111ggggggg ggggggggg gg111gggggg111111ggggggg ggggggggg11ggggggg1gg111gggggggg1111ggggggg ggggggggggg1g1gggg1gg111gggggggg1111gggggg1 gggggggggggg1ggggg1gg111gggggggg1111ggggggg ggggggggggggg1111g1gg111gggggggg1111ggggggg ggggggggggggg1gggg1gg111gggggggg1111ggggggg gggggggggggggggggg1gg ggggg gggggggggggggggggg1gg111gggg11gg1111ggggggg gggggggggggggggggg1gg111gggggggg1111ggg1ggg gggggggggggggggggg1gg111gggggggg1111ggggggg TDSP ne semble pas être associé à des épidémies ou des chaînes de transmission

25 Relations phylogénétiques entre les 3 familles majeures
de M. tuberculosis sévissant en Tunisie

26 Exploration du lien phylogénétique entre
les génotypes dominants au moyen de la localisation du lieu d’insertion de l’élément mobile IS6110

27 Cartographie des lieux d’insertion IS6110 par le biais de la GL-PCR
Transformation of E.coli Plasmid Minipreparation Fingerprinting Sequencing of amplicons Location of multiple IS6110 transposition sites Mycobacterial genome HincII digestion ligation in pBluescript vector Genomic plasmid library IS2 IS1 HincII 5’ 3’ IS6110 T7 T3 pBluscript vector

28 MDR-TB Outbreak isolate
Résultat de la GL-PCR A B M M M Control vector MTB14323 MDR-TB Outbreak isolate IS6110

29 Localisation de IS6110, MTB14323 Rv0171 mce1c Rv0403c mmpS1
Rv0794c : Rv0795c Rv1755 plcD Rv2017 : Rv2018 PE23 (Rv2328) Rv2336 Rv2352c PPE38 Rv2813 : Rv2816c Rv2819c

30 Intérêt de la GL-PCR dans l’épidémiologie moléculaire de la tuberculose
IS6110 RFLP GL-PCR (T7+IS1+IS2) GL-PCR (T3+IS1+IS2)

31 Établissement d’un lien phylogénétique entre le clone dominant TDSP et les souches de la famille Haarlem Lieux d’Insertion (à la base près) de l’élément IS6110

32 Conclusion • La tuberculose en Tunisie est associée à des souches modernes de M. tuberculosis • Quatre génotypes dominent l’épidémiologie de la tuberculose en Tunisie • Le génotype le plus dominant contient une signature spoligotypique unique au monde suggérant un cas extrême d’adaptabilité à la population endogène

33 Les prochaines avenues de recherche
• Quelles sont les bases moléculaires à l’origine d’une telle adaptabilité? • Le complexe clonal TDSP partage t-il des mécanismes avec les autres génotypes majeurs? • La pression vaccinale par le BCG et/ou la pratique DOTS a t-elle conduit à cette situation épidémiologique particulière?