Laboratoire Microorganismes: Génome et Environnement (LMGE) Université Blaise Pascal (UBP), campus des Cézeaux Interactions Hôtes-Parasites Communautés.

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1 Laboratoire Microorganismes: Génome et Environnement (LMGE) Université Blaise Pascal (UBP), campus des Cézeaux Interactions Hôtes-Parasites Communautés microbiennes: Ecotoxicologie-Santé Microbiologie de l’Environnement et Bioinformatique Virus et Métabolismes Microbiens en milieu aquatique Interactions dans les Réseaux Trophiques Aquatiques Directeur du LMGE : Télesphore SIME-NGANDO, DR CNRS telesphore.sime-ngando@univ-bpclermont.fr Tel: 04 73 40 78 36 Frédéric DELBAC, Professeur UBP Directeur Adjoint Christiane FORESTIER, Professeur UdA Didier DEBROAS, Professeur UBP Télesphore SIME-NGANDO, DR CNRS Christian DESVILETTES, Professeur UBP

2 Forçage anthropique Forçage naturel Gestion des ressources naturellesSanté humaine et animale LMGE Laboratoire Microorganismes: Génome et Environnement ECOSYSTÈME ORGANISME CELLULE GENE Biostatistiques Modélisation Bioinformatique Serveurs (METAVIR) BIODIVERSITÉ MICROBIENNE RÉSEAUX TROPHIQUES FONCTIONNEMENT DES ECOSYSTÈMES CYCLES BIOGÉOCHIMIQUES PATHOGÈNES ÉMERGENTS INTERACTIONS HÔTES/PARASITES ECOTOXICOLOGIE TOXICITÉ DE POLLUANTS Niveaux d’intégrationConnaissancesApproches Approches ECOSYSTEMIQUES Mésocosmes/microcosmes Flux, transferts de matière et d’énergie Biomarqueurs, Isotopes stables Approches CELLULAIRES Outils analytiques, Microcalorimétrie Culture Continue/Batch/Isolement Exploration cellulaire (microscopie, cytométrie,..) Approches MOLÉCULAIRES Génomique et post-génomique Méta-génomique Protéomique Ecotoxico-génomique Applications 5 équipes de recherche, > 100 personnes: 72 CDI (41 EC, 8 C, 23 ITA), 31 CDD (18 Doct., 10 PostDoct, 3 Contractuels) Interface Valorisation (Création PME): SETUBIO, ATHOS Environnement, AFYREN, Nosémoses

3 Lac PavinLac de La Godivelle Les Ecosystèmes Lacustres Rôle des microorganismes et des virus dans le fonctionnement des écosystèmes Dispositif SOERE (LACS) Systèmes d’Observation et d’Expérimentation pour la Recherche en Environnement LES ECOSYSTEMES NATURELS Hydrosystèmes : Allier Intégration dans le réseau trophique des saumons de repeuplement Transfert du carbone dans les bras-morts de l’Allier Dispositif OBLA Observatoire de la Loire et de ses Affluents Dispositif ZA Limousin

4 Rôle des microorganismes dans le devenir de xénobiotiques Dispositif SOERE Systèmes d’Observation et d’Expérimentation pour la Recherche en Environnement LES ECOSYSTEMES EXPERIMENTAUX Micro-, Mésocosmes Dispositif OBLA Observatoire de la Loire et de ses Affluents Dispositif ZA Limousin

5 Facteurs environnementaux Climat Disponibilité des ressources Pratiques apicoles Alimentation Élevage/sélection Facteurs chimiques Produits phytosanitaires Polluants environnementaux Facteurs biologiques Agents pathogènes et prédateurs Surmortalité des abeilles : conséquence de multiples facteurs et de leurs interactions Résultat marquant : effet synergique de combinaisons insecticides-parasites sur la mortalité des abeilles MICROORGANISMES ET SANTE DES ABEILLES

6 Formation de biofilms microbiens dans l’environnement et sur des dispositifs médicaux (infections nosocomiales) Thématiques de recherche : Comment prévenir la formation de biofilms sur dispositifs médicaux ? Comment traiter un biofilm formé? BIOFILM – ENVIRONNEMENT – SANTE

7 BIOINFORMATIQUE LMGE/LPC Exploitation de gros jeux de données Hébergé au CRRI

8 PRODUCTION DE CONNAISSANCES (Revues spécialisées) Illustration premières de couverture de Revues scientifiques internationales Publications dans des Revues scientifiques prestigieuses Ouvrages

9 Science & Vie, Oct 2012 INTERFACE AVEC LA SOCIETE -France Inter, France Culture, Radio-Canada CNRS Images : film « Cocktail fatal chez les abeilles » Biofutur Vulgarisation / médiatisation -Science.gouv.fr, Science Daily, -Commission Européenne/CORDIS -Reportages France 3 Auvergne, Clermont Première -La Montagne, Info magazine, Le Nouvel Observateur, Sud Ouest, La Croix, Le Progrès Avis du 16/01/2013 : l’EFSA souligne la dangerosité de 3 néonicotinoides Impacts sur la réglementation Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail Deux avis suite à des saisines de la DGAl 2013: Groupe de travail « Co-expositions des abeilles aux facteurs de stress » Autorité européenne pour la sécurité des aliments Avis du 27/05/2013 dénonçant le risque "aigu élevé" du fipronil pour la survie des abeilles Magazines scientifiques

10 INTERFACE VALORISATION : CREATION DE PME Environnement, Valorisation de la biodiversité microbienne Bureau d’étude spécialisé dans le domaine de l’environnement aquatique (Adossé au LMGE, Directeur Antoine THOUVENOT) Société spécialisée dans le développement de nouveaux produits actifs issus de la biodiversité microbienne, d’intérêt pour la cosmétique, l’hygiène, l’alimentation, la santé, l’agriculture, les industries… (Bioparc de Vichy-Hauterive, Président Jean Christophe SERGERE) Société de validation de procédés issus de l’activité microbienne en anaérobiose, pour la dégradation de co-produits agro-industriels (déchets carnés) en biomolécules d’intérêt : éthanol, AGV, méthane, hydrogène… (Hébergée au LMGE, Directeur Régis NOUAILLE) Projet de création d’entreprise innovante Criblage de molécules d’intérêt pour le traitement antiparasitaire de la nosémose des abeilles (bourse innovation, Michael ROUSSEL)

11 Génomique, Post- génomique Biologie des Populations, Ecosystèmes, Ecologie Associer des Compétences Fonctionnement intégré de systèmes complexes (hote- parasites, écosystèmes) Changement d’échelles (gène, cellule, populations, communautés, écosystèmes) Prise en compte des microorganismes dans les enjeux de l’environnement planétaire (changement global) Pluri, Interdisciplinarité Gènes (ADN, ARN) et produits des gènes (protéines, métabolites) de l’environnement Réconcilier les approches systémiques et holistiques et celles mécanistes et réductionnistes Meilleure compréhension des processus biologiques Evolution adaptative des microorganismes Génomique environnementale Ecologie Environnement Santé humaine et animale Pour mieux comprendre l’évolution du climat et des écosystèmes (Fédération Environnment) Contribuer aux enjeux scientifiques majeurs SPECIFICITE DU LMGE