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TutoriauxTutoriaux Rasmolet Deep View (Swiss PDBviewer) Rasmolet.

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1 TutoriauxTutoriaux Rasmolet Deep View (Swiss PDBviewer) Rasmolet

2 RasmolRasmol La première chose à faire est de télécharger le programme Rasmol:La première chose à faire est de télécharger le programme Rasmol: La première chose à faire est de télécharger le programme Rasmol:La première chose à faire est de télécharger le programme Rasmol: Il y a plusieurs façons de travailler avec Rasmol: 1) 1) Barres de menus (limitésau niveau des sélections…) 2) 2) Lignes de commandes (moins intuitif…) 3) 3) Les deux…(plus approprié…) Il y a plusieurs façons de travailler avec Rasmol: 1) 1) Barres de menus (limitésau niveau des sélections…) 2) 2) Lignes de commandes (moins intuitif…) 3) 3) Les deux…(plus approprié…)

3 Rasmol: lignes de commandes importantes. Boutons de la souris Bouton Gauche (BG) Rotation en X-Y Bouton Droit (BD) Translation X-Y Shift + Bouton Gauche Zoom in/out Shift + Bouton Droit Rotation en Z Ctrl + Bouton Gauche Découper en tranches selon Z (slab mode) Commandes générales importantes à retenir: load + nom de fichiers.pdb (ex. load 1adc.pdb) select + (ex. select helix, TRP, hetero…) Pour sélectionner une chaîne spécifique: select * + le nom de la chaîne (ex. select *A pour sélectionner la chaîne A dun modèle) Commandes de représentations importantes à retenir: wireframe ou wireframe + (ex. wireframe 150) spacefill ou spacefill ou spacefill temperature (Van der Waals)(ex. spacefill 120) ribbons ou ribbons (protéine en ruban: ex. ribbons 150) colour en anglais ou couleurs prédéfinies (ex. colour green, colour structure…) Commandes générales importantes à retenir: load + nom de fichiers.pdb (ex. load 1adc.pdb) select + (ex. select helix, TRP, hetero…) Pour sélectionner une chaîne spécifique: select * + le nom de la chaîne (ex. select *A pour sélectionner la chaîne A dun modèle) Commandes de représentations importantes à retenir: wireframe ou wireframe + (ex. wireframe 150) spacefill ou spacefill ou spacefill temperature (Van der Waals)(ex. spacefill 120) ribbons ou ribbons (protéine en ruban: ex. ribbons 150) colour en anglais ou couleurs prédéfinies (ex. colour green, colour structure…) Guide de commandes Rasmol Ou mMols/RasFrames/REFCARD.PDF

4 Rasmol: exemple avec 1ADC.pdb Oups! Maintenant ouvrez le fichier 1ADC dans Rasmol et effectuez la série de commandes contenues dans la fenêtre ci-dessous…observez simultanément ce qui se passe dans la fenêtre de Rasmol… déplacer Toutes les commandes de représentation (display) peuvent se faire via la barre de menu de Rasmol, mais les sélections ne peuvent seffectuer quà laide de la ligne de commandes select <>.

5 Rasmol: exemple avec 1ADC.pdb Vous devriez avoir quelques chose qui ressemble à ça!Vous devriez avoir quelques chose qui ressemble à ça! Maintenant, tapez zap dans la ligne de commande…tout devrait seffacer!

6 Rasmol: exemple avec 1ADC.pdb Observons la triade da.a. coordonnant latome de Zinc, ainsi que le cofacteur (PAD/NAD) et le substrat (éthanol).Observons la triade da.a. coordonnant latome de Zinc, ainsi que le cofacteur (PAD/NAD) et le substrat (éthanol). 3) Tapez select hetero dans la barre de commandes et colour cpk select protein strands ou menu display Strands select CYS46, CYS174, HIS67 menu Display Sticks colour CPK ou menu colour CPK select ZN spacefill ou menu Display spacefill colour CPK ou menu colour CPK select protein strands ou menu display Strands select CYS46, CYS174, HIS67 menu Display Sticks colour CPK ou menu colour CPK select ZN spacefill ou menu Display spacefill colour CPK ou menu colour CPK select *B Strands off Wireframe off Spacefill off > sur la région dintérêt select *B Strands off Wireframe off Spacefill off > sur la région dintérêt Select EOH wireframe 100 ou menu Display Sticks colour CPK ou menu colour CPK select PAD wireframe 100 ou menu Display Sticks colour yellow Select EOH wireframe 100 ou menu Display Sticks colour CPK ou menu colour CPK select PAD wireframe 100 ou menu Display Sticks colour yellow Ouvrez à nouveau le fichier 1ADC et effectuez les opérations suivantes dans lordre indiqué… 1)1)2)2)4)4) 5)5)6)6)7)7)

7 Rasmol: exemple avec 1ADC.pdb Voici ce à quoi ça devrait ressembler! Éthanol cofacteur H2OH2O H2OH2O CYS46 CYS174 HIS67 ZN Il y a moyen dafficher lidentité des molécules dans Rasmol Ex. select cys46.sg label %n …plus simple si on le fait dans un programme dimage ou de texte Il y a moyen dafficher lidentité des molécules dans Rasmol Ex. select cys46.sg label %n …plus simple si on le fait dans un programme dimage ou de texte Pour créer une image: Tapez write 1adc.bmp Ou allez dans export et format BMP Pour créer une image: Tapez write 1adc.bmp Ou allez dans export et format BMP

8 Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel… Télécharger Deep view à: Barre doutil Panneau de contrôle Barre dalignemen t Barre de fichiers Fenêtre de visualisation

9 Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel… Commande dans la fenêtre de visualisation Rotation + bouton gauche Translation ou bouton droit Zoom in/out + bouton gauche Effacer/fermerdelete Slab mode Shift + bouton gauche Rotation selon X, Y ou Z F5 (X), F6 (Y), F7 (Z) + bouton gauche Centrer/recentrerCentrer/recentrer Fichiers texte pdb Fichiers TranslationTranslation Zoom in/out RotationRotation Appliquer sur tout/sélection

10 Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel… Mesurer la distance entre 2 atomes Mesurer langle entre 3 atomes Mesurer langle de torsion entre 4 atomes/valeur de Omega, Phi et Psi Identifier un atome/a.a. Sélectionner les groupements dans un rayons de x Å autour de la sélection Appliquer le centre de rotation sur la sélection Superposition de molécules selon une sélection Mutation dun a.a. Ajuster manuellement les angles de torsion des chaînes latérales

11 Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel… Lorsque vous voulez changer la couleur, noubliez pas de spécifier sur quel élément vous voulez effectuer les changements. (ex.: menu colour; act on ribbon; et colour sec. structure)

12 Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel… Commande panneau de contrôle Colonne didentificateur de groupements Centrer sur un a.a, chaîne ou un élément de structures secondaires (éss) Bouton droit (BD) Sélectionner une série da.a (utilisez ctrl pour ajouter une sélection) BG sur un a.a et shift + BG sur le dernier a.a désiré (ou click & drag) Sélectionner tout, une chaîne ou un élément structural au complet Shift + BG pour sélectionner tout, BG sur un une chaîne ou un éss Colonne de sélection et de couleur Appliquer à une colonne complète Shift + BG Appliquer aux groupes sélectionnés BG sur len-tête de la colonne Colonne didentificateur de groupements ChaînesChaînes ésséssRésidus/a.aRésidus/a.a Colonne de sélection et de couleur La commande shift + BG doit se faire exactement à cet endroit pour être effective En-têteEn-tête

13 Types de représentations Sélectionner un modèle pdb (ou la touche tab) Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel… Afficher/Cacher la sélection Afficher/Cacher les chaînes latérales Identifier/ Étiqueter Représentation en ruban CouleurCouleur Appliquer à… Pour le type de représentation, sélectionnez au préalable le type avant dappliquer la représentation à des résidus…

14 Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel… Aller chercher les fichiers 1HEW sur PDB et ouvrez les dans Deep view. 1) Ouverture de fichier 2) Importer via pdb 3) Faire glisser le fichier pdb dans la fenêtre(drag & drop) Voici ce que vous devriez voir…si les préférences sont celles utilisées par défaut… 3 façons de faire…

15 Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel… Commençons par ajuster nos préférences! Cochez tout! À votre guise! Qualités graphiques Si vous nêtes pas à laise avec cette mise au point de paramètres, utilisez le fichier de préférences fourni sur le site ftp… Menu Preferences; open preferences et choisir dan.prf Si vous nêtes pas à laise avec cette mise au point de paramètres, utilisez le fichier de préférences fourni sur le site ftp… Menu Preferences; open preferences et choisir dan.prf

16 Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel… Activez ces deux options! Shift+BGShift+BG Lorsque vous voulez appliquer une couleur, noubliez pas de spécifier sur quel éléments vous voulez agir! (ex. menu color: act on ribbon: color sec. Structure) Amusez-vous à travers les différentes représentations du panneau de contrôle et de la barre doutil!

17 Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel… Pouvez-vous faire mieux? 1HEW: Lysozyme

18 Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel… Maintenant, essayez de reproduire cette image avec le fichier pdb 1AYF… CYS92CYS92 CYS55CYS55 CYS52CYS52 CYS46CYS46 GLY48GLY48 Notez les atomes participants à la coordination du complexe Fer/soufre!

19 Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel… Il y a dautres tutoriaux plus explicites disponibles à: Malheureusement, ceux-ci sont en anglais… VMD (Visual Molecular Dynamics): Un programme de visualisation encore plus puissant… Tutoriel disponible à:

20 VMD (Visual Molecular Dynamics): 1HEW: Lysozyme

21 VMD (Visual Molecular Dynamics): 1AYF: Bovine Adrenodoxin


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