Rasmol et Deep View (Swiss PDBviewer)

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1 Rasmol et Deep View (Swiss PDBviewer)
Tutoriaux Rasmol et Deep View (Swiss PDBviewer)

2 Rasmol La première chose à faire est de télécharger le programme Rasmol: Il y a plusieurs façons de travailler avec Rasmol: Barres de menus (limitésau niveau des sélections…) Lignes de commandes (moins intuitif…) Les deux…(plus approprié…)

3 Rasmol: lignes de commandes importantes.
Boutons de la souris Bouton Gauche (BG) Rotation en X-Y Bouton Droit (BD) Translation X-Y Shift + Bouton Gauche Zoom in/out Shift + Bouton Droit Rotation en Z Ctrl + Bouton Gauche Découper en tranches selon Z (slab mode) Guide de commandes Rasmol Ou Commandes générales importantes à retenir: load + nom de fichiers.pdb (ex. load 1adc.pdb) select + <expression> (ex. select helix, TRP, hetero…) Pour sélectionner une chaîne spécifique: select * + le nom de la chaîne (ex. select *A pour sélectionner la chaîne A d’un modèle) Commandes de représentations importantes à retenir: wireframe ou wireframe + <valeur> (ex. wireframe 150) spacefill ou spacefill <valeur> ou spacefill temperature (Van der Waals)(ex. spacefill 120) ribbons ou ribbons <valeur> (protéine en ruban: ex. ribbons 150) colour <couleur> en anglais ou couleurs prédéfinies (ex. colour green, colour structure…)

4 Rasmol: exemple avec 1ADC.pdb
Maintenant ouvrez le fichier 1ADC dans Rasmol et effectuez la série de commandes contenues dans la fenêtre ci-dessous…observez simultanément ce qui se passe dans la fenêtre de Rasmol… Toutes les commandes de représentation (display) peuvent se faire via la barre de menu de Rasmol, mais les sélections ne peuvent s’effectuer qu’à l’aide de la ligne de commandes select <>. Oups! déplacer

5 Rasmol: exemple avec 1ADC.pdb
Vous devriez avoir quelques chose qui ressemble à ça! Maintenant, tapez zap dans la ligne de commande…tout devrait s’effacer!

6 Rasmol: exemple avec 1ADC.pdb
Observons la triade d’a.a. coordonnant l’atome de Zinc, ainsi que le cofacteur (PAD/NAD) et le substrat (éthanol). Ouvrez à nouveau le fichier 1ADC et effectuez les opérations suivantes dans l’ordre indiqué… 1) 2) 4) 3) Tapez select hetero dans la barre de commandes et colour cpk select protein strands ou menu display Strands select CYS46, CYS174, HIS67 menu Display Sticks colour CPK ou menu colour CPK select ZN spacefill ou menu Display spacefill 5) 6) Select EOH wireframe 100 ou menu Display Sticks colour CPK ou menu colour CPK select PAD colour yellow 7) select *B Strands off Wireframe off Spacefill off <<zoomez>> sur la région d’intérêt

7 Rasmol: exemple avec 1ADC.pdb
Il y a moyen d’afficher l’identité des molécules dans Rasmol Ex. select cys46.sg label %n …plus simple si on le fait dans un programme d’image ou de texte Voici ce à quoi ça devrait ressembler! CYS46 cofacteur ZN HIS67 CYS174 Éthanol Pour créer une image: Tapez write 1adc.bmp Ou allez dans export et format BMP H2O

8 Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…
Télécharger Deep view à: Panneau de contrôle Barre d’outil Fenêtre de visualisation Barre de fichiers Barre d’alignement

9 Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…
Commande dans la fenêtre de visualisation Rotation + bouton gauche Translation ou bouton droit Zoom in/out Effacer/fermer delete Slab mode Shift + bouton gauche Rotation selon X, Y ou Z F5 (X), F6 (Y), F7 (Z) + bouton gauche Centrer/ recentrer Zoom in/out Translation Rotation Fichiers texte pdb Appliquer sur tout/sélection

10 Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…
Mesurer l’angle de torsion entre 4 atomes/valeur de Omega, Phi et Psi Sélectionner les groupements dans un rayons de ‘’x’’ Å autour de la sélection Ajuster manuellement les angles de torsion des chaînes latérales Superposition de molécules selon une sélection Mesurer la distance entre 2 atomes Mesurer l’angle entre 3 atomes Identifier un atome/a.a. Appliquer le centre de rotation sur la sélection Mutation d’un a.a.

11 Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…
Lorsque vous voulez changer la couleur, n’oubliez pas de spécifier sur quel élément vous voulez effectuer les changements. (ex.: menu colour; act on ribbon; et colour sec. structure)

12 Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…
Commande panneau de contrôle Colonne d’identificateur de groupements Centrer sur un a.a, chaîne ou un élément de structures secondaires (éss) Bouton droit (BD) Sélectionner une série d’a.a (utilisez ctrl pour ajouter une sélection) BG sur un a.a et shift + BG sur le dernier a.a désiré (ou click & drag) Sélectionner ‘’tout’’, une chaîne ou un élément structural au complet Shift + BG pour sélectionner tout, BG sur un une chaîne ou un éss Colonne de sélection et de couleur Appliquer à une colonne complète Shift + BG Appliquer aux groupes sélectionnés BG sur l’en-tête de la colonne Colonne d’identificateur de groupements Colonne de sélection et de couleur En-tête La commande shift + BG doit se faire exactement à cet endroit pour être effective Chaînes éss Résidus/a.a

13 Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…
Afficher/Cacher les chaînes latérales Types de représentations Identifier/Étiqueter Représentation en ruban Afficher/Cacher la sélection Couleur Sélectionner un modèle pdb (ou la touche tab) Appliquer à… Pour le type de représentation, sélectionnez au préalable le type avant d’appliquer la représentation à des résidus…

14 Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…
Aller chercher les fichiers 1HEW sur PDB et ouvrez les dans Deep view. 3 façons de faire… 1) Ouverture de fichier 2) Importer via pdb Voici ce que vous devriez voir…si les préférences sont celles utilisées par défaut… 3) Faire glisser le fichier pdb dans la fenêtre(drag & drop)

15 Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…
Commençons par ajuster nos préférences! Cochez tout! À votre guise! Si vous n’êtes pas à l’aise avec cette mise au point de paramètres, utilisez le fichier de préférences fourni sur le site ftp… Menu Preferences; open preferences et choisir dan.prf Qualités graphiques

16 Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…
Shift+BG Activez ces deux options! Amusez-vous à travers les différentes représentations du panneau de contrôle et de la barre d’outil! Lorsque vous voulez appliquer une couleur, n’oubliez pas de spécifier sur quel éléments vous voulez agir! (ex. menu color: act on ribbon: color sec. Structure)

17 Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…
Pouvez-vous faire mieux? 1HEW: Lysozyme

18 Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…
Maintenant, essayez de reproduire cette image avec le fichier pdb 1AYF… Notez les atomes participants à la coordination du complexe Fer/soufre! GLY48 CYS92 CYS46 CYS52 CYS55

19 Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…
Il y a d’autres tutoriaux plus explicites disponibles à: ‘’Malheureusement’’, ceux-ci sont en anglais… VMD (Visual Molecular Dynamics): Un programme de visualisation encore plus puissant… Tutoriel disponible à:

20 VMD (Visual Molecular Dynamics):
1HEW: Lysozyme

21 VMD (Visual Molecular Dynamics):
1AYF: Bovine Adrenodoxin