Genome Analysis Linking Recent European and African Influenza H5N1 Viruses Steven L. Salzberg,* Carl Kingsford,* Giovanni Cattoli, David J. Spiro, Daniel.

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1 Genome Analysis Linking Recent European and African Influenza H5N1 Viruses Steven L. Salzberg,* Carl Kingsford,* Giovanni Cattoli, David J. Spiro, Daniel A. Janies,§ Mona Mehrez Aly,¶ Ian H. Brown,# Emmanuel Couacy-Hymann,** Gian Mario De Mia, Do Huu Dung, Annalisa Guercio,§§ Tony Joannis,¶¶ Ali Safar Maken Ali,## Azizullah Osmani,*** Iolanda Padalino, Magdi D. Saad, Vladimir Savić,§§§ Naomi A. Sengamalay, Samuel Yingst, Jennifer Zaborsky, Olga Zorman-Rojs,¶¶¶ Elodie Ghedin,### and Ilaria Capua *University of Maryland Center for Bioinformatics and Computational Biology, College Park, Maryland, USA; Istituto Zooprofi lattico Sperimentale delle Venezie, Padova, Italy; The Institute for Genomic Research, Rockville, Maryland, USA; §Ohio State University, Columbus, Ohio, USA; ¶Animal Health Research Institute, Giza, Egypt; #Veterinary Laboratories Agency, Addlestone, England, UK; **Central Laboratory of Animal Pathology, ingerville, Côte dIvoire; Istituto Zooprofi lattico Sperimentale dellUmbria e delle Marche, Perugia, Italy; Department of Animal Health, Hanoi, Vietnam; §§Istituto Zooprofi lattico Sperimentale della Sicilia, Palermo, Italy; ¶¶National Veterinary Research Institute, Vom. Plateau State, Nigeria; ##Food and Agriculture Offi ce of the United Nations, Tehran, Iran; ***Ministry of Agriculture, Animal Husbandry and Food, Kabul, Afghanistan; Istituto Zooprofi lattico Sperimentale della Puglia e Basilicata, Foggia, Italy; US Naval Medical Research Unit No. 3, Cairo, Egypt; §§§Croatian Veterinary Institute, Zagreb, Croatia; ¶¶¶University of Ljubljana, Ljubljana, Slovenia; and ###University of Pittsburgh School of Medicine, Pittsburgh, Pennsylvania, USA

2 H5N1 virus Famille: Orthomyxoviridae (gpV) Genre: Influenzavirus type A Ag à la surface du virus: -Hemagglutinine (HA) type 5 -Neuraminidase (NA) de type 1

3 H5N1 virus 1ère Infection humaine en 1997 à Hong Kong Campagne de destruction massive des élevages Nouvelle souche en 2002 : Millions doiseaux ++++ Cas dinfections humaines en croissance En sept 2007 : 328 cas dt 200 décés Fev 2006 premier cas français ds lAin

4 Sujet de larticle Séquencer et analyser le génome de 36 souches (E, AN, SEA) Etablir des liens phylogénétiques entre les différentes souches de H5N1 Comprendre lépidémiologie du virus dans sa propagation intercontinental

5 Méthodes Échantillons (trachée, poumons, intestins, … doiseaux morts. Typage sérologique (H5N1), RT-PCR ou sérologie. Alignement avec MUSCLE Conception de primer (+M13 tag) Séquençage (Applied biosystem) Assemblage avec ELVIRA (Zone dombre) Analyse Phylogénétique (Center for Bioinformatics and computational Biology université du Maryland)

6 Résultats V1 V2 EMA HA trees EMA classe distinct +589 seq HA EMA # (Chine, Indonésie, SE Asie) Souche EMA proche Lignées EMA souche génétique commune

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8 Résultats Souche commune de Russie ou Province de Qinghai en Chine Dabord propagé par oiseaux migrateurs Puis activité humaine

9 Résultats Cf pdf

10 Résultats 3 classes : EMA 1-3 Un ancêtre commun Chaque classe a été introduite séparément Selon les régions et les arbres phylogénétiques il existe une filiation

11 Résultats PB2 + 627K (K627E) 627K = adaptation au mammifère 42/385 627K = EMA clade (20/22)

12 Conclusion Lanalyse complète de tous les génomes du Virus H5N1= instrument puissant dépidémiologie. + importance de la bioinformatique Et surtout les Bases de données