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Profil génétique du bacille de la tuberculose en Tunisie: Émergence et prédominance dun complexe clonal propre à la population Tunisienne Par Helmi Mardassi.

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1 Profil génétique du bacille de la tuberculose en Tunisie: Émergence et prédominance dun complexe clonal propre à la population Tunisienne Par Helmi Mardassi Laboratoire des Mycobactéries Institut Pasteur de Tunis

2 A léchelle globale A léchelle dun pays Le génotypage peut sappliquer à tous les niveaux Entre individus

3 Les applications du génotypage sont multiples -Épidémies (MDR) -Infections nosocomiales -Contamination de laboratoire -Nouvelle infection/Réactivation -Source dune chaîne de transmission -Infection simple ou multiple -Situation globale (Nationale/régionale) -Etude évolutive -Évaluation des programmes nationaux de tuberculose Marqueurs rapides IS6110 RFLP MIRUS Marqueurs lents Spoligotypage Cartographie des délétions

4 La génomique et la post-génomique comparative ont grandement contribué à la compréhension des processus évolutifs des souches du complexe tuberculosis Cole et al., 1998 Fleishman et al., 2002 Garnier et al., 1998

5 Selon Brosch et al., 2002 Schéma évolutif des bacilles du complexe tuberculosis

6 Gagneux et al., 2006 La distribution géographique du bacille tuberculeux nest pas aléatoire évoquant un processus adaptatif

7 Comment évolue le bacille de la tuberculose en Tunisie? Evaluation de la diversité génétique

8 Létude a porté sur des isolats de 2001 à 2005

9 Nature des résistances aux antituberculeux majeurs

10 Spacer oligotyping « spoligotyping »

11 Préparation de la membrane du spoligotypage

12 According to Barnes & Cave, 2003 IS6110 genotyping MIRU-VNTR genotyping Les autres marqueurs

13 67 49 14 30 11 36 24 57 76 62 66 31 20 69 71 04 16 41 40 23 07 63 53 78 25 56 27 60 73 06 28 55 17 50 35 22 59 34 70 37 33 21 61 39 65 74 77 68 13 43 72 64 05 32 58 02 18 15 09 10 44 01 12 51 29 54 26 52 75 47 45 46 38 08 03 19 48 42 TDSP Haarlem 3 T1 Haarlem 1 Divers

14 Haarlem 3 Haarlem 1 T1 TDSP Distribution à léchelle mondiale des génotypes dominants en Tunisie

15 Tunisian Dominant Spoligotype Profiles (33%) 19, 22-24

16 Haarlem 3 Spoligotype Profiles

17 T1 Spoligotype Profiles

18 Haarlem 1 Spoligotype Profiles

19 Typical vs variants

20 TDSP T1 Haarlem 3 Haarlem 1 LAM9 S Family 33 EAI Unknown Haarlem 3 TDSP T1 Haarlem 1 LAM9 S Family 33 Unknown TDSP Haarlem 3 T1 Haarlem 1 Family 36 M. bovis Unknown Grand TunisMenzel BourguibaZaghouan Genotypes vs regions

21 Haarlem 3 TDSP Haarlem 1 T1 LAM9 S Unknown Haarlem 3 TDSP Haarlem 1 T1 LAM9 Family 33 Unknown Haarlem 3TDSP T1 Haarlem 1 SFamily 33 TDSP Haarlem 3 T1 Haarlem 1 M. bovisEAI <= 30 31 - 4041 - 55 > 55 Genotypes vs Age

22 Genotypes vs MDR 0.025% MDR

23 Haarlem 3 est responsable dune épidémie MDR très sévère 2001 2002 2003 2004 2005 2 13 5 4 5

24 224325160415 225323151323 223323150314 223325151313 224315192414 224325160414 224325182415 225325151323 124224181313 124426171328 224326121312 223326161324 224315172324 124426153232 221325182334 223326182434 224325152434 224325172334 124326151223 223325162314 224313182414 224323192414 224323192424 225313152323 124326112327 224325151414 224325181414 223323192424 234225161323 223325182424 124326143212 224225162323 224314142324 224325161314 224325162424 223325182324 124324152222 225323152313 223325151323 223325191313 115225111312 124326111323 124326173312 224313181425 224323181425 224323182414 224323182424 224323182424 224325152325 224325161323 224325191315 122326153227 123316142435 123326153326 123326153332 124324191317 124325152424 124325172213 124325172235 124325182324 124325182334 124326113322 124326143322 124326143322 124326152324 124326153222 124326153323 124326153324 124326153426 125315172224 133325153335 222326173324 223325153334 224225183424 224313143323 224323153232 224323180423 224325152322 224325152335 224325152424 224325152424 224325152434 224325152434 224325153323 224325162324 224325163427 224325172223 224325172224 224325172324 224325172324 224325172324 224325172415 224325172424 224325172425 224325172434 224325183424 224326113423 224326153222 224326153232 224326153322 224326153326 224326153423 224326153423 224326153436 224326183422 225313143423 225323143313 225323143323 225323143423 225325152323 225325172425 323325153323 324325172334 334325153324 225325152324 TDSP ne semble pas être associé à des épidémies ou des chaînes de transmission

25 Relations phylogénétiques entre les 3 familles majeures de M. tuberculosis sévissant en Tunisie

26 Exploration du lien phylogénétique entre les génotypes dominants au moyen de la localisation du lieu dinsertion de lélément mobile IS6110

27 PCR Transformation of E.coli Plasmid Minipreparation Fingerprinting PCR Sequencing of amplicons Location of multiple IS6110 transposition sites Mycobacterial genome HincII digestion ligation in pBluescript vector Genomic plasmid library IS2 IS1 HincII 5 3 IS6110 T7 IS2 IS1 IS2 T3IS1T3 pBluscript vector Cartographie des lieux dinsertion IS6110 par le biais de la GL-PCR

28 M 1 2 3 4 A Control vector MTB14323 B M 1 2 3 4 MDR-TB Outbreak isolate Résultat de la GL-PCR IS6110

29 Rv0171 mce1c Localisation de IS6110, MTB14323 Rv0403c mmpS1 Rv0794c : Rv0795c Rv1755 plcD Rv2017 : Rv2018 PE23 (Rv2328) Rv2336 Rv2352c PPE38 Rv2813 : Rv2816c Rv2819c

30 AB IS6110 RFLP GL-PCR (T7+IS1+IS2) GL-PCR (T3+IS1+IS2) 1 2 3 4 5 6 1 2 3 4 5 Intérêt de la GL-PCR dans lépidémiologie moléculaire de la tuberculose

31 Établissement dun lien phylogénétique entre le clone dominant TDSP et les souches de la famille Haarlem Lieux dInsertion (à la base près) de lélément IS6110

32 Conclusion La tuberculose en Tunisie est associée à des souches modernes de M. tuberculosis Quatre génotypes dominent lépidémiologie de la tuberculose en Tunisie Le génotype le plus dominant contient une signature spoligotypique unique au monde suggérant un cas extrême dadaptabilité à la population endogène

33 Les prochaines avenues de recherche Quelles sont les bases moléculaires à lorigine dune telle adaptabilité? Le complexe clonal TDSP partage t-il des mécanismes avec les autres génotypes majeurs? La pression vaccinale par le BCG et/ou la pratique DOTS a t-elle conduit à cette situation épidémiologique particulière?


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