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Les mycobactéries Dr N. Fortineau Bactériologie-Virologie-Hygiène CHU de Bicêtre (94)

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1 Les mycobactéries Dr N. Fortineau Bactériologie-Virologie-Hygiène CHU de Bicêtre (94)

2 Les mycobactéries > 70 espèces identifiées Pathogènes obligatoires Opportunistes M. tuberculosis complex M. leprae M. avium complex M. kansasii M. xenopi... M. chelonae M. fortuitum M. marinum...

3 La tuberculose - Mycobacterium tuberculosis - Mycobacterium bovis - Mycobacterium africanum - M. tuberculosis complex (- Mycobacterium microti) - Réservoir essentiellement humain - Transmission quasi interhumaine par voie aérienne - Multiplication très lente (temps de génération 20h) - Persiste dans l'organisme (macrophage)

4 La tuberculose dans le Monde - 2 M de décès / an (dont 25% HIV+, surtout en Afrique) - Maladie persistante : 9 M de nouveaux cas T / an Asie : 55% Afrique : 31% Europe : 5% - Prévalence mondiale en 2007 : 13,7 M de cas M de personnes ont eu un contact infectant BK 15% patients HIV + - incidence/ hbts en baisse de 1% / an cas de tuberculose multi-Résistante

5 Facteurs aggravant l'épidémie - Infection par le VIH (Afrique sub-saharienne) - Émergence de la résistance aux anti-tuberculeux - Mouvements de populations - Populations défavorisées des pays industrialisés - Absence ou retard de diagnostic - Absence d'accès au traitement complet

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7 La tuberculose en France (2006) - Europe occidentale : incidence 17 / 10 5 ( Ex URSS : 110 / 10 5 ) - France : 8,5 / 10 5 en régression constante depuis 1993 (- 40%) Région IDF (17,3 / 10 5 ) 37% Age > 75 ans (23 / 10 5 ) Origine étrangère (39 / 10 5 ) 2006 (5336 cas) SDF (181 / 10 5 )

8 Résistance aux AntiTuberculeux : définitions Résistance primaire : nouveaux cas (= jamais traités par antituberculeux) Résistance secondaire : cas déjà été traités 1 mois par antituberculeux Multirésistance : Résistance INH+RMP Ultrarésistance Multirésistance + R à Fluoroquinolones + R à 1 aminoside autre que streptomycine (amikacine/capréomycine)

9 Résistance aux AntiTuberculeux en France (2005) Résistance "primaire" - Isoniazide : 4,2 % - Rifampicine : 0,9% Multi-résistance primaire (INH + RIF) : 0,7% Résistance "secondaire" - Streptomycine : 6,3 % - Streptomycine : 11,7 % - Isoniazide : 14 % - Rifampicine : 8,9 % Multi-résistance secondaire (INH + RIF) : 6,9 % 8,8 % R à 1 AT 21% R à 1 AT - Ethambutol : 0,6 % - Ethambutol : 3,5 %

10 Résistance aux Anti-Tuberculeux en France - Naissance dans un pays étranger : R primaire et secondaire + élevées - Infection par le VIH : R secondaire plus élevée - Excrétion de BAAR multi-R est prolongée - 42% de guérison après 2 ans de traitement - 2/3 des multi-R sont primaires - Cas de tuberculose multi-R environ 70 / an - 1,3% de tuberculose multi-R (taux faible)

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12 Diagnostic bactériologique de la tuberculose - Examen direct - Culture - Identification - Antibiogramme + / - Amplification génique (PCR) Différentes étapes - Prélèvement

13 Diagnostic bactériologique de la tuberculose pulmonaire - Choix des prélèvements : - Expectoration spontanée (à jeun au réveil) x 3 jours - Tubage gastrique (à jeun au réveil) x 3 jours - Fibroscopie bronchique avec aspiration +/- biopsies si lésions - Lavage bronchoalvéolaire (petit volume 20 ml de H 2 O) - Liquide pleural, biopsie de plèvre, biopsie ganglionnaire... - Hémocultures dans miliaire et formes disséminées (milieux spéciaux) - Expectoration provoquée (séance de kiné) x 3 jours

14 Diagnostic bactériologique de la tuberculose pulmonaire Examen microscopique direct : JO - Colorations de Ziehl et fluorescence (auramine) après concentration/ fluidification - Sensibilité : BAAR/ml = + dans 60% des tuberculoses pulmonaires Mais ne permet pas d'identifier directement l'espèce de mycobactérie - Positivité souvent synonyme de tuberculose chez l'immunocompétent - Très souvent négatif dans la miliaire tuberculeuse

15 Diagnostic bactériologique de la tuberculose pulmonaire Examen microscopique direct : JO Coloration de Ziehl x 1000 Coloration auramine x 400

16 Diagnostic par Amplification Génique Principe : amplification et détection d'une cible (ADN ou ARN spécifique) Pour Contre Bonne sensibilité théorique (si direct + 95%) Sensibilité controverservée (inhibiteurs) Rapidité du résultat (< 24h) Ne permet pas de s'affranchir de la culture Coût élevé (B250) / culture (B60) Mauvaise valeur prédictive négative Bonne spécificité (98%) (si direct négatif : sensibilité < 60% / culture) PCR (Test Amplicor, Roche Diagnostic System) TMA (Test Gene Probe BioMérieux) PCR "maison" IS6110 SDA (Test Probetec, BD) Tests disponibles :

17 Diagnostic de tuberculose par culture - Seul diagnostic de certitude - Permet l'identification ultérieure et la réalisation de l'antibiogramme - Durée +++ : 15 jours à 3 mois (milieu solide) à 8-20 jours (milieu liquide)

18 Diagnostic bactériologique de la tuberculose Objectifs de l'American Thoracic Society et du C.D.C. (1995) - Résultats de l'examen direct 24 h (J0) - Obtenir une culture positive J10 - Identification de M. tuberculosis à J15-J21 - Antibiogramme de M. tuberculosis à J21-J28

19 Diagnostic biologique de la tuberculose - Examen direct - Culture + - Identification - Antibiogramme Timing des différentes étapes - Prélèvement J0 J0-J1 J6-J J J J

20 Diagnostic bactériologique de la tuberculose Techniques "classiques" de référence : LONG - Culture en milieu solide à base d'oeuf : Löwenstein-Jensen - Identification : Aspect et pigmentation des colonies Délai de croissance Tests biochimiques jours +

21 Diagnostic bactériologique de la tuberculose Techniques "récentes" : + RAPIDES - Culture en milieu liquide avec système de détection : Production de CO 2 ou Consommation d' O 2 - Avantages : Sensibilité 94 % (LJ : %) Liquide + LJ : 100 % Délai de culture Antibiogramme directement réalisable en 7-10 jours < 15 jours pour M. tuberculosis

22 Identification rapide des mycobactéries à partir des cultures en milieu liquide Hybridation de l ADN ou ARN avec sondes spécifiques (AccuProbe) Amplification génique (P.C.R.) Restriction de l ADN par des endonucléases spécifiques (R.F.L.P) Séquençage de fragments d ADN H.P.L.C des acides mycoliques, mise en évidence dantigènes spécifiques - Techniques phénotypiques - Techniques génotypiques

23 PCR-RFLP / Technique PRA (gène rpoB) d'après Lee H. et coll.,J. Clin. Microbiol., M. gordonae 9. M. moriokaese 3. M. kansasii I 4. M. gallinarum 5. M. avium 6. M. scrofulaceum 7. M. asiaticum 8. M. chelonae 2. M. szulgai 10. M. phlei 11. M. pulveris 12. M. fortuitum I 13. M. austroafricanum 14. M. smegmatis 15. M. marinum

24 PCR-Hybridation inversée / Test LiPA Mycobactéries M. chelonae M. scrofulaceum M. intracellulare M. avium M.A.I.S M. gordonae M. xenopi M. kansasii M. tuberculosis compl. Mycobacterium sp. MTBMAMKMCMGMAISMNM substrat Cible ADN : région intercistronique codant pour ARN16s

25 Traitement de la Tuberculose pulmonaire - En l'absence de traitement : Mortalité 50% - Avec antituberculeux : Mortalité 5% - Les Antituberculeux : Streptomycine (1944) PAS (1946) Isoniazide (1952) Kanamycine (1957) Ethambutol (1968) Rifampicine (1965) Pyrazinamide (1980) Ofloxacine (1987) Guérison spontanée : 30% Chronicité : 20% 4 Majeurs

26 Traitement de la Tuberculose pulmonaire M1 M2M3M4M5 M6 Mois Isoniazide 4-5 mg/kg/j Rifampicine 10 mg/kg/j Pyrazinamide mg/kg/j +/- Ethambutol mg/kg/j J0

27 Traitement de la Tuberculose pulmonaire * M1-M2 M3-M6 Traitement standard Grossesse Rifater 1cp/12 kg +/- éthambutol 15 mg/kg Rifinah 1cp/30 kg Rifampicine 10 mg/kg Isoniazide 4-5 mg/kg Ethambutol 10 mg/kg Rifampicine 10 mg/kg Isoniazide 4-5 mg/kg M7-M9 - * à bacilles sensibles en une prise quotienne, à distance d'un repas

28 Traitement de la Tuberculose pulmonaire multi-R Associer au moins 3 antituberculeux actifs pendant 18 mois - Ofloxacine - Amikacine - Streptomycine - Ethionamide

29 Surveillance du traitement de la tuberculose


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