Les mycobactéries Dr N. Fortineau Bactériologie-Virologie-Hygiène

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1 Les mycobactéries Dr N. Fortineau Bactériologie-Virologie-Hygiène
CHU de Bicêtre (94)

2 Les mycobactéries > 70 espèces identifiées Pathogènes obligatoires
Opportunistes M. avium complex M. tuberculosis complex M. kansasii M. leprae M. xenopi ... M. chelonae M. fortuitum M. marinum ...

3 La tuberculose - Mycobacterium tuberculosis
complex - Mycobacterium bovis - Mycobacterium africanum (- Mycobacterium microti) - Multiplication très lente (temps de génération 20h) - Persiste dans l'organisme (macrophage) - Réservoir essentiellement humain - Transmission quasi interhumaine par voie aérienne

4 La tuberculose dans le Monde
M de personnes ont eu un contact infectant BK - Maladie persistante : 9 M de nouveaux cas T / an Asie : 55% 15% patients HIV + Afrique : 31% Europe : 5% - 2 M de décès / an (dont 25% HIV+, surtout en Afrique) Malgré l'existence d'anti-tuberculeux efficaces depuis plus de 30 ans maladie déclarée ré-emergente par l'OMS en 1993 98 % des décès surviennent dans les pays du tiers-monde en l'absence de traitement chaque patient est capable d'infecter 10 à 15 autres personnes 5 à 10 % des infectés développent la maladie - Prévalence mondiale en 2007 : 13,7 M de cas cas de tuberculose multi-Résistante - incidence/ hbts en baisse de 1% / an

5 Facteurs aggravant l'épidémie
- Absence d'accès au traitement complet - Absence ou retard de diagnostic - Émergence de la résistance aux anti-tuberculeux - Infection par le VIH (Afrique sub-saharienne) - Mouvements de populations tuberculose responsable de 15% des décès chez HIV+ Survient précocément à un stade d ’immunodépression modérée : > 200 CD4 Volontiers extra-pulmonaire en Afrique HIV responsable de l'augmentation de l'incidence de la tuberculose depuis 10 ans Apparition de souches R en rapport avec traitements incomplets ou mal suivis : mieux vaut pas de traitement du tout qu'un ttt partiel Emergence de souches multi R (INH + Rif) dans l'ancienne URSS TTT des MDR : + long (2ans), plus cher (100X), plus toxique + de voyages en avion, déplacements de population, Populations défavorisées : SDF, milieu carcéra, immigrésl.. - Populations défavorisées des pays industrialisés

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7 La tuberculose en France (2006)
- Europe occidentale : incidence 17 / 105 ( Ex URSS : 110 / 105 ) - France : 8,5 / 105 en régression constante depuis 1993 (- 40%) 2006 (5336 cas) SDF (181 / 105) Région IDF Age > 75 ans Origine étrangère (17,3 / 105 ) 37% (23 / 105) (39 / 105)

8 Résistance aux AntiTuberculeux : définitions
Résistance primaire : nouveaux cas (= jamais traités par antituberculeux) Résistance secondaire : cas déjà été traités 1 mois par antituberculeux Multirésistance : Résistance INH+RMP Ultrarésistance Multirésistance + R à Fluoroquinolones + R à
1 aminoside autre que streptomycine (amikacine/capréomycine)

9 Résistance aux AntiTuberculeux en France (2005)
- Ethambutol : 0,6 % Résistance "primaire" - Isoniazide : 4,2 % 8,8 % R à 1 AT - Rifampicine : 0,9% - Streptomycine : 6,3 % Multi-résistance primaire (INH + RIF) : 0,7% - Ethambutol : 3,5 % Résistance "secondaire" - Isoniazide : 14 % 21% R à 1 AT - Rifampicine : 8,9 % - Streptomycine : 11,7 % Multi-résistance secondaire (INH + RIF) : 6,9 %

10 Résistance aux Anti-Tuberculeux en France
- Cas de tuberculose multi-R environ 70 / an - 1,3% de tuberculose multi-R (taux faible) - 2/3 des multi-R sont primaires - Naissance dans un pays étranger : R primaire et secondaire + élevées - Infection par le VIH : R secondaire plus élevée - 42% de guérison après 2 ans de traitement - Excrétion de BAAR multi-R est prolongée

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12 Diagnostic bactériologique de la tuberculose
Différentes étapes - Prélèvement + / - Amplification génique (PCR) - Examen direct - Culture - Identification - Antibiogramme

13 Diagnostic bactériologique de la tuberculose pulmonaire
- Choix des prélèvements : - Expectoration spontanée (à jeun au réveil) x 3 jours - Expectoration provoquée (séance de kiné) x 3 jours - Tubage gastrique (à jeun au réveil) x 3 jours - Fibroscopie bronchique avec aspiration +/- biopsies si lésions - Lavage bronchoalvéolaire (petit volume 20 ml de H2O) - Liquide pleural, biopsie de plèvre, biopsie ganglionnaire... - Hémocultures dans miliaire et formes disséminées (milieux spéciaux)

14 Diagnostic bactériologique de la tuberculose pulmonaire
Examen microscopique direct : JO - Colorations de Ziehl et fluorescence (auramine) après concentration/ fluidification - Sensibilité : BAAR/ml = + dans 60% des tuberculoses pulmonaires - Positivité souvent synonyme de tuberculose chez l'immunocompétent Mais ne permet pas d'identifier directement l'espèce de mycobactérie - Très souvent négatif dans la miliaire tuberculeuse

15 Diagnostic bactériologique de la tuberculose pulmonaire
Examen microscopique direct : JO Coloration auramine x 400 Coloration de Ziehl x 1000

16 Diagnostic par Amplification Génique
Principe : amplification et détection d'une cible (ADN ou ARN spécifique) Pour Contre Bonne sensibilité théorique (si direct + 95%) Sensibilité controverservée (inhibiteurs) (si direct négatif : sensibilité < 60% / culture) Bonne spécificité (98%) Mauvaise valeur prédictive négative Rapidité du résultat (< 24h) Coût élevé (B250) / culture (B60) Ne permet pas de s'affranchir de la culture Tests disponibles : PCR "maison" IS6110 SDA (Test Probetec, BD) PCR (Test Amplicor, Roche Diagnostic System) TMA (Test Gene Probe BioMérieux)

17 Diagnostic de tuberculose par culture
- Seul diagnostic de certitude - Permet l'identification ultérieure et la réalisation de l'antibiogramme - Durée +++ : 15 jours à 3 mois (milieu solide) à jours (milieu liquide)

18 Diagnostic bactériologique de la tuberculose
Objectifs de l'American Thoracic Society et du C.D.C. (1995) - Résultats de l'examen direct ≤ 24 h (J0) - Obtenir une culture positive ≤ J10 - Identification de M. tuberculosis à J15-J21 - Antibiogramme de M. tuberculosis à J21-J28

19 Diagnostic biologique de la tuberculose
Timing des différentes étapes - Prélèvement J0 - Examen direct J0-J1 - Culture + J6-J60 - Identification J - Antibiogramme J 20-80 J

20 Diagnostic bactériologique de la tuberculose
Techniques "classiques" de référence : LONG - Culture en milieu solide à base d'oeuf : Löwenstein-Jensen - Identification : Délai de croissance 20-30 jours + Aspect et pigmentation des colonies 20-30 jours Tests biochimiques

21 Diagnostic bactériologique de la tuberculose
Techniques "récentes" : + RAPIDES - Culture en milieu liquide avec système de détection : Production de CO2 ou Consommation d' O2 - Avantages : Délai de culture < 15 jours pour M. tuberculosis Sensibilité 94 % (LJ : %) Liquide + LJ : 100 % Antibiogramme directement réalisable en jours

22 Identification rapide des mycobactéries
à partir des cultures en milieu liquide - Techniques phénotypiques H.P.L.C des acides mycoliques, mise en évidence d’antigènes spécifiques - Techniques génotypiques Hybridation de l ’ADN ou ARN avec sondes spécifiques (AccuProbe) Amplification génique (P.C.R.) Restriction de l ’ADN par des endonucléases spécifiques (R.F.L.P) Séquençage de fragments d ’ADN

23 PCR-RFLP / Technique PRA (gène rpoB)
1. M. gordonae 10. M. phlei 2. M. szulgai 11. M. pulveris 3. M. kansasii I 12. M. fortuitum I 4. M. gallinarum 13. M. austroafricanum 5. M. avium 14. M. smegmatis 6. M. scrofulaceum 15. M. marinum 7. M. asiaticum 8. M. chelonae 9. M. moriokaese d'après Lee H. et coll.,J. Clin. Microbiol., 2000

24 PCR-Hybridation inversée / Test LiPA Mycobactéries
substrat Mycobacterium sp. M. tuberculosis compl. M. kansasii M. xenopi M. gordonae M.A.I.S M. avium M. intracellulare M. scrofulaceum M. chelonae M MAIS MG MC MK MA MTB NM Cible ADN : région intercistronique codant pour ARN16s

25 Traitement de la Tuberculose pulmonaire
- En l'absence de traitement : Mortalité 50% Guérison spontanée : 30% Chronicité : 20% - Avec antituberculeux : Mortalité 5% - Les Antituberculeux : 4 Majeurs Streptomycine (1944) Isoniazide (1952) PAS (1946) Rifampicine (1965) Kanamycine (1957) Pyrazinamide (1980) Ofloxacine (1987) Ethambutol (1968)

26 Traitement de la Tuberculose pulmonaire
Mois Isoniazide 4-5 mg/kg/j Rifampicine 10 mg/kg/j Pyrazinamide 20-30 mg/kg/j +/- Ethambutol 15-20 mg/kg/j J0

27 Traitement de la Tuberculose pulmonaire *
M1-M2 M3-M6 M7-M9 Rifater 1cp/12 kg Traitement standard Rifinah 1cp/30 kg - +/- éthambutol 15 mg/kg Rifampicine 10 mg/kg Rifampicine 10 mg/kg Grossesse Isoniazide 4-5 mg/kg Isoniazide 4-5 mg/kg Ethambutol 10 mg/kg en une prise quotienne, à distance d'un repas * à bacilles sensibles

28 Traitement de la Tuberculose pulmonaire multi-R
Associer au moins 3 antituberculeux actifs pendant 18 mois - Ofloxacine - Amikacine - Streptomycine - Ethionamide

29 Surveillance du traitement de la tuberculose