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Diversité du monde Bactérien 1-Introduction 2-Classification du monde vivant 2.1-Classification phénotypique 2.2-Classification phylogénétique: Larbre.

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1 Diversité du monde Bactérien 1-Introduction 2-Classification du monde vivant 2.1-Classification phénotypique 2.2-Classification phylogénétique: Larbre du vivant 2.3-Taxinomie 2.4-LUCA 3-Les Archées 4-Diversité des Bactéries 4.1-Thermotoga 4.2-Aquifex 4.3-Bacteroides/Cytophaga 4.4-Planctomyces 4.5-Cyanobactéries 4.6-Spirochètes 4.7-Proteobactéries 4.8-Gram-positives 4.9-Bactéries vertes filamenteuses 5-Explication dune telle diversité 5.1-Mutations et transfert horizontaux 5.2-Transduction 5.3-Transformation 5.4-Conjugaison 6-La Métagénomique 6.1-Principe 6.2- Intérêt 6.3- La métagénomique des Océans 6.4-La métagénomique de notre corps Les microbes et nous « Human Microbiome Project » et « METAgenomics of the Human Intestinal Tract » Un transfert horizontal entre un sushi et un japonais!!! 7-Conclusion

2 -Définir larbre du vivant (Les différents domaines du vivant-LUCA-Utilisation de lARN16S) -Acquérir quelques notions de Taxinomie (Les différents niveaux) -Savoir donner quelques caractéristiques des Archées (Caractéristiques cellulaires et métaboliques) -Diversité des Bactéries (Citez les phyla majeurs et caractéristiques associées) -Comprendre lorigine de la diversité bactérienne (Citez les mécanismes à lorigine du polymorphisme génétique) -Définir/Comprendre/Analyser la métagénomique Notions à Acquérir

3 Hier… Anthonie Van Leeuwenhoek ( ) Haeckel (1866) Animalia Plantae Protista (1950) Animalia Plantae Protista Monera Whittaker (1969) Animalia Plantae Protista Monera Fungi

4 1960 Whittaker 2-Classification du monde vivant 2.1-Classification phénotypique Plantes AnimauxChampignons Protistes Monera Whittaker's classification Tree of 1967

5 Hier… Anthonie Van Leeuwenhoek ( ) Haeckel (1866) Animalia Plantae Protista 1950 Animalia Plantae Protista Monera Whittaker (1969) Animalia Plantae Protista Monera Fungi Woese Fox (1977) Archées Bactéries Eucaryotes

6 2-Classification du monde vivant 2.2-Classification phylogénétique

7

8 2-Classification du monde vivant 2.2-Classification phylogénétique Domaine: Embranchement:

9

10 Des protéines paralogues anciennement dupliquées

11 Règne/Kingdom Embranchement/Phylum/Division Genre/genus Eubacteria Proteobacteria Escherichia Bacteria Gamma Proteobacteria Enterobacteriales Enterobacteriaceae Escherichia coli 2-Classification du monde vivant 2.3-Taxinomie

12 2-Classification du monde vivant 2.4-LUCA

13 3-Les Archées Haloquadratum walsbyi LUCA

14 Halobacterium et les marais salants Larchée Ferroplasma acidarmanus

15 Photo Karl Stetter Pyrolobus fumarii Blacksmoker in Atlantic Ocean

16 LUCA Thermophiles avec un embranchement ancien Thermotoga Aquifex 4-Diversité des Bactéries 4.1-Thermotoga 4.2-Aquifex

17 Rappel

18 LUCA Bacteroides Cytophaga Kientz B. PLOS ONE Diversité des Bactéries 4.3-Bacteroides/Cytophaga

19 LUCA A thin-sectioned cell of Gemmata obscuriglobus prepared by a high-pressure freezing method, showing a clear nuclear body compartment bounded by a nuclear envelope that consists of two membranes. The nuclear envelope is clearly delineated by the ribosome-like particles. Courtesy of Kuo-Chang Lee and John A. Fuerst, University of Queensland Planctomyces 4-Diversité des Bactéries 4.4-Planctomyces

20 LUCA Cyanobactéries Spirochètes 4-Diversité des Bactéries 4.5-Cyanobactéries 4.6-Spirochètes

21 LUCA 4-Diversité des Bactéries 4.7-Proteobactéries Myxobactéries Helicobacter pylori

22 Gram+ Gram- microscopic image of a Gram stain of mixed Gram-positive cocci (Staphylococcus aureus ATCC 25923, purple) and Gram-negative bacilli (Escherichia coli ATCC 11775, red). Magnification:1,000 source: wikipedia Rappel

23 LUCA Chloroflexi Staphyloccocus Chloroflexux aurantiacus Pierson & Castenholz (1974) Arch. Microbiol. 100, Diversité des Bactéries 4.8-Gram-positives 4.9-Bactéries vertes filamenteuses

24 5-Explication dune telle diversité 5.1-Mutations et transfert horizontaux 5.2-Transduction Bactériophage T4. Modèle géant créé par lartiste Gaelle Bauer pour les 4èmes journées de microbiologie.

25 Conjugaison 5-Explication dune telle diversité 5.3-Transformation 5.4-Conjugaison


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