Mobyle & MobyleNetBIOS – – 2009.11.27 Mobyle & MobyleNet Sébastien Carrere (présentation de Hervé Ménager) Un portail.

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1 Mobyle & MobyleNetBIOS – Sebastien.Carrere@toulouse.inra.fr – 2009.11.27 Mobyle & MobyleNet Sébastien Carrere (présentation de Hervé Ménager) Un portail intégré pour des services de bioinformatique distribués

2 Mobyle & MobyleNetBIOS – Sebastien.Carrere@toulouse.inra.fr – 2009.11.27 Motivation problème: faciliter l'accès aux outils bioinformatiques pour les biologistes. – outils bioinformatiques ~= outils en ligne de commande le plus souvent. – outils en ligne de commande difficultés d'apprentissage. – Fournir une interface web, plus familière aux biologistes. – Le développement d'interfaces spécifiques est répétitif, coûteux, et source d'erreurs. système PISE (C. Letondal) système PISE (C. Letondal)

3 Mobyle & MobyleNetBIOS – Sebastien.Carrere@toulouse.inra.fr – 2009.11.27 Motivation Le système PISE (1999): Le système PISE (1999): – un outil pour la génération d'interfaces web pour les programmes de Biologie Moléculaire, Le serveur RPBS (2004): Le serveur RPBS (2004): – autre système, faisant évoluer certains des concepts de PISE. mais: mais: – fonctionnalités limitées, – nouvelles demandes des biologistes. problème: problème: – systèmes difficilement extensibles: nouveau projet pour intégrer anciens et nouveaux concepts.

4 Mobyle & MobyleNetBIOS – Sebastien.Carrere@toulouse.inra.fr – 2009.11.27 Mobyle Qu'est-ce que Mobyle? Un portail d'analyses de bioinformatique Un portail d'analyses de bioinformatique Permet l'utilisation via une interface Web d'un ensemble important d'outils de bioinformatique. Permet l'utilisation via une interface Web d'un ensemble important d'outils de bioinformatique. une plate-forme de publication et d'intégration une plate-forme de publication et d'intégration Groupe Logiciels et Banques de Données UMR-S 726, RPBS Université Paris Diderot LIPM INRA Toulouse Mobyle: a new full web bioinformatics framework. Néron B, Ménager H, Maufrais C, Joly N, Maupetit J, Letort S, Carrere S, Tuffery P, Letondal C. Bioinformatics. 2009 Nov 15;25(22):3005-11. Epub 2009 Aug 17.

5 Mobyle & MobyleNetBIOS – Sebastien.Carrere@toulouse.inra.fr – 2009.11.27 Objectifs de Mobyle Faciliter l'utilisation par les biologistes: recherche de services/programmes. recherche de services/programmes. utilisation des services (aide en ligne). utilisation des services (aide en ligne). intégration des services et des données. intégration des services et des données. navigation dans l'espace de travail. navigation dans l'espace de travail. Faciliter la maintenance par les administrateurs: assistance aux utilisateurs. assistance aux utilisateurs. gestion des jobs, traçabilité. gestion des jobs, traçabilité. Faciliter la publication par les bioinformaticiens: intégration de nouveaux outils facilitée intégration de nouveaux outils facilitée

6 Mobyle & MobyleNetBIOS – Sebastien.Carrere@toulouse.inra.fr – 2009.11.27 MobyleNet

7 Apports pour l'utilisateur Une interface intégrée offrant un accès à un grand nombre de programmes: Une interface intégrée offrant un accès à un grand nombre de programmes: – les programmes distribués sont accessibles depuis une interface unique – la provenance des services est conservée. Une expertise appropriée sur chaque programme. Une expertise appropriée sur chaque programme. Apports pour l'administrateur Coût de maintenance du parc logiciel réduit: moins de logiciels à installer et maintenir. Coût de maintenance du parc logiciel réduit: moins de logiciels à installer et maintenir. Mise en place d'un réseau de confiance. Mise en place d'un réseau de confiance.

8 Mobyle & MobyleNetBIOS – Sebastien.Carrere@toulouse.inra.fr – 2009.11.27 MobyleNet: Principes

9 Mobyle & MobyleNetBIOS – Sebastien.Carrere@toulouse.inra.fr – 2009.11.27 MobyleNet: principes Import/Export de service à la demande: un administrateur décide des services qui sont exportés. un administrateur décide des services qui sont exportés. un administrateur choisit les services qu'il va importer. un administrateur choisit les services qu'il va importer.Données Espace utilisateur: stocké sur le portail client Espace utilisateur: stocké sur le portail client Jobs: stockés sur leur portail d'exécution Jobs: stockés sur leur portail d'exécution