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Prospective Prospective RNG - RIO – ANR – IBiSA - CPER … Derrière de nouveaux sigles, une même philosophie.

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1 Prospective Prospective RNG - RIO – ANR – IBiSA - CPER … Derrière de nouveaux sigles, une même philosophie

2 Prospective 1 - Un nouveau cadre national 2 – Nouvelles plates-formes 3 – Mutualisation

3 Prospective 1 - Un nouveau cadre national : … un périmètre élargi Prospective 1 - Un nouveau cadre national : … un périmètre élargi Précédemment: génomique : CNRG, réseau des génopoles sciences du vivant : coordination des établissements de recherche (« RIO ») Désormais toutes infrastructures en sciences du vivant - Appel à projet ANR (2007) - GIS IBiSA, qui réunit le Ministère de la Recherche et tous les établissements de recherche et les universités. « Infrastructures pour la Biologie, la Santé, lAgronomie »

4 Prospective 1 - Un nouveau cadre national : … un périmètre élargi Prospective 1 - Un nouveau cadre national : … un périmètre élargi Les 7 plates-formes RIO 2006 de Toulouse (présentées aujourdhui) 5 plates-formes Génopole Plate forme TRI CNRGV projet RioQualiToul

5 Prospective 1 - Un nouveau cadre national : … mais des principes inchangés Plates-formes vs Plateaux techniques Prospective 1 - Un nouveau cadre national : … mais des principes inchangés Charte des plates-formes (« RIO ») Ouverture Comité de plate-forme Gestion financière autonome Contrôle de la qualité Évolution technologique Formation Plates-formes vs Plateaux techniques

6 Prospective 2 – Nouvelles plates-formes: demandes de labellisation IBiSA 2 PF « génopole » : Génétique et Société CLES : Criblage de Ligands guidé par les Structures 2 PF « cousines » Métabolomique et Fluxomique ICEO : Prospective 2 – Nouvelles plates-formes: demandes de labellisation IBiSA 2 PF « génopole » : Génétique et Société CLES : Criblage de Ligands guidé par les Structures 2 PF « cousines » Métabolomique et Fluxomique ICEO : Ingénierie combinatoire et Criblage à haut-débit dEnzymes Optimisées

7 Plateforme sociétale Génétique et société

8 1- Une réponse aux questions de valorisation sociétale de la génomique Un monde de questions éthiques et sociétales Une volonté de réflexion et daction multidisciplinaire depuis la création de la génopole Une expérience dans des domaines et formes dactions variés Une expertise reconnue sur certains thèmes Des sollicitations Des partenariats

9 Aider les chercheurs à cerner les enjeux sociétaux de leur activité Répondre aux demandes dinteractions des publics Répondre aux demandes de partenaires institutionnels ou privés –daide dans la mise en oeuvre de la réflexion, de la formation et des procédures en bioéthique –danalyses dimpact sociétal de la génomique Etre un partenaire privilégié des axes Génétique et société européens et internationaux sur thèmes spécifiques 2 - Les objectifs

10 3 - Les services proposés Assistance pour la prise de conscience et la mise en pratique des exigences de la bioéthique. Veille et expertise : mise à disposition d'une actualisation documentaire, juridique et institutionnelle en bioéthique. Gestion et suivi des aspects éthiques de projets scientifiques (demandes d'autorisations, aide à la préparation du consentement…) (Riset, CEPH, CNG) Animation et formation dans le domaine bioéthique. Mise en relation des citoyens avec la communauté scientifique

11 Module écoles doctorales de biologie (5j/an) : Forum sur les chercheurs en face des publics profanes (2005) Atelier de chercheurs annuel en 3 volets avec 2 -3 intervenants invités par séance, production et diffusion dun document écrit Exemple danimation: Conférence La connaissance de génome : un instrument au service de l'humanité ? Prof. Bartha Knoppers Université de Montréal, Titulaire dune chaire dexcellence P de Fermat du Conseil Régional 3 décembre, 18h. Grand Amphi Fac Médecine, 37 allées J Guesde 3 - Les services - exemples

12 4 - Les acteurs Des chercheurs reconnus Une approche pluridisciplinaire faisant intervenir philosophes, sociologues, juristes, pharmaciens, médecins, généticiens, statisticiens, biologistes, économistes. Un réseau de correspondants Anne Cambon-Thomsen Jean-Claude Flamant Joël Gellin Jacques Lefrançois Pierre Boistard Pascal Ducournau Emmanuelle Rial-Sebbag

13 CLÉS : Criblage de Ligands guidÉ par les Structures

14 Nouvelle cible protéique Production Structure 3D de la cible Criblages Structures 3D de complexes Ligands de haute affinité Identification dinhibiteurs Caractérisation de linhibition Conception dinhibiteurs

15 Méthode Débit (mol/j) Criblage virtuel 10 4 RMN/ligand 10 2 RMN/protéine 10 2 Cristallographie des RX CLÉS : technologies et techniques utilisées Etude structurale par modélisation moléculaire, bio-RMN et bio-cristallographie Criblage virtuel pour identifier des ligands à partir des structures 3D Criblage par RMN et par cristallographie en vue didentifier/daméliorer des ligands Analyse du mode dinhibition

16 CLÉS : forces et moyens mis en présence Modélisation moléculaire et criblage virtuel M. Erard, J. Czaplicki F. Daumas RMN biologique, structures 3D et criblageA. Milon Clusters linux (40 et 50 CPUs) Stations graphiques, réseau haut/très haut débit, suites logicielles Bio-cristallographie, structures 3D et criblageL. Mourey Robot dinjection pour couplage Spectromètres RMN 600 et 700 MHz Robots de cristallisation et de visualisation Diffractomètre RX

17 METABOLOMIQUE ET FLUXOMIQUE

18 METABOLOMIQUE ET FLUXOMIQUE : ACTIVITES DE LA PLATE-FORME Echantillons biofluides tissus extraits Lipidomique Métabolites intracellualires Métabolomique ciblée Métabolomique globale Empreintes métaboliques Empreintes métaboliques Fluxomique Phénotypage à haut débit Recherche de biomarqueurs Identification/quantification de lensemble des métabolites Mesure des flux métaboliques par marquage 13 C RMN 500 ESI-Q-TRAP HPLC HPAEC RMN 600 GC GC-MS 13C-Métabolomique Identification de voies/réseaux métaboliques par marquage isotopique

19 Plateau de Lipidomique IFR30 Purpan Contact: Justine BERTRAND-MICHEL Plate-forme de Métabolomique et Fluxomique UMR5504 UMR792 CNRS, INRA, INSA Campus INSA de Rangueil Contact: Jean-Charles PORTAIS Plateau de RMN Biomédicale UPS CNRS, Rangueil Contact: Myriam MALET-MARTINO Plateau de Métabonomique INRA ENVT, St Martin Contact: Cécile CANLET + 3 plateaux techniques de spécialité Responsable scientifique: JC Portais Responsable technique: S Massou Métabolites II végétaux G. Bécard, IFR40 (site en cours de mise en place) METABOLOMIQUE ET FLUXOMIQUE : ORGANISATION DE LA PLATE-FORME

20 METABOLOMIQUE ET FLUXOMIQUE : POSITIONNEMENT DE LA PLATE-FORME DE TOULOUSE Orientations scientifiques : 1.Analyse fonctionnelle des réseaux métaboliques 2.Chimiométrie pour le phénotypage haut-débit et la recherche de biomarqueurs 1. Santé Cancer Maladies cardio-vasculaires Diabète/obésité Toxicologie Microorganismes pathogènes 2. AgroBioSciences, Microbiologie Biologie intégrative des microorganismes Interactions hôtes-microorganismes (plantes, animal, homme) Biotechnologies microbiennes et végétales Principaux domaines dintervention Un outil de biologie intégrative dédié à lanalyse du métabolisme à léchelle du système biologique

21 Protéomique Biopuces Exploration fonctionnelle Bioinformatique Réseau RMN Midi-Pyrénées PFT Analytique St Martin Analyses structurales Cancer Bio-Santé AgroBio Sciences, Microbiologie Domaines Dapplication Métabolomique Fluxomique Métabolites II végétaux IFR40 Protéomique Réseau RMN Midi-Pyrénées Métabolomique Fluxomique Politique de site Equipements RMN & MS METABOLOMIQUE ET FLUXOMIQUE : PLACE DANS LE CONTEXTE LOCAL

22 ICEO Ingénierie combinatoire et Criblage à haut-débit dEnzymes Optimisées

23 ICEO INSA, Laboratoire dIngénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés UMR INRA 792, UMR CNRS 5504 Equipe Catalyse et Ingénierie Moléculaire Enzymatiques, Prof. Magali Remaud-Siméon Evolution moléculaire dirigée librairies de variants codant pour une protéine dintérêt miniaturisation et automatisation des étapes de criblage pour isoler les enzymes améliorées Objectifs : - appliqués amélioration des performances denzymes dintérêt industriel - fondamentaux meilleure compréhension des relations structure / fonction Ingénierie combinatoire et Criblage à haut-débit dEnzymes Optimisées

24 ICEO INSA, Laboratoire dIngénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés UMR INRA 792, UMR CNRS 5504 Equipe Catalyse et Ingénierie Moléculaire Enzymatiques, Prof. Magali Remaud-Siméon Ingénierie combinatoire et Criblage à haut-débit dEnzymes Optimisées Activités :- création de banques de variants de protéines par ingénierie aléatoire - sélection et/ou criblage à haut débit pour identifier les variants recherchés (ingénierie combinatoire, banques génomiques, banques métagénomiques,…) Equipements: - automate de repiquage sélectif de colonies - automate de transferts de liquides en conditions stériles - module dagitation de micro-plaques - station intégrée de transferts de liquides et de micro-plaques - HPLC haut-débit Cadence de criblage: jusquà clones par semaine

25 ICEO INSA, Laboratoire dIngénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés UMR INRA 792, UMR CNRS 5504 Equipe Catalyse et Ingénierie Moléculaire Enzymatiques, Prof. Magali Remaud-Siméon Ingénierie combinatoire et Criblage à haut-débit dEnzymes Optimisées Contacts: Sophie Mode de fonctionnement 1) Partenariat : la mise au point des protocoles et leur mise en oeuvre sont effectuées conjointement avec le partenaire, dans le cadre dune collaboration scientifique 2) Prestation de service : le personnel de la plate-forme prend en charge entièrement la mise au point et la mise en œuvre des protocoles

26 Prospective GIS GenoToul : une structure à soutenir ! Prospective 3 – Mutualisation : un principe à pérenniser Des moyens garantis (CPER, Cancéropôle…) Une animation à développer > Veille scientifique et technologique > Animation méthodologique GIS GenoToul : une structure à soutenir !

27 LA CONNAISSANCE DU GÉNOME : Un instrument au service de l'humanité? Lundi 3 décembre 2007 à 18 h Grand Amphithéâtre Faculté de médecine 37 Allées Jules Guesde Toulouse Professeur Bartha Maria Knoppers Centre de recherche en droit public, Université de Montréal, Canada Titulaire dune chaire dexcellence Pierre de Fermat du Conseil Régional de Midi-Pyrénées Renseignements: Antonia Segura : tél courriel:


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