GenoToul2007 Présentation Bilan 2007 Perspectives Plateforme bioinformatique C. Gaspin, C. Klopp, D. Laborie, J.-M. Larré, C. Noirot.

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1 GenoToul2007 Présentation Bilan 2007 Perspectives Plateforme bioinformatique C. Gaspin, C. Klopp, D. Laborie, J.-M. Larré, C. Noirot

2 GenoToul2007 Présentation Bilan 2007 Perspectives 2008 Contexte Création en 2000 dans le cadre du projet Génopole Une des 13 PF de bioinformatique IBiSA Noeud du réseau ReNaBi

3 GenoToul2007 Offrir des ressources adaptées et performantes - Equipements - Logiciels - Banques de données biologiques Accompagner les utilisateur s - Formation - Communication sur l'évolution des ressources, et actions entreprises sur la plateforme - Un appui (encadrement, développement) aux autres plate- formes locales, aux programmes scientifiques prioritaires de biologie et de bioinformatique Développer des programmes en concertation avec la communauté locale et les autres plateformes Présentation Bilan 2007 Perspectives 2008 Activités

4 GenoToul2007 Plateformes -Génomique -Biopuces -Exploration fonctionnelle -... Laboratoires publics -CNRS – INRA – INSERM - Université -Biologistes -Bioinformaticiens Entreprises privées - LBP-Pharma - Libragen - Syngenta Présentation Bilan 2007 Perspectives 2008 “Clients”

5 GenoToul2007 Présentation Bilan 2007 Perspectives 2008 Equipe

6 GenoToul2007 Présentation Bilan 2007 Perspectives 2008 Equipe

7 GenoToul2007 Présentation Bilan 2007 Perspectives 2008 Equipe

8 GenoToul2007 Présentation Bilan 2007 Perspectives 2008 Equipe Mai 2007

9 GenoToul2007 Présentation Bilan 2007 Perspectives 2008 Equipe Septembre 2007

10 GenoToul2007 Site Web Présentation Bilan 2007 Perspectives 2008 Communication

11 GenoToul2007 Site Web Présentation Bilan 2007 Perspectives 2008 Communication Présentation et accès aux ressources

12 GenoToul2007 Site Web Présentation Bilan 2007 Perspectives 2008 Communication Nouvelles

13 GenoToul2007 Site Web Présentation Bilan 2007 Perspectives 2008 Communication Menu permettant d’explorer les ressources de la Plateforme

14 GenoToul2007 Lettre d'information Présentation Bilan 2007 Perspectives 2008 Communication

15 GenoToul2007 Statistiques Présentation Bilan 2007 Perspectives 2008 Communication  Connaître le système et les utilisateurs  Voir l'impact des actions  accès aux sites (Internet / ligne de commande)  accès aux applications  accès aux données  utilisation des ressources (calcul / stockage) => État des lieux annuel pour les utilisateurs

16 GenoToul2007 Présentation Bilan 2007 Perspectives 2008 Ressources Mise en place d’une solution de sauvegarde propre à la plateforme

17 GenoToul2007 Banques de données régulièrement mises à jour et indexées Présentation Bilan 2007 Perspectives 2008 Ressources

18 GenoToul2007 Formation à l'utilisation des ressources Présentation Bilan 2007 Perspectives 2008 Formation

19 GenoToul2007 Formation personnalisée : bases de l'analyse de séquences Présentation Bilan 2007 Perspectives 2008 Formation INRA/LIPMINRA/LGC INRA/SIGENAEINRA/UBIA

20 GenoToul2007 Présentation Bilan 2007 Perspectives 2008 Développement Projets qui se terminent  MAMSat  Coll. INSERM (Eq. A. Cambon- Thomsen)  BioMaJ  Coll. ReNaBi (PF Génopole Ouest / PF Migale)

21 GenoToul2007 Présentation Bilan 2007 Perspectives 2008 Développement Projets en cours - Site WEB GenoToul - Plate-forme d'annotation des ARN non codant (ReNabi) - Annotation et design d'oligo-nucléotides : 3 projets en cours... et à venir - Système d'information PF Exploration fonctionnelle - Annotation & design d'oligonucléotides - Exploitation des données produites en local (séquences, génotypages,...) en collaboration avec la PF Génomique

22 GenoToul2007 Présentation Bilan 2007 Perspectives 2008 Formation - Utilisation des ressources, Emboss, Assemblage de séquences,... - Mise en place de postes de travail encadrés - Formation à l'analyse statistique des données biologiques Ressources - Evolution des équipements (projet CPER) : extension de l'espace de stockage à 50 To et doublement de la puissance de calcul Démarche qualité - Engagement dans une démarche qualité (projet ANR RioQualiToul)

23 GenoToul2007 Remerciements Nos partenaires scientifiques Nos partenaires financiers

24 GenoToul2007