Dépistage non invasif des trisomies 13,18 et 21 en population générale, grossesse spontanée et PMA (étude deposa): résultats préliminaires Alexandra BENACHI : investigateur coordonnateur Maternité, Hôpital Antoine Béclère, Clamart Jean-Marc COSTA: responsable scientifique Laboratoire Cerba, Saint-Ouen l’Aumône Shohreh AZIMI: chef de projet (promotion APHP) Département de la Recherche Clinique et du Développement, APHP 8èmes Assises de Génétique Humaine, Lyon, 4 Février 2016

Pourquoi une étude en population générale ?

Pourquoi les grossesses obtenues après PMA? Ce document ne considère pas non plus le cas du dépistage de la trisomie 21 dans les grossesses multiples et les grossesses obtenues par assistance médicale à la procréation.

Etude deposa Etude multicentrique, prospective (durée 18 mois), INTERVENTIONNELLE Autorisation ANSM: 2014-A01594-43, ClinicalTrials.gov Identifier:NCT02424474 Promoteur: Assistance Publique-Hôpitaux de Paris DEPOSA

Etude deposa Objectif principal Evaluer la performance du dépistage des trisomies 13, 18 et 21 par analyse de l’analyse fœtal circulant en population générale dans deux groupes de patientes: grossesse spontanée et grossesse obtenue après aide médicale à la procréation en parallèle du dépistage par les marqueurs sériques Critère de jugement principal Le nombre de gestes invasifs induits Performances du DPNI: spécificité et valeur prédictive positive. Critères d’inclusion Patiente ayant accepté un dépistage par les marqueurs sériques (1er ou 2ème trimestre) Grossesse singleton Terme ≥ 10 semaines d’aménorrhée Critères d’exclusion Patientes dont le fœtus présente une anomalie échographique ou une clarté nucale >3,5mm Grossesse gémellaire y compris la présence d’un jumeau évanescent

Etude DEPOSA Nombre de patientes Semaines

Étude deposa: bilan septembre 2015 Nombre de patientes étudiées: 658 Groupe grossesse spontanée : 529 Groupe grossesse PMA: 129 Inclusion moyenne 73 patientes par centre (9-213)

Test dpni Cerba: caractéristiques Détermination de la représentation (proportion relative) des chromosomes 13, 18 et 21 par séquençage massif en parallèle MPS: Approche « whole genome » selon TJ Jensen, High-Throughput Massively Parallel Sequencing for Fetal Aneuploidy Detection from Maternal Plasma. Plosone, 2013 ;8 :1-8. Mesure intégrée de la fraction d’ADN fœtal selon Kim SK et al. Determination of fetal DNA fraction from the plasma of pregnant women using sequence read counts. Prenat Diagn. 2015 Aug;35(8):810-5. Analyse bio-informatique des données du séquençage (comparaison à la version UCSC hg19 du génome humain au moyen du test Bowtie version 2), puis calcul de Z-scores pour les chromosomes cibles 21,18 et 13. Critères de validation: Nombre total de séquences alignées (reads) ≥ 9 Millions Fraction fœtale ≥ 4% Résultat de type Positif/Négatif (pas de zône grise, pas de calcul de risque) Z-score > 3 pour le chromosome 21 Z-score > 3,95 pour les chromosomes 18 et 13

Résultats: Groupe grossesse spontanée (n=529) Données démographiques Age maternel médian : 33 ans (18-45) Indice de masse corporel médian: 22,7 (14,9-44,5) Nombre de patientes avec un IMC >30: 58 soit 11% Terme médian au DPNI : 12,6SA (10,5-24,6) Dépistage par les marqueurs sériques: 1er trimestre combiné: 500 patientes 2ème trimestre intégré: 21 patientes 2ème trimestre: 8 patientes Metrics test DPNI Nombre de reads alignés médiane: 16,7 millions (10,2-22,2) Fraction fœtale médiane : 10,8% (4,2-24,2)

Résultats: Groupe grossesse spontanée (n=529) Patientes à risque accru (<1/250): 35 patientes soit 6,6% dont: 1er trimestre combiné: 31 patientes (6,2%) 2ème trimestre intégré: 1 patiente (4,7%) 2ème trimestre: 3 patientes (37,5%) Test DPNI POSITIF pour la trisomie 21: 4 (toutes après dépistage au 1er trimestre) Trisomie 21 confirmée par caryotype fœtal: 4 dont 1 mosaïque mos47,XY,+21[3]/46,XY(23]  Test DPNI Négatif: 31 Aucune patiente n’a souhaité de geste invasif Patientes à bas risque : 494 patientes  Test DPNI Négatif: 492  Test DPNI POSITIF: 0  Test non concluant (fraction fœtale <4%) : 2 soit 0,38% Patiente CF (IMC 35,3) Terme:12,1SA Prélèvement n°2: 21,4SA FF:8%, test DPNI négatif Patiente ME (IMC 23,0) Terme:12,5SA .Prélèvement n°2: 15,5SA: test non concluant FF:<4% et prélèvement n°3: 30,2SA test non concluant FF:<4%

Résultats: Groupe grossesse PMA (n=129) Données démographiques Age maternel médian : 36 ans (24-49) Indice de masse corporel médian: 22,6 (16,1-36,8) Nombre de patientes avec un IMC >30: 13 soit 10,1% Terme médian au DPNI : 12,6SA (11-24,2) Dépistage par les marqueurs sériques: 1er trimestre combiné: 125 patientes 2ème trimestre intégré: 4 patientes Metrics test DPNI Nombre de reads alignés médiane : 17,6 millions (12,3-25,4) Fraction fœtale médiane : 10,1% (5,4-19,4)

Résultats: Groupe grossesse PMA (n=129) Patientes à risque accru (<1/250): 25 patientes soit 19,4% dont: 1er trimestre combiné: 23 patientes (18,4%) 2ème trimestre intégré: 2 patiente (50%) Test DPNI Négatif: 25 Aucune patiente n’a souhaité de geste invasif Patientes à bas risque : 104 patientes Test DPNI Négatif: 102 Test DPNI POSITIF: 2 Patiente KA 31 ans Test positif T21, confirmé par caryotype fœtal (CN: 2,0mm, risque :1/612) Patiente AL 27 ans Test positif T13 IMC: 24,4, CN: 1,2mm, risque : >1/1000 Fraction fœtale 8,5%, reads: 16,01 millions, Z-score: 7,31 (médiane vraie T13 : 22,4 ) Surveillance échographique, pas de geste invasif, enfant né vivant bien portant

Résultats: dépistage combiné au 1er trimestre vs test DPNI (n=625) Données démographiques Age maternel médian : 34 ans (18-49) Indice de masse corporel médian: 22,6 (14,9-43,3) Nombre de patientes avec un IMC >30: 58 soit 11% Terme médian au DPNI : 12,5SA (10,5-24,6) Metrics test DPNI Nombre de reads alignés médiane: 16,8 millions (10,2-25,4) Fraction fœtale médiane : 10,6% (4,2-24,2)

Résultats: dépistage combiné au 1er trimestre vs test DPNI (n=625) Patientes à risque accru (<1/250): 54 patientes soit 8,6% Test DPNI POSITIF pour la trisomie 21: 4 (tous confirmés) Test DPNI Négatif: 50 Aucune patiente n’a souhaité de geste invasif Patientes à bas risque : 571 patientes Test DPNI Négatif: 567 Test DPNI POSITIF: 2 (trisomie 13, trisomie 21) Test non concluant: 2 soit 0,32% (fraction fœtale <4%) > soit 0,16% après re-prélèvement

Conclusions Confirmation des données de la littérature : Une diminution drastique du nombre de gestes induits Dépistage combiné du 1er trimestre : 54 (théorie) Test DPNI : 5 patientes Une amélioration significative des performances du dépistage Valeur prédictive positive Dépistage combiné du 1er trimestre : 7,4% Test DPNI : 100% pour la trisomie 21 Sensibilité: 100%?

Remerciements Financements: Agence de la Biomédecine, Mutuelle Intériale Membres du réseau DEPOSA Pr JM Jouannic, Anne-Marie Darras pour le CDPN de l’Hôpital Trousseau, Paris Pr V Tsatsaris, Dr Olivia Amsellem pour le CDPN de l’Hôpital Cochin, Paris Pr MV Sénat, Dr Claire Colmant, pour le CDPN de l’Hôpital de Bicêtre Pr E Quarello, Dr Giorgetti, Institut de la Reproduction, Marseille Pr R Favre, Claire Miry, pour le CDPN du CHU Strasbourg Dr Bernard Broussin, MP Talence Pr Alexandra Benachi, Dr Alexandra Letourneau pour le CDPN de l’Hôpital Béclère Pr Joelle Belaisch-Allart, CH des Quatre Villes, Sèvres Dr Laurent Bidat pour le CDPN du CH Pontoise Dr Pascale Kleinfinger, Dr Laurence Lohmann Equipe Unité de Génétique Moléculaire du laboratoire Cerba Ramdane Mallek, Sandrine Moukoury, Angélique Neu, Martine Olivi , Guillaume, Sophie, Alix… Les informaticiens et bio-informaticiens Gille Robinet, Eric Ginoux (LifeSoft), Frédéric Lemoine, Olivier Ariste (GenoDiag) URC Paris-Sud Fanny Lachaux, Hélène Agostini Gestion des dossiers Cathy Ducastelle et Christine Arganini

Analyse par centre Centre à Sèvres Béclère Pontoise Talence Strasbourg Trousseau Marseille Bicêtre Cochin Paramètre â   Nombre de patientes : 63 213 97 41 73 76 35 51 9 Grossesse spontanée 45 197 77 40 33 72 20 5 PMA 18 16 1 4 15 11 soit 28,6% 7,5% 20,6% 2,4% 54,8% 5,3% 42,9% 21,6% 44,4% Age au test NIPT (années) : Moyenne 34 32 36 Médiane 31 Mini 22 21 24 19 23 25 30 Maxi 46 48 49 44 43 Terme au test NIPT (SA) : 12,7 12,6 12,8 15,2 13,7 12,3 12,5 14,2 13,1 13,0 11,0 11,1 11,3 11,2 10,5 11,5 11,4 19,2 18,5 16,0 15,0 24,6 23,1 13,6 14,6 13,2 Indice de masse corporelle : 23,5 23,9 24,9 23,3 24,1 22,5 22,7 25,0 21,8 22,3 22,9 22,8 21,4 21,6 21,9 17,0 14,9 18,4 16,1 18,0 18,7 16,6 43,3 40,5 41,5 37,8 36,8 44,5 31,2 39,1 27,1 Fraction fœtale (%) : 9,9 11,6 12,0 10,2 10,6 9,4 10,8 10,4 11,9 12,1 10,1 4,2 4,5 4,6 5,4 5,5 4,4 7,5 17,4 20,0 20,1 18,1 24,2 21,1 14,1 Dépistage MS: Combiné 1er trimestre 62 209 89 71 61 50 8 2ème trimestre intégré 3 10 2ème trimestre Patientes à risque accru MS: 2 6,3% 5,2% 10,3% 4,9% 34,2% 2,6% 14,3% 7,8% 11,1% NIPT Positif 21 Patientes à bas risque MS: 59 202 87 39 74 47 NIPT Positif 13 NIPT Non exploitable