Saïd EL MOUATASSIM, PhD Département de Génétique Dépistage prénatal non invasif des trisomies 21, 18 et 13 sur ADN fœtal circulant dans le sang maternel. Retour d’une expérience Française Saïd EL MOUATASSIM, PhD Département de Génétique Biomnis, Lyon

DPNI : analyse de l’ADN fœtale circulant (cfDNA) dans le sang maternel Sang maternel contient à la fois de l’ADN maternel et fœtale 2–20% du cfDNA est fœtale cfDNA fœtale provient des cellules trophoblastiques du placenta Libéré dans le sang maternel sous forme de petits fragments d’ADN (150–200bp) Détectable dès la 7éme semaine de gestation Indétectable dans le sang maternel après l’accouchement Procédure DPNI est totalement non- invasive DPNI révolutionne le diagnostic prénatale des aneuploïdies les fréquentes. La sensibilité du test permet de réduire a zéro le risque des avortements spontanés lié au geste du préleveur car le test est un test Non-Invasif. La sensibilité de détection est illustrée dans les diapositives suivantes. www.biomnis.com

Quelques données sur les fournisseurs du test verifi® Illumina MaterniT21 Sequenom Harmony Ariosa Panorama Natera Méthode MPS* MPS Ciblé # des Reads >19.0M 16.3M 1.1M 6.5M Taux d'échec 0.07% 1.4% 4.6–4.9% 5.9–12.6% Délai de rendu 3–6 jours 7–10 jours Prélèvement 1 tube de sang maternel 2 tubes de sang maternel 2 tube de sang maternel 2 tube de sang maternel+ 2 tubes sang paternel Limite de détection de la fraction fœtale 1.4–2.7% 4% 3.8% DPNI révolutionne le diagnostic prénatale des aneuploïdies les fréquentes. La sensibilité du test permet de réduire a zéro le risque des avortements spontanés lié au geste du préleveur car le test est un test Non-Invasif. La sensibilité de détection est illustrée dans les diapositives suivantes. * MPS: Massively-Parallel Sequencing Rabinowitz, et al. ASHG Abstract 2012.; Presented data at NSGC AEC 2012 Norton ME, et al. Am J Obstet Gynecol. 2012 doi:10.1016/j.ajog.2012.05.021 Palomaki GE, et al. Genet Med. 2012 Mar;14(3):296-305 Futch et al., Prenat Diagn 2013 Apr [Epub ahead of print] www.biomnis.com

Performances du test Performance Sensibilité 95% IC Specificité T21 (n=493) 100% (89/89) 95.9–100.0 100% (404/44) 91.1–100.0 T18 (n=496) 97.2% (35/36) 85.5–99.9 100% (460/460) 99.2–100.0 T13 (n=499) 78.6% (11/14) 49.2–99.9 100% (485/485) XX (n=433) 99.6% (232/233) 97.6–99.9 99.5% (199/200) 97.2–99.9 XY (n=433) 100% (184/184) 98.0–100 100% (249/249) 98.5–100 Monosomie X (n=433) 93.8% (15/16) 69.8–99.8 99.8% (416/417) 98.7–99.9 www.biomnis.com

Performances Exceptionnelles Application en laboratoire de diagnostic génétique En dehors des études clinques MAI 2013 Initial clinical laboratory experience in noninvasive prenatal testing for fetal aneuploidy from maternal plasma DNA samples Tracy Futch1, John Spinosa2,3, Sucheta Bhatt1, Eileen De Feo2, Richard P. Rava4 and Amy J. Sehnert5 5,974 patients T21 Valeur Positive Predictive de 99.4% (Taux FP = 0.2%) T21 Valeur Predictive Negative de 99.9% (Taux FN = 0.08%) www.biomnis.com

DPNI : MPS // ADN fœtal Sang Maternel Extraction ADN circulant HiSeq2500 en mode Rapide Cluster Generation 15 Ech/flowcell 1 x 36 b + single indexing Cible Référence Valeur Chromosomique Normalisée (NCV) Alignement et comparaison de séquences www.biomnis.com

Etude clinique prospective Biomnis DPNI vs. caryotype fœtal pour les aneuploïdie les plus communes => performance de ce nouveau test Etude de 168 patientes MS 93 SAE 55 ATCD 5 Autres 15 Il a été proposé simultanément un prélèvement DPNI et geste invasif (PVC ou LA) CP= CP+NC www.biomnis.com

Résultats Dépistage des aneuploïdies 13,18 et 21, X et Y Pour 168 prélèvements, détection de : Trisomies 21 : 15 ( 9,4 %) Trisomies 13 : 4 ( 2,3 %) Trisomies 18 : 3 ( 1,7 %) Echec : 2 cas www.biomnis.com

Conclusions de l’étude Résultats du DPNI confirmés par le caryotype fœtal dans 95 % des cas Résultats discordants dans 5 % des cas : Absence de détection des triploïdies Faux positif (MCP) Faux négatif Taux d’échec faible : 1,1% www.biomnis.com

Quelques chiffres (2015) 1370 Tests (> 1500 demandes) 34 cas de T21 33 cas confirmés par caryotype +/- FISH 1 Faux Positif 2 cas en mosaïque ont été détectés (vérifiés sur LA): 1 cas à 40-50 % T21 1 cas à 17% de cellules T21 2 cas de T13 confirmés 3 cas de T18 dont un faux positif Pas de faut négatif Taux d’échec : 0,14% www.biomnis.com

Cas positifs 34 trisomies 21: Terme: 15+6 SA Age moy: 37,74 ans IMC moy: 24 Clarté nucale: 1,89 mm 32/34 indication SAB avec un risque entre 1/10-1/242 Un cas pour t(14;21)pat Un cas pour MSM à 1/504!! NCV positif faible: Deux cas de mosaïque (40-50% et 17% sur LA) Un cas avec caryotype avec der(21;21) 1 FP www.biomnis.com

Les constats MSM avec risque >1/250 : Demande très majoritaire Le terme moyen au moment du prélèvement est de 16+3 SA ce qui indique une volonté d’effectuer ce test rapidement et tôt dans la grossesse Les retours de grossesses ne montrent pas à ce jour de faux négatif www.biomnis.com

Perspectives Dup de 38 Mb Etablir un caryotype moléculaire fœtal à partir du plasma maternel Augmenter la résolution des analyses afin de pour détecter anomalies fœtales < 100 kb Diminuer les gestes invasifs www.biomnis.com