Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant Bilan de l’avancement du groupe de travail sur la biologie et la santé V. Breton, CNRS-IN2P3 Rapporteur du groupe de travail

Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant Les membres du groupe de travail NomInstitutRôle Christian BarillotINRIA Christophe BlanchetCNRSAnimateur - Point de contact pour la biologie Hugues Benoit-CattinUniv. C. BernardAnimateur - Point de contact pour la santé Vincent BretonCNRS-IN2P3,Rapporteur François CambienINSERM Sorina CamarasuCNRS Christophe CaronUniv. Bordeaux II Antoine De DaruvarUniv. Bordeaux II Frédéric DesprezINRIAAnimateur Gaël EvenUniv. Lille Tiphaine MartinUniv. Bordeaux II Michel MasellaCEA Johan MontagnatCNRS Angel OsorioCNRS – Hôpital d’Orsay Didier RognanCNRS El Ghazali TalbiUniv. Lille Thierry TourselAFM Décrypthon

Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant Organisation du travail Réunions: –Téléconférences: 3 Avril, 5 Mai et 27 Mai 2008 –Réunion physique à Paris le 20 Juin 2008 Site web temporaire: –Partage d’informations –Analyse détaillée du sondage

Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant Activités du groupe Préparation d’un livre blanc –Etat des lieux des besoins des communautés de recherche –Etat des lieux des activités sur la grille –Recommandations Organisation d’un sondage –But: analyse des besoins et des activités de la communauté – UyO2aWkQ_3d_3dhttp:// UyO2aWkQ_3d_3d –Sondage envoyé le 29 Avril 2008 –Plus de 400 réponses reçues Réunion physique du 20 Juin 2008 –Discussion des résultats du sondage –Première version des recommandations

Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant Résultats du sondage

Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant Distribution temporelle Jour - Période de réponseNombre de réponsesCommentaires 28/4/0828Envoi du mail le lundi 29/4/ /4/0860 1/5/085Jour de congé le jeudi 2/5/087 4/5/08 – 10/5/ /5/08 – 17/5/ /5/08 – 26/5/089 Depuis le 27 Mai 20085

Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant Distribution géographique Nombres de personnes ayant répondu et donné leur adresse Nombre de laboratoires représentésLieu géographique 32Angers 11Bordeaux 94Clermont-Ferrand 11Cergy-Pontoise 21Evry 32Gif-sur-Yvette 54Grenoble 44Illkirch 11Jouy-en-Josas 11Lausanne 11Le Rheu 156Lyon - Villeurbanne 43Marseille 22Montpellier 11Nancy 11Nice 11Orléans 1314Paris 54Rennes 22Sophia-Antipolis 33Strasbourg 22Toulouse 11Tours 21Villejuif 8363

Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant Distribution par discipline Résultats généraux du sondage dominés par la communauté de biologie

Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant Distribution par discipline en santé

Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant Distribution par discipline en biologie

Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant Analyse du sondage (I/II) Bonne couverture géographique –62 laboratoires dans 24 villes Bonne couverture thématique mais déséquilibrée –Forte domination de la communauté des “biologistes” –Statistique suffisante pour la communauté “santé” –Statistique limitée pour la communauté “chimioinformatique”

Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant Connaissance personnelle des grilles

Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant Utilisation des grilles dans les laboratoires

Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant Besoins propres en connexion réseau

Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant Besoins propres sur supercalculateurs

Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant Besoins propres sur clusters ou grilles

Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant Besoins de la communauté

Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant Planification des besoins de calcul

Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant Planification des besoins de stockage

Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant Interface d’utilisation des ressources informatiques

Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant Sécurité des données en entrée

Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant Sécurité des données en sortie

Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant Sécurité des logiciels

Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant Analyse du sondage (II/II) les résultats sont très homogènes dans la communauté sondée. –Seule inhomogénéité: la sécurité Près d’un tiers des personnes sondées ne connaissent pas leurs besoins informatiques –nécessité de cacher la complexité de l’utilisation des ressources Expression des besoins –besoins importants sur clusters et grilles, mais aussi sur supercalculateurs  Intégration de supercalculateurs dans la grille –importants besoins non planifiables –Besoins d’interfaces hommes-machines plus conviviales Adoption –la communauté a commencé d’utiliser les grilles dans le domaine des sciences de la vie et de la recherche en médecine, notamment l’imagerie médicale Sécurité: le contrôle d’accès est suffisant pour répondre à 90% des besoins en « biologie » –50% en santé Plus de 110 idées d’applications à déployer sur la grille

Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant Recommandations (I/III) Besoin identifié du déploiement d’une infrastructure de grille pour la production scientifique –Pour structurer et fédérer les ressources informatiques de la communauté, –Pour répondre aux besoins importants de calculs à la demande Valeurs ajoutées de la grille –grande souplesse pour gérer dynamiquement et stocker les données distribuées et hétérogènes –environnement original pour développer des collaborations et initier des recherches innovantes. –Besoin complémentaire des supercalculateurs, irremplaçables pour d’importantes applications hautement parallèles Architecture –La communauté de recherche ne souhaite pas développer une grille indépendante pour les sciences du vivant et de la santé  Volonté de s’inscrire en partenaire de la mise en œuvre d’une ou plusieurs grilles pluridisciplinaires  Condition: garanties en termes de stabilité et de pérennité. –Le fait que l’infrastructure nationale gère ses ressources à travers plusieurs intergiciels peut contribuer à améliorer la palette des services offerts aux utilisateurs mais cet enrichissement ne doit pas se faire au prix d’une instabilité ou d’une complexité accrues. –L’utilisation systématique de standards internationaux (Open Grid Forum) dans la définition d’interfaces applicatives (Application Programming Interface) est vivement encouragée pour privilégier l’interopérabilité et la facilité d’utilisation. –L’existence d’une infrastructure (Grid5000) dédiée à la recherche en informatique et aux tests de nouveaux composants logiciels apporte de la flexibilité dans la validation d’approches innovantes Evolution par rapport à la situation actuelle –La communauté peut exploiter aujourd’hui des grilles de production en France  Décrypthon, EGEE, grilles régionales gérées par des intergiciels différents (Diet, gLite). –Le développement de services de haut niveau permettant de répondre aux besoins spécifiques des communautés d’utilisateurs en biologie et santé comme par exemple le Medical Data Manager sur EGEE, doit être poursuivi. DRAFT

Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant Recommandations (II/III) Le besoin prioritaire unanimement identifié pour généraliser l’adoption des grilles est le recrutement d’ingénieurs et de bioinformaticiens –intermédiaire entre les utilisateurs finaux et les équipes qui conçoivent les middlewares et administrent les sites de production. –à même de comprendre les enjeux des projets scientifiques, d’analyser leur mise en œuvre sur la grille et de superviser leur déploiement. La distribution de ces ressources humaines doit être focalisée sur quelques équipes de recherche ou plates-formes jouant un rôle moteur et ayant déjà des compétences –But: former un réseau d’experts au service de l’ensemble de la communauté. –En biologie, les premiers nœuds naturels d’une grille de production sont les plates- formes partenaires du réseau ReNaBi qui constituent dès à présent des pôles de compétences en bioinformatique pour la communauté. –Pour la santé, la poursuite et l’extension du modèle actuel dans lequel les équipes de recherche s’appuient sur des centres de calculs (CC-IN2P3, Décrypthon) permet de décharger celles-là de la charge d’exploitation d’un nœud de grille. – L’accès des professionnels de santé à la grille depuis leur poste de travail à l’hôpital constitue une clef pour le développement de la recherche médicale. –Cependant, les perspectives d’utilisation de la grille pour la routine clinique paraissent limitées à court terme, sauf dans certaines niches comme par exemple la planification de traitement en radiothérapie – curiethérapie. DRAFT

Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant Au niveau national, le Réseau National de Bioinformatique d’une part et le Groupement de Recherches STIC-Santé d’autre part apparaissent comme les meilleures structures où diffuser progressivement la culture des grilles et promouvoir leur utilisation par les communautés. Au-delà, l’utilisation systématique de standards internationaux pour gérer l’interopérabilité des services et des bases de données permettra d’inscrire naturellement les ressources de la grille nationale dans les infrastructures de recherche européennes en cours de définition (FP7 design studies BBBMRI, EATRIS, ECRIN, EGI, ELIXIR, INFRAFRONTIER, INSTRUCT), renforçant ainsi la position des partenaires français impliqués dans ces projets. DRAFT Recommandations (III/III)

Plateforme de Calcul pour les Sciences du Vivant Conclusion Sondage riche d’enseignements –Couverture géographique et thématique significative –Résultats très homogènes –Besoins exprimés sur grille et sur supercalculateurs  Couplage entre les infrastructures ? –Plus de 100 applications proposées Grille de production identifiée comme un outil structurant les ressources de la communauté (bases de données) Une grille de production peut contribuer significativement à la visibilité des équipes françaises dans des infrastructures de recherche européennes (ESFRI) –Respecter les standards internationaux (OGF, web services) Première version des recommandations –En cours de validation dans le groupe de travail –Besoin prioritaire: ressources humaines à l’interface entre les utilisateurs et la grille Besoins: –Site web –Calendrier jusqu’en Octobre