8èmes ASSISES DE GENETIQUE HUMAINE ET MEDICALE Lyon, 3-5 février 2015 Retour d’expérience sur 340 patients ayant eu un séquençage d’exome en solo pour le diagnostic d’une anomalie du développement ou déficience intellectuelle Julien Thevenon, Sophie Nambot, Yannis Duffourd, Paul Kuentz, Salima El Chehadeh-Djebbar, Daphné Lehalle, Nolwenn Jean-Marçais, Alice Masurel-Paulet, Ange-Line Bruel, Charlotte Poé, Thibaud Jouan, Martin Chevarin, Nadège Gigot, Mathilde Lefebvre, Emilie Tisserant, Judith St- Onge, Jean-Baptiste Rivière, Laurence Faivre, Christel Thauvin-Robinet. FHU TRANSLAD, DIjon 8èmes ASSISES DE GENETIQUE HUMAINE ET MEDICALE Lyon, 3-5 février 2015
Enjeux du diagnostic génétique en France en 2016 A l’heure de l’exome, nouveaux enjeux : Offrir la meilleure probabilité de diagnostic Raccourcir les délais de diagnostic Limiter les coûts des investigations étiologiques Enjeu médico-économique majeur
En commençant la lecture ciblée sur l’hypothèse Patients et Méthodes Profondeur de séquençage moyenne 90x 93% des régions codantes référencées dans RefSeq séquencées par 10 lectures au moins 340 patients En commençant la lecture ciblée sur l’hypothèse 56 gènes (découvertes secondaires) si souhait de la famille
Résultats (1ère analyse) 30% positifs 15% non concluants 55% négatifs Données secondaires ACMG: 2 mutations BRCA2 héritées
Ré-analyse 12 mois après le 1er résultat 8 diagnostics additionnels (5%)
Peu de gènes récurrents 106 gènes “diagnostics” avec mutation identifiée (positifs et non-concluants) 77 gènes non récurrents
Un outil diagnostique majeur Intérêt majeur dans la pratique clinique Taux diagnostique élevé en solo (>30%) / 6% diagnostic avec gènes DI44 Interprétation clinico-biologique +++ Amélioration du taux diagnostique au fur et à mesure Intérêt de disposer de données pangénomiques pour une ré-analyse prospective +++ Résultats non concluants Partage de données international +++ Collaboration étroite avec une équipe de recherche Nécessité d’un consensus national sur les données incidentales/secondaires Projet SEQUAPRE sur la préférence des patients
Un outil diagnostique majeur permet de faire des diagnostics dans des gènes OMIM responsables de tableaux trop peu spécifiques dans des gènes OMIM tellement rares que non connus du clinicien dans des gènes OMIM avec spectre clinique atypique permet de contribuer à la description de nouveaux gènes ou de nouveaux spectres
Enjeu économique majeur 2013-2015 centre de génétique de Dijon Augmentation de l’activité de 3300 à 4700 cs (+ 42%) Diminution des dépenses de biologie externalisées de 500.000 à 160.000 euros annuels (- 68%) / coût annuel exome (250.000 euros) PRME: Evaluation médico-économique des différentes stratégies de technologies de séquençage par haut débit dans le diagnostic des patients atteints de déficience intellectuelle
Remerciements Centre de Génétique / EA 4271 GAD Laurence Olivier-Faivre Christel Thauvin-Robinet Alice Masurel Daphné Lehalle Nolwenn Jean-Marçais Julien Thevenon Paul Kuentz Yannis Duffourd Emilie Tisserant Bernard Aral Patrick Callier Anne-Laure Mosca-Boidron Sophie Nambot Mathilde Lefebvre Martin Chevarin Nadège Gigot Thibaud Jouan Charlotte Poé