Méthodes de biologie moléculaire adaptées à la génomique des tumeurs solides Laurence Bianchini Laboratoire de Génétique des Tumeurs Solides CNRS-IRCAN (Institut de Recherche sur le Cancer et le Vieillissement)
PLAN Techniques basées sur la PCR (1) Principe de la PCR PCR conventionnelle RT-PCR Exemples d’application: recherche de gènes de fusion caractéristiques cas du dermatofibrosarcoma protuberans (DP) cas du synovialosarcome - DOP PCR - RACE-PCR Exemple d’application: identification d’un gène de fusion impliquant HMGA2 dans un cas de lipome
PLAN Techniques basées sur la PCR (2) PCR quantitative ou en temps réel Principe Méthodes de détection Détermination du cycle seuil Quantification de l’expression des ARNm par RT-PCR quantitative Exemple d’application de RT-PCR quantitative
PLAN Techniques non basées sur la PCR Southern blot Northern blot
PCR Polymerase Chain Reaction
Principe de la PCR PCR Polymerase Chain Reaction = amplification en chaîne par polymérase. Procédé permettant de synthétiser in vitro une partie spécifique d'un acide nucléique donné (ADN ou ARN) afin d'en obtenir une quantité suffisante pour le détecter. Essor très rapide utilisation à l’ensemble des laboratoires de biologie moléculaire moins de 3 ans après sa mise au point Kary B. Mullis Découverte en 1983-1985 Prix Nobel de chimie en 1993 6
PCR Permet d ’obtenir, à partir d ’un échantillon complexe et peu abondant, d ’importantes quantités d ’un fragment d ’ADN spécifique et de longueur définie (million de copies en quelques heures). Succession de réactions de réplication d ’une matrice double brin d ’ADN (amorces ou « primers ») Utilisation des produits de chaque étape de synthèse comme matrices pour les étapes suivantes (amplification exponentielle)
Réaction d’amplification dans un tube contenant ADN cible ou matrice dATP, dGTP, dCTP, dTTP 2 oligonucléotides ou amorces : sens et antisens (primers forward et reverse) 8
(primers forward et reverse) encadrent la cible à amplifier 2 oligonucléotides ou amorces : sens et anti-sens (primers forward et reverse) encadrent la cible à amplifier 5’ 3’ ADN cible à amplifier A G C T T A G T T A G C C T T A T C G C G A T C G C T T T A C G T A T C C G C G G C T A T C T C G C G G G T A T A T T T G G G C C G T T C T T T G G G C C G T T C C T T T G G G C C G Amorce anti-sens G G C A A G A A A C C C G G C A A G G A C C T T A T C G C G A T C G C T T T A C Amorce sens T C G A A T C A A T C G G A A T A G C G C T A G C G A A A T G C A T A G G C G C C G A T A G A G C G C C C A T A T A A A C C C G G C A A G A A A C C C G G C A A G G A A A C C C G G C 5’ 3’ 9
Réaction d’amplification dans un tube contenant Image dans son contexte Réaction d’amplification dans un tube contenant ADN cible ou matrice dATP, dGTP, dCTP, dTTP 2 oligonucléotides ou amorces : sens et antisens (primer forward et reverse) Taq DNA polymerase (Thermus aquaticus) Tampon Taq DNA polymerase avec MgCl2 10
1ère Etape de l’amplification : Dénaturation des deux brins de l’ADN matrice 5’ 3’ A G C T T A G T T A G C C T T A T C G C G A T C G C T T T A C G T A T C C G C G G C T A T C T C G C G G G T A T A T T T G G G C C G T T C T T T G G G C C G T T C C T T T G G G C C G 3’ 5’ T C G A A T C A A T C G G A A T A G C G C T A G C G A A A T G C A T A G G C G C C G A T A G A G C G C C C A T A T A A A C C C G G C A A G A A A C C C G G C A A G G A A A C C C G G C 94 à 95°C pendant 2 à 5 min 3’ 5’ T C G A A T C A A T C G G A A T A G C G C T A G C G A A A T G C A T A G G C G C C G A T A G A G C G C C C A T A T A A A C C C G G C A A G A A A C C C G G C A A G G A A A C C C G G C A G C T T A G T T A G C C T T A T C G C G A T C G C T T T A C G T A T C C G C G G C T A T C T C G C G G G T A T A T T T G G G C C G T T C T T T G G G C C G T T C C T T T G G G C C G 11
2ème Etape de l’amplification : Hybridation des deux amorces 45°C à 55°C pendant 30 à 45s dépend du Tm des amorces 3’ A G C T T A G T T A G C C T T A T C G C G A T C G C T T T A C G T A T C C G C G G C T A T C T C G C G G G T A T A T T T G G G C C G T T C T T T G G G C C G T T C C T T T G G G C C G Amorce anti-sens G G C A A G A A A C C C G G C A A G G A C C T T A T C G C G A T C G C T T T A C Amorce sens T C G A A T C A A T C G G A A T A G C G C T A G C G A A A T G C A T A G G C G C C G A T A G A G C G C C C A T A T A A A C C C G G C A A G A A A C C C G G C A A G G A A A C C C G G C 5’ 3’ 12
3ème Etape de l’amplification : Elongation des deux amorces 72°C pendant Xs selon la taille de la cible à amplifier 1000pb/min 3’ A G C T T A G T T A G C C T T A T C G C G A T C G C T T T A C G T A T C C G C G G C T A T C T C G C G G G T A T A T T T G G G C C G T T C T T T G G G C C G T T C C T T T G G G C C G C C T T A T C G C G A T C G C T T T A C G T A T Amorce sens A C C C G G C A A G A A A C C C G G C A A G G A Amorce anti-sens T C G A A T C A A T C G G A A T A G C G C T A G C G A A A T G C A T A G G C G C C G A T A G A G C G C C C A T A T A A A C C C G G C A A G A A A C C C G G C A A G G A A A C C C G G C 5’ 3’ 13
PCR
Analyse des produits amplifiés : par electrophorèse en gel d’agarose Couler le gel Retirer les peignes Bain du gel avec un Intercalant de l ’ADN (BET ou SYBR green) Visualiser des produits PCR sous plaque d ’UV puis photographier le gel Charger les produits PCR Faire migrer les produits PCR 15
Image d’un gel d’electrophorese : séparation selon la taille Poids Moléculaire de référence Témoin négatif 1500 pb Produits amplifiés de la taille attendue 1200 pb 1000 pb 900 pb 800 pb 500 pb 400 pb 16
PCR Optimisation du choix des oligonucléotides et des conditions de PCR Nombre de cycles (entre 25 et 40) Optimisation des conditions de PCR: Concentration en MgCl2 Quantité d’ADN matrice Concentration en amorces Spécificité des amorces 18 à 24 nucléotides 40 à 60 % de GC Température d’accrochage des amorces (phase d’ annealing) calculée en fonction du Tm (température de fusion) des deux amorces
Optimisation de la concentration en MgCl2 Mg2+ en quantité trop faible: rendement pas assez bon mais Mg2+ en excès: altère la spécificité de la réaction 18
Reverse Transcription-PCR RT-PCR Reverse Transcription-PCR
RT-PCR La PCR est réalisée après transcription inverse d ’un acide ribonucléique (ARN) en ADN complémentaire (ADNc). Mise au point pour utiliser les ARN comme matrice d’amplification de la PCR. Méthode la plus sensible pour détecter les ARN messagers au niveau d’un organe, d’un tissu ou d’une cellule.
In vivo Transcription (noyau) In vitro Synthèse d’ADNc et amplification
RT-PCR
Diagnostic des tumeurs solides Une application de la RT-PCR : recherche d’un transcrit de fusion spécifique d’un type de tumeur
Mécanismes de formation des gènes de fusion
Ex: transcrit FUS-DDIT3 et liposarcome myxoïde Juxtaposition de deux séquences codantes entraînant la formation d’un transcrit et d’une protéine chimérique t(12;16)(q13;p11) LIPOSARCOME MYXOIDE La protéine de fusion FUS-DDIT3 va jouer le rôle de facteur de transcription et induire l’expression de différents gènes intervenant dans la tumorigénèse des liposarcomes myxoïdes
Translocations et gènes de fusion dans les sarcomes Type de sarcome Translocation chromosomique Gène de fusion Sarcome d’Ewing t(11;22)(q24;q12) EWS-FLI1 t(21;22)(q22;q12) EWS-ERG t(7;22)(p22;q12) EWS-ETV1 t(2;22)(q33;q12) EWS-FEV t(17;22)(q21;q12) EWS-EA1F Liposarcome myxoïde t(12;16)(q13;p11) FUS-DDIT3 t(12;22)(q13;q12) EWS-DDIT3 Sarcome à cellules claires EWS-ATF1 Sarcome alvéolaire des tissus mous t(X;17)(p11;q25) ASPL-TFE3 Tumeur desmoplastique à petites cellules rondes t(11;22)(p13;q12) EWS-WT1 Chondrosarcome myxoïde t(9;17)(q22;q11) TAF2N-CHN Chondrosarcome myxoïde extra-squelettique t(9;22)(q22;q12) EWS-CHN Fibrosarcome congénital t(12;15)(p13;q25) ETV6-NTRK3 Histiocytome fibreux angiomatoïde TLS-ATF1 Rhabdomyosarcome alvéolaire t(1;13)(p36;q14) PAX7-FRHR t(2;13)(q35;q14) PAX3-FRHR Sarcome stromal endométrial t(7;17)(p15;q21) JAZF1-JJAZ1 Synovialosarcome t(X;18)(p11;q11) SYT-SSX1,2 Dermatofibrosarcoma protuberans t(17;22)(q22;q13.1) COL1A1-PDGFB Osteosarcome indifférencié t(6;22)(p21;q12) POU5F1-EWS
Translocations et gènes de fusion dans les carcinomes
Dermatofibrosarcoma Protuberans (DP): principales caractéristiques cliniques Rare : 0,1% des tumeurs Rarement métastatique (~1% des cas) Evolution lente Classiquement chez le jeune adulte Tumeur infiltrante, récidivante Traitement chirurgical par exérèse large (marges 5 cm) Prolifération fuso-cellulaire dermo-hypodermique dense de disposition « storiforme » fortement CD34+ 2
DP : analyse cytogénétique et moléculaire Dermatofibrosarcoma protuberans chez l’adulte : Dermatofibrosarcoma protuberans pédiatriques : Chromosome en anneau surnuméraire 17 22 translocations non équilibrées t(17;22)(q22;q21.3) Analyse moléculaire a mis en évidence la présence d’un même gène de fusion: COL1A1-PDGFB Métaphase COL1A1 PDGFB fusion coupes tumorales congelées ou coupes fixées Noyaux interphasiques COL1A1 fusion PDGFB 4
DP : diagnostic moléculaire par RT-PCR 10 kb 1 kb 200 bp ARNm ARNr P C COL1A1 - 17q21 PDGFB 22q12 ~ 3340 bp PDGFB exon 2 Exon 6 à 49 COL1A1 5’ 3’ I II III IV Multiplexes Simplexes Clonage séquençage Stratégie : 3’ 7
Exemple de diagnostic par RT-PCR: le synovialosarcome t(X;18)(p11;q11) Détection du gène de fusion SYT/SSX a b c d a b c d 1ère étape: détection du gène de fusion SYT-SSX chez les patients b et d 2ème étape: distinction gène de fusion SYT-SSX1 vs SYT-SSX2 par coupure enzymatique (Taq 1) chez les patients b et c
Techniques de PCR non conventionnelle: DOP PCR Degenerated Oligonucleotide-Primed PCR RACE-PCR Rapid Amplification of cDNA ends Utilisées en recherche, pas en routine pour les diagnostics
Degenerated Oligonucleotide-Primed PCR DOP PCR Degenerated Oligonucleotide-Primed PCR
DOP PCR Degenerated Oligonucleotide-Primed PCR Méthode universelle pour l’amplification non spécifique et uniforme de l’ADN Peut être utilisée comme étape de préamplification Hybridation in situ sur chromosomes microdissectés Amplification par DOP-PCR Incorporation de nucléotides fluorescents FISH sur chromosomes normaux Grattage 5 à 10 copies 4p Amorces nucléotidiques « dégénérées »: amplification du maximum de séquences cibles d’ADN Amorce de Télénius: 22 bases: 5’ CCGACTCGAGNNNNNNATGTGG 3’ 10 bases en 5’ spécifiques (site de restriction rare), les 6 suivantes sont dégénérées et les 6 bases en 3’ sont spécifiques Reconnaît le plus grand nombre de sites dans le génome humain
Rapid Amplification of cDNA ends RACE-PCR Rapid Amplification of cDNA ends
Techniques de PCR (1) Matériel de départ en très petite quantité RT-PCR Sur ADNc obtenu à partir d’ARNm Séquence connue, amorces spécifiques
Techniques de PCR (2) 5’ RACE PCR 3’ RACE PCR PCR sur ADNc obtenu à partir d’ARNm Séquence connue en 3’, amorce spécifique Séquence inconnue en 5’ 3’ RACE PCR Séquence connue en 5’, amorce spécifique Séquence inconnue en 3’
RACE-PCR 5’ RACE-PCR 5’ ? 3’ Gène identifié 3’ RACE-PCR 5’ CCCCC 5’RACE 3’ RACE Anchor sequence
Exemple de l’utilisation de 3’ RACE-PCR: détection du gène de fusion HMGA2-MSRB3-NFIB dans un lipome FISH: HMGA2 exons 1-3 NFIB exons 4-9
Techniques de PCR PCR conventionnelle RT-PCR DOP PCR Matériel de départ en très petite quantité PCR conventionnelle Sur ADN Séquence du fragment à amplifier connue, amorces spécifiques RT-PCR Sur ADNc obtenu à partir d’ARNm Séquence connue, amorces spécifiques DOP PCR Séquence inconnue, amorces dégénérées 5’ RACE PCR - Séquence connue en 3’, amorce spécifique - Séquence inconnue en 5’
PCR Risques de contamination Principe de la PCR: amplification considérable Risque de contamination très élevé Travail sous une hotte Circuit monodirectionnel extraction et purification préparation des échantillons pour la PCR analyse des échantillons sur gel d’agarose Obligatoire en PCR diagnostique
Inconvénients de la PCR classique : Etape de révélation sur gel d’électrophorèse Risque de contamination quand ouverture du tube N’est pas quantitative 42
PCR quantitative (q-PCR) ou en temps réel (Real Time PCR)
Principe de la PCR conventionnelle Dénaturation du double brin d’ADN et hybridation des amorces Amorces, ADN, dNTPs, Taq Pol Elongation 72°C 55°C 95°C x 35 cycles Séparation électrophorétique
PCR en temps réel La PCR en temps réel permet la détection et la quantification d’un reporter fluorescent dont l’émission est directement proportionnelle à la quantité d’amplicons générés pendant la réaction de PCR (en temps réel)
PCR conventionnelle versus PCR quantitative Analyse en point final sur gel d’agarose Phase plateau Analyse dynamique de la PCR quantitative Phase linéaire Phase exponentielle
Trois méthodes de détection: (TaqMan, Beacons, Scorpions) Real-time PCR Trois méthodes de détection: 1. Sondes d’hydrolyse (TaqMan, Beacons, Scorpions) 2. Sondes d’hybridation (Light Cycler) 3. Composés liant l’ADN (SYBR Green)
Trois méthodes de détection: (TaqMan, Beacons, Scorpions) Real-time PCR Trois méthodes de détection: 1. Sondes d’hydrolyse (TaqMan, Beacons, Scorpions) 2. Sondes d’hybridation (Light Cycler) 3. Composés liant l’ADN (SYBR Green) Fluoresces when bound to dsDNA (X1000)
PCR quantitative SYBR ®Green Mesure de fluorescence en fin d’élongation
Trois méthodes de détection: Real-time PCR Trois méthodes de détection: 1. Sondes d’hydrolyse (TaqMan) 2. Sondes d’hybridation (Light Cycler) 3. Composés liant l’ADN (SYBR Green)
PCR quantitative avec une sonde TaqMan® Cette méthode repose sur deux principes : -la présence de deux fluorochromes sur la même sonde -l’activité 5’-exonucléase de la Taq Pol 5’ 3’ FP RP Reporter Quencher 5’ 3’ -Spécificité l’amorce pour la PCR -Spécificité de l’hybridation de la sonde TaqMan
Essais 5’ nucléase avec la sonde TaqMan® Fluorescence 5’ 3’ FP RP R Q -le fluorochrome suppresseur (quencher) inhibe l’émission du fluorochrome émetteur (reporter) lorsqu’ils sont à proximité pas de signal fluorescent émis par le reporteur quand la sonde est intacte
Essais 5’ nucléase avec la sonde TaqMan® -au cours de l’élongation catalysée par la Taq Pol l’activité 5’ nucléase déplace et hydrolyse la sonde 5’ 3’ FP RP R Q 5’ 3’ FP RP R Q -lorsque la polymérisation est complétée, pour chaque molécule d’ADN synthétisée un reporteur émet de la fluorescence.
Rn Ct cycle Détermination du Ct (cycle seuil) 10 2O 3O 4O 5O 1 2 3 4 Ct Ct: cycle seuil, cycle de PCR pour lequel le signal fluorescent atteint la valeur du seuil (phase exponentielle) Rn: signal fluorescent normalisé par une référence fluorescente passive Seuil: calculé sur le signal normalisé durant les cycles précoces de la PCR (ligne de base) Bruit de fond Ligne de base
Courbes de calibration : comparer les valeurs de Ct Nombre de copies (log) Fluorescence émise (UA) Ct 106 105 104 103 102 101 Log N = -0,26 Ct + 10,85 R2= 0,998 Nombre de cycles Cycle seuil - Ct Le nombre de cycles nécessaires pour atteindre une fluorescence donnée (phase log-linéaire) est fonction du nombre d’ADN cibles initialement présents Le Ct est directement lié à la quantité de cible présente dans l’échantillon au début de la PCR
Quantification absolue Nombre de copies (log) Cycle seuil - Ct Log N = -0,26 Ct + 10,85 R2= 0,998 Nombre de cycles Fluorescence émise (UA) 101 106 105 104 103 102 Ct Résultat : l’échantillon d’ADN (ex: 25 ng) contient 10000 copies du gène cible
Transcription inverse de l’ARN en ADNc (reverse transcriptase) Application de la PCR quantitative: quantification relative des ARNm RT-PCR quantitative tissu Extraction de l’ARN Transcription inverse de l’ARN en ADNc (reverse transcriptase) PCR quantitative
Quantification relative des ARNm par RT-PCR quantitative Il faut déterminer: - Un échantillon calibrateur Par rapport auquel sera déterminé le niveau d’expression du gène cible dans les échantillons inconnus Un gène de référence Normalisation de la quantité d’ARN sur laquelle on effectue la RT-PCR
Quantification relative des ARNm par RT-PCR quantitative Le gène de référence L’utilisation d’un gène domestique (housekeeping gene) comme référence permet de normaliser: Le processus d’extraction La qualité de l’ARN L’efficacité de l’étape de transcription inverse Importance du choix du gène de référence le plus pertinent
Quantification relative des ARNm par RT-PCR quantitative Choisir un calibrateur Représente l’état normal en terme physiologique (normalisation des résultats) Exemples: - culture cellulaire non traitée par une drogue - organe non atteint dans une pathologie - lignée sauvage
Quantification relative des ARNm par RT-PCR quantitative Exemples de gènes de référence Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase Beta-actin RPLP0 (ribosomal protein large P0)
Quantification relative des ARNm par RT-PCR quantitative Ratio Echantillon inconnu = Qté Gène cible / Qté Gène Référence Ratio Echantillon calibrateur = Qté Gène cible / Qté Gène Référence Expression normalisée Gène cible = Ratio Echantillon inconnu / Ratio Echantillon calibrateur
Quantification de l ’expression du gene Myc dans des tumeurs du sein par RT-PCR en temps réel Bieche et al, 1999 Résultats: surexpression de Myc dans tumeur MYC42 (19x) et dans la tumeur MYC98 (5x)
Les chromosomes géants ou en anneau sont des marqueurs des liposarcomes bien différenciés MDM2 12 MDM2 WCP 12
Analyse par RT-PCR en temps réel des gènes MDM2 et CDK4 dans des liposarcomes bien différenciés et des lipomes Fold induction Analyse par FISH MDM2
HMGA2: un gène clé dans la physiopathologie des tumeurs adipeuses Amplifié et surexprimé dans les LBD/LDD FISH RT-PCR en temps réel Immunohistochimie 67 67
The real-time machine is connected to a computer and software on the computer is needed to run the real time PCR machine in real-time mode.
3. intensifier 5. ccd detector 350,000 pixels 1. halogen tungsten lamp www.biorad.com 2a. excitation filters 2b. emission filters 1. halogen tungsten lamp 4. sample plate 3. intensifier 5. ccd detector 350,000 pixels
Avantages de la PCR quantitative * L’amplification peut être suivie en temps réel * Rapidité et possibilité de traiter un grand nombre d’échantillons en même temps * Pas de traitement post-PCR, meilleur contrôle de la contamination * Gamme dynamique de concentrations très large (5 à 8 log) * Nécessite 1000 fois moins d’ ARN qu’une méthode conventionnelle * Détecte des variations d’expression jusqu’au seuil minimal d’un facteur 2 * Méthode la plus sensible, la plus précise, la plus reproductible * Pas plus chère que la PCR conventionnelle (à l’exception du coût de l’équipement)
Techniques de PCR (1) Matériel de départ en très petite quantité PCR conventionnelle: Sur ADN Séquence du fragment à amplifier connue, amorces spécifiques RT-PCR Sur ADNc obtenu à partir d’ARNm Séquence connue, amorces spécifiques
Techniques de PCR (2) DOP PCR 5’ RACE PCR PCR temps réel Sur ADN Séquence inconnue, amorces dégénérées 5’ RACE PCR PCR sur ADNc obtenu à partir d’ARNm Séquence connue en 3’, amorce spécifique Séquence inconnue en 5’ PCR temps réel Séquence connue, amorces spécifiques RT-PCR temps réel
Techniques non basées sur la PCR le Southern Blot le Northern Blot
Southern et Northern blots Nécessitent un matériel de départ en grande quantité - ADN pour le Southern - ARN pour le Northern
Le Southern Blot
Southern blot (1) 1- clivage enzymatique de restriction 2- électrophorèse sur gel d’agarose
Southern blot (2) 3- dénaturation dans le gel des fragments de restriction 4- transfert sur support solide par capillarité (buvardage) 5- fixation de l’ADN sur la membrane par cuisson (mb nitrocellulose) ou exposition UV (mb nylon) 6- hybridation avec une sonde marquée complémentaire 7- lavages 8- autoradiographie
Le Northern Blot
Le Northern Blot (1) Principe identique à celui du Southern Blot mais ce sont les ARN (ARNm) qui sont étudiés (pas de digestion par enzymes de restriction) La visualisation d’un ARN par une sonde permet de: apprécier sa distribution dans les tissus, étudier son abondance relative déterminer sa taille détecter les intermédiaires de maturation et les différentes formes d’épissage de l’ARN
Northern blot (2) 1- Extraction des ARNm et purification 1 2- Electrophorèse sur gel d’agarose en conditions dénaturantes 2 3- Visualisation des ARNm par coloration au BET sous UV 4- Transfert des ARNm du gel sur une membrane (nitrocellulose ou nylon) 3 4
Northern blot (3) 2 ARNm différents sont liés à la mb. Incubation de la mb avec une sonde spécifique (ADN simple brin, ARN ou oligonucleotide) homologue à l’un des 2 ARNm présents sur la mb. La sonde porte un indicateur permettant la détection ultérieure du signal. Lavages éliminant la sonde qui n’est pas liée de façon spécifique à l’ARNm sur la mb. L’ARNm A est l’ARNm spécifique complémentaire à la sonde.
Exemple de Northern Blot
3’ RACE-PCR Génération des ADNc premiers brins à l’aide d’un primer adaptateur oligo-dT qui s’hybride à la queue polyA et ajoute une séquence adaptatrice spéciale à l’extrémité 5’ de chaque ADNc. PCR: amplification de la région 3’ de l’ADNc à partir d’une région connue dans l’ADNc en utilisant un primer sens (GSP2) et un primer anti-sens complémentaire de la séquence adaptatrice ajoutée.
5’ RACE PCR utilisant la technologie CLONTECH® SMART pour la synthèse du cDNA SMART Oligonucleotide et reverse transcriptase: activité terminal transferase qui ajoute des dC en 3’ du cDNA first-strand. Hybridation de l’oligo SMART à la séquence riche en dC, constitue une ancre sélective qui permet une amplification maximale de séquence en 5’.
Principe de la PCR en temps réel (Taqman) - Sonde fluorescente : Reporter Quencher - Taq DNA pol : Activité 5’Exonuclease 87
Quantification de l ’expression du gene Myc dans des tumeurs du sein par RT-PCR en temps réel Courbes de calibration Bieche et al, 1999