France Médecine génomique 2025 Franck LETHIMONNIER Directeur de l’Institut technologies pour la santé, Aviesan

un domaine à forte compétition internationale Quel serait le traitement le plus adapté pour ce patient ? Ce traitement de chimiothérapie sera-t-il efficace à ce stade de la maladie ? De quelle maladie rare est atteinte cette personne ? En France : Quelle organisation mettre en place pour introduire la médecine génomique dans le parcours de soin ? C’est un domaine à forte compétition internationale. De nombreux pays ont lancé des plans nationaux ambitieux. De nombreux acteurs industriels se mobilisent pour déployer des solutions technologiques pour la médecine génomique et la gestion des données numériques massives associées. Elle révolutionne le parcours de soin et donc l’organisation de la santé publique. Certains pays européens ont commencé à intégrer la médecine génomique dans leurs systèmes de santé Si la France ne s’organise pas : le risque de voir émerger un tourisme médical et une aggravation des inégalités de santé dans l’accès aux soins existe. Ce traitement sera-t-il toléré ? Peut-on prédire l’évolution de ce diabète pour cet individu ?

C’est la question posée à Aviesan dans la lettre de mission du Premier Ministre C’est la question posée par le PM dans la lettre de mission adressée à Aviesan.

Un plan national co-construit Plus de 160 personnes mobilisés, sous la présidence d’Aviesan, représentants institutionnels des compétences transversales des domaines de la recherche, de la santé, et de l’industrie, les agences de recherche et sanitaires, les administrations centrales des ministères, les industriels (Ariis, IT,…) la CNAM et l’HAS, le CGI, l’école d’économie de Toulouse,….

Comment s’organisent les autres pays ? Precision medicine catapult – Avril 2015 1 milliard de £ déjà investi dans les infrastructures USA - The precision medicine initiative 215 million de $ investis dans la recherche (NIH, the National Cancer Institute, FDA, Office of the National Coordinator for Health Information Technology ). Chine - Beijing Genomics Institute Des initiatives nationales dans des phase très amont. Capacités de séquençage plus éclatées et souvent dans des laboratoires de recherche, MAIS des investissements qui devraient accélérer le développement du séquençage en médecine personnalisée. (Rapport Ernst & Young) Plateforme et base de données centralisées. Remboursement de l’exome entier par le système d’assurance maladie UK : lancement de l’initiative en avril 2015 Réflexion sur les business models Développement de tests Développement de réseau d’essais cliniques Services de soin et de santé publique + brésil, Japon, Australie

Ambition du plan France Médecine Génomique 2025 Intégrer le séquençage du génome en routine et dans la pratique clinique Développer une filière nationale de la médecine génomique

Intégrer le séquençage dans un parcours de soin générique Dialogue patient/médecin Décisions partagées Demande d’examen Accord Prélèvement Pré-analytique Base nationale de Métadonnées Clinico-Biologiques Validation Technique Séquençage Analyse Demande d’examen, pré-analytique, analytique, interprétation biologique, rendu Aide à la décision thérapeutique Données cliniques Données génomiques « Laboratoire d’analyse » Outils d’aide à l’analyse Validation biologique et interprétation Aide à la décision diagnostic

Se doter des capacités de séquençage en réseau Mesure 1 Transfert de l’échantillon Transfert de Variant call File (VCF) Prélèvement Séquençage CAD Procédures et procédés standardisés Plate-forme de référence (CRefIX)

CAD (mesure 2) : services Base nationale de Métadonnées Clinico-Biologiques Services aux patients Consentement, Accès aux données Validation d’hypothèses thérapeutiques Recherche en biologie : analyses croisées de différentes pathologies, accès à une extraction des données brutes Recherche clinique : études virtuelles, validation tests compagnons, biomarqueurs,… Recherche en épidémiologie Services à la recherche Faisabilité d’essais cliniques génotype spécifiques Assistance au recrutement de patients Pharmacogénétique : études longitudinales « Laboratoire d’analyse » Services à la clinique Outils d’aide à la décision thérapeutique Outils d’aide à l’analyse, Outils de comparaison Formation manipulation de données Autres services Accueil et/ou Interconnexion aux autres bases de données Accompagnement méthodologiques Outils d’analyses permettant d’intégrer d’autres données omiques Services aux industriels

« Laboratoire d’analyse » Assurer la mise en œuvre et la montée en puissance CRefIX CAD Outils d’aide à l’analyse Envoi et collecte Données cliniques « Laboratoire d’analyse » Prélèvement Interprétation Garantir un parcours sécurisé et de qualité Disposer de nouvelles compétences Mettre en place un disposition de validation des indications Mettre en place un centre de référence, d’innovation, d’expertise et de transfert (CRefIX) Lever les verrous technologiques, cliniques et réglementaires rencontrés sur le parcours

Un plan organisé autour de 3 grands objectifs – 14 mesures Mettre en œuvre les instruments du parcours de soin génomique Mesure 1 Création d’un réseau de plateformes de séquençage très haut débit. Mesure 2 Création d’un « collecteur Analyseur de Données » (CAD) pour traiter et exploiter le volume de données généré Mesure 3 Permettre l’intégration et l’exploitation des données patients dans la parcours de soin Assurer la mise en œuvre opérationnelle et la montée en puissance Mesure 4 Mettre en place un centre de référence, d’innovation, d’expertise et de transfert (CREFIX) Mesure 5 Lever les verrous technologiques, cliniques et réglementaires rencontrés sur le parcours Mesure 6 Mettre en place un dispositif d’évaluation et de validation des nouvelles indications d’accès au diagnostic génomique. Mesure 7 Disposer des nouvelles compétences et des personnels capables de relever le défi de l’exploitation et de l’interprétation des données. Mesure 8 Garantir un parcours sécurisé et de qualité Mettre en œuvre les outils de suivi et de pilotage Mesure 9 Mobiliser les acteurs industriels autour du projet Mesure 10 Orienter les activités des acteurs de la filière en fonction des problématiques industrielles posées par le parcours de soin génomique Mesure 11 Assurer un suivi à l’échelle internationale du champ de la médecine génomique Mesure 12 Mettre en œuvre un programme dédié aux aspects médico-économiques Mesure 13 Organiser l’information, la consultation et l’implication des acteurs de la société concernés Mesure 14 Gouvernance du plan

Objectif du groupe de travail 1 Concevoir un appel à projets visant à créer en 2017 deux premières plateformes de séquençage très haut débit a visée sanitaire Pr Christian THUILLIEZ Conseiller médical de la directrice générale de l’offre de soins, ministère des Affaires sociales et de la Santé

Composition du groupe de travail Coordonnateurs : Frédérique Nowak (INCa) et Christian Thuillez (DGOS) Représentants : de la DGOS (Ariane Galaup-Paci et Anne Chevrier) de la DSS (Hélène Monasse, Y Desplan) de la DGS ( Arnaud Deguerra et Marie-Anne Gallot) d’Aviesan (Franck Lethimonnier) du Génopole (Pierre Tambourin) du CNG (Jean-François Deleuze)

Composition du groupe de travail Auditions d’experts du domaine (T Frébourg, X Jeunemaître, P Laurent-Puig, I Soubeyran, B Arveiler)  d’un représentant de Genomics England (J Peach)  d’industriels (Cerba, Eurofins/Biomnis, Integragen)  des représentants des institutionnels : conférence des doyens des facultés de médecine, conférence des DG de CHU, conférence des présidents des CME de CHU, Unicancer.

Objectif de l’appel à projets Sélectionner deux dossiers de candidature proposant pour chacun: la mise en œuvre d’une plateforme de séquençage à très haut débit à visée sanitaire une organisation pilote un projet d’évaluation médico-économique et organisationnelle associé.

Critères de recevabilité Considérations générales dossier porté par un ou plusieurs établissements de santé ou un GCS partenariats publics/privés encouragés activité générique : maladies rares et cancer, puis maladies vocation à prendre en charge l’ensemble des patients du territoire national intégration dans le parcours de soins du patient et dans les filières de soins existantes respect de la législation en vigueur relative à la biologie médicale.

Critères de recevabilité Aspects opérationnels: être en mesure d’effectuer les examens de séquençage (génomes complets, d’exomes et de transcriptome) selon des protocoles établis par le CRefIX dimensionnement : 18 000 équivalents génomes par an archivage des données brutes transmission des fichiers vcf au CAD dès qu’il sera opérationnel pendant la phase transitoire avant la mise en œuvre du CAD : collecte des données cliniques et de suivi des patients les établissements de santé pourront utiliser leurs données dans le cadre qui sera défini ultérieurement avec le CAD et en accord avec la législation en vigueur.

Dossier de candidature Organisation pilote: aspects techniques (outils, compétences, règlementation) l’environnement (locaux, compatibilité système d’information, expérience préalable des partenaires, formation continue) le mode opératoire (circuits et articulation avec les filières existantes, processus, assurance qualité, délais de rendu de résultats, calendrier de mise en œuvre opérationnelle) Projet d’évaluation associé : visant l’évaluation des usages et des impacts de l’organisation proposée projet type PREPS

financements Mise en œuvre opérationnelle des deux plateformes retenues Réalisation des premiers examens de séquençage à très haut débit avant leur intégration, le cas échéant, au sein du Référentiel des actes Innovants Hors Nomenclature (RIHN). Sont éligibles: les dépenses d’investissement (achat de matériel) les travaux de mise aux normes des locaux les dépenses de fonctionnement et de personnel de la plateforme

sélection & calendrier Procédure de sélection: étape de recevabilité  évaluation technique, scientifique et médicale par un jury international  évaluation organisationnelle, médico-économique et budgétaire par les financeurs décision du comité de pilotage. Calendrier: Publication de l’AAP = décembre 2016 Remise des dossiers = le 03 mars 2017 Publication des résultats = mai 2017 Plateformes opérationnelles = fin 2017.