Mise en place du DPNI de la T21 au CHU de Montpellier ATC / ACLF 19 septembre 2016 Elodie Guagliardo Vincent Gatinois

Prise en charge habituelle Suivi adapté Fausse couche ≃ 1% !! < 1/250 Négatif Toutes les femmes enceintes Dépistage Marqueurs Sériques Maternels Diagnostic prénatal ≥ 1/250 Accueil enfant handicapé Positif Demande IMG (CPDP) Abandon

Prise en charge DPNI Sensibilité : 100 % Spécificité : 99,94 % Suivi adapté Fausse couche ≃ 1% !! < 1/250 Négatif Négatif Toutes les femmes enceintes Dépistage Marqueurs Sériques Maternels Dépistage prénatal non invasif Diagnostic prénatal ≥ 1/250 Positif Accueil enfant handicapé Positif Sensibilité : 100 % Spécificité : 99,94 % Demande IMG (CPDP) Abandon

ADN libre circulant (cfDNA) cfADN maternel cfADN du trophoblaste idem BT détectable à partir de 5 SA disparait 48h après délivrance Fraction Fœtale : env. 10% du cfDNA total  avec l’âge de la grossesse  avec l’IMC mini 4% pour NGS ! Attention au buffy coat !

Test Clarigo® Dosage relatif Fraction fœtale 13 FASTQ Extraction 4000 cibles 18 NGS Bioinfo 21 Dosage relatif Fraction fœtale

Décantation plasma 2nde centrifugation 1ère centrifugation 6 mois -80°C 1ère décantation 2nde décantation

Extraction cfDNA cfDNA + dosage : 0,1 à 1 ng/µL QuBit 2.0

Etape J1 13 Amplification 18 Purification cfDNA 21 Plaque aimantée Veriti96

Etape J2 Contrôle qualité Pool Amplification + purification Librairie Veriti96 + purification Librairie

Séquençage NGS FASTQ Séquenceur MiSeq

Analyse BioInfo Dosage relatif 2.10^6 reads

Analyse BioInfo Dosage relatif 2.10^6 reads Chr 13 Chr 18 Chr 21

Analyse BioInfo Dosage relatif 2.10^6 reads Chr 13 Chr 18 Chr 21

Analyse BioInfo Dosage relatif Patiente 6 Patiente 4 Patiente 2 Chr 13 Chr 18 Chr 21

Analyse BioInfo Dosage relatif Patiente 6 Patiente 4 Patiente 2 Z-score Patiente 4 Patiente 2 Patiente 1 Patiente 5 Patiente 3 Chr 13 Chr 18 Chr 21

Résultat Confirmation par LA 3% sous réserve ininterprétable

Résultat

Et en pratique ? … jusqu’à 12 patientes 11h Tous les jours 5 min Stop Point -80°C Enregistrement Décantation … jusqu’à 12 patientes Tous les jours 5 min 40 min 6 mois Extraction cfDNA 3h Dosage 30 min Stop Point 6 mois -20°C 1h Purification Stop Point -20°C 1ère PCR 10 min + 2h < 1h +4°C 2nde PCR 20 min + 1h40 20 min Gel agarose Pool 15 min Dosage 30 min Stop Point -20°C 1h Purification < 12h +4°C 1 série tous les 15 jours 10 min Sample sheet MiSeq 1h + 10h 2h Compte-rendu Clarigo Reporter 1h +2h 11h

Retour d’expérience 53 Négatives 3 négatives « sous réserve » 7 LFF 2 Echecs 3 négatives « sous réserve » 1 positive « sous réserve » 62 patientes 1 reprélevée  négative 2 ininterprétables 1 reprélevée  négative 1 attente 85% CE-IVD 1er passage 89% CE-IVD 2nd passage 6% sous réserve 5% ininterprétable

Un test bien accompagné…  Clarigo workshop : 1 semaine de terrain  Support TK et Analyse bioinfo  Marquage CE-IVD …en connaissant ses limites !  Contre indication : grossesse gémellaire, don d’ovocyte, …  Dépistage ≠ diagnostic !

Génétique chromosomique Gynécologie Obstétrique G. Trinquier T. Guignard F. Pellestor A. Schneider E. Vintejoux I. Comte A. Chabert S. Hamburger Génétique médicale Biologie cellulaire J. Puechberty E. Haquet N. Boulle Société Multiplicom Hanaa Maissam Nathalie Andréas Jessie Dorien Matthias

4000 cibles 13 18 21 NGS Profondeur de lecture SNP A B A cfDNA fœtus NGS cfDNA mat Profondeur de lecture SNP A B A Dosage relatif Fraction fœtale

Fraction fœtale SNP A B A Mère Fœtus A B 50% FF = 0% ou fœtus htz 55% 45% A B 60% 40% FF = 20% A B FF = 10% A B A B A B A A A B A A A B A A A B 10 A et 10 B 11 A et 9 B 12 A et 8 B