Approches génomiques - TD 2 L3 – BCP ALIGNEMENTS ET PHYLOGENIE Lois Maignien MCf IUEM lois.maignien@univ-brest.fr

Enseignant Loïs Maignien MCf EcoGenomique Lois.maignien@univ-brest.fr 0290915380 – IUEM A223 Séquence a telecharger sur http://pagesperso.univ-brest.fr/~maignien/teaching/L3-BCP_UE-ApprochesGenomiques/1ped.fasta 1ped.fasta

TD 2: phylogénie moléculaire Télécharger SeaView Télécharger FigTree (version java) pour visualiser des arbres (optionnel) http://tree.bio.ed.ac.uk/download.html?name=figtree&version=v1.4&id=86&num=3 Télécharger le jeu de donnée MSA.zip (aussi disponible ici: https://molevol.mbl.edu/images/5/54/Msa.zip) Question 1: A quels gènes/protéines correspondent ces séquences?

TP phylogénie moléculaire Sur le site http://phylogeny.lirmm.fr: Phylogeny analysis|a la carte Alignement: MUSCLE Align. Curation: G. BLOCK Méthode arbre: PhyML => Grp 1 (paramtre default) TNT => Grp 2 BioNJ => Grp 3 (100 bootstraps) Upload le fasta 1ped.fasta et lancer l’analyse.

TP alt. si le serveur phylogenie.fr sature… 1/ aligner vos séquences avec muscle sur ebi - muscle: https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/ (télécharger le résultat en format phylip) 2/ soumettez l’alignement au serveur PhyML http://www.atgc-montpellier.fr/phyml/ 3/ visualiser l’arbre (tre) que vous avez reçu avec http://www.trex.uqam.ca/index.php?action=newick

TP. Alt Si les serveurs / connexions sont trop lent effectué toute les operations sur seaview Même rapport!

TP phylogénie moléculaire Insérer l’alignement + l’arbre + méthodes et paramètres utilisés dans votre rapport de TP Que pouvez vous observer sur l’   « évolution » de ce gène? Est-ce que toutes les branches apparaissent robustes? Est-ce que les trois méthodes indique sont congruantes? Sinon decrivez rapidemment les differences

TP phylogénie moléculaire Il s’agit d’un gène codant pour une protéine. Suggérez une méthode plus approprié pour étudier les relations d’homologies entre ces séquences.

TP phylogénie moléculaire Dans seaview, sélectionnez toutes vos séquences, desalignez les (align|de-align selection), traduisez les séquences en proteines (Props|view as protein), save as… Et recommencer l’analyse phylogenetique Comparer les differents arbres nucleotide/proteines

Resultat Muscle / PhyML

Resultat Muscle / BioNJ