Isolement, identification et évaluation de champignons entomopathogènes provenant de différents écosystèmes agricoles et naturels du Canton de Genève Etienne Laurent, Julien Crovadore, Bastien Cochard, Pegah Pelleteret, Romain Chablais & François Lefort Groupe Plantes et pathogènes, Institut Terre Nature et Environnement, hepia, HES-SO//Genève 150 route de Presinge, 1254 Jussy, Suisse. E-mail: francois.lefort@hesge.ch L’agriculture est devenue, au 20ème siècle, dépendante de la lutte phytosanitaire chimique, qui a contribué certes très efficacement à la régularité et à l’augmentation de la production, mais dont les désavantages, voire les dégâts et les impacts environnementaux, ont été documentés très rapidement et sont de plus en plus ressentis par le public comme inacceptables. Les résidus chimiques dans l’alimentation, les micropolluants agricoles dans les sols et les eaux, leurs impacts sur la santé humaine et la biodiversité, sans oublier la sélection de résistance chez les ravageurs et les microorganismes pathogènes nécessitent la recherche de solutions alternatives. Dans ce contexte les champignons entomopathogènes présentent un potentiel intéressant pour la protection des cultures contre les insectes phytophages et pourrait être la base d’une lutte phytosanitaire durable Figure 3. Larve morte recouverte de mycélium après 1 semaine en boîte de Pétri. Les champignons ayant sporulé sur les larves mortes, ont été prélevés et isolés en culture axénique sur milieu gélosé PGA (Potato Glucose Agar). Identification génétique Après extraction d’ADN des cultures pures de champignons et amplification par PCR de l’espaceur transcrit interne ITS4/5, le séquençage a permis l’identification de 71 isolats fongiques dont 40 appartenant à des espèces entomopathogènes bien documentées (Fig. 4). Dans le cadre de ce travail, des champignons ont été isolés à partir de sols de vergers, de prairie et de forêt sur le Canton de Genève entre Arve et Lac. Une fois identifiés, les isolats d’espèces connues comme entomopathogènes ont été confrontés à des pucerons pour évaluer leur potentiel infectieux. Espèces entomophages isolées Nombre d'isolats Beauveria bassiana 17 Mucor hiemalis 9 Metharizium sp. 7 Fusarium solani 3 Paecilomyces sp. 2 Bionectria ochroleuca 1 Metacordyceps chlamydosporia Total 40 Figure 4. Tableau des isolats présentant un intérêt entomophage. Les isolats restant appartenaient à des espèces peu ou pas documentées pour leurs propriétés entomopathogènes. Méthode de piègeage de Zimmermann (1986) Tests sur puceron Myzus persicae Des échantillons de terre (200 g) ont été prélevés en onze lieux différents : 5 vergers de pommiers non traités 2 vergers de pommiers traités 1 verger de pommiers semi-traité 3 autres écosystèmes (forêt, prairie, vigne biodynamique). La méthode de piégeage utilisée a utilisé la fausse teigne de la cire Galeria mellonella (Lepidoptera) (Fig. 1). De là, 12 isolats potentiellement entomopathogènes ont été testés sur le puceron Myzus persicae. De ces isolats fongiques, deux types de filtrats ont été produits: FS: Filtrat stérile sans spore FC: Filtrat complet entier avec spores Des disques de feuilles de choux chinois ont ensuite été trempés dans ces filtrats puis déposés dans des boîtes de Pétri (Fig. 5). Cinq pucerons par boîte y ont ensuite été déposés. Les mesures de mortalité ont été relevées (Fig.6) Figure 5. Disque de chou avec 5 pucerons, et préalablement trempé. Figure 1. Chaque échantillon de terre provenant de ces 11 lieux a été mis en barquettes plastiques avec 5 larves de Galeria mellonella. Figure 6. Mortalité des pucerons en fonction des filtrats de champignons à 3 jours (A) et à 6 jours (B). A B Figure 2. Courbes de la mortalité des larves en barquette de piégeage Accentuation de la mortalité à 10 jours due aux temps d’incubation des champignons dans les larves. Résultats et Conclusion Quatre isolats fongiques ont montré une virulence importante et un potentiel entomopathogène contre Myzus persicae après 6 jours: Beauveria bassiana 2.1. avec 100% de mortalité Beauveria bassiana 6.3. avec 86.67% de mortalité Metarhizium sp. 10.1. avec 100% de mortalité Paecilomyces sp. 28.2. avec 93.33% de mortalité La méthode de piégeage utilisée a été très efficace en particulier dans les milieux non traités qui se sont révélés beaucoup plus riches en isolats fongiques, ce qui constitue aussi une observation intéressante. Pas de grandes différences dans le comportement des larves dans les barquettes provenant des vergers traités et non traités Chaque jour, les larves mortes ont été retirées des barquettes (Fig. 2), puis désinfectées superficiellement à l’alcool et à l’hypochlorite de sodium, puis laissées en boîte de Pétri pendant une semaine à température ambiante pour permettre la sporulation de champignons (Fig.3). JOURNEE D'AUTOMNE SGP / SSP 2016 "Interactions complexes entre plantes et organismes nuisibles" Jeudi 27 octobre 2016, HAFL Zollikofen