Diagnostic bactériologique des infections urinaires en 2016 Année universitaire 2016/2017. 4eme année Médecine. Module des Maladies Infectieuses. Cours de Bactériologie. Diagnostic bactériologique des infections urinaires en 2016 Allag h. Laboratoire Central de Microbiologie CHUConstantine.

Actualisation des recommandat° SPILF en 2014-15: Diagnostic et antibiothérapie des infections urinaires bactériennes communautaires de l’adulte (2015) Prise en charge des infections urinaires de l’enfant (2014) Infections urinaires au cours de la grossesse (2015) Révision des recommandations de bonne pratique pour la prise en charge et la prévention des Infections Urinaires Associées aux Soins (IUAS) de l’adulte (2015)

IU bactériennes communautaires de l’adulte Outils de diagnostic: BU ECBU

Bandelettes urinaires Principe: Détecter simultanément et rapidement une leucocyturie (leucocyte bactériurie (nitrite). Prélèvement: estérase) et une Deuxième jet urinaire. Séjour dans vessie >4h Récipient propre et sec mais non stérile Toilette périnéale préalable n'est pas nécessaire. Urines fraîchement émises. La lecture à T° ambiante, 1 ou 2 min (selon les tests) après le trempage. Respect strict des temps de lecture. Lecture par automates possible (trace écrite du résultat).

Leucocytes Nitrites Faux positifs Faux négatifs Le seuil de détection est d’environ 104/mm3 Faux positifs Faux négatifs Mauvais recueil urinaire :présence de leucocytes d’origine vaginale Trichomonas… Infections à un stade précoce Neutropénie Fortes glycosurie, protéinurie ou cétonurie Acide borique, acide ascorbique ou acide oxalique Certains antibiotiques: C1G, Tet, FTN, GMN Nitrites Le seuil de détection est de 105 UFC/mL Très rares IU à bactéries NR négative: Staphylococcus , Enterococcus, … Séjour des bactéries trop bref dans les urines Bactériurie faible Régime restreint en nitrates pH urinaire acide Ttt par acide ascorbique

VP VN VP/(VP+FN) VN/(VN+PF) Infection urinaire Présente Absente Test de dépistage Positif VP FP VPP VP/(VP+FP) Négatif FN VN VPN VN/(VN+FN) Sensibilité VP/(VP+FN) Spécificité VN/(VN+PF)

Performances diagnostiques Association des 2 tests (LE+NI)  Performances ++ Femme symptomatique leucocytes (-) et nitrites (-) Homme symptomatique leucocytesou nitrites (+) VPP de 90% Leucocytes et nitrites (+) VPP > 90 % BU (-) chez 29% des hommes < 60 ans avec IU  BU (+) conforte le diagnostic  très bonne VPN (>95%) (si pas d'immunodépression grave)  BU (-) élimine le diagnostic Cystite simple Cystite à risque PNA BU+ → ECBU BU+ → ECBU BU! 7

Le dépistage dans la littérature 60 à 80 % des urines mises en culture → Résultat négatif Performances: Sensibilité élevée (↓↓FN) Spécificité bonne (↓FP)

Techniques de dépistage dans la littérature Bandelettes urinaires: très controversées. Systèmes automatisés: Cytométrie en flux (Sysmex UF): pas de standardisation, beaucoup de FN. (Gutierrez-Fernandez, 2012) Analyse automatisée des images microscopiques (iQ200): pas de standardisation (Russcher, 2016) Microcalorimétrie isothermale. (Bonkat, , 2016) MALDI-TOF: Identification : quelques minutes. Préttt lourd. (Haiko, 2016, Inigo, 2016) Mesure de l’ATP bactérien, hybridation avec sondes fluorescentes…

Examen CytoBactériolgique des Urines 10

Le prélèvement Au moins 4 h après la miction précédente. Le prélèvement doit être précédé de: Hygiène des mains (lavage à l'eau et au savon ou friction avec un SHA Toilette de la région urétrale ou vulvaire (savon ou lingettes) Rinçage Antiseptique (d’un seul geste d’avant vers l’arrière chez la femme). Milieu de jet: la plus fréquemment utilisée Eliminer le premier jet (20 ml urines). Recueillir les 20-30 ml suivants dans un flacon stérile sans en toucher le bord supérieur.

les instructions orales Exemple d’affiche pouvant accompagner les instructions orales

Conditions de transport et de conservation Idéalement: Ensemencement dans les 20 min. Sinon: Conserver <2 h à θ ambiante Conserver à <24 h +4°C. Acide borique <48 h θ ambiante

Conservation par l’acide borique

Rien sur la méthode de la lame immergée Face 1: milieu CLED (Cystine Lactose Electrolyte Déficient ; coloration verte) Face 2 : milieu Mac Conkey (couleur brun rouge) Le personnel soignant plonge dans l’urine une lame utilisée pour le dénombrement. Le laboratoire reçoit l'urine accompagnée de la lame immergée ensemencée. Incuber 18-24 heures à 37°C en position verticale.

Etudes sélectionnées: 35 parmi > 5000 Femmes: taux de contamination milieu de jet avec nettoyage ≈ sans nettoyage Hommes: taux de contamination premier jet> milieu de jet taux de contamination milieu de jet avec nettoyage ≈ sans nettoyage

Conservation à T° ambiante: +10% de colonies après 4h → Ne pas techniquer les urines qui ont passé >4h à T° ambiante Réfrigération ≈ conservation ac.borique → Conviennent pour préserver les urines jusqu’à 24h.

Renseignements cliniques nécessaires indispensables : Modalités de prélèvements (milieu de jet, ponction sus- pubienne, sondage), Contexte de prescription (IU, bilan pré-interventionnel), Terrain (antécédents, grossesse, immunodépression grave), Antibiothérapie récente. Dans l'optique des antibiogrammes restreints : Ces renseignements cliniques nécessaires pour adapter la liste des ATB à tester.

Examen direct Le dénombrement des éléments figurés peut se faire Manuellement Méthodes automatisées: Cytométrie en flux → Objectiver et quantifier une leucocyturie → Reconnaître une bactériurie

Cellules de Malassez Désinfecter apès utilisation ++ 20

Système Kova® slide Lames en plastique prêtes à l’emploi : Usage unique. Chaque lame comporte 10 puits de comptage. Chaque puits de comptage comprend une grille comportant 9 grands carrés, chacun découpé en 9 petits carrés. Le vol retenu sur la grille est de 1 µL (1 mm3). 21

Système Kova® slide Ne Compter que les cellules situées à l’intérieur des carrés ; les cellules à cheval sur les traits de la grille ne sont pas prises en compte. Pour les leucocyturies grille : faibles, toute la (correspondant à 1 µL ou N = nombre d’éléments par µL 1 mm3 d'urine) Pour les leucocyturies moyennement élevées: 9 petits carrés: N = n x 10 Pour les leucocyturies beaucoup plus élevées: Un petit carré: N = n x 90 22

Automates de cytologie urinaire Cytométrie en flux l’analyse morphologique des particules après capture par un système vidéo Plusieurs automates existent depuis plus d’une dizaine d’années Ne différencient pas les bactéries mortes des bactéries vivantes. Le dénombrement des germes urinaires doit toujours être confirmé par la culture.

Leucocyturie VPN 97% VPP faible < 50%. Leucocyturie significative si >104 /mL (soit > 10/mm3 ) Ce seuil →Techniques microscopiques. → légère variation en cas de lecture automatisée (cytométrie de flux). La leucocyturie peut être absente au cours d’authentiques IU, quand l’ECBU précoce, neutropéniques, ou si les urines ne sont pas traitées rapidement (lyse possible des leucocytes). Une leucocyturie n’est pas spécifique d'IU. vulvo-vaginite, maladie inflammatoire, urétrite, posthite [inflammation du prépuce], tuberculose.... VPN 97% VPP faible < 50%.

Rechercher les Bactéries à l'examen direct ? Peu sensible pour les urines non centrifugées → Un ED négatif n'exclut pas le diagnostic d'IU. Bactéries au Gram → orienter le ttt antibiotique ou inciter à refaire le pvt selon le caractère mono- ou polymicrobien. Gram → Systématique en cas d'IU avec signe de gravité, → effectuée sur demande du clinicien ++ (tableau clinique atypique, bandelette urinaire douteuse...). Une bactériurie sans leucocyturie: Contamination (mauvaises conditions de prélèvements). Colonisation urinaire. une IU débutante. Rarement une IU chez le patient neutropénique. 26

Ensemencement à l’anse calibrée 10 µL La plus utilisée ++ Nécessite un milieu non sélectif coulé en boite de Petri Il a été montré que l'imprécision inhérente de l’anse (10 µL ou 1 µl) peut entraîner un taux d'erreur >50%, et l'angle d'inoculation peut également avoir un impact significatif sur le nombre de colonies rapportées (Doern et al, 2016).

Méthode de l’ensemenceur en spirale

Electrolyte Deficient Milieux de culture La plupart des infections urinaires sont monomicrobiennes et dues à des entérobactéries donc à des bactéries non exigeantes. → Un milieu de base NON SÉLECTIF suffit le plus souvent. BCP: BromoCresol Purple CLED: Cystine Lactose Electrolyte Deficient Peptones, extrait de viande de boeuf, agar, lactose, pourpre de bromocrésol Peptones, extrait de viande, hydrolysat de caséine, agar, cystine, lactose, Bleu de bromothymol

Milieux chromogènes Prix élevé Sont préférés aux milieux classiques (BCP, CLED). Ils permettent : Une très bonne différenciation → détection des urines polymicrobiennes, Une id° directe d’E. coli, du genre Enterococcus, et de P. mirabilis par tests complémentaires simples (EF, indole) → une économie de réactifs (galeries…) et de temps de manipulation. Une orientation de l’identification des KESC et des autres espèces de Proteus, des genres Providencia ou Morganella → antibiothérapie rationnelle + rapide. rester vigilant et confronter les résultats de l’antibiogramme avec l’Identification 30

Exemples de Milieux chromogènes Exemples de marques: chromID® CPS ELITE (Biomérieux)*, UriSelect™4 (Bio-Rad), URICHROM® III (International Microbio), CHROMagar orientation medium (BD)**, Brillance™ UTI Agar (Oxoid), UTIC (CONDA)… 31

Interprétation de la culture Patient symptomatique + leucocyturie ≥ 104 /ml Groupe Espèces 1 2 3 4 E. Coli Entérobactéries E. coli) (sauf S. agalactiae Lactobacilles bactériennes S. saprophyticus Staph à coagulase (-) Streptocoques α-hémolytiques G. vaginalis Bifidobacterium spp. Bacilles diphtérimorphes (sauf C. urealyticum) Entérocoque* C. urealyticum P. Aeruginosa S. aureus (sauf S. saprophyticus) Acinetobacter spp. S. maltophilia Autres Pseudomonaceae Candida spp Seuil de significativité 103 UFC/ml Homme 103UFC/ml Femme 104UFC/ml 105UFC/ml Contaminants sauf ponction sus-pubienne *105 UFC/mL si avec E. coli 3130

Ponction sus-pubienne: Seuil 10 UFC/mL pour les bactéries des groupes 1 à 4. Sondage simple: Seuil 103 UFC/ml, pour les bactéries des groupes 1 à 3. > 2 types de colonies → STOP (sauf situation très particulière, en concertation avec le clinicien). En l’absence d’antibiothérapie en cours, < 103 UFC/ml est en faveur d’une absence d’IU/colonisation.

Définition d’urines contaminés SPILF 2015: bactéries du groupe 4 (sauf ponction sus-pubienne) > 2 types de colonies (sauf situations très particulières) Situation 1: bactérie du gpe2 104UFC/mL + b du gpe 3 entre 104 et 105 UFC/mL? Situation 2: SGB > 105 UFC/mL + 5 colonies E.coli + 5 colonies Enterococcus? Situation 3: 3 espèces en numération < seuils ?

Définition d’urines contaminés? Pb Bekeris et al, 2008 127 Laboratories US Sturenburg et al, 2014 ≥ 3 isolats sans prédominance ou Bactéries ≠ uropathogènes

IU de l’enfant

Définition d’urines contaminés SPILF 2015: bactéries du groupe 4 (sauf ponction sus-pubienne) > 2 types de colonies (sauf situations très particulières) Situation 1: bactérie du gpe2 104UFC/mL + b du gpe 3 entre 104 et 105 UFC/mL? Situation 2: SGB > 105 UFC/mL + 5 colonies E.coli + 5 colonies Enterococcus? Situation 3: 3 espèces en numération < seuils ?

SPILF 2015 > 1 mois BU ECBU NNé Neutropénie Sepsis (-)/(-) LE+,++,+++/NI(-) LE(-)/NI+ (-)/(-) LE++,+++/ NI+,++ ECBU VPN>95% ECBU ECBU pvt au jet poche à urines* ECBU pvt au jet cathéterisme urethral ponction sus-pubienne poche à urines* * À éviter. VPP<50% 39

Pas de recommandations sur: La méthode de recueil les seuils de bactériurie significative la définition de la contamination 40

Que dit la littérature? Choix difficile de la méthode de recueil 41

Aspiration suprapubienne Pvt difficle < 2ans Taux de contamination Poche à urines Pvt au jet Recommandés au UK Cathétérisme Recommandés par l’Académie Américaine de Pédiatrie Aspiration suprapubienne

Poches à urines: non recommandés Pvt au jet avec nettoyage: recommandé Pvt au jet sans nettoyage: non recommandé Seuils de positivité: pvt au jet et poche: 105 UFC/mL ponction suspubienne, cathétérisme: toute croissance, 102, 103, 105 UFC/mL, culture pure Contamination: culture mixte ꓯcc°, culture mixte > 105 UFC/mL, toute culture < 105 UFC/mL

Sensibilité BU Ni faible: vidange rapide. Poches d’urines fortement déconseillés. Seule utilité: culture négative Sensibilité BU Ni faible: vidange rapide. 44

IU au cours de la grossesse

Définitions Colonisation urinaire = bactériurie asymptomatique: sur 2 cultures consécutives (réalisées à 1 ou 2 semaines d’intervalle), même bactérie à un seuil > 105 UFC/ml Infection urinaire: signes cliniques évocateurs + leucocyturie + bactériurie significative

Colonisation urinaire gravidique BU (controversées mais recommandées) Performances de la BU pour le dépistage de la colonisation urinaire gravidique Leucocytes seuls Nitrites seuls Combinés Sensibilité 60-70% 50-60% 38-80% Spécificité 96% 98-99% 85-100% Valeur prédictive positive 28-98% 75-82% 46-100% Valeur prédictive négative 90-99% 82-98% 79-94% Si Positive en LE ou NI ECBU Seuil 105 UFC/mL

Dépistage de la colonisation urinaire gravidique : – Toutes les femmes enceintes: • BU au 4ème, 5ème, 6ème, 7ème, 8ème et 9ème mois Si BU (+) (leucocytes ou nitrites positifs) → ECBU femmes a haut risque d'IU (uropathie sous-jacente, diabète, antécédent de cystite aigue récidivante) : ECBU d'emblée à la première consultation de début de grossesse et au 4ème, 5ème, 6ème, 7ème, 8ème et 9ème mois ECBU de contrôle – ECBU 8 à 10 jours après arrêt du traitement, puis mensuel jusqu’à l’accouchement 20

Colonisations urinaires à Streprococcus du groupe B SPILF 2015: seuil unique 105 UFC/mL pour toutes les bactéries CDC 2002: toute bactériurie à SGB doit être notifiée par le laboratoire ꓯla cc° CDC 2010: seuil de bactériurie 104 UFC/mL SGB en culture pure ou mixte. 49

Cystite aigue gravidique PNA gravidique ECBU Interprétation de la culture leucocyturie ≥ 104 /ml Groupe Espèces bactérien nes 1 E. Coli S. saprophyticus 2 3 S. agalactiae Staph à coagulase (-) (sauf S. saprophyticus) Acinetobacter spp. S. maltophilia Autres Pseudomonaceae Candida spp 4 Lactobacilles Streptocoques α-hémolytiques G. vaginalis Bifidobacterium spp. Bacilles diphtérimorphes (sauf C. urealyticum) Entérobactéries (sauf E. coli) Entérocoque C. urealyticum P. aeruginosa S. aureus 103 UFC/ml Seuil de significativité 104UFC/ml 105UFC/ml Contaminants sauf ponction sus-pubienne nt Contrôle: ECBU 8 à 10 jours après arrêt du traitement, puis mensuel jusqu’à l’accouchem51e00

IU associées aux soins 51

Absence de dispositif endo-urinaire ECBU ECBU Pvt milieu de jet Seuils de leuco et bactériurie = Inf° communautaires Ponction opercule de la sonde Leucocyturie 1 ou 2 espèces bactériennes Seuil 105 UFC/mL. Si < 105 clinique prime, controler sur nveau pvt + Antibiogramme systématique Possibilité de faire ECBU à 48-72h si mauvaise évolution

Merci de votre attention fin.