Description génétique de deux lignées de lapins sélectionnés Groupe 24: GOBIER Ludwig GOYAULT Mathieu GRELLET Aurélien

Introduction analyse de pedigree pour démontrer la complémentarité d’indicateurs utiles à la description de la variabilité génétique coefficients de consanguinité (inbreeding) population efficace probabilité d’un gène d’origine schema de reproduction par accouplement aléatoire de groupes non-parents

Matériel et méthodes Animaux deux souches de lapins (souches 1077 et 2066) sélectionnées depuis 1974 pour une augmentation de la taille de portée générations discrètes et nombre d’animaux constant schema de reproduction visant à limiter l’augmentation de la consanguinité accouplement aléatoire des femelles pas de migration des mâles d’un groupe à l’autre informations connues depuis les grand-parents de la 1ère génération de sélection jusqu’à la 20ème génération

Méthodes coefficient de consanguinité (F) à long terme à court terme (sur 4 générations d’ancêtres) comparaison des variances (impact du long terme sur les générations) F(t) = 1 – (1 – DF)t = 1 – (1 – 1/2Nef)t (1) avec F(t): coefficient de consanguinité à la génération t Nef: estimation première du nombre efficace d’animaux et DF = [F(t) – F(t-1)] / [1- F(t-1)]

taille de la population efficace 1/Neh = 1/16M [ 2 + s²mm + 2 (M/F) cov(mm,mf) + (M/F)²s²mf ] + 1/16F [ 2 + (F/M)²s²fm + 2 (F/M) cov(fm,ff) + s²ff ] avec Neh: seconde estimation du nombre efficace d’animaux M (F): nombre de mâles (femelles) atteignant l’âge adulte à chaque génération s²mm (s²fm): variance du nombre de descendants mâles d’un individu mâle (femelles) s²mf (s²ff ): variance du nombre de descendants femelles d’un individu mâle (femelles)

analyse de probabilité d’un gène d’origine chez différents groupes à travers les générations cinq générations de sélection: 6, 9, 13, 16 et 20ème 1ère méthode: simulations de Monte-Carlo Ng = 1 / (2ft ) avec Ng: nombre efficace des génomes fondateurs ft: moyenne de paires de gènes ancestraux dans la génération actuelle 2ème méthode: les ancêtres majeurs et le goulet d’étranglement (contribution génétique et nombre efficace des ancêtres)

Résultats Description générale de la structure familiale subdivision des lignées lignée 1077: 14 groupes durant les 4 premières générations, puis 11 lignée 2066: 9 groupes moyennes (déviations standards) calculées entre G11 et G19 (démographie stable)

variance et covariance moyennes entre G11 et G19

Coefficient de consanguinité à long terme vs court terme en augmentation régulière chez les deux souches augmentation plus forte dans la souche 2066 consanguinité à court terme stable à travers les générations Coefficient de consanguinité à long terme vs court terme déviation standard moyenne des coefficients de consanguinité individuels entre G1 et G20

Taille de la population efficace

Probabilité d’un gène d’origine certains fondateurs ont une plus grande influence diminution régulière du nombre efficace des génomes fondateurs dans le pool génétique

Conclusion – comparaison des deux souches  En résumé, souche 1077: variabilité génétique mieux préservée nombre efficace de génomes fondateurs plus grand taille de la population efficace plus grande coefficient de consanguinité à long terme moins grand nombre efficace des fondateurs majeurs stable moins de goulets d’étranglement  Progrès génétique identique dans les 2 souches Mais la diminution de la variabilité génétique dans la souche 2066 est néfaste à la lignée par augmentation de la consanguinité et détérioration de la fitness

Conclusion  indicateurs utiles à la description de la variabilité génétique à long terme taille de population efficace nombre efficace des fondateurs à court terme coefficient de consanguinité à court terme nombre efficace des fondateurs nombre efficace des ancêtres majeurs