L’utilisation des informations du pedigree pour gérer la variabilité génétique d’une population en danger : L’élevage du mouton Xalda en Asturies en est un exemple. Travail de Génétique

Introduction L’élevage de Xalda: - en danger de disparition - Coefficient de consanguinité élevé  Que faire pour la sauvegarde de l’espèce?

Introduction Le paramètre F: - mesure de l’identité entre allèles - probabilité d’obtenir des gènes identiques (%)  mesure le taux de pertes de variabilité génétique

Introduction Taille de la population:  Influence très fort la variabilité génétique (fixation des gènes)  Choix de reproducteur limités  gènes ne sont plus tirés au sort  dérive génétique dans un sens.

Introduction Pour maintenir la variabilité: il est nécessaire de monitorer en utilisant un ens. de paramètres caractérisant: - structures de la population - pratique de gestion Les xaldas est un exemple représentatif au niveau des études pour la conservation de la génétique animale developpée en Europe

Matériel - Analyse de l’information des pedigree de l’association des éleveurs de moutons Xalda ( ACOXA) de 1992 à 2001. - 9 lignées - 805 moutons enregistrés - 562 vivants dont 507 femelles - Population très jeune

Méthodes Différents paramètres utilisés: - Ne : Nombre efficace en fonction du nombre de mâles et de femelles utilisés. Ne= 4(NmNf)/(Nm+Nf)

Méthodes Différents paramètres utilisés: - Le paramètre F:  mesure de l’identité entre allèles  probabilité d’obtenir des gènes identiques (%)  mesure le taux de pertes de variabilité génétique

Méthodes Différents paramètres utilisés: - Le paramètre F: DF= 1/(2Ne)

Méthodes Différents paramètres utilisés: -AR:  Coefficient moyen de non-relation  Indique la contribution génétique à la population

Méthodes Différents paramètres utilisés: -AR: Utilisées comme:  index pour maintenir le stock génétique initial  comparer la consanguinité au sein d’une sous population

Méthodes Différents paramètres utilisés: -AR: Calcul du coefficient pour un fondateur: 1→ Pour le fondateur (car il appartient à la population) 1/2→ Par fils du fondateur (dans la population) 1/4→ Par petit fils du fondateur (dans la population)

Résultats et discussion Utilisation abusive de certains individus => ↓ de la variabilité génétique Nombre très faible d’ancêtre → race rencontre un d° de selection de la part des éleveurs qui utilisent massivement un nombre réduit de reproducteur (choisit sur la conformation)

Résultats et discussion Intervalle de génération moyen réduit : 3 ans - voie père-fils : courte (relève) - voie mère-filles : longue (attente de voir ses résultats) 13 ancêtres  50% de la variabilité génétique

Résultats et discussion La moyenne des F de la population: 1,762% (faible) Mauvaise estimation: il n’y a que 7 générations, pedigree top court Ne sera donc mal estimé de part la formule F n’est donc pas un bon indicateur de perte de gènes.

Résultats et discussion AR peut-être utilisé comme complément pour estimer la consanguinité dans une population: - évalue la contribution génétique des fondateurs - évalue la représentation génétique de chaque individu qui n’est pas fondateur

Résultats et discussion AR est utilisé indirectement pour caractériser les troupeaux comme représentation de la population

Résultats et discussion

 utilisation de nouveaux paramètres Conclusions Manque d’infos sur la taille de la pop  sous estimation nb d’individus consanguins mais hauts coef. d’inbreeding  pas possible d’utiliser les paramètres habituels  utilisation de nouveaux paramètres Usage abusif de certains individus aux dépends d’autres

Conclusions Utilisation de l’AR Infos sur la description de la pop. et du management Plus facile à calculer et à comprendre par les éleveurs

Conclusions En pratique Calcul de l’AR pour chaque individu après la saison des naissances Favoriser certains accouplements Égaliser la représentation génétique des différentes lignées et troupeaux

Conclusions Sélection des béliers ayant l’AR le plus bas possible Sélection des mères à béliers sur leur conformation parmi les moins représentées génétiquement

Bibliographie GOYACHE F., GUTTIERREZ J.P., FERNANDEZ I., GOMEZ E., ALVAREZ I., DIEZ J., ROYO L.J., Using pedigree to monitor genetic variability of endangered populations : the Xalda sheep breed of Asturias as an example, J. Anim. Breed. Genet., 120 : 95-105 (2002)

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