Morezzi Nicola. 21/11/2008 Master 1 BEM, Université de la Méditerranée. Unité d’enseignement : Diversité des Organismes Marins. Répartition verticale de la diversité picoeucaryotique en mer de Sargasse.
I. Matériels et méthodes. Chlorophylle Température Salinité Oxygène
I. Matériels et méthodes. date Latitude (N) Longitude (W) Zone d’échantillonnage Profondeur de prélèvement (m) 19 Septembre 34°30'966’’ 72°01'966’’ DCM 500 Profonde 3 000 22 Septembre 34°25‘5’’ 72°03’47’’ Euphotique 20 60 24 Septembre 34°26'343’’ 73°13'162’’ 25 96 Prélèvement des échantillons. Extraction du DNA. Amplification par PCR. Clonage. Séquençage. Analyses phylogénétiques. Alignement taxonomique.
I. Matériels et méthodes. date Latitude (N) Longitude (W) Zone d’échantillonnage Profondeur de prélèvement (m) 19 Septembre 34°30'966’’ 72°01'966’’ DCM 500 Profonde 3 000 22 Septembre 34°25‘5’’ 72°03’47’’ Euphotique 20 60 24 Septembre 34°26'343’’ 73°13'162’’ 25 96 Prélèvement des échantillons. Extraction du DNA. Amplification par PCR. Clonage. Séquençage. Analyses phylogénétiques. Alignement taxonomique.
I. Matériels et méthodes. date Latitude (N) Longitude (W) Zone d’échantillonnage Profondeur de prélèvement (m) 19 Septembre 34°30'966’’ 72°01'966’’ DCM 500 Profonde 3 000 22 Septembre 34°25‘5’’ 72°03’47’’ Euphotique 20 60 24 Septembre 34°26'343’’ 73°13'162’’ 25 96 Prélèvement des échantillons. Extraction du DNA. Amplification par PCR. Clonage. Séquençage. Analyses phylogénétiques. Alignement taxonomique.
I. Matériels et méthodes. date Latitude (N) Longitude (W) Zone d’échantillonnage Profondeur de prélèvement (m) 19 Septembre 34°30'966’’ 72°01'966’’ DCM 500 Profonde 3 000 22 Septembre 34°25‘5’’ 72°03’47’’ Euphotique 20 60 24 Septembre 34°26'343’’ 73°13'162’’ 25 96 Prélèvement des échantillons. Extraction du DNA. Amplification par PCR. Clonage. Séquençage. Analyses phylogénétiques. Alignement taxonomique.
II. Vue d’ensemble de la distribution des séquences. Taxons Euphotique 500 3 000 Pourcentage Straménopile 17 7,4 Haptophyte 5 2,2 Cryptophyte 1 0,4 Choanomonada Cercozoaire Métazoaire 4 1,7 Picobiliphyte Radiolaire 2 16 28 20,1 Alvéolé 51 42 60 66,8 7 taxons dans la zone euphotique. 4 taxons à 500 mètres. 2 taxons à 3 000 mètres. 5 premiers taxons au niveau de la zone euphotique. Métazoaire et Picobiliphyte à 500 mètres. Radiolaires et Alvéolés dans toute la colonne d’eau et augmentent avec la profondeur.
II. Vue d’ensemble de la distribution des séquences. Straménopiles et Haptophytes : le nombre OTU augmente mais reste similaire pour tous les niveaux d’identité supérieur à 95 %. Radiolaires et Alvéolés : les valeurs sont beaucoup plus importantes et doubles entre 95 et 99 %. les autres taxons : valeurs identiques et très faible à tous les seuils d’identités Taxons Seuil d’identité (%) 80 95 97 98 99 Straménopile 2 11 12 13 14 Haptophyte 1 4 5 Cryptophyte Choanomonada Cercozoaire Métazoaire Picobiliphyte Radiolaire 22 Alvéolé 3 45 58 66 76 Echantillon Seuil d’identité (%) 80 95 97 98 99 Euphotique 8 44 49 53 57 500 m 10 31 34 36 39 3 000 m 4 15 19 23 33 Le nombre d’OTU diminue en fonction de la profondeur.
Dinoflagellé : toutes les séquences se retrouvent à 500 mètres. III. Relation phylogénétique et distribution verticale au sein des Alvéolés. Ciliée 97 Apicomplexe 100 66 Perkinsidée 53 Gloeodinum viscum Dinoflagellée Novel Avéolata I 96 Novel Alvéolata II Euglypha alveolata. Dinoflagellé : toutes les séquences se retrouvent à 500 mètres. NAI : majorité des séquences en surface et 1 séquence en profondeur. NAII : majorité des séquences en surface et nouveaux clades identifiés en profondeur.
IV. Diversité des séquences de Radiolaires. 97 RAD-V Taxopodida RAD-IV 100 72 Polycystinea, Spumellarida 100 100 RAD-III 99 100 RAD-I Acantharea 100 100 RAD-II 100 Polycystinea, Nasselarida Différents Radiolaires. Abondance anormale des séquences. Diversité moléculaire importante. Avancés grâce a cette étude : - 5 groupes distincts de radiolaire identifiés. - Association de séquences à des groupes faiblement représentés (Exemple : Taxopodida). - Polyphylie des Polycystinea et monophylie des Taxopodida acquise. - Origine commune des Acantharea, des Polycystinea et des Taxopodida composant les radiolaires vérifié.
V. Séquences spécifiques a la zone euphotique. Straménopile photosynthétique MAST.2 MAST.1 100 Hemiliania huxleyi (Haptophyte). MAST.6 MAST.4 MAST.8 MAST.7 MAST.3 Acanthocystis turfacea (Straménopile). Haptophyte : couramment répartie en surface, contribution écologique méconnue Straménopile : 1/3 considérés comme photosynthétiques, différentes stratégies trophiques, majorité des séquences affiliés aux MAST.
Amélioration de l’arbre du vivant. VI. Conclusion. Découverte de nouveaux clades. Amélioration de l’arbre du vivant. Différence flagrante entre les communautés pico-eucaryotiques le long du gradient verticale de profondeur. Ce genre d’études bouleversent totalement le point de vue actuel concernant le rôle et les structures des populations de ces organismes. Soulèvent de nombreuses questions quant aux propriétés physiologiques, comportementales et biochimiques de ces organismes, ainsi que des aspects du cycle et du transport du carbone dans les océans. Il reste encore des lacunes dans les connaissances au sujet de la diversité, de la répartition et du rôle écologique joué par ces organismes.