Amélioration génétique de la viabilité des poules pondeuses à partir d’une analyse de survie Faure Nina Fauriat Alexandre Kalogreas Elsa Benevent Marie

Introduction La demande de filière avicole oriente la sélection vers de nouveaux caractères : -Qualité des produits -Résistances aux maladies -Réduction des rejets Espèce avicole : caractéristiques biologiques favorables à la sélection

Introduction Elevage aviaire : 2 périodes =>Période d’élevage (0 à 100 jours) =>Période de production (100 à 365 jours) Deux types d’effets : Effets fixes (non génétiques) : lumière, alimentation, densité, habitat, climat… Effets génétiques : but de l’étude

Plan Objectifs de l’étude Matériel et méthodes Analyses statistiques et génétiques Résultats Discussions Conclusion

Objectifs de l’étude Mesurer la partie génétique de la viabilité des poules pondeuses. On mesure l’influence génétique de la durée de la période de production et d’élevage (LRL et LPL : paramètres génétiques). =>étude dans un environnement contrôlé pour ôter l’effet non génétique.

Matériel et méthode Elevage : 109160 poules pondeuses en 17 troupeaux de 4 à 8 générations + 3 troupeaux de parents pour le pedigree En production : 100665 en cages individuelles Mesure de la viabilité sur deux périodes : Période d’élevage (PR) Période de production (PP)

Matériel et méthode On élimine des données (taux de censure), les poules vivantes à la fin de chaque période RP : 97,8% PP : 94,1% Raison : impossibilité de connaître leur durée de vie réelle ( car arrêt des observations)

Analyses statistiques 1) Modèle mixte complet = Modèle Cox stratifié Mesures des effets génétiques et non génétiques (effets maternels et paternels…) Pbs : modèle compliqué et difficile à utiliser (7heures 20)

Analyses statistiques 2)Modèle génétique pur = Modèle Weibull Mesures des effets génétiques (seulement les effets père et mère) =>Plus facile et rapide à utiliser (13 minutes) =>Vérifier si cette approximation est valable. Pour LPL, les analyses ont montré que le modèle Cox simplifié ne peut être utilisé

Analyses statistiques 3)Ajout suivant les générations des informations des frères et des sœurs =>augmente la précision => diminue la variance =>permet d’éliminer d’autres effets non génétiques comptabilisés dans les effets génétiques du modèle pur Weibull

Résultats Taux de survie En élevage : 97,8% En production : 94,1% Les taux de survie sous environnement contrôlé sont élevés.

Résultats Linéarisation de la fonction de survie [log {-log S(t)}] en fonction de log(t) PP RP

Mesure de la survie en fonction du temps Constat : cassure au moment de la mise en cage individuelle =>confirme la différence des taux de viabilité dans les deux périodes =>On étudiera donc l’influence de la durée de ces deux périodes (LRL et LPL) sur la viabilité séparément

Sélection simulée S(t) en fonction de t pendant la RP

Sélection simulée RP Taux de viabilité diminue de 100 à 98% (97,7%)en 100 jours Il chute dans les premiers jours de vie Reste stable le reste du temps=>le moment de mise en cage influence peu le taux

Sélection simulée S(t) en fonction de t pendant la PP

Sélection simulée PP Taux de viabilité diminue de 100 à 97% (95,3%) en 300 jours La chute de plus en plus rapide peut permettre d’estimer une date de réforme économiquement rentable

Sélection simulée Comparaison des deux courbes

Intérêt de sélection (PP) Sélection simulée Comparaison La différence de viabilité entre les deux groupes augmente au cours du temps dans la PP alors qu’elle reste stable dans la PR A la fin de la PR celle-ci reste faible (0,3%) alors qu’à 300 jours de la PP elle est de 1,7%. Intérêt de sélection (PP)

Sélection simulée Cette analyse a mis de côté quelques aspects importants : -Elle a été faite sur des animaux déjà sélectionnés (lignées pures) pour leur production -Les couples ont été formés artificiellement

Estimations des paramètres génétiques Caractères LRL LPL Modèles Cox Weibull +FS Variance Mode Moyenne Déviation standard 0,260 0,261 0,026 0,262 0,216 0,218 0,024 0,088 0,089 0,010 0,077 0,078 Héritabilité 0,482 0,390 0,194 0,167

Estimations des paramètres génétiques Pour LRL, confirmation de l’utilisation de l’approximation de Cox par Weibull car les résultats sont identiques Pour LRL, l’héritabilité est forte, et pour LPL, l’héritabilité est moyenne. La sélection sera plus efficace si on l’effectue sur LRL plutôt que sur LPL L’ajout de l’effet frère-soeur diminue bien la variance et donc l’héritabilité.

Estimations des paramètres génétiques En faisant varier un des paramètres de calcul, la variance frère-soeur atteint des valeurs quasi nulles. Deux interprétations sont possibles : 1) Aucun effet frère-soeur. Cela semble peu probable vu que l’ajout de cet effet fait chuter l’héritabilité. 2) La censure des données a été trop restrictive

Corrélations entre les différents modèles Caractères LRL LPL Modèle Cox Weibull +FS 0,997 0,994 0,049 0,039 0,042 0,022 0,019 0,23 ?

Corrélations entre les différents modèles Les corrélations entre deux périodes différentes sont très proches de 0 =>démontre l’indépendance de ces deux caractères. Donc la sélection sur un des deux périodes n’influence pas l’autre =>justification de l’étude séparée des deux périodes =>la production n’interfère pas avec la croissance pendant la RP =>Pas de compétition entre animaux dans les cages individuelles

Corrélations entre les différents modèles La corrélation est un peu plus haute quand on ajoute les effets frère-soeur. Inexplicable Pour un même caractère, les hautes corrélations (>0,994) confirment toujours la possibilité d’utiliser les différents modèles.

Discussions Une mortalité importante Pendant la PP : tout cheptel => forte influence économique (rentes) Pendant la RP: influence uniquement les jeunes =>seulement sur les coûts de production L’étude est plus intéressante pendant la PP pour nos poules pondeuses

Discussions Etude pendant la RP : modèle intéressant dans les élevages d’engraissement (poulets et dindons) Poulets de chair : le taux de mortalité atteint 5%. Il devrait augmenter avec l’incidence de certaines maladies (ascites, mort subite). Une sélection efficace devrait minimiser cet effet.

Discussions Pas d’études des effets environnementaux =>possible que leur influence soit bien plus importante que les effets génétiques testés =>Exemple : la durée d’éclairage, le confort (perchoir, nid...), l’alimentation…

Discussions Environnements de sélection et d’élevage très différent =>Difficulté d’utilisation des caractères sélectionnés en élevage =>Peu de possibilité d’adaptation de cette étude en pratique

Discussions Contrairement aux effets génétiques, la gestion de l’environnement pendant la RP est capitale car conditionne la PP Plus facile à mettre en pratique dans les élevages

Bibliographie Genetic improvement of laying hens viability using survival analysis INRA (V.Ducrocq, B.Besbes, M.Protais) Cours de premier doctorat, génétique quantitative (J.Detilleux) Cours de premier doctorat, clinique aviaire (D.Marlier) Cours de premier doctorat d’écologie (B.Nicks) http://www.inra.fr/productions-animales/an2004 /num241/beaumon/cb241.htm