LA CINETIQUE LOGIQUE Les gènes Hox
1.Propriétés des gènes Hox 2.Réduction du modèle 3.Construction du modèle –Conventions –Modèle descriptif –Système déquations 4.Évolution du système –Table de vérité littérale et valeurs des K i –Fonctionnalité des boucles de rétroaction –Pseudo-carte de Karnaugh –Problèmes 5.Vers une amélioration du système
Propriétés des gènes Hox Gènes responsables de la détermination de laxe antéro-postérieur 1 ère Notion : Combinaison 2 ème Notion : Colinéarité
Réduction du modèle Modèle établi à partir de trois gènes
Construction du modèle Conventions: 1sa1sa 2sa2sa 1sb1sb 2sb2sb scsc Variable mémoire: Concentration du facteur de transcription codé par le gène X Fonction logique: Synthèse du facteur de transcription codé par le gène X
Construction du modèle Modèle descriptif +2 cba +1
Construction du modèle Système déquations: A = dA ( k aa. 1 a + k ba. 1 b ) B = dB ( k ab. 2 a + k cb.c ) C = dC ( k bc. 2 b ) +2 c b a +1
Évolution du système Table de vérité littérale et valeurs des K i :
Évolution du système Fonctionnalité des boucles de rétroaction : –3 boucles fonctionnelles –3 points caractéristiques: 1 s a 00 2 s a 1 s b s b 1 s c +1 a +2 ab bc
Évolution du système Condition: le délai dactivation de la synthèse du facteur de transcription codé par le gène X-1 par le facteur de transcription X est supérieur au délai de dégradation des facteurs de transcription codées par les gènes X et X+1 Pseudo-carte de Karnaugh Exemple:
Évolution du système Problèmes: Évolution incorrecte
Vers une amélioration du système Réaliser des expériences permettant de définir des délais Autre modèle possible: –Condition: lexpression du gène X+1 nécessite lexpression du gène X –Système déquations: A = dA ( k aa. 1 a + k ba. 1 b. 2 a) B = dB ( k ab. 2 a + k ab+cb. c. 2 a) C = dC ( k bc. 2 b ) –Pseudo-carte de Karnaugh
Conclusion Multistationnarité Phénomène biologique: la différenciation Représentation caricaturale
c 1sc1sc a b 1sa1sa 2sa2sa 1sb1sb 2sb2sb Pseudo-carte de Karnaugh
c b a 000/000010/000020/ /000011/000021/ /100100/100120/ /100111/100121/ /110210/210220/ /110211/210221/221 2sb2sb 1sc1sc 1sa1sa 2sa2sa Pseudo-carte de Karnaugh