Arbre du vivant : 3 Hypothèses

Réverse gyrase des hyperthermophiles crénoarchaebacterie euryarchaebacterie eubactérie

LUCA génome ADN

LUCA génome ARN

De LUCA à aujourd’hui Gène A Évolution des nouvelles copies Seconde duplication Évolution des nouvelles copies Gène A Différenciation de la copie Duplication du gène A

Ressemblance A C B x x’ Homologie A C B x x’ x’ x’ A C B x’ x x x x Réversion x Convergence

Similitude et Homologie A C B x x’ réversion A C B x x’ homologie A C B x x’ convergence x’ A B x parallélisme C D

Gènes orthologues ou paralogues 1b 2b 3b 1a 2a 3a Avec des gènes orthologues Duplication de gène Arbres de taxons obtenus Avec des gènes paralogues 1a 2b 3a Arbre réel, les gènes a sont orthologues entre eux, les b aussi, mais les a et les b sont paralogues.

Réseau Et Arbre T0 T1 T2 T3 T4 N5 N6 N7 N8 Arbre T0 T1 T2 T3 T4 N5 N6

Mono, para, polyphylie A C B D E F G C B D B,C et D forment un groupe monophylétique Ex:mammifères C B D C et D forment un groupe paraphylétique Ex: poissons D et G forment un groupe Polyphylétique Ex:pinnipèdes

Qui sont des poissons? Myxines Lamproies Poissons cartilagineux Poissons osseux Tétrapodes Poissons cartilagineux Poissons osseux Tétrapodes

Pinnipèdes Belette Phoque Pinnipèdes Carnivores Otarie Ours Souris Arbre obtenu avec une séquence protéique partielle de l’a-globine

Homologie, paralogie

Place des apétales au sein des Angiospermes Date Interprétation Interprétation des apétales Auteur(s) 1887-1915 Le strobile des apétales rappelle celui des gnétales. Ils sont tous deux à sexes séparés primitives Engler et Prantl À partir de 1915 Les Ranales considérées comme ancestrales ont un strobile bisexué évoluées Bessey

Éponges 1 Euastrophorida Astrophorida Streptosclerophorida Tetractinomorpha Spirophorida Sous classe Ordre Sous ordre Famille Pachastrissa Tetractinom. Astrophorida Euastrophor. Calthropellidae Erylus Geodiidae Pachymatisma Penares Ancorinidae Stryphnus Discodermia Streptosclerop Theonellidae Corallistes Corallistidae Poecillastra Pachastrellidae Cynachyrella Spinophorida Tetillidae

Éponges 2 Pachastrissa Euastr. Erylus Euastr. Penares Euastr. Pachymatisma Euastr. Stryphnus Euastr Discodermia Strepto. Corallistes Strepto. Poecillastra Strepto. Cinachyrella Spino.. Strepto

Alignement et phylogénie 1 2 3 4 5 6 1 2 3 4 5 6 7 8 1 T  A 3 C G 8 2 5 4 6 * 1 A T G A A G G T 1 T  A 3 C G 8 2 5 4 6 * 7 1 T  A 3 C G 8 2 5 4 6 * 2 A T G A A G G T 1 2 3 4 5 6 3 T T A G A A G G A * * G * * A G * * A A G 4 T T C * * A G G * * 1 2 3 4 5 6 5 T C C A G G G C 6 T C C C G G G C Le 3e arbre présenté ici est le consensus des 2 autres .

Alignement et phylogénie Arbres calculés par une méthode de maximum de parcimonie, en utilisant 3 alignements différents pour les séquences des mêmes 6 taxons Alignement Nb d’arbres Lg Lg min Lg Max CI RI 1 12 19 2 3 18

Comparaison du monomère P3 de PRD1 (gauche) et du monomère d’hexaèdre de l’Adénovirus (droite). The two jelly rolls in each subunit are indicated with green and blue, and labeled as V1 and V2 for the PRD1 protein and as P1 and P2 for the Adenovirus protein.

Répartition des virus apparentés dans l’arbre universel du vivant.